ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54861

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 6, 15, 9, 9, 7, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.007, 0.056, 0.104, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.056 std_dev=0.048
C6 B 0, 0.165, 0.316, 0.466, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.316 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.147, 0.312, 0.477, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.312 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.191, 0.372, 0.552, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.372 std_dev=0.181
O4' A 0, -0.006, 0.179, 0.364, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.179 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.011, 0.212, 0.413, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.212 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.366, 0.571, 0.775, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.571 std_dev=0.204
N6 B 0, 0.183, 0.389, 0.594, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.389 std_dev=0.205
N3 B 0, 0.306, 0.516, 0.726, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.516 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.232, 0.454, 0.675, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.454 std_dev=0.221
C4' A 0, 0.053, 0.329, 0.606, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.329 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.502, 0.798, 1.095, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.798 std_dev=0.296
C3' A 0, 0.049, 0.364, 0.678, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.364 std_dev=0.315
N7 B 0, 0.271, 0.617, 0.962, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.617 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.630, 0.990, 1.351, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.990 std_dev=0.361
C5' A 0, 0.189, 0.551, 0.914, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.551 std_dev=0.362
O2' A 0, -0.037, 0.331, 0.700, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.331 std_dev=0.368
O5' A 0, 0.247, 0.621, 0.995, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.621 std_dev=0.374
C8 B 0, 0.422, 0.809, 1.196, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.809 std_dev=0.387
C2' B 0, 0.735, 1.146, 1.558, 2.073 max_d=2.073 avg_d=1.146 std_dev=0.411
P A 0, 0.334, 0.766, 1.198, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.766 std_dev=0.432
O4' B 0, 0.551, 0.988, 1.425, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.988 std_dev=0.437
C3' B 0, 0.707, 1.177, 1.647, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.177 std_dev=0.470
O3' A 0, 0.061, 0.578, 1.096, 2.586 max_d=2.586 avg_d=0.578 std_dev=0.517
C4' B 0, 0.606, 1.127, 1.648, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.127 std_dev=0.521
O2' B 0, 0.810, 1.336, 1.862, 2.753 max_d=2.753 avg_d=1.336 std_dev=0.526
OP2 A 0, 0.302, 0.854, 1.405, 3.381 max_d=3.381 avg_d=0.854 std_dev=0.551
O3' B 0, 0.819, 1.393, 1.967, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.393 std_dev=0.574
C5' B 0, 0.521, 1.171, 1.821, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.171 std_dev=0.650
O5' B 0, 0.703, 1.392, 2.080, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.392 std_dev=0.689
OP1 A 0, 0.236, 0.970, 1.705, 3.775 max_d=3.775 avg_d=0.970 std_dev=0.734
