ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54860

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 13, 26, 35, 24, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.035, 0.078, 0.120, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.078 std_dev=0.043
C2 B 0, 0.204, 0.352, 0.500, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.352 std_dev=0.148
C4 B 0, 0.146, 0.295, 0.443, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.295 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.166, 0.320, 0.475, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.320 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.219, 0.379, 0.539, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.379 std_dev=0.160
O4' A 0, 0.066, 0.250, 0.434, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.250 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.095, 0.296, 0.497, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.296 std_dev=0.201
N9 B 0, 0.202, 0.409, 0.616, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.409 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.301, 0.512, 0.722, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.512 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.246, 0.471, 0.697, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.471 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.259, 0.490, 0.722, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.490 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.528, 0.821, 1.114, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.821 std_dev=0.293
C4' A 0, 0.114, 0.421, 0.727, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.421 std_dev=0.307
C8 B 0, 0.340, 0.649, 0.959, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.649 std_dev=0.310
N7 B 0, 0.435, 0.772, 1.109, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.772 std_dev=0.337
C3' A 0, 0.136, 0.477, 0.818, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.477 std_dev=0.341
O2' A 0, 0.061, 0.408, 0.755, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.408 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.296, 0.661, 1.026, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.661 std_dev=0.365
C2' B 0, 0.292, 0.660, 1.029, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.660 std_dev=0.368
O5' A 0, 0.260, 0.646, 1.033, 2.190 max_d=2.190 avg_d=0.646 std_dev=0.386
C5' A 0, 0.282, 0.679, 1.075, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.679 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.294, 0.772, 1.250, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.772 std_dev=0.478
C3' B 0, 0.474, 0.967, 1.461, 3.624 max_d=3.624 avg_d=0.967 std_dev=0.493
P A 0, 0.502, 1.007, 1.512, 3.216 max_d=3.216 avg_d=1.007 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.433, 0.946, 1.459, 3.260 max_d=3.260 avg_d=0.946 std_dev=0.513
O3' A 0, 0.149, 0.721, 1.293, 3.064 max_d=3.064 avg_d=0.721 std_dev=0.572
OP1 A 0, 0.706, 1.302, 1.898, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.302 std_dev=0.596
C5' B 0, 0.607, 1.275, 1.942, 5.641 max_d=5.641 avg_d=1.275 std_dev=0.667
O5' B 0, 0.795, 1.469, 2.143, 6.447 max_d=6.447 avg_d=1.469 std_dev=0.674
O3' B 0, 0.691, 1.373, 2.055, 5.166 max_d=5.166 avg_d=1.373 std_dev=0.682
OP2 A 0, 0.378, 1.103, 1.828, 6.163 max_d=6.163 avg_d=1.103 std_dev=0.725
P B 0, 1.414, 2.338, 3.261, 8.907 max_d=8.907 avg_d=2.338 std_dev=0.923
