ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54864

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 5, 10, 10, 9, 7, 6, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.016, 0.045, 0.074, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.045 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.008, 0.064, 0.120, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.064 std_dev=0.056
C6 B 0, 0.140, 0.306, 0.473, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.306 std_dev=0.167
N1 B 0, 0.213, 0.380, 0.547, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.380 std_dev=0.167
C5 B 0, 0.167, 0.337, 0.507, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.337 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.165, 0.354, 0.543, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.354 std_dev=0.189
N9 B 0, 0.184, 0.413, 0.642, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.413 std_dev=0.229
C2 B 0, 0.370, 0.606, 0.843, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.606 std_dev=0.236
O4' A 0, -0.034, 0.203, 0.440, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.203 std_dev=0.237
C8 B 0, 0.291, 0.540, 0.789, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.540 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.361, 0.612, 0.863, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.612 std_dev=0.251
C2' A 0, -0.036, 0.238, 0.512, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.238 std_dev=0.274
N6 B 0, 0.236, 0.511, 0.786, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.511 std_dev=0.275
N7 B 0, 0.305, 0.589, 0.874, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.589 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.286, 0.637, 0.988, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.637 std_dev=0.351
C4' A 0, -0.005, 0.375, 0.754, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.375 std_dev=0.379
C3' A 0, 0.055, 0.438, 0.821, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.438 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.105, 0.515, 0.926, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.515 std_dev=0.410
O4' B 0, 0.318, 0.782, 1.245, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.782 std_dev=0.464
P A 0, 0.227, 0.697, 1.167, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.697 std_dev=0.470
C2' B 0, 0.459, 0.963, 1.467, 2.201 max_d=2.201 avg_d=0.963 std_dev=0.504
C5' A 0, 0.004, 0.512, 1.020, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.512 std_dev=0.508
O2' A 0, -0.109, 0.417, 0.944, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.417 std_dev=0.527
O3' A 0, 0.193, 0.775, 1.356, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.775 std_dev=0.582
O2' B 0, 0.622, 1.260, 1.898, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.260 std_dev=0.638
C3' B 0, 0.538, 1.191, 1.845, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.191 std_dev=0.653
C4' B 0, 0.434, 1.093, 1.753, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.093 std_dev=0.660
OP2 A 0, 0.133, 0.820, 1.508, 3.695 max_d=3.695 avg_d=0.820 std_dev=0.687
C5' B 0, 0.435, 1.196, 1.958, 4.561 max_d=4.561 avg_d=1.196 std_dev=0.761
O3' B 0, 0.731, 1.631, 2.531, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.631 std_dev=0.900
OP1 A 0, 0.048, 0.986, 1.924, 4.896 max_d=4.896 avg_d=0.986 std_dev=0.938
O5' B 0, 0.220, 1.289, 2.358, 6.148 max_d=6.148 avg_d=1.289 std_dev=1.069
P B 0, 0.173, 1.496, 2.819, 8.464 max_d=8.464 avg_d=1.496 std_dev=1.323
OP2 B 0, 0.116, 1.678, 3.239, 9.602 max_d=9.602 avg_d=1.678 std_dev=1.562
OP1 B 0, 0.230, 1.874, 3.518, 10.476 max_d=10.476 avg_d=1.874 std_dev=1.644

