ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54871

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.027, 0.058, 0.090, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.034, 0.076, 0.118, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.076 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.304, 0.514, 0.724, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.514 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.152, 0.380, 0.608, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.380 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.193, 0.426, 0.659, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.426 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.151, 0.409, 0.667, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.409 std_dev=0.258
C2' A 0, 0.529, 0.789, 1.050, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.789 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.586, 0.869, 1.153, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.869 std_dev=0.283
N9 B 0, 0.260, 0.545, 0.829, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.545 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.498, 0.805, 1.111, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.805 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.553, 0.862, 1.171, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.862 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.174, 0.491, 0.807, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.491 std_dev=0.316
C6 B 0, 0.220, 0.552, 0.884, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.552 std_dev=0.332
C8 B 0, 0.200, 0.635, 1.070, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.635 std_dev=0.435
C3' A 0, 0.982, 1.454, 1.927, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.454 std_dev=0.472
N7 B 0, 0.212, 0.710, 1.208, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.710 std_dev=0.498
C4' A 0, 1.062, 1.579, 2.095, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.579 std_dev=0.516
N6 B 0, 0.289, 0.840, 1.392, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.840 std_dev=0.551
C2' B 0, 0.586, 1.174, 1.762, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.174 std_dev=0.588
O3' A 0, 1.187, 1.784, 2.381, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.784 std_dev=0.597
C3' B 0, 0.908, 1.619, 2.330, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.619 std_dev=0.711
O4' B 0, 0.909, 1.734, 2.560, 3.313 max_d=3.313 avg_d=1.734 std_dev=0.826
O3' B 0, 0.885, 1.759, 2.633, 3.083 max_d=3.083 avg_d=1.759 std_dev=0.874
C5' A 0, 1.898, 2.810, 3.722, 3.519 max_d=3.519 avg_d=2.810 std_dev=0.912
C4' B 0, 1.156, 2.131, 3.105, 3.770 max_d=3.770 avg_d=2.131 std_dev=0.974
O2' B 0, 1.640, 2.646, 3.652, 4.067 max_d=4.067 avg_d=2.646 std_dev=1.006
C5' B 0, 1.831, 3.297, 4.762, 5.847 max_d=5.847 avg_d=3.297 std_dev=1.465
O5' B 0, 1.620, 3.158, 4.697, 6.133 max_d=6.133 avg_d=3.158 std_dev=1.539
O5' A 0, 3.380, 4.960, 6.540, 5.781 max_d=5.781 avg_d=4.960 std_dev=1.580
P B 0, 2.281, 4.214, 6.146, 7.914 max_d=7.914 avg_d=4.214 std_dev=1.933
OP2 B 0, 2.442, 4.505, 6.568, 8.216 max_d=8.216 avg_d=4.505 std_dev=2.063
OP1 B 0, 2.520, 4.591, 6.663, 8.900 max_d=8.900 avg_d=4.591 std_dev=2.071
P A 0, 4.818, 7.079, 9.340, 8.260 max_d=8.260 avg_d=7.079 std_dev=2.261
OP1 A 0, 4.819, 7.094, 9.368, 8.435 max_d=8.435 avg_d=7.094 std_dev=2.275