OP2 B 0, 1.560, 2.556, 3.552, 10.319 max_d=10.319 avg_d=2.556 std_dev=0.996
OP1 B 0, 2.268, 3.340, 4.412, 10.047 max_d=10.047 avg_d=3.340 std_dev=1.072

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.16 0.03 0.01 0.13 0.16 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.02 0.04 0.23 0.29 0.31 0.25
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.08 0.03 0.07 0.15 0.00 0.03 0.07 0.01 0.24 0.29 0.31 0.25
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.23 0.01 0.24 0.02 0.21 0.14 0.19 0.13 0.02 0.01 0.25 0.02 0.16 0.23 0.17 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.15 0.01 0.03 0.33 0.42 0.50 0.38
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.05 0.16 0.02 0.11 0.01 0.02 0.12 0.17 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.19 0.01 0.05 0.34 0.41 0.49 0.38
C5' 0.04 0.09 0.09 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.07 0.09 0.12 0.18 0.01 0.01 0.16 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.01 0.06 0.29 0.32 0.37 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.02 0.02 0.21 0.25 0.27 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.01 0.03 0.28 0.37 0.41 0.32
O2 0.03 0.01 0.15 0.13 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.22 0.02 0.07 0.19 0.25 0.26 0.21
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.19 0.16 0.19 0.09 0.15 0.11 0.17 0.14 0.00 0.06 0.21 0.11 0.14 0.21 0.33 0.19
O3' 0.16 0.12 0.03 0.01 0.15 0.02 0.19 0.12 0.15 0.07 0.11 0.22 0.06 0.00 0.19 0.11 0.20 0.36 0.30 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.19 0.00 0.04 0.35 0.47 0.56 0.42
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.11 0.11 0.04 0.00 0.09 0.11 0.22 0.13
O5' 0.13 0.23 0.24 0.16 0.33 0.02 0.34 0.01 0.29 0.21 0.28 0.19 0.14 0.20 0.35 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.29 0.29 0.23 0.42 0.12 0.41 0.16 0.32 0.25 0.37 0.25 0.21 0.36 0.47 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.31 0.31 0.17 0.50 0.17 0.49 0.21 0.37 0.27 0.41 0.26 0.33 0.30 0.56 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.25 0.25 0.14 0.38 0.04 0.38 0.02 0.30 0.22 0.32 0.21 0.19 0.24 0.42 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.27 0.34 0.12 0.28 0.12 0.41 0.13 0.11 0.12 0.14 0.19 0.12 0.12 0.25 0.37 0.20 0.42 0.54 0.56 0.52
C2 0.13 0.13 0.23 0.31 0.11 0.24 0.11 0.36 0.13 0.11 0.11 0.14 0.19 0.12 0.11 0.21 0.32 0.17 0.39 0.49 0.50 0.47
C2' 0.25 0.21 0.37 0.43 0.20 0.36 0.17 0.46 0.17 0.18 0.17 0.23 0.20 0.17 0.21 0.37 0.50 0.28 0.41 0.50 0.52 0.49
C3' 0.25 0.23 0.35 0.42 0.23 0.35 0.23 0.45 0.23 0.23 0.22 0.24 0.27 0.23 0.23 0.33 0.47 0.29 0.40 0.49 0.51 0.48
C4 0.10 0.14 0.17 0.25 0.10 0.17 0.10 0.27 0.11 0.11 0.11 0.13 0.17 0.13 0.10 0.20 0.24 0.14 0.39 0.48 0.49 0.45
C4' 0.15 0.14 0.28 0.35 0.13 0.28 0.12 0.41 0.14 0.12 0.12 0.15 0.19 0.13 0.13 0.25 0.40 0.21 0.41 0.52 0.55 0.51
C5 0.11 0.14 0.18 0.26 0.10 0.18 0.11 0.29 0.11 0.11 0.10 0.13 0.17 0.13 0.10 0.20 0.26 0.14 0.40 0.50 0.51 0.47
C5' 0.17 0.16 0.28 0.35 0.15 0.28 0.16 0.41 0.17 0.16 0.15 0.17 0.22 0.17 0.15 0.24 0.38 0.21 0.41 0.53 0.56 0.51
C6 0.11 0.13 0.21 0.29 0.10 0.21 0.11 0.33 0.12 0.11 0.10 0.13 0.18 0.12 0.10 0.21 0.30 0.16 0.40 0.52 0.52 0.49
N1 0.13 0.13 0.24 0.31 0.11 0.24 0.11 0.37 0.13 0.11 0.11 0.14 0.19 0.12 0.11 0.22 0.33 0.18 0.40 0.52 0.52 0.49
N3 0.11 0.14 0.20 0.27 0.10 0.20 0.11 0.30 0.12 0.10 0.10 0.13 0.18 0.12 0.10 0.20 0.27 0.15 0.38 0.47 0.47 0.44