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.21 0.03 0.01 0.17 0.30 0.18 0.16
C2 0.03 0.00 0.13 0.20 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.02 0.06 0.19 0.46 0.30 0.21
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.13 0.13 0.04 0.10 0.22 0.01 0.02 0.08 0.02 0.32 0.38 0.37 0.35
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.28 0.01 0.27 0.02 0.23 0.17 0.25 0.17 0.03 0.01 0.30 0.02 0.15 0.22 0.14 0.14
C4 0.03 0.02 0.07 0.28 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.17 0.01 0.05 0.27 0.59 0.46 0.30
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.09 0.06 0.22 0.03 0.13 0.01 0.02 0.11 0.14 0.04
C5 0.03 0.02 0.12 0.27 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.29 0.20 0.01 0.07 0.29 0.56 0.44 0.30
C5' 0.05 0.11 0.13 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.16 0.10 0.15 0.10 0.10 0.15 0.21 0.02 0.01 0.17 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.02 0.08 0.26 0.47 0.31 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.17 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.07 0.02 0.03 0.20 0.41 0.25 0.20
N3 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.13 0.01 0.06 0.23 0.54 0.39 0.26
O2 0.05 0.01 0.22 0.17 0.02 0.06 0.03 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.21 0.02 0.11 0.17 0.42 0.27 0.19
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.28 0.22 0.29 0.10 0.24 0.16 0.23 0.16 0.00 0.06 0.30 0.16 0.20 0.27 0.39 0.26
O3' 0.21 0.12 0.02 0.01 0.17 0.03 0.20 0.15 0.15 0.07 0.13 0.21 0.06 0.00 0.21 0.15 0.23 0.37 0.27 0.26
O4 0.03 0.02 0.08 0.30 0.01 0.13 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.21 0.00 0.05 0.28 0.64 0.52 0.33
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.06 0.11 0.16 0.15 0.05 0.00 0.13 0.25 0.19 0.12
O5' 0.17 0.19 0.32 0.15 0.27 0.02 0.29 0.01 0.26 0.20 0.23 0.17 0.20 0.23 0.28 0.13 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.30 0.46 0.38 0.22 0.59 0.11 0.56 0.17 0.47 0.41 0.54 0.42 0.27 0.37 0.64 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.30 0.37 0.14 0.46 0.14 0.44 0.21 0.31 0.25 0.39 0.27 0.39 0.27 0.52 0.19 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.21 0.35 0.14 0.30 0.04 0.30 0.02 0.24 0.20 0.26 0.19 0.26 0.26 0.33 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.13 0.32 0.31 0.11 0.22 0.13 0.24 0.17 0.11 0.14 0.16 0.26 0.15 0.12 0.33 0.36 0.24 0.42 0.79 0.55 0.46
C2 0.14 0.14 0.27 0.27 0.10 0.18 0.12 0.22 0.17 0.10 0.12 0.15 0.26 0.14 0.10 0.28 0.31 0.21 0.42 0.73 0.55 0.42
C2' 0.35 0.28 0.40 0.35 0.28 0.37 0.26 0.38 0.26 0.27 0.26 0.32 0.31 0.26 0.30 0.47 0.44 0.42 0.45 0.84 0.54 0.51
C3' 0.30 0.28 0.35 0.32 0.29 0.32 0.30 0.36 0.32 0.30 0.29 0.29 0.38 0.32 0.29 0.39 0.41 0.38 0.45 0.86 0.56 0.51
C4 0.12 0.19 0.20 0.26 0.11 0.15 0.12 0.22 0.12 0.14 0.13 0.17 0.23 0.17 0.11 0.24 0.27 0.18 0.47 0.73 0.67 0.46
C4' 0.18 0.14 0.36 0.37 0.12 0.25 0.14 0.28 0.17 0.13 0.14 0.16 0.26 0.16 0.13 0.37 0.46 0.24 0.44 0.86 0.58 0.49
C5 0.12 0.18 0.21 0.27 0.11 0.15 0.12 0.22 0.13 0.13 0.11 0.16 0.22 0.17 0.11 0.24 0.29 0.18 0.48 0.75 0.68 0.47
C5' 0.20 0.18 0.37 0.39 0.17 0.27 0.19 0.31 0.21 0.19 0.17 0.19 0.29 0.22 0.17 0.36 0.48 0.25 0.45 0.87 0.64 0.51
C6 0.13 0.16 0.25 0.28 0.10 0.16 0.12 0.22 0.14 0.12 0.10 0.16 0.24 0.16 0.10 0.26 0.31 0.19 0.45 0.76 0.63 0.45
N1 0.14 0.14 0.28 0.29 0.10 0.18 0.12 0.22 0.16 0.11 0.11 0.16 0.26 0.15 0.11 0.29 0.32 0.21 0.43 0.76 0.57 0.44
N3 0.12 0.17 0.22 0.25 0.10 0.15 0.12 0.22 0.14 0.11 0.09 0.16 0.25 0.15 0.10 0.25 0.27 0.19 0.44 0.71 0.59 0.43
