ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54875

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.025, 0.063, 0.101, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.063 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.085, 0.212, 0.340, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.212 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.094, 0.246, 0.399, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.246 std_dev=0.152
C5 B 0, 0.118, 0.288, 0.458, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.288 std_dev=0.170
C4' A 0, 0.130, 0.312, 0.493, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.312 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.135, 0.325, 0.514, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.325 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.115, 0.305, 0.495, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.305 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.149, 0.359, 0.570, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.359 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.073, 0.283, 0.494, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.283 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.095, 0.326, 0.556, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.326 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.176, 0.436, 0.696, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.436 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.204, 0.498, 0.791, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.498 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.211, 0.506, 0.800, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.506 std_dev=0.294
C5' A 0, 0.220, 0.544, 0.868, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.544 std_dev=0.324
N6 B 0, 0.119, 0.445, 0.771, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.445 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.079, 0.407, 0.734, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.407 std_dev=0.328
N7 B 0, 0.103, 0.435, 0.767, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.435 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.137, 0.470, 0.803, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.470 std_dev=0.333
O5' A 0, 0.205, 0.547, 0.889, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.547 std_dev=0.342
C2 B 0, 0.158, 0.536, 0.913, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.536 std_dev=0.378
C3' B 0, 0.233, 0.620, 1.007, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.620 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.051, 0.453, 0.855, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.453 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.224, 0.636, 1.047, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.636 std_dev=0.412
C4' B 0, 0.089, 0.554, 1.018, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.554 std_dev=0.464
O3' B 0, 0.268, 0.766, 1.265, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.766 std_dev=0.499
P A 0, 0.226, 0.757, 1.288, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.757 std_dev=0.531
OP1 A 0, 0.223, 0.809, 1.394, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.809 std_dev=0.585
O2' B 0, 0.278, 0.871, 1.465, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.871 std_dev=0.593
C5' B 0, 0.329, 0.923, 1.516, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.923 std_dev=0.593
OP2 A 0, 0.223, 0.875, 1.527, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.875 std_dev=0.652
O5' B 0, 0.477, 1.167, 1.857, 1.685 max_d=1.685 avg_d=1.167 std_dev=0.690
P B 0, 0.705, 1.702, 2.700, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.702 std_dev=0.998
OP2 B 0, 0.811, 1.986, 3.162, 3.002 max_d=3.002 avg_d=1.986 std_dev=1.175
OP1 B 0, 0.840, 2.027, 3.214, 3.019 max_d=3.019 avg_d=2.027 std_dev=1.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.03 0.11 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.02 0.08 0.11 0.17 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.09 0.13 0.18 0.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.08 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.06
N3 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.06 0.07 0.13 0.10
O2 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.08 0.06
O2' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.11 0.02 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.02 0.10 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.03 0.00 0.13 0.02 0.05 0.17 0.11 0.10
O4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.01 0.10 0.15 0.21 0.16
