ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54863

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 7, 7, 11, 10, 7, 3, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.016, 0.028, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.034, 0.060, 0.086, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.060 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.034, 0.089, 0.144, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.089 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.013, 0.171, 0.328, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.171 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.066, 0.235, 0.404, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.235 std_dev=0.169
C5 B 0, 0.252, 0.479, 0.706, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.479 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.246, 0.477, 0.708, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.477 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.326, 0.558, 0.791, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.558 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.318, 0.553, 0.788, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.553 std_dev=0.235
N1 B 0, 0.267, 0.503, 0.738, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.503 std_dev=0.235
N7 B 0, 0.317, 0.559, 0.801, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.559 std_dev=0.242
C4' A 0, 0.030, 0.274, 0.518, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.274 std_dev=0.244
N6 B 0, 0.292, 0.537, 0.782, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.537 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.230, 0.476, 0.722, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.476 std_dev=0.246
C8 B 0, 0.292, 0.553, 0.814, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.553 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.230, 0.498, 0.767, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.498 std_dev=0.269
C3' A 0, 0.060, 0.351, 0.642, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.351 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.294, 0.592, 0.890, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.592 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.255, 0.558, 0.861, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.558 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.368, 0.672, 0.975, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.672 std_dev=0.304
O2' A 0, 0.050, 0.357, 0.665, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.357 std_dev=0.308
O4' B 0, 0.331, 0.646, 0.961, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.646 std_dev=0.315
C5' A 0, 0.155, 0.471, 0.787, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.471 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.401, 0.731, 1.061, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.731 std_dev=0.330
O2' B 0, 0.366, 0.713, 1.059, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.713 std_dev=0.347
O3' B 0, 0.459, 0.813, 1.166, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.813 std_dev=0.354
O5' B 0, 0.484, 0.847, 1.209, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.847 std_dev=0.362
C5' B 0, 0.509, 0.884, 1.259, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.884 std_dev=0.375
O5' A 0, 0.178, 0.603, 1.028, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.603 std_dev=0.425
OP1 B 0, 0.677, 1.164, 1.650, 2.253 max_d=2.253 avg_d=1.164 std_dev=0.486
O3' A 0, 0.067, 0.558, 1.050, 2.627 max_d=2.627 avg_d=0.558 std_dev=0.492
P B 0, 0.548, 1.050, 1.552, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.050 std_dev=0.502
P A 0, 0.292, 0.892, 1.493, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.892 std_dev=0.600
OP1 A 0, 0.442, 1.138, 1.834, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.138 std_dev=0.696
OP2 B 0, 0.369, 1.171, 1.972, 6.252 max_d=6.252 avg_d=1.171 std_dev=0.801
OP2 A 0, 0.282, 1.099, 1.917, 4.381 max_d=4.381 avg_d=1.099 std_dev=0.817

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.15 0.18 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.24 0.29 0.31 0.23
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.09 0.02 0.07 0.15 0.01 0.02 0.06 0.01 0.27 0.29 0.31 0.29
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.18 0.00 0.20 0.03 0.18 0.11 0.15 0.13 0.02 0.01 0.20 0.02 0.19 0.27 0.25 0.18
C4 0.01 0.01 0.05 0.18 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.00 0.02 0.34 0.44 0.54 0.37
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.05 0.14 0.02 0.09 0.00 0.02 0.14 0.22 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.01 0.04 0.36 0.46 0.56 0.39
C5' 0.06 0.09 0.11 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.09 0.12 0.09 0.06 0.10 0.15 0.01 0.01 0.12 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.05 0.32 0.38 0.41 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01 0.24 0.28 0.28 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.03 0.29 0.36 0.43 0.29
O2 0.04 0.00 0.15 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.20 0.02 0.07 0.21 0.25 0.27 0.19
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.15 0.14 0.15 0.06 0.13 0.08 0.13 0.12 0.00 0.06 0.17 0.09 0.18 0.25 0.35 0.26