O2 0.17 0.13 0.31 0.29 0.12 0.21 0.13 0.24 0.19 0.11 0.17 0.15 0.27 0.14 0.12 0.32 0.34 0.24 0.40 0.73 0.51 0.43
O2' 0.27 0.21 0.40 0.35 0.22 0.32 0.25 0.34 0.30 0.23 0.27 0.23 0.38 0.26 0.23 0.46 0.45 0.33 0.45 0.87 0.60 0.55
O3' 0.28 0.22 0.46 0.44 0.23 0.35 0.23 0.39 0.24 0.24 0.21 0.25 0.31 0.25 0.24 0.49 0.58 0.34 0.50 0.95 0.61 0.58
O4 0.13 0.21 0.18 0.26 0.13 0.16 0.14 0.25 0.13 0.16 0.18 0.17 0.20 0.19 0.13 0.24 0.27 0.18 0.50 0.73 0.73 0.49
O4' 0.20 0.15 0.39 0.42 0.14 0.29 0.15 0.31 0.17 0.15 0.13 0.18 0.26 0.17 0.16 0.38 0.48 0.24 0.50 0.86 0.63 0.53
O5' 0.24 0.25 0.31 0.33 0.21 0.26 0.21 0.32 0.22 0.20 0.22 0.25 0.27 0.22 0.21 0.32 0.40 0.30 0.54 0.88 0.68 0.55
OP1 0.58 0.52 0.70 0.78 0.56 0.68 0.59 0.74 0.59 0.61 0.54 0.54 0.63 0.62 0.58 0.65 0.87 0.61 0.91 1.27 1.03 0.94
OP2 0.40 0.43 0.30 0.30 0.42 0.36 0.44 0.43 0.46 0.44 0.44 0.42 0.50 0.46 0.42 0.36 0.32 0.48 0.62 0.82 0.79 0.61
P 0.28 0.28 0.35 0.40 0.26 0.32 0.26 0.38 0.26 0.26 0.26 0.29 0.30 0.27 0.26 0.36 0.47 0.34 0.60 0.93 0.77 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.18 0.35 0.26 0.16
C2 0.04 0.00 0.20 0.18 0.01 0.10 0.02 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.23 0.16 0.36 0.59 0.43 0.34
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.13 0.11 0.11 0.16 0.20 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.24 0.31 0.29 0.21
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.16 0.01 0.21 0.02 0.22 0.24 0.20 0.16 0.24 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.28 0.35 0.25 0.22
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.14 0.13 0.09 0.36 0.50 0.39 0.29
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.08 0.10 0.10 0.15 0.07 0.17 0.02 0.01 0.03 0.17 0.36 0.12
C5 0.02 0.02 0.07 0.21 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.14 0.05 0.48 0.57 0.60 0.43
C5' 0.07 0.17 0.13 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.20 0.24 0.18 0.15 0.23 0.26 0.13 0.07 0.12 0.02 0.01 0.23 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.22 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.16 0.08 0.49 0.61 0.65 0.45
C8 0.02 0.02 0.11 0.24 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.20 0.09 0.54 0.56 0.57 0.47
N1 0.04 0.00 0.16 0.20 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.19 0.13 0.42 0.61 0.55 0.39
N3 0.04 0.00 0.20 0.16 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.22 0.23 0.16 0.31 0.53 0.36 0.29
N6 0.03 0.02 0.09 0.24 0.02 0.10 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.20 0.19 0.06 0.55 0.67 0.80 0.54
N7 0.02 0.02 0.08 0.25 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.21 0.21 0.06 0.58 0.62 0.76 0.55
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.35 0.44 0.32 0.26
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.14 0.17 0.17 0.07 0.18 0.22 0.20 0.22 0.20 0.21 0.11 0.00 0.05 0.13 0.16 0.26 0.32 0.16
O3' 0.17 0.23 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.12 0.16 0.20 0.19 0.23 0.19 0.21 0.09 0.05 0.00 0.13 0.28 0.48 0.36 0.30
O4' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.13 0.16 0.06 0.06 0.01 0.13 0.13 0.00 0.14 0.37 0.38 0.23
O5' 0.18 0.36 0.24 0.28 0.36 0.03 0.48 0.01 0.49 0.54 0.42 0.31 0.55 0.58 0.35 0.16 0.28 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.59 0.31 0.35 0.50 0.17 0.57 0.23 0.61 0.56 0.61 0.53 0.67 0.62 0.44 0.26 0.48 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.43 0.29 0.25 0.39 0.36 0.60 0.29 0.65 0.57 0.55 0.36 0.80 0.76 0.32 0.32 0.36 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.34 0.21 0.22 0.29 0.12 0.43 0.02 0.45 0.47 0.39 0.29 0.54 0.55 0.26 0.16 0.30 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00