OP2 B 0, 0.879, 1.657, 2.435, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.657 std_dev=0.778
P B 0, 0.815, 1.606, 2.396, 3.405 max_d=3.405 avg_d=1.606 std_dev=0.790
OP1 B 0, 1.071, 1.957, 2.842, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.957 std_dev=0.885

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.14 0.02 0.00 0.14 0.20 0.22 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.04 0.26 0.42 0.31 0.26
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.09 0.02 0.07 0.18 0.00 0.02 0.05 0.01 0.26 0.28 0.32 0.28
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.20 0.13 0.18 0.15 0.03 0.01 0.22 0.02 0.19 0.24 0.16 0.16
C4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.00 0.02 0.39 0.63 0.50 0.41
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.06 0.16 0.02 0.11 0.00 0.02 0.12 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.19 0.01 0.05 0.41 0.62 0.49 0.41
C5' 0.04 0.10 0.10 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.09 0.08 0.11 0.19 0.01 0.01 0.19 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.16 0.01 0.06 0.35 0.48 0.35 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.01 0.01 0.25 0.37 0.27 0.23
N3 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.01 0.03 0.33 0.53 0.41 0.34
O2 0.03 0.01 0.18 0.15 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.19 0.01 0.07 0.21 0.35 0.27 0.22
O2' 0.02 0.13 0.00 0.03 0.20 0.16 0.20 0.08 0.17 0.11 0.17 0.13 0.00 0.05 0.22 0.11 0.16 0.19 0.34 0.22
O3' 0.14 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.11 0.16 0.06 0.11 0.19 0.05 0.00 0.18 0.10 0.20 0.39 0.21 0.23
O4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.00 0.03 0.42 0.69 0.57 0.45
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.11 0.10 0.03 0.00 0.08 0.11 0.30 0.14
O5' 0.14 0.26 0.26 0.19 0.39 0.02 0.41 0.01 0.35 0.25 0.33 0.21 0.16 0.20 0.42 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.42 0.28 0.24 0.63 0.12 0.62 0.19 0.48 0.37 0.53 0.35 0.19 0.39 0.69 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.31 0.32 0.16 0.50 0.23 0.49 0.27 0.35 0.27 0.41 0.27 0.34 0.21 0.57 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.28 0.16 0.41 0.04 0.41 0.02 0.32 0.23 0.34 0.22 0.22 0.23 0.45 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.28 0.33 0.14 0.21 0.13 0.24 0.14 0.13 0.13 0.18 0.20 0.14 0.15 0.29 0.41 0.16 0.37 0.53 0.42 0.38
C2 0.16 0.18 0.25 0.29 0.14 0.19 0.13 0.22 0.14 0.13 0.13 0.18 0.20 0.14 0.14 0.25 0.35 0.14 0.38 0.53 0.41 0.38
C2' 0.28 0.25 0.38 0.40 0.22 0.30 0.18 0.30 0.17 0.20 0.19 0.28 0.21 0.18 0.23 0.41 0.48 0.27 0.38 0.49 0.41 0.37
C3' 0.28 0.26 0.34 0.36 0.25 0.29 0.23 0.30 0.22 0.24 0.22 0.27 0.25 0.23 0.26 0.37 0.43 0.29 0.39 0.51 0.44 0.39
C4 0.15 0.21 0.20 0.24 0.14 0.16 0.14 0.22 0.14 0.14 0.17 0.19 0.18 0.15 0.14 0.20 0.29 0.13 0.42 0.58 0.47 0.44
C4' 0.19 0.17 0.28 0.32 0.15 0.21 0.13 0.22 0.14 0.14 0.13 0.18 0.19 0.14 0.15 0.30 0.41 0.18 0.36 0.53 0.42 0.37
C5 0.15 0.20 0.21 0.25 0.14 0.16 0.14 0.22 0.14 0.14 0.16 0.19 0.18 0.15 0.14 0.21 0.31 0.13 0.42 0.58 0.48 0.44
C5' 0.20 0.18 0.26 0.29 0.17 0.21 0.17 0.23 0.17 0.17 0.16 0.19 0.22 0.18 0.18 0.29 0.38 0.21 0.39 0.56 0.45 0.41
C6 0.16 0.19 0.23 0.27 0.14 0.17 0.13 0.22 0.14 0.13 0.15 0.18 0.19 0.15 0.13 0.24 0.34 0.14 0.40 0.57 0.46 0.42
N1 0.16 0.18 0.25 0.29 0.14 0.19 0.13 0.22 0.14 0.13 0.13 0.18 0.20 0.14 0.14 0.26 0.37 0.14 0.38 0.54 0.43 0.39
