ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54857

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.018, 0.052, 0.087, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.052 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.020, 0.079, 0.138, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.079 std_dev=0.059
O4 A 0, 0.017, 0.089, 0.161, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.089 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.125, 0.297, 0.469, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.297 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.086, 0.277, 0.467, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.277 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.117, 0.314, 0.512, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.314 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.161, 0.368, 0.575, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.368 std_dev=0.207
N1 B 0, 0.193, 0.423, 0.654, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.423 std_dev=0.231
N3 B 0, 0.127, 0.360, 0.594, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.360 std_dev=0.234
O2' A 0, 0.159, 0.422, 0.684, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.422 std_dev=0.263
C3' A 0, 0.111, 0.389, 0.667, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.389 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.256, 0.583, 0.911, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.583 std_dev=0.327
C4 B 0, 0.332, 0.689, 1.046, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.689 std_dev=0.357
O3' A 0, 0.184, 0.548, 0.912, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.548 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.185, 0.559, 0.933, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.559 std_dev=0.374
P A 0, 0.252, 0.650, 1.047, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.650 std_dev=0.398
O2' B 0, 0.478, 0.879, 1.279, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.879 std_dev=0.400
C6 B 0, 0.331, 0.801, 1.272, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.801 std_dev=0.471
C1' B 0, 0.366, 0.865, 1.363, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.865 std_dev=0.499
N9 B 0, 0.368, 0.935, 1.503, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.935 std_dev=0.568
C2' B 0, 0.414, 0.988, 1.563, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.988 std_dev=0.574
C5 B 0, 0.372, 0.966, 1.560, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.966 std_dev=0.594
N6 B 0, 0.383, 1.059, 1.734, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.059 std_dev=0.675
OP1 A 0, 0.464, 1.294, 2.125, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.294 std_dev=0.831
OP2 A 0, 0.228, 1.141, 2.054, 2.225 max_d=2.225 avg_d=1.141 std_dev=0.913
C8 B 0, 0.426, 1.365, 2.304, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.365 std_dev=0.939
N7 B 0, 0.451, 1.413, 2.375, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.413 std_dev=0.962
O4' B 0, 0.437, 1.424, 2.412, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.424 std_dev=0.987
C3' B 0, 0.442, 1.548, 2.653, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.548 std_dev=1.105
C4' B 0, 0.423, 1.611, 2.800, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.611 std_dev=1.188
O3' B 0, 0.507, 1.845, 3.182, 3.437 max_d=3.437 avg_d=1.845 std_dev=1.337
C5' B 0, 0.477, 2.275, 4.074, 4.500 max_d=4.500 avg_d=2.275 std_dev=1.799
O5' B 0, 0.475, 2.591, 4.708, 5.118 max_d=5.118 avg_d=2.591 std_dev=2.117
