ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54877

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.028
C2' A 0, -0.002, 0.033, 0.069, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.016, 0.064, 0.112, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.064 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.019, 0.068, 0.117, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.068 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.030, 0.104, 0.177, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.104 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.029, 0.110, 0.191, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.110 std_dev=0.081
O4 A 0, 0.012, 0.105, 0.198, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.105 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.014, 0.112, 0.211, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.112 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.057, 0.204, 0.351, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.204 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.043, 0.361, 0.679, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.361 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.133, 0.456, 0.778, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.456 std_dev=0.323
P A 0, 0.133, 0.457, 0.781, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.457 std_dev=0.324
OP2 A 0, 0.136, 0.466, 0.795, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.466 std_dev=0.329
N9 B 0, 0.127, 0.500, 0.873, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.500 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.115, 0.491, 0.867, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.491 std_dev=0.376
N3 B 0, 0.142, 0.542, 0.943, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.542 std_dev=0.400
C6 B 0, 0.106, 0.518, 0.930, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.518 std_dev=0.412
N1 B 0, 0.127, 0.544, 0.962, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.544 std_dev=0.417
C5 B 0, 0.108, 0.527, 0.947, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.527 std_dev=0.419
OP1 A 0, 0.146, 0.571, 0.997, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.571 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.145, 0.577, 1.009, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.577 std_dev=0.432
N6 B 0, 0.136, 0.583, 1.030, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.583 std_dev=0.447
C8 B 0, 0.140, 0.614, 1.088, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.614 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.110, 0.595, 1.080, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.485
N7 B 0, 0.143, 0.641, 1.140, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.641 std_dev=0.499
O5' B 0, 0.127, 0.647, 1.167, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.647 std_dev=0.520
C2' B 0, 0.211, 0.745, 1.279, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.745 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.225, 0.769, 1.314, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.769 std_dev=0.544
C4' B 0, 0.110, 0.696, 1.282, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.696 std_dev=0.586
C3' B 0, 0.167, 0.852, 1.538, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.852 std_dev=0.685
O3' B 0, 0.217, 1.033, 1.850, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.033 std_dev=0.816
OP2 B 0, 0.348, 1.188, 2.027, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.188 std_dev=0.840
P B 0, 0.104, 1.075, 2.046, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.075 std_dev=0.971
C5' B 0, 0.337, 1.357, 2.376, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.357 std_dev=1.020
OP1 B 0, 0.185, 1.984, 3.784, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.984 std_dev=1.799

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.12 0.04 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.14 0.14 0.08 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.04 0.21 0.21 0.17 0.18
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.23 0.21 0.18 0.19
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.21 0.19 0.13 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.15 0.15 0.08 0.11
N3 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.17 0.17 0.12 0.14
O2 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.04 0.03 0.01 0.10 0.12 0.06 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.08 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.17 0.13 0.16 0.15
O4 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.00 0.05 0.23 0.23 0.21 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.13 0.15 0.06 0.10
