ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54872

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.023, 0.058, 0.093, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.058 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4 B 0, 0.181, 0.286, 0.390, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.286 std_dev=0.105
N9 B 0, 0.202, 0.346, 0.489, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.346 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.216, 0.373, 0.530, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.373 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.226, 0.394, 0.562, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.394 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.212, 0.387, 0.562, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.387 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.134, 0.315, 0.495, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.315 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.221, 0.402, 0.583, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.402 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.210, 0.415, 0.620, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.415 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.206, 0.431, 0.657, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.431 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.334, 0.572, 0.811, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.572 std_dev=0.238
N6 B 0, 0.239, 0.513, 0.788, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.513 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.244, 0.531, 0.818, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.531 std_dev=0.287
C4' B 0, 0.144, 0.446, 0.749, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.446 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.249, 0.554, 0.859, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.554 std_dev=0.305
N7 B 0, 0.300, 0.633, 0.966, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.633 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.456, 0.805, 1.154, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.805 std_dev=0.349
O3' B 0, 0.373, 0.745, 1.117, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.745 std_dev=0.372
C5' B 0, 0.260, 0.661, 1.062, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.661 std_dev=0.401
O5' B 0, 0.279, 0.733, 1.187, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.733 std_dev=0.454
O4' A 0, -0.234, 0.560, 1.354, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.560 std_dev=0.794
C2' A 0, -0.197, 0.624, 1.445, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.624 std_dev=0.821
P B 0, 0.412, 1.284, 2.156, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.284 std_dev=0.872
O2' A 0, -0.173, 0.803, 1.778, 2.865 max_d=2.865 avg_d=0.803 std_dev=0.976
OP2 B 0, 0.460, 1.515, 2.569, 3.073 max_d=3.073 avg_d=1.515 std_dev=1.054
C4' A 0, -0.290, 0.767, 1.824, 3.007 max_d=3.007 avg_d=0.767 std_dev=1.057
OP1 B 0, 0.437, 1.564, 2.691, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.564 std_dev=1.127
C3' A 0, -0.339, 0.912, 2.163, 3.543 max_d=3.543 avg_d=0.912 std_dev=1.251
O3' A 0, -0.457, 1.275, 3.008, 4.926 max_d=4.926 avg_d=1.275 std_dev=1.732
O5' A 0, -0.415, 1.511, 3.437, 5.584 max_d=5.584 avg_d=1.511 std_dev=1.926
C5' A 0, -0.520, 1.428, 3.376, 5.544 max_d=5.544 avg_d=1.428 std_dev=1.948
OP1 A 0, 0.060, 2.420, 4.780, 7.321 max_d=7.321 avg_d=2.420 std_dev=2.360