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.02 0.05 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.04 0.04 0.09 0.11 0.11 0.06 0.13 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.11 0.17 0.15 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.10 0.03 0.06 0.17 0.01 0.18 0.01 0.12 0.08 0.13 0.08 0.02 0.11 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.07 0.03 0.05 0.14 0.02 0.14 0.02 0.10 0.06 0.10 0.06 0.04 0.10 0.16 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.09 0.12 0.07 0.07 0.12 0.08 0.17 0.08 0.15 0.07 0.23 0.12 0.07 0.12 0.16 0.12 0.18 0.21 0.42 0.26
C2 0.04 0.02 0.07 0.11 0.04 0.03 0.10 0.08 0.15 0.07 0.12 0.04 0.22 0.11 0.03 0.11 0.13 0.06 0.21 0.25 0.45 0.30
C2' 0.08 0.07 0.19 0.21 0.06 0.09 0.12 0.11 0.19 0.07 0.17 0.06 0.27 0.13 0.05 0.19 0.28 0.09 0.22 0.23 0.44 0.28
C3' 0.08 0.09 0.19 0.21 0.08 0.10 0.15 0.11 0.22 0.10 0.18 0.08 0.32 0.17 0.06 0.21 0.27 0.07 0.24 0.25 0.48 0.32
C4 0.04 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.14 0.13 0.16 0.14 0.06 0.04 0.27 0.18 0.07 0.09 0.07 0.07 0.26 0.34 0.52 0.37
C4' 0.08 0.06 0.12 0.15 0.06 0.08 0.13 0.09 0.19 0.08 0.16 0.05 0.28 0.14 0.05 0.15 0.20 0.10 0.19 0.21 0.44 0.27
C5 0.03 0.04 0.03 0.08 0.06 0.04 0.14 0.12 0.16 0.13 0.07 0.04 0.27 0.18 0.07 0.09 0.07 0.06 0.25 0.32 0.51 0.36
C5' 0.06 0.05 0.10 0.12 0.06 0.06 0.15 0.08 0.21 0.10 0.16 0.04 0.31 0.17 0.05 0.15 0.17 0.08 0.19 0.22 0.45 0.29
C6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.05 0.02 0.13 0.09 0.17 0.10 0.10 0.03 0.26 0.16 0.05 0.11 0.11 0.04 0.23 0.29 0.49 0.33
N1 0.04 0.01 0.08 0.11 0.04 0.03 0.11 0.07 0.16 0.07 0.12 0.03 0.24 0.12 0.03 0.12 0.14 0.06 0.21 0.25 0.46 0.30
N3 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05 0.03 0.12 0.10 0.16 0.10 0.09 0.03 0.25 0.15 0.05 0.10 0.09 0.04 0.23 0.30 0.49 0.34
O2 0.09 0.06 0.10 0.13 0.05 0.07 0.07 0.09 0.13 0.04 0.13 0.08 0.18 0.07 0.05 0.12 0.17 0.11 0.19 0.22 0.43 0.27
O2' 0.11 0.07 0.21 0.25 0.04 0.14 0.09 0.13 0.16 0.04 0.16 0.05 0.23 0.08 0.05 0.22 0.33 0.13 0.20 0.21 0.40 0.24
O3' 0.11 0.12 0.24 0.26 0.10 0.12 0.17 0.13 0.24 0.11 0.20 0.11 0.34 0.18 0.09 0.27 0.33 0.10 0.25 0.25 0.48 0.32
O4 0.07 0.08 0.05 0.10 0.07 0.10 0.15 0.17 0.15 0.17 0.04 0.05 0.27 0.21 0.10 0.08 0.09 0.11 0.29 0.38 0.54 0.41
O4' 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.08 0.17 0.09 0.15 0.09 0.24 0.13 0.09 0.14 0.13 0.13 0.17 0.19 0.42 0.25
O5' 0.02 0.04 0.10 0.12 0.07 0.04 0.17 0.09 0.23 0.14 0.16 0.04 0.34 0.21 0.06 0.15 0.15 0.03 0.24 0.29 0.50 0.34
OP1 0.04 0.03 0.11 0.12 0.06 0.05 0.18 0.09 0.24 0.15 0.15 0.05 0.38 0.23 0.05 0.17 0.16 0.05 0.24 0.30 0.53 0.36
OP2 0.12 0.11 0.13 0.16 0.16 0.13 0.27 0.18 0.31 0.26 0.21 0.11 0.46 0.33 0.17 0.19 0.15 0.13 0.34 0.43 0.62 0.47
P 0.05 0.08 0.09 0.12 0.12 0.07 0.22 0.13 0.27 0.19 0.19 0.06 0.40 0.27 0.11 0.14 0.13 0.06 0.28 0.35 0.57 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.19 0.12
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.06 0.04 0.18 0.19 0.38 0.25
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.09 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.12 0.05 0.04 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.19 0.21 0.36 0.25
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.04 0.02 0.08 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.25 0.30 0.46 0.34
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.18 0.12 0.05 0.19 0.19 0.10 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.03 0.25 0.32 0.49 0.36
C8 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.03 0.25 0.29 0.39 0.32
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.04 0.04 0.22 0.26 0.45 0.31
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.07 0.04 0.15 0.15 0.33 0.21
N6 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.08 0.02 0.19 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03 0.29 0.39 0.55 0.41
N7 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.09 0.00 0.19 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.28 0.36 0.49 0.38
N9 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.18 0.30 0.22
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.09 0.03 0.12 0.14 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.04 0.07 0.13 0.04 0.07 0.10 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.16 0.12 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.09 0.10 0.17 0.12
O5' 0.09 0.18 0.05 0.06 0.19 0.01 0.25 0.01 0.25 0.25 0.22 0.15 0.29 0.28 0.17 0.05 0.11 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.07 0.19 0.03 0.06 0.21 0.03 0.30 0.05 0.32 0.29 0.26 0.15 0.39 0.36 0.18 0.08 0.16 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.38 0.09 0.05 0.36 0.04 0.46 0.02 0.49 0.39 0.45 0.33 0.55 0.49 0.30 0.06 0.12 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.25 0.05 0.06 0.25 0.01 0.34 0.00 0.36 0.32 0.31 0.21 0.41 0.38 0.22 0.05 0.14 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00