ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54865

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 3, 5, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.012, 0.020, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.037 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.021, 0.034, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.030, 0.043, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.043 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.025, 0.039, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.042, 0.057, 0.073, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.057 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.028, 0.057, 0.087, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.057 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.067, 0.100, 0.133, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.100 std_dev=0.033
N3 B 0, 0.131, 0.277, 0.422, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.277 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.154, 0.301, 0.448, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.301 std_dev=0.147
O4' A 0, 0.091, 0.245, 0.399, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.245 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.134, 0.296, 0.458, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.061, 0.236, 0.411, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.236 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.143, 0.330, 0.517, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.330 std_dev=0.187
C1' B 0, 0.128, 0.329, 0.530, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.329 std_dev=0.201
C8 B 0, 0.245, 0.462, 0.679, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.462 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.216, 0.449, 0.683, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.449 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.178, 0.418, 0.657, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.418 std_dev=0.240
O4' B 0, 0.266, 0.515, 0.764, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.515 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.229, 0.504, 0.778, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.504 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.108, 0.387, 0.667, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.387 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.381, 0.666, 0.951, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.666 std_dev=0.285
N7 B 0, 0.277, 0.565, 0.853, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.565 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.083, 0.399, 0.715, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.399 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.492, 0.824, 1.157, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.824 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.540, 0.883, 1.226, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.883 std_dev=0.343
O2' A 0, 0.000, 0.350, 0.700, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.350 std_dev=0.350
N6 B 0, 0.318, 0.676, 1.035, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.676 std_dev=0.358
C5' A 0, 0.187, 0.552, 0.917, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.552 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.174, 0.571, 0.967, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.571 std_dev=0.396
O2' B 0, 0.485, 0.911, 1.338, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.911 std_dev=0.427
C5' B 0, 0.793, 1.226, 1.659, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.226 std_dev=0.433
O5' B 0, 0.907, 1.343, 1.779, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.343 std_dev=0.436
P A 0, 0.231, 0.667, 1.104, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.667 std_dev=0.437
