Doublet Group distance statistics: 54858

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2	A	0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4	A	0, 0.015, 0.053, 0.090, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.053 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.032, 0.121, 0.210, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.121 std_dev=0.089
C2'	A	0, 0.053, 0.214, 0.375, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.214 std_dev=0.161
C3'	A	0, 0.144, 0.491, 0.838, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.491 std_dev=0.347
O5'	A	0, 0.128, 0.522, 0.916, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.522 std_dev=0.394
C4'	A	0, 0.182, 0.625, 1.069, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.625 std_dev=0.444
C2	B	0, 0.182, 0.636, 1.090, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.636 std_dev=0.454
N3	B	0, 0.184, 0.637, 1.091, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.637 std_dev=0.454
O2'	A	0, 0.190, 0.649, 1.108, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.649 std_dev=0.459
N1	B	0, 0.179, 0.647, 1.115, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.647 std_dev=0.468
O3'	A	0, 0.220, 0.761, 1.302, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.761 std_dev=0.541
C4	B	0, 0.237, 0.810, 1.383, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.810 std_dev=0.573
C1'	B	0, 0.252, 0.863, 1.473, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.863 std_dev=0.611
C6	B	0, 0.275, 0.939, 1.603, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.939 std_dev=0.664
N9	B	0, 0.294, 1.015, 1.735, 1.600 max_d=1.600 avg_d=1.015 std_dev=0.720
C5	B	0, 0.314, 1.075, 1.836, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.075 std_dev=0.761
P	A	0, 0.263, 1.044, 1.825, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.044 std_dev=0.781
C5'	A	0, 0.334, 1.147, 1.960, 1.797 max_d=1.797 avg_d=1.147 std_dev=0.813
N6	B	0, 0.346, 1.183, 2.020, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.183 std_dev=0.837
OP2	A	0, 0.289, 1.174, 2.059, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.174 std_dev=0.885
C8	B	0, 0.406, 1.426, 2.446, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.426 std_dev=1.020
OP1	A	0, 0.412, 1.456, 2.500, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.456 std_dev=1.044
N7	B	0, 0.430, 1.499, 2.568, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.499 std_dev=1.069
O4'	B	0, 0.452, 1.559, 2.666, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.559 std_dev=1.107
C2'	B	0, 0.566, 1.999, 3.433, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.999 std_dev=1.434
O3'	B	0, 0.625, 2.139, 3.654, 3.290 max_d=3.290 avg_d=2.139 std_dev=1.514
C4'	B	0, 0.658, 2.250, 3.842, 3.451 max_d=3.451 avg_d=2.250 std_dev=1.592
C3'	B	0, 0.677, 2.312, 3.947, 3.468 max_d=3.468 avg_d=2.312 std_dev=1.635
O2'	B	0, 0.623, 2.297, 3.971, 3.944 max_d=3.944 avg_d=2.297 std_dev=1.674
C5'	B	0, 0.974, 3.324, 5.675, 4.991 max_d=4.991 avg_d=3.324 std_dev=2.351
O5'	B	0, 1.263, 4.313, 7.363, 6.538 max_d=6.538 avg_d=4.313 std_dev=3.050
OP2	B	0, 1.425, 4.869, 8.314, 7.413 max_d=7.413 avg_d=4.869 std_dev=3.444
P	B	0, 1.488, 5.082, 8.675, 7.654 max_d=7.654 avg_d=5.082 std_dev=3.594
OP1	B	0, 1.731, 5.912, 10.092, 8.917 max_d=8.917 avg_d=5.912 std_dev=4.180

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.13	0.11	0.03	0.04
C2	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.09	0.01	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00	0.10	0.06	0.00	0.03	0.09	0.11	0.15	0.13