OP2 A 0, 6.183, 9.080, 11.977, 10.424 max_d=10.424 avg_d=9.080 std_dev=2.897

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.08 0.17 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.02 0.16 0.17 0.31 0.19
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.08 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.18 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.11 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.15 0.01 0.17 0.21 0.24 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.03 0.27 0.33 0.50 0.35
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.03 0.05 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.05 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.04 0.30 0.36 0.54 0.39
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.14 0.08 0.12 0.05 0.06 0.03 0.18 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.04 0.26 0.27 0.43 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.01 0.16 0.15 0.29 0.20
N3 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.02 0.21 0.25 0.40 0.26
O2 0.04 0.01 0.08 0.08 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.04 0.12 0.14 0.26 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.09 0.12 0.00 0.05 0.09 0.05 0.06 0.17 0.12 0.09
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.16 0.02 0.16 0.03 0.12 0.07 0.12 0.07 0.05 0.00 0.18 0.01 0.20 0.33 0.31 0.25
O4 0.03 0.02 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.18 0.00 0.04 0.29 0.38 0.55 0.38
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.13 0.15 0.20 0.19
O5' 0.08 0.16 0.10 0.17 0.27 0.02 0.30 0.02 0.26 0.16 0.21 0.12 0.06 0.20 0.29 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.17 0.14 0.21 0.33 0.10 0.36 0.09 0.27 0.15 0.25 0.14 0.17 0.33 0.38 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.31 0.18 0.24 0.50 0.05 0.54 0.03 0.43 0.29 0.40 0.26 0.12 0.31 0.55 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.09 0.17 0.35 0.06 0.39 0.01 0.31 0.20 0.26 0.16 0.09 0.25 0.38 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.31 0.48 0.21 0.33 0.22 0.47 0.25 0.21 0.23 0.25 0.33 0.24 0.21 0.30 0.60 0.24 0.69 0.84 0.89 0.81
C2 0.20 0.22 0.26 0.41 0.19 0.28 0.22 0.40 0.25 0.20 0.22 0.22 0.33 0.24 0.19 0.24 0.50 0.21 0.62 0.77 0.79 0.74
C2' 0.29 0.26 0.35 0.45 0.23 0.28 0.21 0.35 0.23 0.22 0.22 0.28 0.31 0.23 0.24 0.36 0.56 0.28 0.55 0.70 0.75 0.66
C3' 0.26 0.23 0.33 0.43 0.20 0.26 0.22 0.35 0.25 0.24 0.20 0.25 0.36 0.27 0.22 0.33 0.54 0.25 0.57 0.74 0.77 0.69
C4 0.14 0.20 0.18 0.33 0.14 0.24 0.18 0.41 0.18 0.20 0.15 0.17 0.30 0.24 0.14 0.18 0.36 0.16 0.64 0.83 0.81 0.79
C4' 0.24 0.24 0.31 0.47 0.20 0.32 0.22 0.45 0.25 0.22 0.21 0.25 0.35 0.25 0.20 0.31 0.61 0.25 0.68 0.86 0.90 0.82
C5 0.14 0.19 0.19 0.36 0.14 0.27 0.19 0.45 0.19 0.20 0.15 0.17 0.30 0.25 0.15 0.19 0.41 0.17 0.69 0.90 0.90 0.86
C5' 0.22 0.23 0.28 0.46 0.21 0.32 0.25 0.47 0.27 0.25 0.22 0.24 0.38 0.30 0.21 0.29 0.59 0.24 0.72 0.92 0.95 0.87
C6 0.16 0.20 0.23 0.41 0.16 0.29 0.20 0.47 0.22 0.20 0.17 0.19 0.32 0.24 0.16 0.22 0.48 0.18 0.71 0.90 0.93 0.87
N1 0.20 0.22 0.27 0.44 0.19 0.30 0.21 0.45 0.24 0.20 0.20 0.22 0.33 0.24 0.18 0.25 0.53 0.20 0.68 0.85 0.88 0.82
N3 0.16 0.20 0.22 0.35 0.16 0.24 0.20 0.38 0.23 0.19 0.17 0.19 0.33 0.23 0.16 0.20 0.41 0.17 0.60 0.77 0.76 0.73
