ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54862

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 10, 7, 13, 11, 4, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.028, 0.054, 0.081, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.054 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.023, 0.089, 0.155, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.089 std_dev=0.066
N1 B 0, 0.277, 0.413, 0.549, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.413 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.327, 0.477, 0.626, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.477 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.354, 0.533, 0.712, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.533 std_dev=0.179
O4' A 0, 0.662, 0.852, 1.041, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.852 std_dev=0.190
C2' A 0, 0.718, 0.920, 1.122, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.920 std_dev=0.202
C6 B 0, 0.233, 0.440, 0.647, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.440 std_dev=0.207
C4 B 0, 0.276, 0.489, 0.702, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.489 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.231, 0.481, 0.731, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.481 std_dev=0.250
C4' A 0, 1.185, 1.479, 1.773, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.479 std_dev=0.294
N6 B 0, 0.298, 0.596, 0.894, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.596 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.336, 0.638, 0.940, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.638 std_dev=0.302
C3' A 0, 1.306, 1.613, 1.920, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.613 std_dev=0.307
O2' A 0, 1.526, 1.844, 2.161, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.844 std_dev=0.317
N7 B 0, 0.324, 0.679, 1.034, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.679 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.370, 0.728, 1.085, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.728 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.475, 0.836, 1.196, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.836 std_dev=0.360
O5' A 0, 1.032, 1.422, 1.812, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.422 std_dev=0.390
C5' A 0, 1.331, 1.758, 2.184, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.758 std_dev=0.426
C2' B 0, 0.536, 1.020, 1.505, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.020 std_dev=0.484
O3' A 0, 2.159, 2.672, 3.184, 3.137 max_d=3.137 avg_d=2.672 std_dev=0.513
P A 0, 1.073, 1.606, 2.140, 4.033 max_d=4.033 avg_d=1.606 std_dev=0.533
O2' B 0, 0.783, 1.324, 1.865, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.324 std_dev=0.541
O4' B 0, 0.554, 1.105, 1.655, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.105 std_dev=0.551
OP2 A 0, 1.288, 1.859, 2.430, 4.566 max_d=4.566 avg_d=1.859 std_dev=0.571
OP1 A 0, 1.597, 2.272, 2.947, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.272 std_dev=0.675
C4' B 0, 0.733, 1.420, 2.106, 3.981 max_d=3.981 avg_d=1.420 std_dev=0.687
C3' B 0, 0.675, 1.365, 2.054, 4.307 max_d=4.307 avg_d=1.365 std_dev=0.690
O3' B 0, 0.823, 1.764, 2.706, 5.809 max_d=5.809 avg_d=1.764 std_dev=0.942
C5' B 0, 0.665, 1.724, 2.782, 6.397 max_d=6.397 avg_d=1.724 std_dev=1.058
O5' B 0, 0.533, 1.735, 2.938, 6.515 max_d=6.515 avg_d=1.735 std_dev=1.202
P B 0, 0.477, 2.147, 3.817, 9.283 max_d=9.283 avg_d=2.147 std_dev=1.670
