ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54876

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.026, 0.090, 0.153, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.090 std_dev=0.064
N9 B 0, 0.021, 0.190, 0.359, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.190 std_dev=0.169
C8 B 0, 0.071, 0.245, 0.418, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.245 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.073, 0.259, 0.446, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.259 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.008, 0.213, 0.419, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.213 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.078, 0.306, 0.534, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.306 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.075, 0.317, 0.559, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.317 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.080, 0.327, 0.573, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.327 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.098, 0.353, 0.608, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.353 std_dev=0.255
N3 B 0, 0.027, 0.362, 0.697, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.362 std_dev=0.335
C2 B 0, -0.009, 0.334, 0.677, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.334 std_dev=0.343
O2' A 0, 0.118, 0.466, 0.814, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.466 std_dev=0.348
C2' A 0, 0.125, 0.473, 0.822, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.473 std_dev=0.349
O4' A 0, 0.133, 0.524, 0.916, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.524 std_dev=0.391
N6 B 0, 0.091, 0.485, 0.879, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.485 std_dev=0.394
C3' A 0, 0.211, 0.867, 1.522, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.867 std_dev=0.656
C4' A 0, 0.208, 0.925, 1.642, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.925 std_dev=0.717
O3' A 0, 0.283, 1.101, 1.919, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.101 std_dev=0.818
O4' B 0, 0.184, 1.062, 1.940, 2.150 max_d=2.150 avg_d=1.062 std_dev=0.878
C2' B 0, 0.368, 1.291, 2.215, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.291 std_dev=0.924
C3' B 0, 0.433, 1.483, 2.532, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.483 std_dev=1.049
C4' B 0, 0.320, 1.503, 2.686, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.503 std_dev=1.183
C5' A 0, 0.381, 1.649, 2.916, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.649 std_dev=1.267
O3' B 0, 0.345, 1.612, 2.880, 3.098 max_d=3.098 avg_d=1.612 std_dev=1.268
O2' B 0, 0.449, 1.926, 3.403, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.926 std_dev=1.477
C5' B 0, 0.704, 2.809, 4.915, 5.069 max_d=5.069 avg_d=2.809 std_dev=2.106
O5' B 0, 0.822, 3.033, 5.244, 5.209 max_d=5.209 avg_d=3.033 std_dev=2.211
O5' A 0, 0.272, 2.532, 4.793, 5.488 max_d=5.488 avg_d=2.532 std_dev=2.260
P B 0, 1.293, 4.520, 7.748, 7.326 max_d=7.326 avg_d=4.520 std_dev=3.227
P A 0, 0.563, 3.867, 7.171, 8.072 max_d=8.072 avg_d=3.867 std_dev=3.304
OP1 A 0, 0.889, 4.217, 7.545, 8.135 max_d=8.135 avg_d=4.217 std_dev=3.328
OP2 B 0, 1.408, 4.892, 8.377, 7.849 max_d=7.849 avg_d=4.892 std_dev=3.484
OP1 B 0, 1.479, 5.077, 8.675, 7.903 max_d=7.903 avg_d=5.077 std_dev=3.598
OP2 A 0, 0.388, 4.605, 8.822, 10.189 max_d=10.189 avg_d=4.605 std_dev=4.217

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.18 0.07 0.28 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.00 0.04 0.38 0.28 0.71 0.38