O2 0.24 0.26 0.30 0.44 0.22 0.29 0.23 0.39 0.27 0.22 0.27 0.25 0.33 0.24 0.22 0.27 0.54 0.25 0.58 0.71 0.73 0.68
O2' 0.39 0.33 0.41 0.49 0.29 0.36 0.24 0.40 0.24 0.26 0.27 0.36 0.29 0.24 0.31 0.45 0.62 0.39 0.55 0.67 0.74 0.63
O3' 0.31 0.25 0.35 0.42 0.22 0.27 0.23 0.31 0.24 0.27 0.20 0.28 0.36 0.29 0.25 0.38 0.55 0.31 0.49 0.66 0.69 0.60
O4 0.13 0.22 0.16 0.27 0.13 0.22 0.16 0.38 0.15 0.19 0.18 0.18 0.25 0.23 0.14 0.17 0.29 0.16 0.60 0.80 0.74 0.76
O4' 0.23 0.24 0.30 0.50 0.21 0.36 0.23 0.52 0.25 0.22 0.22 0.24 0.34 0.26 0.21 0.30 0.63 0.25 0.76 0.93 0.97 0.90
O5' 0.24 0.24 0.27 0.42 0.23 0.31 0.28 0.45 0.31 0.28 0.25 0.25 0.42 0.33 0.23 0.28 0.53 0.25 0.71 0.91 0.92 0.86
OP1 0.30 0.28 0.29 0.43 0.28 0.36 0.32 0.46 0.34 0.33 0.28 0.29 0.46 0.38 0.28 0.32 0.55 0.33 0.70 0.91 0.89 0.84
OP2 0.34 0.33 0.36 0.45 0.34 0.39 0.41 0.47 0.43 0.41 0.36 0.33 0.56 0.47 0.35 0.38 0.56 0.36 0.75 0.95 0.92 0.88
P 0.26 0.26 0.26 0.41 0.24 0.34 0.29 0.45 0.31 0.29 0.25 0.26 0.43 0.35 0.25 0.30 0.53 0.29 0.73 0.93 0.91 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.16 0.41 0.29 0.23
C2 0.04 0.00 0.23 0.33 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.39 0.08 0.50 0.60 0.55 0.56
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05 0.04 0.09 0.12 0.17 0.24 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.29 0.25 0.18
C3' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.18 0.00 0.14 0.02 0.19 0.22 0.28 0.32 0.17 0.18 0.09 0.01 0.01 0.01 0.26 0.30 0.17 0.20
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.18 0.04 0.42 0.56 0.45 0.48
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.12 0.14 0.15 0.16 0.12 0.12 0.06 0.07 0.02 0.00 0.02 0.20 0.22 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.48 0.63 0.51 0.55
C5' 0.03 0.26 0.04 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.24 0.20 0.27 0.23 0.25 0.21 0.11 0.05 0.05 0.01 0.01 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.04 0.52 0.67 0.57 0.61
C8 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.23 0.05 0.44 0.59 0.40 0.43
N1 0.04 0.00 0.17 0.28 0.01 0.15 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.31 0.06 0.53 0.65 0.59 0.61
N3 0.04 0.01 0.24 0.32 0.01 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.36 0.08 0.44 0.54 0.48 0.49
N6 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.03 0.54 0.71 0.61 0.65
N7 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.04 0.49 0.65 0.49 0.54
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.33 0.51 0.35 0.37
O2' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.11 0.12 0.16 0.09 0.10 0.04 0.00 0.05 0.07 0.09 0.25 0.24 0.12
O3' 0.06 0.39 0.02 0.01 0.18 0.02 0.12 0.05 0.18 0.23 0.31 0.36 0.16 0.20 0.07 0.05 0.00 0.04 0.26 0.43 0.20 0.27
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.07 0.04 0.00 0.15 0.45 0.34 0.24
O5' 0.16 0.50 0.20 0.26 0.42 0.02 0.48 0.01 0.52 0.44 0.53 0.44 0.54 0.49 0.33 0.09 0.26 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.60 0.29 0.30 0.56 0.20 0.63 0.16 0.67 0.59 0.65 0.54 0.71 0.65 0.51 0.25 0.43 0.45 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.55 0.25 0.17 0.45 0.22 0.51 0.27 0.57 0.40 0.59 0.48 0.61 0.49 0.35 0.24 0.20 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.56 0.18 0.20 0.48 0.06 0.55 0.02 0.61 0.43 0.61 0.49 0.65 0.54 0.37 0.12 0.27 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00