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.04	0.03	0.00	0.03	0.07	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.09	0.15	0.03
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.16	0.00	0.18	0.01	0.16	0.10	0.12	0.05	0.00	0.00	0.17	0.01	0.03	0.08	0.23	0.09
C4	0.00	0.00	0.00	0.16	0.00	0.19	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.16	0.00	0.04	0.13	0.29	0.23	0.28
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.19	0.00	0.22	0.01	0.20	0.11	0.14	0.04	0.02	0.01	0.20	0.00	0.02	0.08	0.12	0.03
C5	0.01	0.01	0.03	0.18	0.00	0.22	0.00	0.43	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.20	0.00	0.04	0.14	0.27	0.18	0.27
C5'	0.08	0.25	0.04	0.01	0.40	0.01	0.43	0.00	0.37	0.24	0.33	0.19	0.03	0.02	0.43	0.02	0.01	0.12	0.10	0.02
C6	0.01	0.01	0.03	0.16	0.00	0.20	0.00	0.37	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.17	0.01	0.04	0.10	0.14	0.09	0.15
N1	0.00	0.00	0.00	0.10	0.00	0.11	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.00	0.02	0.09	0.07	0.09	0.08
N3	0.00	0.00	0.03	0.12	0.00	0.14	0.01	0.33	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.10	0.00	0.03	0.11	0.21	0.21	0.22
O2	0.01	0.00	0.07	0.05	0.01	0.04	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.16	0.04	0.01	0.03	0.09	0.07	0.15	0.10
O2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.02	0.09	0.16	0.00	0.01	0.04	0.08	0.04	0.05	0.19	0.07
O3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.16	0.01	0.20	0.02	0.17	0.08	0.10	0.04	0.01	0.00	0.18	0.02	0.17	0.02	0.37	0.18
O4	0.01	0.00	0.00	0.17	0.00	0.20	0.00	0.43	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.18	0.00	0.04	0.16	0.36	0.28	0.34
O4'	0.00	0.03	0.03	0.01	0.04	0.00	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.03	0.08	0.02	0.04	0.00	0.16	0.16	0.09	0.12
O5'	0.13	0.09	0.04	0.03	0.13	0.02	0.14	0.01	0.10	0.09	0.11	0.09	0.04	0.17	0.16	0.16	0.00	0.00	0.02	0.00
OP1	0.11	0.11	0.09	0.08	0.29	0.08	0.27	0.12	0.14	0.07	0.21	0.07	0.05	0.02	0.36	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.03	0.15	0.15	0.23	0.23	0.12	0.18	0.10	0.09	0.09	0.21	0.15	0.19	0.37	0.28	0.09	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.04	0.13	0.03	0.09	0.28	0.03	0.27	0.02	0.15	0.08	0.22	0.10	0.07	0.18	0.34	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.25	0.50	0.49	0.25	0.22	0.24	0.19	0.23	0.25	0.24	0.25	0.20	0.24	0.25	0.34	0.26	0.13	0.15	0.17	0.23	0.14
C2	0.29	0.29	0.44	0.54	0.29	0.33	0.30	0.33	0.30	0.29	0.30	0.29	0.31	0.30	0.29	0.22	0.36	0.23	0.32	0.35	0.39	0.31
C2'	0.15	0.19	0.38	0.31	0.13	0.10	0.07	0.11	0.06	0.08	0.12	0.18	0.09	0.05	0.12	0.31	0.13	0.14	0.19	0.23	0.25	0.27
C3'	0.06	0.10	0.32	0.21	0.05	0.16	0.05	0.23	0.07	0.03	0.09	0.08	0.09	0.04	0.04	0.28	0.12	0.25	0.33	0.35	0.32	0.39
C4	0.30	0.29	0.45	0.57	0.30	0.34	0.31	0.35	0.31	0.31	0.30	0.29	0.32	0.31	0.30	0.23	0.38	0.24	0.35	0.40	0.45	0.35
C4'	0.07	0.05	0.37	0.25	0.05	0.16	0.07	0.19	0.09	0.07	0.07	0.05	0.11	0.08	0.06	0.31	0.13	0.25	0.23	0.22	0.22	0.27
C5	0.28	0.27	0.49	0.55	0.28	0.29	0.29	0.28	0.29	0.29	0.28	0.27	0.29	0.29	0.29	0.28	0.34	0.19	0.27	0.31	0.37	0.27
C5'	0.08	0.07	0.41	0.29	0.10	0.15	0.16	0.16	0.18	0.15	0.14	0.06	0.23	0.18	0.10	0.33	0.14	0.24	0.17	0.13	0.15	0.19
C6	0.27	0.26	0.50	0.53	0.27	0.25	0.27	0.23	0.27	0.27	0.27	0.26	0.26	0.27	0.27	0.31	0.31	0.15	0.21	0.24	0.30	0.20
N1	0.27	0.27	0.48	0.52	0.27	0.27	0.27	0.25	0.27	0.27	0.27	0.27	0.26	0.27	0.27	0.28	0.31	0.17	0.23	0.25	0.31	0.22
N3	0.30	0.30	0.43	0.56	0.30	0.36	0.31	0.37	0.32	0.31	0.31	0.30	0.33	0.32	0.31	0.22	0.39	0.26	0.37	0.42	0.46	0.38
O2	0.30	0.30	0.41	0.54	0.30	0.35	0.31	0.36	0.32	0.30	0.31	0.30	0.33	0.30	0.30	0.20	0.37	0.26	0.35	0.38	0.41	0.34