P B 0, 0.609, 3.529, 6.448, 6.909 max_d=6.909 avg_d=3.529 std_dev=2.919
OP2 B 0, 0.731, 4.296, 7.862, 8.322 max_d=8.322 avg_d=4.296 std_dev=3.565
OP1 B 0, 1.122, 4.691, 8.261, 8.608 max_d=8.608 avg_d=4.691 std_dev=3.570

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.27 0.14 0.05
C2 0.03 0.00 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.12 0.01 0.03 0.07 0.48 0.46 0.07
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.10 0.20 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.11 0.11 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.09 0.18 0.02 0.01 0.11 0.01 0.10 0.29 0.05 0.08
C4 0.04 0.01 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.06 0.06 0.71 0.81 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.11 0.06 0.03 0.06 0.01 0.01 0.15 0.25 0.02
C5 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.07 0.06 0.74 0.81 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.03 0.09 0.05 0.04 0.06 0.01 0.01 0.25 0.45 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.06 0.06 0.61 0.60 0.07
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.46 0.41 0.06
N3 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.12 0.01 0.04 0.06 0.59 0.65 0.07
O2 0.06 0.01 0.20 0.18 0.02 0.11 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.21 0.21 0.03 0.05 0.11 0.41 0.33 0.10
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.08 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.11 0.21 0.00 0.03 0.09 0.05 0.06 0.19 0.06 0.07
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.11 0.03 0.10 0.04 0.10 0.04 0.12 0.21 0.03 0.00 0.15 0.02 0.14 0.58 0.20 0.13
O4 0.05 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.15 0.00 0.06 0.07 0.76 0.91 0.06
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.10 0.28 0.10 0.09
O5' 0.05 0.07 0.06 0.10 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.11 0.06 0.14 0.07 0.10 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.27 0.48 0.11 0.29 0.71 0.15 0.74 0.25 0.61 0.46 0.59 0.41 0.19 0.58 0.76 0.28 0.02 0.00 0.05 0.02
OP2 0.14 0.46 0.11 0.05 0.81 0.25 0.81 0.45 0.60 0.41 0.65 0.33 0.06 0.20 0.91 0.10 0.04 0.05 0.00 0.03
P 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.13 0.06 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.16 0.22 0.21 0.17 0.10 0.18 0.12 0.19 0.17 0.17 0.16 0.23 0.18 0.17 0.23 0.33 0.22 0.86 1.04 1.71 1.06
C2 0.19 0.15 0.14 0.13 0.18 0.20 0.19 0.31 0.18 0.20 0.16 0.17 0.19 0.19 0.19 0.15 0.16 0.27 0.77 1.22 1.80 1.10
C2' 0.22 0.18 0.15 0.10 0.21 0.22 0.20 0.32 0.18 0.22 0.16 0.20 0.16 0.21 0.22 0.18 0.20 0.34 0.61 0.98 1.31 0.75
C3' 0.33 0.21 0.14 0.12 0.29 0.35 0.27 0.48 0.21 0.32 0.17 0.26 0.18 0.29 0.32 0.16 0.16 0.50 0.43 0.99 1.03 0.52
C4 0.23 0.14 0.17 0.20 0.21 0.31 0.24 0.47 0.21 0.27 0.15 0.17 0.25 0.28 0.24 0.18 0.19 0.34 0.66 1.28 1.74 1.03
C4' 0.20 0.16 0.19 0.18 0.17 0.16 0.15 0.24 0.15 0.17 0.14 0.18 0.18 0.16 0.19 0.19 0.35 0.34 0.65 0.88 1.31 0.73
C5 0.22 0.15 0.16 0.14 0.20 0.27 0.21 0.41 0.19 0.25 0.14 0.17 0.20 0.24 0.23 0.19 0.16 0.34 0.67 1.19 1.69 0.98
C5' 0.26 0.18 0.17 0.15 0.21 0.24 0.18 0.34 0.16 0.22 0.14 0.22 0.18 0.19 0.24 0.18 0.32 0.43 0.55 0.88 1.19 0.60
C6 0.20 0.16 0.17 0.11 0.19 0.20 0.19 0.32 0.18 0.21 0.15 0.18 0.18 0.20 0.21 0.20 0.20 0.31 0.72 1.11 1.68 0.98
N1 0.18 0.16 0.16 0.12 0.18 0.16 0.17 0.25 0.17 0.18 0.15 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.21 0.27 0.78 1.12 1.73 1.04
N3 0.21 0.14 0.16 0.20 0.20 0.28 0.23 0.42 0.21 0.25 0.16 0.17 0.25 0.26 0.22 0.17 0.19 0.30 0.70 1.29 1.80 1.09