OP1 B 0, 0.866, 2.658, 4.450, 10.646 max_d=10.646 avg_d=2.658 std_dev=1.792
OP2 B 0, 0.435, 2.357, 4.278, 11.120 max_d=11.120 avg_d=2.357 std_dev=1.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.00 0.15 0.21 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.01 0.03 0.27 0.33 0.35 0.28
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.06 0.11 0.00 0.02 0.05 0.01 0.21 0.25 0.28 0.22
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.14 0.09 0.12 0.10 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.25 0.28 0.19
C4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.00 0.03 0.38 0.53 0.61 0.46
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.03 0.11 0.02 0.08 0.00 0.02 0.20 0.20 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.03 0.39 0.55 0.63 0.48
C5' 0.04 0.09 0.07 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.13 0.06 0.07 0.08 0.18 0.02 0.01 0.18 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.04 0.35 0.43 0.46 0.38
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.26 0.31 0.30 0.26
N3 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.01 0.03 0.32 0.43 0.48 0.37
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.15 0.02 0.05 0.22 0.29 0.28 0.22
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.11 0.11 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.13 0.00 0.05 0.12 0.08 0.12 0.28 0.30 0.21
O3' 0.09 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.15 0.08 0.13 0.05 0.09 0.15 0.05 0.00 0.14 0.07 0.21 0.39 0.38 0.26
O4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.00 0.03 0.39 0.58 0.69 0.50
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.00 0.10 0.19 0.19 0.13
O5' 0.15 0.27 0.21 0.20 0.38 0.02 0.39 0.01 0.35 0.26 0.32 0.22 0.12 0.21 0.39 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.33 0.25 0.25 0.53 0.20 0.55 0.18 0.43 0.31 0.43 0.29 0.28 0.39 0.58 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.35 0.28 0.28 0.61 0.20 0.63 0.24 0.46 0.30 0.48 0.28 0.30 0.38 0.69 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.28 0.22 0.19 0.46 0.07 0.48 0.01 0.38 0.26 0.37 0.22 0.21 0.26 0.50 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.17 0.36 0.42 0.16 0.40 0.18 0.61 0.22 0.16 0.19 0.19 0.30 0.19 0.17 0.42 0.54 0.33 0.51 0.79 0.70 0.70
C2 0.18 0.17 0.31 0.37 0.16 0.34 0.18 0.53 0.22 0.16 0.18 0.18 0.30 0.19 0.16 0.35 0.45 0.29 0.46 0.67 0.62 0.60
C2' 0.29 0.25 0.46 0.52 0.23 0.46 0.22 0.65 0.24 0.21 0.24 0.27 0.29 0.21 0.24 0.52 0.65 0.37 0.52 0.84 0.70 0.72
C3' 0.29 0.26 0.46 0.52 0.25 0.45 0.25 0.63 0.27 0.25 0.26 0.28 0.33 0.26 0.26 0.51 0.64 0.36 0.50 0.82 0.67 0.69
C4 0.16 0.20 0.23 0.29 0.16 0.26 0.18 0.41 0.19 0.19 0.16 0.18 0.29 0.22 0.16 0.25 0.33 0.24 0.44 0.54 0.66 0.52
C4' 0.22 0.19 0.38 0.45 0.18 0.41 0.19 0.62 0.22 0.18 0.19 0.20 0.30 0.20 0.18 0.43 0.57 0.34 0.51 0.81 0.69 0.70
C5 0.16 0.19 0.24 0.30 0.16 0.27 0.18 0.44 0.19 0.19 0.16 0.18 0.28 0.22 0.16 0.27 0.36 0.25 0.45 0.58 0.66 0.55
C5' 0.22 0.20 0.37 0.44 0.19 0.40 0.21 0.60 0.24 0.20 0.21 0.21 0.32 0.23 0.20 0.41 0.55 0.32 0.49 0.77 0.68 0.67
C6 0.17 0.18 0.28 0.34 0.15 0.31 0.18 0.50 0.20 0.17 0.16 0.18 0.29 0.21 0.15 0.32 0.42 0.27 0.46 0.65 0.65 0.59
N1 0.18 0.17 0.32 0.37 0.16 0.35 0.18 0.55 0.21 0.16 0.17 0.19 0.30 0.20 0.15 0.36 0.47 0.29 0.47 0.70 0.65 0.62
N3 0.16 0.19 0.26 0.31 0.15 0.29 0.18 0.45 0.21 0.17 0.16 0.18 0.30 0.20 0.15 0.28 0.37 0.26 0.43 0.57 0.61 0.53
