Doublet Group distance statistics: 54874

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.018
O2	A	0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.023
O4	A	0, 0.036, 0.080, 0.125, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.080 std_dev=0.044
N1	B	0, 0.135, 0.326, 0.516, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.326 std_dev=0.191
C4	B	0, 0.183, 0.392, 0.600, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.392 std_dev=0.208
C6	B	0, 0.128, 0.343, 0.559, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.343 std_dev=0.216
C5	B	0, 0.146, 0.391, 0.636, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.391 std_dev=0.245
N9	B	0, 0.221, 0.468, 0.714, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.468 std_dev=0.247
N3	B	0, 0.147, 0.418, 0.688, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.418 std_dev=0.270
C2	B	0, 0.101, 0.379, 0.657, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.379 std_dev=0.278
C3'	B	0, 0.323, 0.603, 0.882, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.603 std_dev=0.280
N6	B	0, 0.143, 0.426, 0.709, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.426 std_dev=0.283
O4'	B	0, 0.305, 0.591, 0.878, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.591 std_dev=0.286
C1'	B	0, 0.289, 0.576, 0.864, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.576 std_dev=0.287
C4'	B	0, 0.313, 0.609, 0.905, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.609 std_dev=0.296
C2'	B	0, 0.341, 0.652, 0.962, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.652 std_dev=0.311
O4'	A	0, 0.236, 0.560, 0.885, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.560 std_dev=0.324
C8	B	0, 0.201, 0.527, 0.853, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.527 std_dev=0.326
C2'	A	0, 0.291, 0.637, 0.984, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.637 std_dev=0.346
C5'	B	0, 0.323, 0.670, 1.017, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.670 std_dev=0.347
N7	B	0, 0.162, 0.518, 0.873, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.518 std_dev=0.355
O3'	B	0, 0.427, 0.783, 1.140, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.783 std_dev=0.357
O2'	B	0, 0.425, 0.808, 1.191, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.808 std_dev=0.383
O5'	B	0, 0.348, 0.810, 1.272, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.810 std_dev=0.462
P	B	0, 0.452, 0.927, 1.402, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.927 std_dev=0.475
C4'	A	0, 0.425, 0.951, 1.477, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.951 std_dev=0.526
OP2	B	0, 0.500, 1.027, 1.554, 1.512 max_d=1.512 avg_d=1.027 std_dev=0.527
OP1	B	0, 0.457, 0.992, 1.528, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.992 std_dev=0.535
C3'	A	0, 0.663, 1.237, 1.811, 1.653 max_d=1.653 avg_d=1.237 std_dev=0.574
O2'	A	0, 0.710, 1.327, 1.945, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.327 std_dev=0.617
C5'	A	0, 0.190, 0.845, 1.500, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.845 std_dev=0.655
O3'	A	0, 1.214, 2.209, 3.204, 2.847 max_d=2.847 avg_d=2.209 std_dev=0.995
O5'	A	0, 0.978, 2.134, 3.289, 3.696 max_d=3.696 avg_d=2.134 std_dev=1.155
OP2	A	0, 0.639, 1.898, 3.156, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.898 std_dev=1.258
P	A	0, 0.778, 2.042, 3.306, 3.831 max_d=3.831 avg_d=2.042 std_dev=1.264
OP1	A	0, 0.876, 2.199, 3.522, 3.880 max_d=3.880 avg_d=2.199 std_dev=1.323

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.10	0.01	0.01	0.08	0.09	0.17	0.13