O2 0.17 0.19 0.13 0.12 0.18 0.17 0.17 0.25 0.18 0.16 0.19 0.18 0.18 0.16 0.18 0.14 0.16 0.23 0.82 1.25 1.85 1.17
O2' 0.11 0.14 0.17 0.16 0.12 0.07 0.10 0.15 0.10 0.11 0.11 0.14 0.08 0.09 0.12 0.18 0.30 0.21 0.73 0.95 1.35 0.85
O3' 0.41 0.24 0.14 0.16 0.35 0.44 0.33 0.58 0.25 0.41 0.18 0.32 0.20 0.36 0.40 0.15 0.13 0.61 0.31 1.10 0.70 0.39
O4 0.24 0.12 0.19 0.26 0.21 0.35 0.26 0.53 0.22 0.30 0.14 0.16 0.28 0.32 0.25 0.19 0.24 0.34 0.64 1.35 1.76 1.05
O4' 0.15 0.16 0.26 0.27 0.17 0.10 0.20 0.10 0.22 0.19 0.18 0.16 0.28 0.21 0.17 0.25 0.42 0.23 0.86 0.96 1.67 1.01
O5' 0.27 0.17 0.15 0.09 0.23 0.29 0.21 0.43 0.18 0.27 0.15 0.21 0.17 0.24 0.26 0.18 0.24 0.46 0.49 0.95 1.19 0.58
OP1 0.09 0.16 0.40 0.31 0.09 0.10 0.15 0.27 0.15 0.18 0.12 0.13 0.24 0.22 0.10 0.52 0.53 0.23 0.63 0.97 1.26 0.68
OP2 0.40 0.24 0.21 0.18 0.27 0.44 0.17 0.53 0.11 0.25 0.13 0.32 0.16 0.17 0.32 0.28 0.16 0.58 0.41 1.07 1.08 0.51
P 0.32 0.18 0.16 0.11 0.26 0.37 0.25 0.52 0.20 0.32 0.16 0.23 0.19 0.28 0.31 0.20 0.22 0.53 0.40 0.98 1.09 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.46 0.45 0.58 0.37
C2 0.04 0.00 0.23 0.20 0.01 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.28 0.07 0.75 0.90 1.18 0.80
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.13 0.02 0.09 0.02 0.13 0.08 0.19 0.22 0.12 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.23 0.32 0.18 0.13
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.14 0.12 0.19 0.19 0.14 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.06
C4 0.02 0.01 0.13 0.12 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.15 0.04 0.78 0.90 1.24 0.86
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.06 0.06 0.11 0.11 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.44 0.17 0.13
C5 0.02 0.02 0.09 0.11 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.05 0.90 1.20 1.61 1.12
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.18 0.19 0.14 0.08 0.23 0.21 0.11 0.06 0.04 0.02 0.01 0.21 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.14 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.19 0.06 0.91 1.26 1.67 1.16
C8 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.90 1.14 1.56 1.12
N1 0.03 0.01 0.19 0.19 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.26 0.07 0.85 1.10 1.46 1.01
N3 0.04 0.01 0.22 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.25 0.06 0.68 0.77 1.01 0.69
N6 0.04 0.02 0.12 0.14 0.02 0.11 0.02 0.23 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.11 0.18 0.07 0.97 1.45 1.89 1.32
N7 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.96 1.39 1.82 1.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.74 0.79 1.14 0.80
O2' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.11 0.06 0.08 0.06 0.13 0.06 0.20 0.21 0.11 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.60 0.29 0.23
O3' 0.02 0.28 0.02 0.01 0.15 0.02 0.13 0.04 0.19 0.13 0.26 0.25 0.18 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.30 0.40 0.59 0.38
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.43 0.38 0.53 0.28
O5' 0.46 0.75 0.23 0.11 0.78 0.02 0.90 0.01 0.91 0.90 0.85 0.68 0.97 0.96 0.74 0.04 0.30 0.43 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.45 0.90 0.32 0.15 0.90 0.44 1.20 0.21 1.26 1.14 1.10 0.77 1.45 1.39 0.79 0.60 0.40 0.38 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 1.18 0.18 0.05 1.24 0.17 1.61 0.35 1.67 1.56 1.46 1.01 1.89 1.82 1.14 0.29 0.59 0.53 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.80 0.13 0.06 0.86 0.13 1.12 0.02 1.16 1.12 1.01 0.69 1.32 1.29 0.80 0.23 0.38 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00