ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54869

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 4, 1, 2, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.017, 0.046, 0.074, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.046 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.020, 0.080, 0.140, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.080 std_dev=0.060
N9 B 0, 0.242, 0.398, 0.554, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.398 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.247, 0.428, 0.608, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.428 std_dev=0.180
C4 B 0, 0.230, 0.418, 0.607, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.418 std_dev=0.188
C2' A 0, 0.098, 0.321, 0.544, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.321 std_dev=0.223
O2' A 0, 0.122, 0.351, 0.581, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.351 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.057, 0.290, 0.524, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.290 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.335, 0.571, 0.807, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.571 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.254, 0.491, 0.728, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.491 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.308, 0.555, 0.802, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.555 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.264, 0.524, 0.784, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.524 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.331, 0.644, 0.956, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.644 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.334, 0.661, 0.988, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.661 std_dev=0.327
O4' B 0, 0.279, 0.610, 0.940, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.610 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.363, 0.703, 1.043, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.703 std_dev=0.340
C4' A 0, 0.126, 0.477, 0.828, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.477 std_dev=0.351
C3' A 0, 0.144, 0.507, 0.870, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.507 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.384, 0.814, 1.243, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.814 std_dev=0.429
N6 B 0, 0.433, 0.868, 1.304, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.868 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.299, 0.737, 1.176, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.737 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.346, 0.818, 1.291, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.818 std_dev=0.473
O3' A 0, 0.241, 0.728, 1.214, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.728 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.463, 0.967, 1.472, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.967 std_dev=0.504
C5' A 0, 0.211, 0.833, 1.456, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.833 std_dev=0.623
O2' B 0, 0.429, 1.054, 1.680, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.054 std_dev=0.625
O5' A 0, 0.200, 0.865, 1.530, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.865 std_dev=0.665
O3' B 0, 0.474, 1.148, 1.823, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.148 std_dev=0.675
O5' B 0, 1.380, 2.202, 3.023, 3.867 max_d=3.867 avg_d=2.202 std_dev=0.822
P A 0, 0.190, 1.069, 1.949, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.069 std_dev=0.879