O3' B 0, 0.716, 1.231, 1.745, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.231 std_dev=0.515
P B 0, 1.112, 1.628, 2.144, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.628 std_dev=0.516
O3' A 0, 0.114, 0.661, 1.208, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.661 std_dev=0.547
OP2 B 0, 1.232, 1.844, 2.456, 2.772 max_d=2.772 avg_d=1.844 std_dev=0.612
OP2 A 0, 0.160, 0.814, 1.468, 3.312 max_d=3.312 avg_d=0.814 std_dev=0.654
OP1 A 0, 0.316, 1.001, 1.686, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.001 std_dev=0.685
OP1 B 0, 1.154, 2.044, 2.934, 3.867 max_d=3.867 avg_d=2.044 std_dev=0.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.16 0.03 0.01 0.12 0.16 0.12 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.03 0.04 0.13 0.25 0.26 0.16
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.11 0.10 0.03 0.08 0.20 0.01 0.02 0.06 0.02 0.20 0.23 0.28 0.28
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.19 0.00 0.19 0.02 0.17 0.12 0.19 0.17 0.02 0.01 0.20 0.01 0.07 0.24 0.18 0.10
C4 0.03 0.02 0.05 0.19 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.21 0.15 0.01 0.03 0.17 0.37 0.45 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.05 0.16 0.03 0.08 0.00 0.02 0.15 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.16 0.02 0.04 0.17 0.37 0.44 0.22
C5' 0.04 0.06 0.11 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.10 0.12 0.01 0.01 0.15 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.13 0.02 0.05 0.15 0.30 0.29 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.08 0.03 0.01 0.12 0.23 0.20 0.15
N3 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.16 0.15 0.03 0.04 0.15 0.31 0.37 0.20
O2 0.05 0.01 0.20 0.17 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.12 0.21 0.04 0.07 0.11 0.20 0.21 0.15
O2' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.21 0.16 0.21 0.07 0.18 0.12 0.16 0.12 0.00 0.06 0.23 0.10 0.14 0.20 0.29 0.24
O3' 0.16 0.15 0.02 0.01 0.15 0.03 0.16 0.10 0.13 0.08 0.15 0.21 0.06 0.00 0.18 0.11 0.18 0.47 0.23 0.22
O4 0.03 0.03 0.06 0.20 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.03 0.03 0.04 0.23 0.18 0.00 0.04 0.18 0.41 0.51 0.24
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.07 0.10 0.11 0.04 0.00 0.09 0.11 0.13 0.11
O5' 0.12 0.13 0.20 0.07 0.17 0.02 0.17 0.01 0.15 0.12 0.15 0.11 0.14 0.18 0.18 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.25 0.23 0.24 0.37 0.15 0.37 0.15 0.30 0.23 0.31 0.20 0.20 0.47 0.41 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.26 0.28 0.18 0.45 0.15 0.44 0.20 0.29 0.20 0.37 0.21 0.29 0.23 0.51 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.16 0.28 0.10 0.22 0.03 0.22 0.02 0.18 0.15 0.20 0.15 0.24 0.22 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.15 0.19 0.23 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.14 0.15 0.11 0.13 0.27 0.33 0.19 0.45 0.89 0.36 0.39
C2 0.15 0.13 0.19 0.24 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.12 0.13 0.09 0.11 0.25 0.33 0.15 0.44 0.86 0.37 0.38
C2' 0.24 0.23 0.23 0.25 0.21 0.21 0.18 0.23 0.17 0.19 0.19 0.24 0.17 0.17 0.21 0.28 0.32 0.28 0.39 0.77 0.39 0.33
C3' 0.24 0.25 0.24 0.26 0.24 0.22 0.24 0.25 0.24 0.24 0.24 0.25 0.26 0.24 0.23 0.27 0.33 0.28 0.40 0.80 0.44 0.37
C4 0.13 0.13 0.19 0.28 0.11 0.11 0.10 0.19 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.09 0.10 0.26 0.36 0.11 0.47 0.86 0.43 0.42
C4' 0.17 0.13 0.21 0.25 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11 0.12 0.26 0.36 0.18 0.43 0.89 0.38 0.38
C5 0.13 0.13 0.19 0.29 0.11 0.11 0.10 0.20 0.10 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.10 0.26 0.38 0.11 0.47 0.88 0.45 0.43
C5' 0.16 0.13 0.22 0.28 0.12 0.13 0.11 0.16 0.12 0.11 0.12 0.13 0.15 0.11 0.12 0.27 0.38 0.17 0.42 0.92 0.40 0.40
C6 0.14 0.13 0.19 0.27 0.11 0.10 0.10 0.17 0.10 0.09 0.12 0.13 0.13 0.09 0.11 0.26 0.37 0.13 0.46 0.90 0.43 0.42