O3' 0.12 0.10 0.02 0.01 0.14 0.02 0.19 0.10 0.15 0.05 0.10 0.20 0.06 0.00 0.17 0.10 0.19 0.45 0.35 0.27
O4 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.17 0.00 0.02 0.37 0.48 0.62 0.41
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.07 0.09 0.10 0.02 0.00 0.08 0.09 0.25 0.13
O5' 0.15 0.24 0.27 0.19 0.34 0.02 0.36 0.01 0.32 0.24 0.29 0.21 0.18 0.19 0.37 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.29 0.29 0.27 0.44 0.14 0.46 0.12 0.38 0.28 0.36 0.25 0.25 0.45 0.48 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.31 0.31 0.25 0.54 0.22 0.56 0.24 0.41 0.28 0.43 0.27 0.35 0.35 0.62 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.23 0.29 0.18 0.37 0.05 0.39 0.02 0.31 0.22 0.29 0.19 0.26 0.27 0.41 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.18 0.20 0.13 0.16 0.15 0.20 0.18 0.13 0.16 0.14 0.23 0.15 0.13 0.24 0.26 0.15 0.29 0.31 0.48 0.33
C2 0.13 0.13 0.17 0.18 0.12 0.14 0.15 0.19 0.17 0.13 0.15 0.13 0.23 0.16 0.12 0.22 0.23 0.14 0.30 0.32 0.51 0.35
C2' 0.23 0.21 0.28 0.28 0.19 0.25 0.18 0.24 0.20 0.18 0.21 0.22 0.23 0.18 0.20 0.34 0.34 0.22 0.28 0.28 0.41 0.29
C3' 0.28 0.24 0.29 0.29 0.24 0.29 0.24 0.28 0.24 0.25 0.24 0.25 0.26 0.24 0.25 0.34 0.32 0.29 0.32 0.31 0.44 0.32
C4 0.14 0.17 0.16 0.17 0.13 0.13 0.13 0.22 0.14 0.13 0.14 0.16 0.20 0.15 0.13 0.21 0.21 0.13 0.36 0.36 0.63 0.43
C4' 0.18 0.16 0.20 0.20 0.15 0.19 0.15 0.21 0.17 0.15 0.16 0.16 0.21 0.16 0.15 0.25 0.25 0.19 0.29 0.30 0.47 0.32
C5 0.14 0.16 0.16 0.16 0.13 0.13 0.13 0.21 0.14 0.13 0.13 0.15 0.19 0.15 0.12 0.21 0.21 0.14 0.35 0.36 0.63 0.42
C5' 0.21 0.18 0.19 0.19 0.18 0.21 0.18 0.23 0.18 0.18 0.17 0.19 0.21 0.19 0.18 0.25 0.23 0.23 0.33 0.33 0.53 0.37
C6 0.14 0.14 0.16 0.17 0.12 0.13 0.13 0.20 0.15 0.12 0.13 0.14 0.20 0.14 0.12 0.22 0.22 0.14 0.33 0.34 0.58 0.39
N1 0.14 0.13 0.17 0.18 0.12 0.14 0.14 0.19 0.16 0.13 0.14 0.14 0.22 0.15 0.12 0.22 0.23 0.14 0.30 0.32 0.52 0.36
N3 0.13 0.15 0.16 0.16 0.12 0.13 0.14 0.20 0.16 0.13 0.13 0.14 0.23 0.15 0.12 0.21 0.21 0.13 0.33 0.33 0.57 0.39
O2 0.14 0.13 0.18 0.19 0.14 0.16 0.16 0.19 0.20 0.15 0.18 0.13 0.24 0.17 0.13 0.23 0.24 0.15 0.28 0.30 0.47 0.32
O2' 0.20 0.20 0.22 0.23 0.20 0.22 0.23 0.24 0.26 0.22 0.24 0.19 0.31 0.24 0.20 0.28 0.30 0.23 0.31 0.32 0.44 0.34
O3' 0.33 0.26 0.34 0.32 0.27 0.35 0.25 0.34 0.24 0.28 0.24 0.28 0.26 0.26 0.29 0.41 0.36 0.35 0.37 0.34 0.43 0.35
O4 0.15 0.20 0.17 0.18 0.15 0.14 0.14 0.24 0.14 0.14 0.17 0.18 0.18 0.16 0.14 0.21 0.22 0.14 0.38 0.38 0.68 0.46
O4' 0.15 0.14 0.18 0.20 0.14 0.16 0.15 0.21 0.17 0.14 0.15 0.15 0.22 0.16 0.14 0.23 0.25 0.16 0.31 0.34 0.52 0.36
O5' 0.29 0.28 0.26 0.26 0.29 0.28 0.32 0.32 0.33 0.32 0.31 0.27 0.38 0.34 0.30 0.30 0.28 0.31 0.44 0.45 0.65 0.49
OP1 0.37 0.32 0.30 0.29 0.37 0.36 0.41 0.40 0.42 0.42 0.37 0.33 0.48 0.44 0.38 0.36 0.27 0.41 0.54 0.55 0.75 0.60
OP2 0.47 0.43 0.43 0.43 0.47 0.46 0.51 0.48 0.52 0.52 0.47 0.43 0.58 0.54 0.48 0.45 0.42 0.49 0.58 0.57 0.77 0.62
P 0.31 0.29 0.25 0.24 0.31 0.29 0.34 0.34 0.35 0.35 0.32 0.28 0.40 0.36 0.32 0.30 0.24 0.35 0.47 0.47 0.69 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.16 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.03 0.29 0.27 0.45 0.31
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.11 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.16 0.13
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.13 0.12 0.13 0.11 0.14 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.17 0.24 0.17 0.16
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.30 0.26 0.44 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.06 0.04 0.10 0.13 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.02 0.37 0.34 0.60 0.43
C5' 0.05 0.14 0.03 0.03 0.17 0.01 0.24 0.00 0.24 0.28 0.19 0.11 0.28 0.30 0.17 0.07 0.06 0.02 0.01 0.18 0.22 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.38 0.37 0.65 0.45
C8 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.38 0.30 0.54 0.40
N1 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.03 0.34 0.33 0.57 0.40
N3 0.02 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.03 0.25 0.23 0.37 0.26
N6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.16 0.03 0.42 0.42 0.75 0.52
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.13 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.14 0.03 0.42 0.37 0.68 0.48
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.28 0.23 0.37 0.28
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.03 0.13 0.14 0.09 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.09 0.16 0.17 0.10
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.06 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.14 0.06 0.04 0.00 0.02 0.20 0.28 0.24 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.16 0.19 0.13 0.14
O5' 0.17 0.29 0.14 0.17 0.30 0.02 0.37 0.01 0.38 0.38 0.34 0.25 0.42 0.42 0.28 0.09 0.20 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.27 0.20 0.24 0.26 0.13 0.34 0.18 0.37 0.30 0.33 0.23 0.42 0.37 0.23 0.16 0.28 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.45 0.16 0.17 0.44 0.15 0.60 0.22 0.65 0.54 0.57 0.37 0.75 0.68 0.37 0.17 0.24 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.31 0.13 0.16 0.32 0.03 0.43 0.03 0.45 0.40 0.40 0.26 0.52 0.48 0.28 0.10 0.20 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00