OP2 B 0, 1.111, 2.042, 2.972, 4.180 max_d=4.180 avg_d=2.042 std_dev=0.931
OP1 A 0, 0.185, 1.125, 2.064, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.125 std_dev=0.939
P B 0, 1.114, 2.163, 3.212, 4.296 max_d=4.296 avg_d=2.163 std_dev=1.049
OP2 A 0, 0.131, 1.250, 2.370, 3.360 max_d=3.360 avg_d=1.250 std_dev=1.119
OP1 B 0, 1.469, 2.745, 4.021, 5.488 max_d=5.488 avg_d=2.745 std_dev=1.276

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.20 0.22 0.16
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.01 0.03 0.33 0.38 0.50 0.39
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.09 0.02 0.07 0.17 0.01 0.02 0.08 0.01 0.22 0.23 0.21 0.19
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.11 0.05 0.13 0.19 0.02 0.01 0.12 0.02 0.29 0.30 0.23 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.03 0.43 0.61 0.74 0.57
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.09 0.07 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.13 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.05 0.42 0.62 0.73 0.56
C5' 0.04 0.16 0.03 0.03 0.25 0.01 0.25 0.00 0.20 0.14 0.22 0.13 0.05 0.02 0.27 0.01 0.01 0.14 0.31 0.03
C6 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.05 0.36 0.48 0.55 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.29 0.35 0.42 0.33
N3 0.03 0.00 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01 0.02 0.39 0.50 0.64 0.50
O2 0.05 0.00 0.17 0.19 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.23 0.02 0.06 0.30 0.31 0.44 0.33
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.12 0.00 0.03 0.09 0.05 0.09 0.21 0.14 0.09
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.13 0.01 0.14 0.02 0.12 0.06 0.15 0.23 0.03 0.00 0.16 0.01 0.25 0.39 0.32 0.23
O4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.03 0.44 0.68 0.81 0.62
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.19 0.21 0.14
O5' 0.14 0.33 0.22 0.29 0.43 0.01 0.42 0.01 0.36 0.29 0.39 0.30 0.09 0.25 0.44 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.38 0.23 0.30 0.61 0.13 0.62 0.14 0.48 0.35 0.50 0.31 0.21 0.39 0.68 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.50 0.21 0.23 0.74 0.19 0.73 0.31 0.55 0.42 0.64 0.44 0.14 0.32 0.81 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.39 0.19 0.24 0.57 0.04 0.56 0.03 0.44 0.33 0.50 0.33 0.09 0.23 0.62 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.10 0.31 0.33 0.09 0.17 0.14 0.19 0.21 0.11 0.14 0.14 0.34 0.17 0.10 0.24 0.34 0.17 0.38 0.69 0.59 0.36
C2 0.14 0.12 0.29 0.32 0.09 0.17 0.14 0.19 0.21 0.11 0.14 0.16 0.35 0.17 0.10 0.24 0.31 0.15 0.40 0.69 0.59 0.35
C2' 0.25 0.17 0.42 0.38 0.17 0.25 0.16 0.24 0.22 0.15 0.19 0.22 0.34 0.17 0.19 0.35 0.40 0.24 0.33 0.67 0.48 0.28
C3' 0.33 0.27 0.47 0.43 0.27 0.32 0.26 0.31 0.28 0.26 0.26 0.31 0.38 0.27 0.29 0.42 0.43 0.31 0.38 0.73 0.45 0.28
C4 0.15 0.24 0.25 0.31 0.13 0.17 0.11 0.20 0.12 0.11 0.13 0.22 0.28 0.15 0.12 0.25 0.27 0.15 0.43 0.77 0.73 0.43
C4' 0.22 0.17 0.36 0.35 0.17 0.22 0.20 0.23 0.24 0.18 0.19 0.21 0.37 0.22 0.18 0.29 0.35 0.21 0.37 0.73 0.53 0.31
C5 0.15 0.22 0.25 0.31 0.12 0.17 0.11 0.21 0.12 0.11 0.12 0.21 0.26 0.15 0.11 0.25 0.28 0.16 0.43 0.79 0.75 0.44
C5' 0.31 0.30 0.41 0.42 0.31 0.31 0.34 0.33 0.37 0.33 0.32 0.31 0.48 0.37 0.31 0.34 0.39 0.32 0.45 0.82 0.51 0.34
C6 0.14 0.17 0.27 0.32 0.10 0.17 0.11 0.20 0.15 0.10 0.08 0.18 0.29 0.15 0.10 0.24 0.30 0.15 0.42 0.76 0.69 0.41
N1 0.14 0.13 0.29 0.32 0.09 0.17 0.13 0.19 0.19 0.11 0.11 0.16 0.33 0.16 0.10 0.24 0.32 0.16 0.40 0.72 0.62 0.37
N3 0.14 0.19 0.27 0.31 0.10 0.16 0.12 0.19 0.18 0.10 0.09 0.19 0.34 0.16 0.10 0.24 0.28 0.15 0.41 0.72 0.65 0.38