N1 0.15 0.13 0.19 0.25 0.11 0.10 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.13 0.14 0.09 0.11 0.26 0.34 0.15 0.45 0.88 0.39 0.40
N3 0.14 0.13 0.18 0.25 0.11 0.09 0.09 0.15 0.10 0.09 0.12 0.12 0.13 0.09 0.10 0.25 0.33 0.13 0.45 0.85 0.38 0.38
O2 0.16 0.12 0.20 0.23 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.09 0.11 0.25 0.32 0.17 0.42 0.85 0.35 0.36
O2' 0.21 0.18 0.18 0.21 0.18 0.19 0.18 0.19 0.20 0.18 0.18 0.18 0.24 0.19 0.18 0.22 0.29 0.27 0.41 0.74 0.37 0.30
O3' 0.29 0.27 0.37 0.38 0.26 0.31 0.24 0.33 0.23 0.24 0.24 0.28 0.25 0.23 0.26 0.39 0.47 0.32 0.42 0.76 0.47 0.37
O4 0.12 0.12 0.20 0.30 0.11 0.14 0.10 0.22 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.10 0.11 0.26 0.38 0.11 0.48 0.85 0.47 0.44
O4' 0.20 0.16 0.25 0.30 0.14 0.16 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.16 0.15 0.12 0.14 0.31 0.40 0.19 0.49 0.96 0.39 0.44
O5' 0.18 0.18 0.25 0.31 0.17 0.19 0.17 0.24 0.17 0.17 0.17 0.18 0.19 0.17 0.17 0.29 0.40 0.19 0.41 0.90 0.44 0.41
OP1 0.31 0.29 0.39 0.47 0.31 0.35 0.34 0.40 0.34 0.34 0.31 0.29 0.38 0.36 0.32 0.38 0.55 0.32 0.53 1.01 0.61 0.55
OP2 0.40 0.40 0.38 0.44 0.43 0.41 0.47 0.49 0.48 0.48 0.43 0.40 0.52 0.51 0.43 0.38 0.47 0.43 0.52 1.01 0.66 0.62
P 0.21 0.21 0.29 0.35 0.21 0.23 0.22 0.29 0.22 0.22 0.21 0.21 0.23 0.22 0.21 0.32 0.44 0.21 0.42 0.97 0.49 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.44 0.31 0.17
C2 0.08 0.00 0.20 0.24 0.02 0.09 0.02 0.13 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.29 0.08 0.36 0.76 0.32 0.30
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08 0.16 0.19 0.08 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.31 0.64 0.33 0.31
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.21 0.18 0.23 0.21 0.21 0.19 0.12 0.02 0.01 0.02 0.28 0.61 0.17 0.28
C4 0.04 0.02 0.10 0.17 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.18 0.03 0.36 0.66 0.31 0.27
C4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.10 0.13 0.12 0.05 0.16 0.04 0.01 0.02 0.24 0.28 0.10
C5 0.02 0.02 0.07 0.18 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.20 0.04 0.39 0.67 0.33 0.30
C5' 0.06 0.13 0.08 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.20 0.17 0.17 0.10 0.26 0.21 0.10 0.10 0.09 0.01 0.01 0.21 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.21 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.24 0.03 0.40 0.74 0.36 0.33
C8 0.03 0.03 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.10 0.19 0.10 0.40 0.50 0.30 0.24
N1 0.06 0.01 0.16 0.23 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.28 0.04 0.38 0.77 0.35 0.33
N3 0.08 0.01 0.19 0.21 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.17 0.25 0.09 0.34 0.71 0.31 0.28
N6 0.03 0.02 0.08 0.21 0.01 0.13 0.02 0.26 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.17 0.25 0.07 0.41 0.74 0.40 0.36
N7 0.02 0.02 0.06 0.19 0.02 0.12 0.00 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.13 0.21 0.09 0.41 0.58 0.33 0.29
N9 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.11 0.02 0.34 0.55 0.30 0.23
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.13 0.16 0.14 0.10 0.17 0.10 0.19 0.17 0.17 0.13 0.08 0.00 0.05 0.09 0.19 0.51 0.35 0.23
O3' 0.02 0.29 0.04 0.01 0.18 0.04 0.20 0.09 0.24 0.19 0.28 0.25 0.25 0.21 0.11 0.05 0.00 0.03 0.27 0.63 0.25 0.32
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.04 0.09 0.07 0.09 0.02 0.09 0.03 0.00 0.14 0.24 0.38 0.18
O5' 0.22 0.36 0.31 0.28 0.36 0.02 0.39 0.01 0.40 0.40 0.38 0.34 0.41 0.41 0.34 0.19 0.27 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.44 0.76 0.64 0.61 0.66 0.24 0.67 0.21 0.74 0.50 0.77 0.71 0.74 0.58 0.55 0.51 0.63 0.24 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.32 0.33 0.17 0.31 0.28 0.33 0.31 0.36 0.30 0.35 0.31 0.40 0.33 0.30 0.35 0.25 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.30 0.31 0.28 0.27 0.10 0.30 0.02 0.33 0.24 0.33 0.28 0.36 0.29 0.23 0.23 0.32 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00