O5' 0.10 0.14 0.03 0.08 0.21 0.01 0.23 0.01 0.21 0.15 0.17 0.10 0.03 0.17 0.23 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.14 0.08 0.08 0.21 0.09 0.21 0.10 0.19 0.15 0.17 0.12 0.09 0.13 0.23 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.08 0.06 0.09 0.17 0.02 0.18 0.01 0.13 0.08 0.12 0.06 0.05 0.16 0.21 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.04 0.08 0.18 0.01 0.19 0.01 0.16 0.11 0.14 0.09 0.04 0.15 0.21 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.11 0.14 0.22 0.12 0.33 0.20 0.37 0.32 0.27 0.13 0.49 0.38 0.23 0.17 0.14 0.20 0.24 1.26 0.46 0.44
C2 0.18 0.10 0.10 0.09 0.20 0.10 0.32 0.18 0.35 0.31 0.22 0.10 0.49 0.38 0.22 0.18 0.08 0.20 0.23 1.21 0.46 0.42
C2' 0.13 0.11 0.07 0.12 0.18 0.07 0.28 0.14 0.32 0.26 0.24 0.09 0.43 0.32 0.18 0.13 0.14 0.15 0.19 1.12 0.46 0.36
C3' 0.15 0.10 0.07 0.11 0.18 0.08 0.29 0.14 0.32 0.28 0.22 0.09 0.44 0.34 0.19 0.14 0.12 0.17 0.21 1.14 0.44 0.36
C4 0.16 0.16 0.11 0.04 0.14 0.04 0.22 0.19 0.19 0.27 0.13 0.12 0.34 0.32 0.18 0.19 0.09 0.18 0.21 1.17 0.44 0.41
C4' 0.17 0.13 0.10 0.13 0.21 0.11 0.31 0.18 0.35 0.31 0.25 0.12 0.47 0.37 0.22 0.16 0.14 0.19 0.24 1.25 0.44 0.42
C5 0.17 0.13 0.11 0.03 0.15 0.06 0.23 0.19 0.21 0.28 0.12 0.11 0.34 0.32 0.19 0.19 0.07 0.19 0.22 1.21 0.43 0.43
C5' 0.20 0.14 0.12 0.11 0.23 0.12 0.32 0.17 0.35 0.33 0.24 0.13 0.46 0.39 0.24 0.19 0.10 0.22 0.27 1.28 0.40 0.43
C6 0.18 0.09 0.10 0.07 0.17 0.08 0.27 0.20 0.28 0.30 0.15 0.09 0.41 0.35 0.21 0.18 0.07 0.20 0.23 1.25 0.45 0.44
N1 0.18 0.10 0.10 0.10 0.20 0.10 0.31 0.19 0.34 0.31 0.21 0.11 0.47 0.37 0.22 0.18 0.09 0.20 0.24 1.24 0.45 0.43
N3 0.18 0.12 0.10 0.04 0.17 0.06 0.27 0.17 0.28 0.30 0.13 0.10 0.45 0.35 0.20 0.19 0.07 0.19 0.22 1.18 0.45 0.41
O2 0.19 0.15 0.10 0.13 0.24 0.12 0.35 0.17 0.41 0.32 0.32 0.13 0.52 0.39 0.24 0.17 0.12 0.20 0.24 1.20 0.46 0.41
O2' 0.07 0.13 0.07 0.18 0.15 0.06 0.26 0.18 0.31 0.22 0.25 0.08 0.41 0.28 0.14 0.06 0.20 0.09 0.13 1.09 0.50 0.36
O3' 0.11 0.09 0.05 0.12 0.15 0.05 0.25 0.12 0.29 0.24 0.21 0.06 0.40 0.30 0.15 0.09 0.14 0.13 0.17 1.06 0.45 0.33
O4 0.16 0.23 0.14 0.09 0.13 0.01 0.17 0.21 0.14 0.24 0.21 0.17 0.22 0.27 0.16 0.20 0.16 0.16 0.18 1.10 0.42 0.39
O4' 0.20 0.15 0.12 0.15 0.23 0.13 0.33 0.22 0.36 0.33 0.26 0.14 0.48 0.39 0.24 0.18 0.14 0.22 0.26 1.32 0.44 0.46
O5' 0.30 0.21 0.23 0.17 0.31 0.23 0.42 0.17 0.43 0.44 0.31 0.21 0.55 0.49 0.34 0.28 0.14 0.33 0.40 1.33 0.36 0.48
OP1 0.31 0.21 0.24 0.17 0.31 0.23 0.40 0.15 0.40 0.44 0.29 0.22 0.52 0.49 0.34 0.29 0.14 0.34 0.40 1.32 0.34 0.47
OP2 0.28 0.16 0.21 0.14 0.27 0.20 0.36 0.14 0.34 0.41 0.22 0.18 0.45 0.45 0.31 0.27 0.10 0.31 0.39 1.29 0.34 0.47
P 0.30 0.18 0.23 0.18 0.30 0.22 0.39 0.18 0.39 0.43 0.27 0.20 0.51 0.48 0.33 0.28 0.14 0.33 0.40 1.36 0.37 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.50 0.36 0.19
C2 0.05 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.04 0.08 0.78 0.49 0.25
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.15 0.57 0.25 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12 0.08 0.15 0.15 0.10 0.02 0.01 0.02 0.23 0.64 0.27 0.09
C4 0.03 0.00 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.72 0.48 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.16 0.09 0.02 0.16 0.17 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.36 0.28 0.08
C5 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.13 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.07 0.78 0.55 0.33
C5' 0.05 0.19 0.02 0.01 0.22 0.00 0.32 0.00 0.32 0.32 0.27 0.15 0.38 0.37 0.20 0.06 0.01 0.01 0.01 0.38 0.37 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.02 0.07 0.83 0.57 0.34
C8 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.16 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.16 0.04 0.07 0.67 0.52 0.34
N1 0.03 0.00 0.01 0.12 0.01 0.09 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.83 0.55 0.31
N3 0.05 0.00 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.06 0.04 0.09 0.72 0.44 0.21
N6 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.16 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.15 0.03 0.08 0.86 0.61 0.39
N7 0.00 0.01 0.04 0.15 0.01 0.17 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.04 0.09 0.76 0.58 0.37
N9 0.00 0.02 0.03 0.10 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.05 0.64 0.44 0.26
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.03 0.11 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.41 0.23 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.02 0.13 0.01 0.13 0.16 0.10 0.06 0.15 0.17 0.09 0.02 0.00 0.01 0.24 0.63 0.33 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.39 0.36 0.21
O5' 0.06 0.08 0.15 0.23 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.09 0.08 0.09 0.05 0.08 0.24 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.50 0.78 0.57 0.64 0.72 0.36 0.78 0.38 0.83 0.67 0.83 0.72 0.86 0.76 0.64 0.41 0.63 0.39 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.49 0.25 0.27 0.48 0.28 0.55 0.37 0.57 0.52 0.55 0.44 0.61 0.58 0.44 0.23 0.33 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.25 0.04 0.09 0.26 0.08 0.33 0.01 0.34 0.34 0.31 0.21 0.39 0.37 0.26 0.07 0.19 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00