P A 0, -0.440, 2.247, 4.935, 7.910 max_d=7.910 avg_d=2.247 std_dev=2.687
OP2 A 0, -0.875, 2.511, 5.898, 9.674 max_d=9.674 avg_d=2.511 std_dev=3.386

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.05 0.20 0.07
C2 0.03 0.00 0.05 0.23 0.01 0.28 0.02 0.44 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.18 0.01 0.24 0.16 0.40 0.13 0.32
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.04 0.06 0.12 0.00 0.03 0.09 0.01 0.23 0.31 0.19 0.17
C3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.18 0.00 0.42 0.02 0.44 0.10 0.10 0.59 0.02 0.01 0.18 0.01 0.33 0.52 0.14 0.25
C4 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.21 0.00 0.04 0.52 0.23 1.05 0.46
C4' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.11 0.00 0.36 0.00 0.40 0.06 0.17 0.58 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.18 0.18 0.02
C5 0.02 0.02 0.11 0.42 0.01 0.36 0.00 0.58 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.43 0.01 0.18 0.94 0.64 1.59 0.98
C5' 0.02 0.44 0.01 0.02 0.19 0.00 0.58 0.00 0.62 0.10 0.31 0.91 0.03 0.04 0.20 0.01 0.01 0.31 0.34 0.01
C6 0.02 0.02 0.11 0.44 0.01 0.40 0.00 0.62 0.00 0.01 0.02 0.03 0.12 0.42 0.01 0.24 0.91 0.61 1.36 0.91
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.02 0.31 0.09 0.54 0.23
N3 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.17 0.02 0.31 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.07 0.01 0.17 0.14 0.30 0.38 0.17
O2 0.06 0.00 0.12 0.59 0.02 0.58 0.02 0.91 0.03 0.02 0.02 0.00 0.27 0.52 0.02 0.41 0.60 0.80 0.65 0.83
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.05 0.04 0.11 0.03 0.12 0.02 0.11 0.27 0.00 0.06 0.06 0.06 0.11 0.27 0.06 0.10
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.21 0.01 0.43 0.04 0.42 0.11 0.07 0.52 0.06 0.00 0.23 0.01 0.30 0.70 0.16 0.29
O4 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.23 0.00 0.04 0.54 0.25 1.15 0.50
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.24 0.02 0.17 0.41 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.16 0.15 0.15
O5' 0.11 0.16 0.23 0.33 0.52 0.01 0.94 0.01 0.91 0.31 0.14 0.60 0.11 0.30 0.54 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.40 0.31 0.52 0.23 0.18 0.64 0.31 0.61 0.09 0.30 0.80 0.27 0.70 0.25 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.13 0.19 0.14 1.05 0.18 1.59 0.34 1.36 0.54 0.38 0.65 0.06 0.16 1.15 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.32 0.17 0.25 0.46 0.02 0.98 0.01 0.91 0.23 0.17 0.83 0.10 0.29 0.50 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.24 0.27 0.11 0.17 0.09 0.18 0.10 0.11 0.08 0.13 0.15 0.10 0.12 0.25 0.37 0.14 0.36 0.61 0.84 0.51
C2 0.15 0.13 0.25 0.27 0.12 0.18 0.10 0.19 0.09 0.11 0.08 0.16 0.15 0.11 0.13 0.25 0.35 0.14 0.37 0.57 0.83 0.50
C2' 0.21 0.13 0.44 0.55 0.14 0.35 0.08 0.40 0.06 0.12 0.06 0.17 0.11 0.07 0.16 0.39 0.70 0.21 0.55 0.89 0.98 0.69
C3' 0.81 0.59 1.09 1.13 0.61 0.95 0.43 0.93 0.29 0.54 0.36 0.71 0.12 0.40 0.66 1.11 1.31 0.76 0.99 1.29 1.25 1.06
C4 0.17 0.20 0.25 0.26 0.16 0.20 0.13 0.21 0.11 0.14 0.15 0.20 0.11 0.13 0.16 0.25 0.32 0.16 0.41 0.62 0.94 0.59
C4' 0.78 0.61 0.94 0.95 0.60 0.85 0.43 0.82 0.31 0.52 0.39 0.71 0.16 0.40 0.64 0.99 1.06 0.74 0.88 1.12 1.14 0.94
C5 0.17 0.19 0.26 0.28 0.16 0.20 0.13 0.22 0.11 0.15 0.14 0.19 0.11 0.14 0.16 0.26 0.33 0.16 0.42 0.66 0.97 0.61
C5' 1.35 1.05 1.50 1.45 1.05 1.39 0.78 1.31 0.60 0.94 0.71 1.21 0.33 0.74 1.13 1.63 1.56 1.31 1.30 1.47 1.39 1.29