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.08 0.17 0.00 0.03 0.03 0.00 0.28 0.16 0.35 0.06
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.01 0.14 0.12 0.20 0.18 0.01 0.00 0.21 0.02 0.37 0.14 0.42 0.14
C4 0.00 0.00 0.03 0.20 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.19 0.00 0.02 0.80 0.85 1.57 1.07
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.07 0.08 0.05 0.04 0.02 0.14 0.00 0.00 0.23 0.06 0.18
C5 0.00 0.00 0.04 0.17 0.00 0.17 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.06 0.96 1.00 1.80 1.29
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.28 0.00 0.33 0.00 0.29 0.15 0.18 0.05 0.03 0.02 0.30 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.14 0.00 0.16 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.01 0.08 0.86 0.78 1.45 1.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.49 0.35 0.83 0.52
N3 0.00 0.00 0.08 0.20 0.00 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.02 0.56 0.53 1.09 0.68
O2 0.01 0.00 0.17 0.18 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.07 0.17 0.19 0.31 0.10
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.04 0.06 0.02 0.00 0.08 0.09 0.07 0.08 0.41 0.07 0.29
O3' 0.04 0.14 0.03 0.00 0.19 0.02 0.17 0.02 0.13 0.09 0.18 0.15 0.08 0.00 0.21 0.03 0.26 0.33 0.20 0.13
O4 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.21 0.00 0.03 0.85 0.97 1.75 1.19
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.02 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07
O5' 0.18 0.38 0.28 0.37 0.80 0.00 0.96 0.00 0.86 0.49 0.56 0.17 0.08 0.26 0.85 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.28 0.16 0.14 0.85 0.23 1.00 0.04 0.78 0.35 0.53 0.19 0.41 0.33 0.97 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.71 0.35 0.42 1.57 0.06 1.80 0.01 1.45 0.83 1.09 0.31 0.07 0.20 1.75 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.38 0.06 0.14 1.07 0.18 1.29 0.01 1.05 0.52 0.68 0.10 0.29 0.13 1.19 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.41 0.45 0.15 0.45 0.19 0.50 0.22 0.17 0.20 0.12 0.25 0.20 0.14 0.24 0.78 0.48 0.49 0.75 1.06 0.70
C2 0.15 0.16 0.35 0.40 0.17 0.40 0.21 0.44 0.24 0.19 0.23 0.14 0.27 0.22 0.17 0.17 0.67 0.46 0.44 0.63 0.98 0.64
C2' 0.15 0.20 0.60 0.58 0.18 0.46 0.19 0.51 0.22 0.17 0.22 0.19 0.24 0.19 0.17 0.50 0.85 0.40 0.51 0.71 1.06 0.69
C3' 0.17 0.21 0.55 0.54 0.20 0.48 0.21 0.53 0.21 0.20 0.22 0.20 0.22 0.21 0.19 0.41 0.86 0.43 0.54 0.74 1.11 0.73
C4 0.16 0.06 0.23 0.36 0.15 0.28 0.20 0.35 0.20 0.22 0.12 0.09 0.26 0.24 0.17 0.22 0.44 0.37 0.49 0.71 1.12 0.79
C4' 0.27 0.22 0.28 0.43 0.24 0.59 0.24 0.61 0.24 0.25 0.22 0.23 0.24 0.25 0.25 0.10 0.91 0.63 0.49 0.77 1.02 0.67
C5 0.15 0.06 0.26 0.39 0.15 0.30 0.19 0.38 0.19 0.21 0.12 0.09 0.24 0.23 0.17 0.18 0.48 0.38 0.54 0.79 1.21 0.86
C5' 0.29 0.18 0.23 0.40 0.22 0.57 0.21 0.58 0.20 0.24 0.17 0.22 0.22 0.22 0.24 0.08 0.89 0.61 0.52 0.82 1.11 0.74
C6 0.14 0.09 0.32 0.41 0.15 0.35 0.20 0.42 0.20 0.20 0.15 0.10 0.25 0.22 0.16 0.12 0.59 0.42 0.53 0.79 1.19 0.82
N1 0.14 0.13 0.36 0.42 0.16 0.40 0.20 0.45 0.22 0.19 0.19 0.12 0.26 0.21 0.16 0.16 0.68 0.45 0.49 0.72 1.09 0.73
N3 0.16 0.12 0.28 0.36 0.17 0.33 0.22 0.37 0.24 0.21 0.20 0.12 0.28 0.23 0.17 0.17 0.54 0.42 0.43 0.61 1.01 0.68
O2 0.15 0.22 0.39 0.42 0.18 0.47 0.22 0.50 0.25 0.18 0.27 0.17 0.26 0.21 0.17 0.25 0.77 0.51 0.40 0.57 0.85 0.52
O2' 0.13 0.24 0.53 0.55 0.20 0.57 0.24 0.64 0.30 0.19 0.30 0.19 0.35 0.23 0.17 0.50 0.95 0.55 0.48 0.69 0.88 0.55
