ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54867

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 5, 7, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.019 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.001, 0.043, 0.084, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.043 std_dev=0.041
O4 A 0, 0.024, 0.072, 0.120, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.072 std_dev=0.048
C4 B 0, 0.379, 0.556, 0.732, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.556 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.316, 0.509, 0.702, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.509 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.313, 0.508, 0.703, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.508 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.428, 0.625, 0.822, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.625 std_dev=0.197
N6 B 0, 0.389, 0.588, 0.788, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.588 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.159, 0.367, 0.575, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.367 std_dev=0.208
O4' A 0, 0.147, 0.360, 0.572, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.360 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.425, 0.641, 0.857, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.641 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.524, 0.755, 0.987, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.755 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.179, 0.419, 0.659, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.419 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.460, 0.704, 0.947, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.704 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.506, 0.755, 1.004, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.755 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.237, 0.541, 0.844, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.541 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.328, 0.643, 0.959, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.643 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.364, 0.685, 1.005, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.685 std_dev=0.321
C3' A 0, 0.264, 0.591, 0.919, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.591 std_dev=0.328
O3' A 0, 0.425, 0.879, 1.334, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.879 std_dev=0.455
C2' B 0, 0.475, 0.968, 1.462, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.968 std_dev=0.494
C5' A 0, 0.378, 0.908, 1.437, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.908 std_dev=0.529
O2' B 0, 0.656, 1.251, 1.846, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.251 std_dev=0.595
O4' B 0, 0.409, 1.035, 1.661, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.035 std_dev=0.626
OP2 A 0, 1.087, 1.730, 2.374, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.730 std_dev=0.644
O5' A 0, 1.178, 1.834, 2.489, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.834 std_dev=0.655
P A 0, 1.104, 1.819, 2.534, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.819 std_dev=0.715
C4' B 0, 0.441, 1.274, 2.107, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.274 std_dev=0.833
C3' B 0, 0.252, 1.180, 2.108, 3.520 max_d=3.520 avg_d=1.180 std_dev=0.928
OP1 A 0, 0.882, 1.810, 2.739, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.810 std_dev=0.928
O3' B 0, 0.204, 1.536, 2.868, 4.789 max_d=4.789 avg_d=1.536 std_dev=1.332
C5' B 0, 0.201, 1.675, 3.149, 5.794 max_d=5.794 avg_d=1.675 std_dev=1.474
O5' B 0, 0.407, 2.091, 3.776, 6.347 max_d=6.347 avg_d=2.091 std_dev=1.685
P B 0, 0.649, 2.970, 5.291, 8.531 max_d=8.531 avg_d=2.970 std_dev=2.321
OP1 B 0, 1.472, 3.824, 6.176, 9.383 max_d=9.383 avg_d=3.824 std_dev=2.352
OP2 B 0, 0.270, 2.926, 5.582, 9.341 max_d=9.341 avg_d=2.926 std_dev=2.656

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.21 0.25 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.31 0.43 0.35 0.22
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.24 0.28 0.12 0.18
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.03 0.13 0.05 0.08 0.10 0.01 0.01 0.10 0.01 0.33 0.37 0.17 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.02 0.45 0.63 0.54 0.34
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.15 0.29 0.02
C5 0.01 0.02 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.46 0.64 0.55 0.34
C5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.18 0.40 0.01
C6 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.15 0.01 0.04 0.40 0.51 0.43 0.26
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.29 0.39 0.33 0.18
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.39 0.54 0.44 0.29
O2 0.05 0.01 0.11 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.08 0.25 0.36 0.30 0.19
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.05 0.04 0.10 0.22 0.18 0.09
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.15 0.05 0.09 0.13 0.04 0.00 0.13 0.02 0.30 0.51 0.34 0.32
O4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.03 0.48 0.69 0.59 0.38
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.09 0.14 0.35 0.14