O2'	0.05	0.05	0.28	0.17	0.04	0.19	0.14	0.27	0.20	0.11	0.13	0.06	0.30	0.17	0.04	0.27	0.14	0.27	0.39	0.43	0.47	0.48
O3'	0.10	0.08	0.18	0.03	0.11	0.36	0.15	0.48	0.16	0.16	0.13	0.06	0.21	0.18	0.12	0.23	0.25	0.43	0.63	0.68	0.61	0.70
O4	0.31	0.30	0.44	0.58	0.31	0.36	0.32	0.38	0.32	0.32	0.31	0.30	0.33	0.33	0.31	0.22	0.40	0.26	0.39	0.45	0.50	0.40
O4'	0.24	0.21	0.56	0.50	0.24	0.20	0.25	0.17	0.23	0.27	0.21	0.22	0.23	0.26	0.25	0.43	0.27	0.10	0.13	0.17	0.23	0.13
O5'	0.08	0.07	0.37	0.27	0.06	0.14	0.07	0.18	0.07	0.07	0.07	0.07	0.09	0.07	0.06	0.31	0.13	0.23	0.22	0.22	0.20	0.27
OP1	0.08	0.04	0.29	0.16	0.03	0.27	0.05	0.32	0.08	0.03	0.06	0.05	0.13	0.06	0.03	0.25	0.18	0.37	0.36	0.33	0.24	0.38
OP2	0.24	0.26	0.51	0.43	0.26	0.14	0.28	0.10	0.28	0.28	0.27	0.25	0.29	0.29	0.26	0.40	0.20	0.09	0.05	0.06	0.16	0.07
P	0.11	0.11	0.41	0.31	0.13	0.12	0.16	0.13	0.18	0.16	0.15	0.10	0.21	0.18	0.13	0.32	0.14	0.19	0.14	0.12	0.13	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.20	0.00	0.09	0.17	0.38	0.19
C2	0.02	0.00	0.22	0.13	0.00	0.11	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.12	0.17	0.20	0.19	0.20	0.29	0.24
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.12	0.00	0.08	0.12	0.12	0.09	0.18	0.21	0.10	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.07	0.26	0.49	0.26
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.16	0.00	0.24	0.00	0.24	0.24	0.19	0.09	0.28	0.28	0.15	0.00	0.00	0.01	0.20	0.08	0.16	0.12
C4	0.01	0.00	0.12	0.16	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.08	0.10	0.08	0.14	0.30	0.17
C4'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.03	0.19	0.05	0.11	0.07	0.17	0.06	0.17	0.00	0.00	0.01	0.03	0.16	0.04
C5	0.01	0.00	0.08	0.24	0.00	0.07	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.05	0.03	0.04	0.09	0.22	0.10
C5'	0.04	0.14	0.12	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.02	0.18	0.07	0.14	0.07	0.17	0.03	0.04	0.14	0.01	0.00	0.05	0.10	0.00
C6	0.01	0.00	0.12	0.24	0.00	0.03	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.04	0.08	0.04	0.08	0.19	0.11
C8	0.01	0.00	0.09	0.24	0.00	0.19	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.29	0.11	0.13	0.19	0.14	0.27	0.14
N1	0.02	0.00	0.18	0.19	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.16	0.12	0.14	0.23	0.18
N3	0.02	0.00	0.21	0.09	0.00	0.11	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.20	0.20	0.20	0.22	0.34	0.25
N6	0.01	0.00	0.10	0.28	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.10	0.05	0.07	0.06	0.14	0.06
N7	0.01	0.01	0.03	0.28	0.00	0.17	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.27	0.14	0.08	0.18	0.13	0.20	0.13
N9	0.00	0.00	0.01	0.15	0.00	0.06	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.13	0.04	0.01	0.02	0.13	0.33	0.15
O2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.04	0.17	0.15	0.04	0.10	0.29	0.03	0.13	0.15	0.27	0.13	0.00	0.02	0.11	0.02	0.19	0.52	0.22
O3'	0.20	0.17	0.02	0.00	0.08	0.00	0.05	0.14	0.04	0.11	0.08	0.20	0.10	0.14	0.04	0.02	0.00	0.13	0.33	0.36	0.22	0.30
O4'	0.00	0.20	0.01	0.01	0.10	0.00	0.03	0.01	0.08	0.13	0.16	0.20	0.05	0.08	0.01	0.11	0.13	0.00	0.13	0.12	0.28	0.14
O5'	0.09	0.19	0.07	0.20	0.08	0.01	0.04	0.00	0.04	0.19	0.12	0.20	0.07	0.18	0.02	0.02	0.33	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.17	0.20	0.26	0.08	0.14	0.03	0.09	0.05	0.08	0.14	0.14	0.22	0.06	0.13	0.13	0.19	0.36	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.38	0.29	0.49	0.16	0.30	0.16	0.22	0.10	0.19	0.27	0.23	0.34	0.14	0.20	0.33	0.52	0.22	0.28	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.19	0.24	0.26	0.12	0.17	0.04	0.10	0.00	0.11	0.14	0.18	0.25	0.06	0.13	0.15	0.22	0.30	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00