C6 0.17 0.16 0.26 0.28 0.14 0.20 0.11 0.22 0.09 0.14 0.11 0.18 0.12 0.13 0.15 0.27 0.35 0.15 0.41 0.65 0.94 0.59
N1 0.15 0.13 0.25 0.28 0.12 0.19 0.10 0.20 0.09 0.12 0.08 0.16 0.14 0.11 0.13 0.26 0.36 0.15 0.39 0.62 0.87 0.54
N3 0.16 0.18 0.25 0.27 0.15 0.19 0.11 0.20 0.09 0.13 0.10 0.19 0.14 0.11 0.15 0.25 0.32 0.15 0.38 0.57 0.87 0.53
O2 0.15 0.11 0.25 0.27 0.12 0.18 0.10 0.18 0.12 0.11 0.10 0.15 0.17 0.11 0.13 0.25 0.36 0.15 0.34 0.54 0.75 0.44
O2' 0.27 0.26 0.15 0.23 0.23 0.15 0.19 0.14 0.19 0.20 0.22 0.27 0.19 0.18 0.23 0.20 0.38 0.30 0.32 0.66 0.82 0.48
O3' 0.87 0.57 1.22 1.30 0.63 1.07 0.43 1.05 0.27 0.57 0.33 0.72 0.10 0.42 0.70 1.26 1.54 0.83 1.09 1.43 1.31 1.15
O4 0.17 0.22 0.24 0.25 0.18 0.20 0.15 0.22 0.14 0.15 0.19 0.21 0.10 0.15 0.17 0.24 0.30 0.16 0.42 0.62 0.97 0.61
O4' 0.48 0.41 0.58 0.58 0.38 0.51 0.27 0.51 0.21 0.32 0.28 0.46 0.15 0.25 0.40 0.60 0.64 0.46 0.61 0.82 0.97 0.71
O5' 0.99 0.72 1.12 1.04 0.70 1.00 0.43 0.90 0.29 0.57 0.39 0.88 0.27 0.39 0.77 1.28 1.14 0.95 0.89 1.01 1.07 0.88
OP1 1.52 1.13 1.57 1.46 1.17 1.50 0.87 1.39 0.67 1.06 0.79 1.33 0.37 0.82 1.27 1.76 1.52 1.49 1.32 1.37 1.37 1.26
OP2 1.38 0.86 1.55 1.38 0.86 1.38 0.42 1.18 0.25 0.65 0.36 1.13 0.56 0.34 0.99 1.88 1.53 1.32 1.03 1.08 1.07 0.94
P 1.51 1.10 1.59 1.46 1.11 1.49 0.75 1.35 0.52 0.95 0.68 1.32 0.23 0.69 1.21 1.82 1.55 1.47 1.26 1.32 1.28 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.21 0.20 0.08
C2 0.04 0.00 0.17 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.26 0.03 0.29 0.41 0.66 0.37
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.17 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.24 0.26 0.15
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.03 0.12 0.11 0.17 0.19 0.10 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.24 0.29 0.27 0.24
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.27 0.32 0.59 0.34
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.20 0.06 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.32 0.42 0.76 0.46
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.04 0.34 0.48 0.84 0.51
C8 0.01 0.02 0.08 0.11 0.02 0.05 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04 0.28 0.30 0.60 0.39
N1 0.03 0.01 0.13 0.17 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.22 0.03 0.32 0.47 0.79 0.46
N3 0.04 0.01 0.17 0.19 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.23 0.03 0.25 0.35 0.55 0.30
N6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.14 0.05 0.37 0.55 0.94 0.58
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.33 0.44 0.79 0.51
N9 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.21 0.22 0.46 0.25
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.11 0.14 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.08 0.32 0.13 0.11
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.13 0.02 0.11 0.04 0.15 0.12 0.22 0.23 0.14 0.12 0.05 0.04 0.00 0.02 0.25 0.37 0.26 0.27
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.12 0.28 0.11 0.17
O5' 0.08 0.29 0.16 0.24 0.27 0.02 0.32 0.01 0.34 0.28 0.32 0.25 0.37 0.33 0.21 0.08 0.25 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.21 0.41 0.24 0.29 0.32 0.20 0.42 0.04 0.48 0.30 0.47 0.35 0.55 0.44 0.22 0.32 0.37 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.66 0.26 0.27 0.59 0.06 0.76 0.14 0.84 0.60 0.79 0.55 0.94 0.79 0.46 0.13 0.26 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.37 0.15 0.24 0.34 0.07 0.46 0.01 0.51 0.39 0.46 0.30 0.58 0.51 0.25 0.11 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00