O2 0.15 0.11 0.32 0.33 0.11 0.18 0.17 0.20 0.26 0.13 0.22 0.14 0.37 0.19 0.11 0.24 0.34 0.16 0.39 0.64 0.50 0.31
O2' 0.21 0.11 0.38 0.33 0.12 0.21 0.14 0.21 0.22 0.11 0.19 0.15 0.34 0.15 0.14 0.30 0.37 0.23 0.31 0.63 0.51 0.31
O3' 0.42 0.32 0.55 0.48 0.33 0.40 0.30 0.39 0.32 0.32 0.30 0.37 0.40 0.31 0.36 0.52 0.49 0.40 0.40 0.76 0.44 0.33
O4 0.17 0.29 0.24 0.31 0.16 0.18 0.12 0.21 0.12 0.12 0.23 0.25 0.22 0.14 0.14 0.27 0.27 0.16 0.43 0.79 0.78 0.45
O4' 0.15 0.11 0.30 0.33 0.10 0.17 0.15 0.20 0.20 0.13 0.13 0.14 0.34 0.19 0.11 0.23 0.34 0.16 0.41 0.73 0.65 0.40
O5' 0.47 0.41 0.43 0.43 0.44 0.44 0.46 0.42 0.47 0.47 0.41 0.43 0.56 0.49 0.45 0.41 0.38 0.51 0.51 0.50 0.90 0.46
OP1 0.55 0.48 0.51 0.52 0.55 0.53 0.61 0.54 0.62 0.63 0.53 0.50 0.73 0.67 0.57 0.45 0.45 0.60 0.64 0.58 0.96 0.55
OP2 0.80 0.73 0.75 0.79 0.77 0.80 0.78 0.81 0.76 0.81 0.72 0.75 0.79 0.81 0.79 0.71 0.75 0.85 0.82 0.61 1.08 0.71
P 0.60 0.53 0.55 0.56 0.58 0.58 0.60 0.57 0.60 0.63 0.54 0.56 0.67 0.64 0.60 0.51 0.50 0.65 0.62 0.48 0.98 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.22 0.30 0.40 0.19
C2 0.03 0.00 0.18 0.19 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.18 0.10 0.35 0.58 0.50 0.28
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.10 0.10 0.08 0.15 0.18 0.09 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.32 0.35 0.53 0.34
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.02 0.24 0.25 0.22 0.16 0.27 0.27 0.15 0.01 0.01 0.02 0.30 0.37 0.46 0.31
C4 0.02 0.01 0.10 0.18 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.05 0.35 0.52 0.49 0.26
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.06 0.04 0.13 0.15 0.07 0.17 0.02 0.00 0.01 0.20 0.41 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.02 0.43 0.65 0.63 0.36
C5' 0.06 0.10 0.10 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.16 0.16 0.13 0.09 0.20 0.18 0.08 0.07 0.13 0.01 0.01 0.34 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.04 0.45 0.73 0.67 0.39
C8 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.15 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.22 0.09 0.41 0.51 0.56 0.31
N1 0.03 0.01 0.15 0.22 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.08 0.41 0.69 0.60 0.35
N3 0.03 0.00 0.18 0.16 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.10 0.31 0.49 0.45 0.24
N6 0.01 0.02 0.09 0.27 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.18 0.20 0.03 0.50 0.82 0.78 0.46
N7 0.01 0.01 0.05 0.27 0.01 0.15 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.24 0.06 0.47 0.66 0.70 0.39
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.32 0.42 0.44 0.22
O2' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.14 0.17 0.16 0.07 0.17 0.14 0.18 0.16 0.18 0.16 0.11 0.00 0.06 0.11 0.17 0.22 0.53 0.23
O3' 0.11 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.15 0.13 0.15 0.22 0.15 0.18 0.20 0.24 0.07 0.06 0.00 0.08 0.40 0.57 0.54 0.42
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.10 0.03 0.06 0.02 0.11 0.08 0.00 0.21 0.32 0.44 0.22
O5' 0.22 0.35 0.32 0.30 0.35 0.01 0.43 0.01 0.45 0.41 0.41 0.31 0.50 0.47 0.32 0.17 0.40 0.21 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.58 0.35 0.37 0.52 0.20 0.65 0.34 0.73 0.51 0.69 0.49 0.82 0.66 0.42 0.22 0.57 0.32 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.50 0.53 0.46 0.49 0.41 0.63 0.35 0.67 0.56 0.60 0.45 0.78 0.70 0.44 0.53 0.54 0.44 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.28 0.34 0.31 0.26 0.10 0.36 0.01 0.39 0.31 0.35 0.24 0.46 0.39 0.22 0.23 0.42 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00