C2	0.02	0.00	0.10	0.13	0.01	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.12	0.02	0.02	0.20	0.23	0.27	0.29
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.09	0.07	0.01	0.07	0.18	0.00	0.02	0.03	0.01	0.07	0.12	0.17	0.09
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.13	0.00	0.13	0.02	0.12	0.07	0.14	0.18	0.02	0.01	0.14	0.02	0.13	0.16	0.06	0.10
C4	0.01	0.01	0.03	0.13	0.00	0.09	0.01	0.20	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.07	0.01	0.04	0.25	0.34	0.32	0.38
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.09	0.00	0.11	0.01	0.09	0.05	0.08	0.08	0.11	0.01	0.10	0.01	0.02	0.07	0.07	0.02
C5	0.01	0.00	0.05	0.13	0.01	0.11	0.00	0.20	0.01	0.00	0.00	0.00	0.11	0.10	0.01	0.05	0.21	0.31	0.24	0.33
C5'	0.05	0.13	0.09	0.02	0.20	0.01	0.20	0.00	0.16	0.11	0.17	0.13	0.04	0.07	0.22	0.02	0.01	0.04	0.10	0.01
C6	0.02	0.01	0.07	0.12	0.01	0.09	0.01	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.09	0.01	0.05	0.15	0.22	0.20	0.24
N1	0.00	0.01	0.01	0.07	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.02	0.06	0.03	0.01	0.01	0.14	0.18	0.20	0.22
N3	0.01	0.00	0.07	0.14	0.01	0.08	0.00	0.17	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.10	0.02	0.02	0.25	0.30	0.33	0.36
O2	0.03	0.00	0.18	0.18	0.02	0.08	0.00	0.13	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.22	0.03	0.03	0.21	0.21	0.29	0.28
O2'	0.02	0.08	0.00	0.02	0.11	0.11	0.11	0.04	0.09	0.06	0.10	0.11	0.00	0.04	0.13	0.08	0.07	0.12	0.14	0.03
O3'	0.10	0.12	0.02	0.01	0.07	0.01	0.10	0.07	0.09	0.03	0.10	0.22	0.04	0.00	0.09	0.08	0.16	0.31	0.17	0.19
O4	0.01	0.02	0.03	0.14	0.01	0.10	0.01	0.22	0.01	0.01	0.02	0.03	0.13	0.09	0.00	0.04	0.28	0.40	0.37	0.43
O4'	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.05	0.02	0.05	0.01	0.02	0.03	0.08	0.08	0.04	0.00	0.09	0.08	0.19	0.13
O5'	0.08	0.20	0.07	0.13	0.25	0.02	0.21	0.01	0.15	0.14	0.25	0.21	0.07	0.16	0.28	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.09	0.23	0.12	0.16	0.34	0.07	0.31	0.04	0.22	0.18	0.30	0.21	0.12	0.31	0.40	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.27	0.17	0.06	0.32	0.07	0.24	0.10	0.20	0.20	0.33	0.29	0.14	0.17	0.37	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.29	0.09	0.10	0.38	0.02	0.33	0.01	0.24	0.22	0.36	0.28	0.03	0.19	0.43	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.18	0.22	0.19	0.15	0.19	0.10	0.20	0.09	0.11	0.10	0.21	0.15	0.10	0.16	0.27	0.20	0.20	0.44	0.41	0.34	0.38
C2	0.21	0.20	0.20	0.17	0.16	0.18	0.11	0.20	0.10	0.12	0.11	0.22	0.15	0.11	0.17	0.25	0.18	0.20	0.45	0.41	0.34	0.39
C2'	0.23	0.19	0.25	0.24	0.17	0.23	0.16	0.26	0.17	0.17	0.13	0.22	0.24	0.18	0.19	0.29	0.25	0.23	0.42	0.41	0.36	0.38
C3'	0.31	0.24	0.31	0.30	0.26	0.31	0.26	0.36	0.25	0.29	0.20	0.29	0.32	0.30	0.28	0.34	0.29	0.33	0.45	0.44	0.42	0.42
C4	0.15	0.23	0.12	0.08	0.14	0.10	0.08	0.14	0.08	0.07	0.16	0.21	0.12	0.08	0.12	0.17	0.07	0.14	0.44	0.37	0.32	0.37
C4'	0.24	0.20	0.23	0.21	0.18	0.23	0.15	0.27	0.14	0.18	0.12	0.23	0.20	0.18	0.20	0.27	0.21	0.25	0.43	0.41	0.36	0.39
C5	0.16	0.23	0.13	0.09	0.14	0.11	0.08	0.15	0.08	0.07	0.16	0.22	0.12	0.08	0.12	0.19	0.09	0.14	0.43	0.37	0.32	0.36
C5'	0.35	0.30	0.31	0.29	0.29	0.34	0.25	0.39	0.21	0.29	0.22	0.33	0.23	0.26	0.31	0.35	0.28	0.37	0.50	0.48	0.44	0.47
C6	0.19	0.23	0.17	0.13	0.15	0.15	0.09	0.17	0.08	0.08	0.14	0.23	0.13	0.08	0.14	0.23	0.13	0.17	0.43	0.38	0.33	0.37
N1	0.21	0.21	0.20	0.17	0.16	0.18	0.10	0.20	0.09	0.11	0.12	0.23	0.14	0.09	0.16	0.25	0.17	0.20	0.44	0.40	0.34	0.39
N3	0.18	0.21	0.15	0.12	0.15	0.14	0.10	0.17	0.09	0.10	0.13	0.21	0.14	0.09	0.14	0.20	0.12	0.17	0.45	0.39	0.34	0.39