O2 0.20 0.17 0.35 0.41 0.17 0.38 0.19 0.59 0.23 0.17 0.21 0.19 0.30 0.19 0.17 0.39 0.51 0.33 0.49 0.73 0.65 0.65
O2' 0.30 0.22 0.47 0.54 0.22 0.50 0.21 0.71 0.23 0.22 0.22 0.25 0.28 0.21 0.24 0.55 0.69 0.41 0.59 0.94 0.79 0.82
O3' 0.33 0.27 0.51 0.56 0.26 0.48 0.25 0.65 0.26 0.26 0.25 0.29 0.31 0.25 0.28 0.58 0.70 0.38 0.51 0.87 0.69 0.72
O4 0.17 0.21 0.21 0.27 0.17 0.24 0.19 0.36 0.19 0.21 0.19 0.19 0.27 0.24 0.18 0.22 0.29 0.23 0.46 0.49 0.72 0.51
O4' 0.19 0.16 0.33 0.40 0.15 0.38 0.17 0.60 0.21 0.16 0.17 0.18 0.30 0.19 0.15 0.39 0.51 0.33 0.51 0.79 0.71 0.70
O5' 0.35 0.34 0.43 0.48 0.34 0.45 0.35 0.60 0.36 0.35 0.34 0.35 0.41 0.37 0.34 0.46 0.56 0.42 0.55 0.76 0.69 0.67
OP1 0.46 0.44 0.53 0.57 0.46 0.55 0.49 0.68 0.50 0.49 0.46 0.44 0.56 0.52 0.47 0.54 0.64 0.51 0.62 0.82 0.77 0.75
OP2 0.51 0.49 0.53 0.55 0.51 0.53 0.55 0.59 0.56 0.55 0.52 0.49 0.63 0.58 0.52 0.55 0.59 0.55 0.72 0.82 0.87 0.78
P 0.37 0.36 0.44 0.49 0.37 0.46 0.40 0.60 0.41 0.40 0.38 0.37 0.47 0.42 0.38 0.45 0.56 0.44 0.59 0.77 0.75 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.18 0.21 0.23 0.14
C2 0.03 0.00 0.22 0.28 0.01 0.26 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.31 0.22 0.41 0.51 0.50 0.47
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.06 0.12 0.11 0.18 0.22 0.10 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.19 0.29 0.18 0.16
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.03 0.18 0.20 0.24 0.27 0.18 0.18 0.09 0.02 0.01 0.02 0.23 0.36 0.16 0.21
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.12 0.35 0.31 0.46 0.31
C4' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.18 0.19 0.25 0.10 0.14 0.05 0.10 0.03 0.00 0.02 0.21 0.15 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.06 0.44 0.34 0.66 0.42
C5' 0.04 0.42 0.06 0.03 0.20 0.01 0.17 0.00 0.23 0.28 0.34 0.38 0.21 0.24 0.10 0.07 0.08 0.02 0.01 0.18 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.10 0.43 0.38 0.66 0.44
C8 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.18 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.18 0.13 0.57 0.41 0.79 0.56
N1 0.03 0.00 0.18 0.24 0.01 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.26 0.18 0.41 0.46 0.56 0.45
N3 0.03 0.00 0.22 0.27 0.00 0.25 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.22 0.36 0.45 0.42 0.40
N6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.07 0.48 0.41 0.79 0.51
N7 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.14 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.17 0.07 0.57 0.44 0.88 0.59
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.35 0.24 0.46 0.29
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.16 0.17 0.20 0.11 0.14 0.07 0.00 0.07 0.07 0.10 0.22 0.13 0.09
O3' 0.10 0.31 0.03 0.01 0.15 0.03 0.13 0.08 0.18 0.18 0.26 0.29 0.18 0.17 0.07 0.07 0.00 0.08 0.21 0.45 0.22 0.24
O4' 0.00 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.18 0.22 0.07 0.07 0.01 0.07 0.08 0.00 0.15 0.19 0.22 0.14
O5' 0.18 0.41 0.19 0.23 0.35 0.02 0.44 0.01 0.43 0.57 0.41 0.36 0.48 0.57 0.35 0.10 0.21 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.51 0.29 0.36 0.31 0.21 0.34 0.18 0.38 0.41 0.46 0.45 0.41 0.44 0.24 0.22 0.45 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.50 0.18 0.16 0.46 0.15 0.66 0.22 0.66 0.79 0.56 0.42 0.79 0.88 0.46 0.13 0.22 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.47 0.16 0.21 0.31 0.08 0.42 0.02 0.44 0.56 0.45 0.40 0.51 0.59 0.29 0.09 0.24 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00