O2 0.15 0.13 0.27 0.33 0.12 0.27 0.11 0.40 0.14 0.11 0.13 0.15 0.18 0.12 0.12 0.24 0.36 0.20 0.40 0.50 0.51 0.49
O2' 0.23 0.21 0.36 0.43 0.21 0.37 0.22 0.49 0.24 0.22 0.23 0.22 0.29 0.23 0.22 0.35 0.51 0.29 0.46 0.55 0.62 0.56
O3' 0.28 0.24 0.42 0.47 0.23 0.39 0.21 0.47 0.21 0.23 0.20 0.26 0.24 0.22 0.25 0.40 0.55 0.30 0.42 0.49 0.53 0.49
O4 0.10 0.15 0.15 0.23 0.10 0.15 0.11 0.23 0.10 0.12 0.12 0.13 0.15 0.14 0.10 0.21 0.22 0.13 0.39 0.48 0.50 0.44
O4' 0.15 0.14 0.26 0.33 0.13 0.27 0.13 0.41 0.14 0.13 0.13 0.15 0.20 0.14 0.13 0.23 0.36 0.19 0.44 0.57 0.59 0.55
O5' 0.28 0.28 0.33 0.40 0.28 0.35 0.30 0.45 0.31 0.30 0.28 0.28 0.34 0.32 0.29 0.30 0.40 0.32 0.52 0.62 0.63 0.60
OP1 0.40 0.37 0.42 0.48 0.41 0.46 0.44 0.55 0.44 0.45 0.39 0.38 0.48 0.47 0.42 0.39 0.47 0.45 0.61 0.71 0.71 0.69
OP2 0.42 0.40 0.43 0.49 0.43 0.46 0.47 0.53 0.47 0.48 0.43 0.40 0.52 0.50 0.44 0.40 0.46 0.45 0.62 0.71 0.74 0.69
P 0.34 0.32 0.37 0.44 0.34 0.40 0.37 0.49 0.36 0.37 0.33 0.32 0.41 0.39 0.35 0.33 0.42 0.38 0.57 0.68 0.68 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.00 0.15 0.18 0.19 0.13
C2 0.03 0.00 0.17 0.22 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.25 0.13 0.31 0.37 0.35 0.35
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.10 0.10 0.08 0.14 0.17 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.36 0.32 0.29
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.19 0.20 0.20 0.21 0.20 0.20 0.11 0.02 0.01 0.02 0.22 0.33 0.14 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.07 0.28 0.29 0.28 0.26
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.08 0.14 0.13 0.16 0.08 0.12 0.05 0.14 0.03 0.00 0.02 0.13 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.04 0.36 0.36 0.40 0.34
C5' 0.05 0.26 0.10 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.16 0.20 0.22 0.24 0.16 0.18 0.08 0.07 0.11 0.02 0.01 0.15 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.07 0.36 0.39 0.42 0.37
C8 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.16 0.09 0.41 0.35 0.44 0.37
N1 0.03 0.00 0.14 0.20 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.10 0.33 0.39 0.38 0.37
N3 0.03 0.00 0.17 0.21 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.13 0.27 0.31 0.28 0.29
N6 0.02 0.02 0.08 0.20 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.15 0.06 0.40 0.44 0.51 0.43
N7 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.16 0.06 0.44 0.40 0.52 0.42
N9 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.02 0.27 0.24 0.26 0.22
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.11 0.14 0.15 0.07 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.18 0.09 0.00 0.04 0.10 0.17 0.29 0.35 0.23
O3' 0.14 0.25 0.02 0.01 0.12 0.03 0.11 0.11 0.14 0.16 0.19 0.24 0.15 0.16 0.07 0.04 0.00 0.10 0.22 0.39 0.23 0.24
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.10 0.13 0.06 0.06 0.02 0.10 0.10 0.00 0.08 0.09 0.21 0.12
O5' 0.15 0.31 0.27 0.22 0.28 0.02 0.36 0.01 0.36 0.41 0.33 0.27 0.40 0.44 0.27 0.17 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.37 0.36 0.33 0.29 0.13 0.36 0.15 0.39 0.35 0.39 0.31 0.44 0.40 0.24 0.29 0.39 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.35 0.32 0.14 0.28 0.16 0.40 0.23 0.42 0.44 0.38 0.28 0.51 0.52 0.26 0.35 0.23 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.35 0.29 0.20 0.26 0.03 0.34 0.02 0.37 0.37 0.37 0.29 0.43 0.42 0.22 0.23 0.24 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00