O2	0.23	0.17	0.24	0.22	0.18	0.22	0.13	0.23	0.13	0.16	0.12	0.22	0.16	0.13	0.19	0.28	0.23	0.23	0.44	0.42	0.35	0.39
O2'	0.19	0.14	0.18	0.16	0.13	0.18	0.13	0.18	0.15	0.12	0.13	0.18	0.22	0.14	0.14	0.24	0.19	0.21	0.41	0.40	0.31	0.36
O3'	0.32	0.21	0.31	0.30	0.26	0.32	0.27	0.36	0.25	0.31	0.17	0.27	0.33	0.32	0.29	0.34	0.30	0.34	0.44	0.44	0.41	0.41
O4	0.13	0.22	0.10	0.06	0.13	0.07	0.08	0.12	0.09	0.07	0.19	0.19	0.10	0.08	0.11	0.14	0.07	0.12	0.44	0.37	0.32	0.37
O4'	0.22	0.20	0.23	0.20	0.16	0.20	0.10	0.21	0.09	0.12	0.12	0.22	0.12	0.09	0.17	0.28	0.22	0.21	0.45	0.41	0.34	0.39
O5'	0.50	0.44	0.45	0.43	0.44	0.49	0.38	0.54	0.33	0.43	0.35	0.48	0.31	0.40	0.46	0.49	0.40	0.53	0.61	0.58	0.55	0.58
OP1	0.54	0.46	0.48	0.47	0.48	0.55	0.45	0.61	0.40	0.51	0.40	0.50	0.37	0.48	0.51	0.51	0.43	0.58	0.67	0.65	0.65	0.66
OP2	0.71	0.61	0.63	0.61	0.62	0.71	0.55	0.76	0.47	0.62	0.51	0.65	0.39	0.56	0.65	0.67	0.57	0.75	0.80	0.76	0.72	0.76
P	0.63	0.56	0.56	0.54	0.56	0.62	0.51	0.68	0.46	0.57	0.48	0.59	0.41	0.53	0.59	0.59	0.51	0.66	0.75	0.72	0.70	0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.13	0.13	0.07
C2	0.01	0.00	0.11	0.13	0.01	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.15	0.02	0.32	0.28	0.23	0.27
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.03	0.09	0.07	0.12	0.03	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.22	0.25	0.08	0.17
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.03	0.05	0.16	0.09	0.13	0.07	0.13	0.05	0.01	0.01	0.01	0.28	0.31	0.08	0.23
C4	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.04	0.01	0.33	0.28	0.18	0.26
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.05	0.07	0.05	0.06	0.05	0.07	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.09	0.21	0.02
C5	0.00	0.00	0.02	0.05	0.00	0.04	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.01	0.43	0.36	0.28	0.36
C5'	0.04	0.13	0.02	0.03	0.10	0.01	0.12	0.00	0.13	0.13	0.13	0.11	0.14	0.13	0.08	0.05	0.03	0.01	0.01	0.10	0.29	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.05	0.02	0.44	0.39	0.33	0.38
C8	0.01	0.01	0.09	0.16	0.00	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.17	0.03	0.43	0.34	0.18	0.32
N1	0.01	0.01	0.07	0.09	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.09	0.02	0.39	0.34	0.29	0.34
N3	0.01	0.01	0.12	0.13	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.11	0.14	0.02	0.27	0.23	0.17	0.21
N6	0.01	0.00	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.48	0.44	0.40	0.44
N7	0.01	0.01	0.07	0.13	0.01	0.07	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.16	0.02	0.48	0.41	0.31	0.40
N9	0.00	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.01	0.30	0.25	0.12	0.21
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.05	0.06	0.03	0.05	0.05	0.05	0.09	0.11	0.04	0.03	0.01	0.00	0.03	0.05	0.10	0.19	0.08	0.10
O3'	0.01	0.15	0.01	0.01	0.04	0.02	0.07	0.03	0.05	0.17	0.09	0.14	0.09	0.16	0.05	0.03	0.00	0.02	0.21	0.32	0.11	0.22
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.00	0.05	0.02	0.27	0.08
O5'	0.13	0.32	0.22	0.28	0.33	0.01	0.43	0.01	0.44	0.43	0.39	0.27	0.48	0.48	0.30	0.10	0.21	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.13	0.28	0.25	0.31	0.28	0.09	0.36	0.10	0.39	0.34	0.34	0.23	0.44	0.41	0.25	0.19	0.32	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.23	0.08	0.08	0.18	0.21	0.28	0.29	0.33	0.18	0.29	0.17	0.40	0.31	0.12	0.08	0.11	0.27	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.07	0.27	0.17	0.23	0.26	0.02	0.36	0.01	0.38	0.32	0.34	0.21	0.44	0.40	0.21	0.10	0.22	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00