O3' 0.24 0.28 0.55 0.59 0.26 0.61 0.26 0.65 0.26 0.25 0.28 0.27 0.25 0.25 0.25 0.46 1.00 0.54 0.53 0.72 1.01 0.65
O4 0.16 0.03 0.17 0.34 0.15 0.23 0.19 0.32 0.17 0.22 0.07 0.07 0.24 0.24 0.18 0.31 0.33 0.32 0.51 0.73 1.14 0.83
O4' 0.25 0.20 0.26 0.36 0.22 0.48 0.24 0.51 0.23 0.24 0.21 0.21 0.25 0.25 0.23 0.03 0.78 0.57 0.47 0.77 1.06 0.70
O5' 0.41 0.18 0.27 0.53 0.23 0.71 0.21 0.67 0.26 0.24 0.21 0.27 0.40 0.23 0.28 0.36 1.11 0.69 0.60 0.88 1.18 0.81
OP1 0.51 0.25 0.24 0.58 0.28 0.88 0.23 0.82 0.29 0.26 0.22 0.36 0.47 0.26 0.34 0.38 1.22 0.86 0.60 0.89 1.11 0.76
OP2 0.44 0.18 0.27 0.55 0.21 0.77 0.46 0.67 0.68 0.30 0.53 0.22 1.03 0.52 0.23 0.55 1.24 0.69 0.62 0.86 1.31 0.88
P 0.51 0.16 0.19 0.54 0.20 0.84 0.18 0.75 0.32 0.17 0.21 0.32 0.58 0.22 0.28 0.45 1.22 0.83 0.54 0.84 1.13 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00 0.09 0.29 0.14 0.09
C2 0.03 0.00 0.38 0.31 0.00 0.23 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.41 0.35 0.32 0.41 0.75 0.48
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.01 0.12 0.19 0.20 0.16 0.31 0.37 0.16 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.42 0.77 0.71 0.60
C3' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.28 0.00 0.38 0.01 0.40 0.43 0.36 0.27 0.45 0.46 0.26 0.02 0.00 0.02 0.04 0.52 0.25 0.26
C4 0.02 0.00 0.21 0.28 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.18 0.19 0.29 0.28 0.56 0.41
C4' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.09 0.33 0.15 0.23 0.13 0.27 0.11 0.31 0.01 0.00 0.00 0.22 0.08 0.07
C5 0.01 0.00 0.12 0.38 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.06 0.09 0.44 0.50 0.82 0.66
C5' 0.05 0.27 0.19 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.19 0.37 0.21 0.25 0.25 0.35 0.12 0.10 0.21 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.20 0.40 0.00 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.12 0.16 0.47 0.59 0.99 0.74
C8 0.01 0.00 0.16 0.43 0.00 0.33 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.46 0.24 0.20 0.48 0.45 0.56 0.58
N1 0.02 0.00 0.31 0.36 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.27 0.28 0.40 0.50 0.93 0.64
N3 0.03 0.00 0.37 0.27 0.00 0.23 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.43 0.35 0.25 0.33 0.55 0.35
N6 0.01 0.00 0.16 0.45 0.00 0.13 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.13 0.11 0.56 0.76 1.16 0.89
N7 0.01 0.00 0.08 0.46 0.00 0.27 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.43 0.24 0.10 0.56 0.64 0.86 0.78
N9 0.00 0.00 0.03 0.26 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.01 0.23 0.14 0.31 0.29
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.07 0.31 0.23 0.10 0.16 0.46 0.05 0.20 0.24 0.43 0.21 0.00 0.02 0.23 0.31 0.74 0.86 0.58
O3' 0.33 0.41 0.02 0.00 0.18 0.01 0.06 0.21 0.12 0.24 0.27 0.43 0.13 0.24 0.08 0.02 0.00 0.21 0.19 0.22 0.14 0.07
O4' 0.00 0.35 0.02 0.02 0.19 0.00 0.09 0.00 0.16 0.20 0.28 0.35 0.11 0.10 0.01 0.23 0.21 0.00 0.05 0.05 0.08 0.11
O5' 0.09 0.32 0.42 0.04 0.29 0.00 0.44 0.00 0.47 0.48 0.40 0.25 0.56 0.56 0.23 0.31 0.19 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.29 0.41 0.77 0.52 0.28 0.22 0.50 0.02 0.59 0.45 0.50 0.33 0.76 0.64 0.14 0.74 0.22 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.75 0.71 0.25 0.56 0.08 0.82 0.02 0.99 0.56 0.93 0.55 1.16 0.86 0.31 0.86 0.14 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.48 0.60 0.26 0.41 0.07 0.66 0.00 0.74 0.58 0.64 0.35 0.89 0.78 0.29 0.58 0.07 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00