N3 0.15 0.20 0.22 0.26 0.14 0.17 0.13 0.21 0.14 0.13 0.15 0.18 0.20 0.14 0.13 0.21 0.31 0.13 0.40 0.55 0.43 0.41
O2 0.18 0.15 0.28 0.31 0.14 0.20 0.13 0.23 0.15 0.13 0.14 0.17 0.20 0.14 0.15 0.28 0.38 0.16 0.36 0.51 0.39 0.36
O2' 0.25 0.21 0.36 0.39 0.21 0.28 0.23 0.28 0.26 0.23 0.23 0.23 0.33 0.25 0.22 0.39 0.49 0.25 0.37 0.47 0.43 0.38
O3' 0.32 0.27 0.38 0.39 0.26 0.33 0.23 0.32 0.22 0.26 0.22 0.29 0.25 0.24 0.28 0.43 0.46 0.32 0.40 0.48 0.44 0.39
O4 0.15 0.21 0.18 0.22 0.15 0.16 0.14 0.22 0.15 0.15 0.20 0.19 0.17 0.16 0.14 0.17 0.26 0.14 0.45 0.60 0.50 0.47
O4' 0.18 0.17 0.28 0.32 0.15 0.21 0.15 0.24 0.16 0.14 0.15 0.18 0.21 0.16 0.15 0.29 0.41 0.16 0.39 0.57 0.44 0.40
O5' 0.31 0.34 0.33 0.35 0.32 0.29 0.34 0.31 0.36 0.33 0.35 0.33 0.40 0.35 0.32 0.34 0.41 0.31 0.52 0.66 0.56 0.54
OP1 0.52 0.51 0.52 0.54 0.55 0.52 0.60 0.54 0.61 0.60 0.56 0.51 0.68 0.63 0.55 0.51 0.57 0.54 0.73 0.86 0.81 0.76
OP2 0.42 0.42 0.39 0.41 0.43 0.40 0.47 0.43 0.48 0.47 0.44 0.41 0.53 0.50 0.44 0.39 0.43 0.44 0.64 0.77 0.69 0.66
P 0.33 0.34 0.32 0.34 0.34 0.31 0.37 0.33 0.38 0.36 0.36 0.33 0.43 0.39 0.34 0.34 0.39 0.34 0.56 0.73 0.62 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.16 0.26 0.16 0.14
C2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.25 0.05 0.32 0.49 0.33 0.33
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.16 0.07 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.22 0.32 0.14 0.18
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.11 0.01 0.09 0.03 0.13 0.12 0.17 0.19 0.12 0.10 0.05 0.08 0.01 0.01 0.29 0.38 0.17 0.24
C4 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.02 0.34 0.45 0.29 0.31
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.42 0.51 0.38 0.40
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.16 0.14 0.11 0.16 0.17 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.18 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.03 0.43 0.55 0.42 0.42
C8 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.42 0.43 0.30 0.36
N1 0.02 0.00 0.13 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.22 0.04 0.38 0.54 0.39 0.39
N3 0.02 0.00 0.16 0.19 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.22 0.05 0.28 0.44 0.27 0.28
N6 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.02 0.16 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.16 0.03 0.47 0.59 0.49 0.47
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.13 0.03 0.46 0.51 0.41 0.43
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.31 0.38 0.22 0.26
O2' 0.03 0.15 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.12 0.15 0.07 0.04 0.03 0.00 0.13 0.05 0.09 0.21 0.14 0.09
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.13 0.02 0.12 0.05 0.16 0.14 0.22 0.22 0.16 0.13 0.05 0.13 0.00 0.02 0.23 0.40 0.24 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.19 0.24 0.13
O5' 0.16 0.32 0.22 0.29 0.34 0.01 0.42 0.01 0.43 0.42 0.38 0.28 0.47 0.46 0.31 0.09 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.26 0.49 0.32 0.38 0.45 0.15 0.51 0.18 0.55 0.43 0.54 0.44 0.59 0.51 0.38 0.21 0.40 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.33 0.14 0.17 0.29 0.20 0.38 0.31 0.42 0.30 0.39 0.27 0.49 0.41 0.22 0.14 0.24 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.33 0.18 0.24 0.31 0.03 0.40 0.01 0.42 0.36 0.39 0.28 0.47 0.43 0.26 0.09 0.24 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00