O5' 0.12 0.31 0.24 0.33 0.45 0.02 0.46 0.01 0.40 0.29 0.39 0.25 0.10 0.30 0.48 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.21 0.43 0.28 0.37 0.63 0.15 0.64 0.18 0.51 0.39 0.54 0.36 0.22 0.51 0.69 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.35 0.12 0.17 0.54 0.29 0.55 0.40 0.43 0.33 0.44 0.30 0.18 0.34 0.59 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.22 0.18 0.27 0.34 0.02 0.34 0.01 0.26 0.18 0.29 0.19 0.09 0.32 0.38 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.26 0.60 0.14 0.48 0.13 0.79 0.16 0.12 0.13 0.18 0.24 0.14 0.14 0.37 0.69 0.28 1.23 1.44 1.48 1.47
C2 0.18 0.17 0.19 0.48 0.14 0.40 0.14 0.67 0.17 0.13 0.13 0.18 0.24 0.16 0.14 0.30 0.52 0.27 1.14 1.32 1.26 1.32
C2' 0.21 0.13 0.36 0.72 0.15 0.52 0.17 0.79 0.20 0.17 0.16 0.16 0.27 0.19 0.17 0.33 0.86 0.30 1.16 1.32 1.42 1.38
C3' 0.22 0.14 0.38 0.72 0.18 0.51 0.22 0.75 0.24 0.22 0.18 0.16 0.32 0.25 0.20 0.31 0.87 0.30 1.11 1.28 1.35 1.33
C4 0.14 0.20 0.16 0.32 0.13 0.28 0.14 0.48 0.15 0.14 0.16 0.18 0.23 0.17 0.13 0.22 0.34 0.21 0.97 1.16 1.03 1.08
C4' 0.19 0.13 0.30 0.65 0.12 0.49 0.14 0.78 0.18 0.13 0.13 0.16 0.27 0.17 0.13 0.33 0.78 0.27 1.18 1.39 1.46 1.43
C5 0.15 0.20 0.17 0.36 0.14 0.30 0.14 0.52 0.15 0.14 0.15 0.18 0.23 0.17 0.13 0.24 0.40 0.21 1.01 1.22 1.10 1.15
C5' 0.17 0.13 0.28 0.61 0.15 0.45 0.20 0.74 0.23 0.20 0.16 0.15 0.33 0.25 0.16 0.29 0.73 0.26 1.13 1.37 1.40 1.39
C6 0.16 0.19 0.19 0.44 0.14 0.36 0.14 0.61 0.16 0.13 0.14 0.19 0.23 0.16 0.13 0.29 0.49 0.23 1.09 1.31 1.21 1.27
N1 0.18 0.17 0.21 0.50 0.14 0.41 0.14 0.69 0.16 0.13 0.13 0.18 0.24 0.15 0.13 0.32 0.56 0.26 1.15 1.36 1.31 1.35
N3 0.15 0.19 0.16 0.37 0.13 0.33 0.14 0.55 0.16 0.14 0.14 0.18 0.24 0.16 0.13 0.25 0.39 0.24 1.03 1.22 1.08 1.16
O2 0.20 0.15 0.22 0.55 0.15 0.46 0.15 0.76 0.18 0.15 0.15 0.18 0.24 0.16 0.16 0.34 0.60 0.30 1.21 1.38 1.39 1.41
O2' 0.26 0.13 0.38 0.78 0.16 0.57 0.14 0.86 0.17 0.17 0.14 0.19 0.23 0.16 0.19 0.39 0.95 0.33 1.21 1.37 1.58 1.48
O3' 0.29 0.16 0.49 0.82 0.23 0.57 0.26 0.78 0.27 0.29 0.21 0.20 0.35 0.31 0.26 0.38 1.00 0.36 1.09 1.25 1.36 1.32
O4 0.13 0.21 0.15 0.27 0.14 0.24 0.15 0.40 0.15 0.16 0.18 0.18 0.21 0.19 0.13 0.19 0.29 0.20 0.88 1.06 0.99 0.96
O4' 0.21 0.17 0.26 0.58 0.15 0.47 0.14 0.79 0.16 0.14 0.13 0.19 0.24 0.16 0.15 0.39 0.68 0.28 1.24 1.47 1.51 1.50
O5' 0.42 0.42 0.45 0.71 0.42 0.63 0.44 0.84 0.45 0.43 0.44 0.42 0.50 0.45 0.42 0.40 0.77 0.53 1.33 1.46 1.42 1.44
OP1 0.48 0.50 0.56 0.85 0.53 0.78 0.60 1.03 0.63 0.59 0.56 0.49 0.73 0.64 0.52 0.42 0.89 0.66 1.51 1.74 1.60 1.68
OP2 0.38 0.40 0.15 0.27 0.39 0.22 0.43 0.37 0.45 0.42 0.43 0.38 0.51 0.45 0.39 0.28 0.36 0.32 0.87 0.91 1.04 0.93
P 0.32 0.33 0.38 0.63 0.34 0.55 0.38 0.76 0.39 0.38 0.35 0.32 0.46 0.42 0.34 0.30 0.69 0.46 1.26 1.39 1.34 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.18 0.25 0.17
C2 0.02 0.00 0.19 0.48 0.00 0.38 0.01 0.59 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.49 0.24 0.98 1.05 0.90 1.02
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.13 0.14 0.20 0.07 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.29 0.22 0.08
C3' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.18 0.01 0.11 0.02 0.15 0.37 0.33 0.48 0.13 0.30 0.10 0.01 0.00 0.01 0.36 0.50 0.29 0.22
C4 0.01 0.00 0.09 0.18 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.13 0.57 0.54 0.47 0.45
C4' 0.01 0.38 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.01 0.12 0.29 0.27 0.37 0.08 0.22 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.24 0.28 0.14
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06 0.55 0.46 0.71 0.43
C5' 0.02 0.59 0.02 0.02 0.22 0.01 0.13 0.00 0.21 0.46 0.44 0.55 0.17 0.37 0.11 0.04 0.03 0.02 0.01 0.32 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.11 0.65 0.67 0.70 0.58
C8 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.29 0.01 0.46 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.37 0.14 0.70 0.43 1.13 0.72
N1 0.02 0.00 0.14 0.33 0.01 0.27 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.34 0.19 0.85 0.94 0.75 0.86
N3 0.02 0.00 0.20 0.48 0.01 0.37 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.47 0.24 0.88 0.89 0.76 0.87
N6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.18 0.08 0.64 0.64 0.87 0.58
N7 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.22 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.33 0.07 0.67 0.44 1.18 0.68
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.38 0.21 0.52 0.26
O2' 0.02 0.18 0.00 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.08 0.07 0.14 0.17 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.33 0.16 0.17
O3' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.17 0.02 0.13 0.03 0.17 0.37 0.34 0.47 0.18 0.33 0.10 0.05 0.00 0.02 0.30 0.71 0.38 0.30
O4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.19 0.24 0.08 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.27 0.34 0.30
O5' 0.18 0.98 0.26 0.36 0.57 0.02 0.55 0.01 0.65 0.70 0.85 0.88 0.64 0.67 0.38 0.06 0.30 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.18 1.05 0.29 0.50 0.54 0.24 0.46 0.32 0.67 0.43 0.94 0.89 0.64 0.44 0.21 0.33 0.71 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.90 0.22 0.29 0.47 0.28 0.71 0.38 0.70 1.13 0.75 0.76 0.87 1.18 0.52 0.16 0.38 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.17 1.02 0.08 0.22 0.45 0.14 0.43 0.02 0.58 0.72 0.86 0.87 0.58 0.68 0.26 0.17 0.30 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00