Doublet Group distance statistics: 54878

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4	A	0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N1	A	0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.046 std_dev=0.033
C2	A	0, 0.014, 0.048, 0.081, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.048 std_dev=0.034
C1'	A	0, 0.016, 0.053, 0.091, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.038
O2	A	0, 0.027, 0.091, 0.156, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.091 std_dev=0.065
O4	A	0, 0.030, 0.106, 0.182, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.106 std_dev=0.076
O4'	A	0, 0.031, 0.123, 0.214, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.123 std_dev=0.092
C4'	A	0, 0.072, 0.249, 0.426, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.249 std_dev=0.177
C2'	A	0, 0.071, 0.260, 0.449, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.260 std_dev=0.189
C8	B	0, 0.070, 0.268, 0.467, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.268 std_dev=0.199
C5	B	0, 0.075, 0.275, 0.476, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.275 std_dev=0.200
C6	B	0, 0.087, 0.305, 0.523, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.305 std_dev=0.218
C4	B	0, 0.085, 0.307, 0.529, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.307 std_dev=0.222
N9	B	0, 0.081, 0.305, 0.529, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.305 std_dev=0.224
N7	B	0, 0.058, 0.287, 0.516, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.287 std_dev=0.229
N1	B	0, 0.094, 0.329, 0.563, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.329 std_dev=0.234
N6	B	0, 0.078, 0.336, 0.594, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.336 std_dev=0.258
C2	B	0, 0.110, 0.375, 0.640, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.375 std_dev=0.265
N3	B	0, 0.100, 0.373, 0.645, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.373 std_dev=0.272
C3'	A	0, 0.111, 0.387, 0.662, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.387 std_dev=0.275
C5'	A	0, 0.116, 0.410, 0.704, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.410 std_dev=0.294
C2'	B	0, 0.060, 0.356, 0.653, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.356 std_dev=0.297
O2'	A	0, 0.134, 0.460, 0.786, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.460 std_dev=0.326
C1'	B	0, 0.094, 0.425, 0.755, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.425 std_dev=0.330
C3'	B	0, 0.063, 0.441, 0.820, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.441 std_dev=0.378
O2'	B	0, 0.089, 0.491, 0.894, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.491 std_dev=0.402
O3'	A	0, 0.162, 0.574, 0.986, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.574 std_dev=0.412
O4'	B	0, 0.131, 0.549, 0.966, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.549 std_dev=0.417
O3'	B	0, 0.089, 0.545, 1.000, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.545 std_dev=0.456
C4'	B	0, 0.128, 0.638, 1.147, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.638 std_dev=0.509
O5'	B	0, 0.210, 0.723, 1.236, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.723 std_dev=0.513
OP2	B	0, -0.006, 0.519, 1.044, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.519 std_dev=0.525
C5'	B	0, 0.244, 0.923, 1.602, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.923 std_dev=0.679
P	B	0, 0.109, 0.794, 1.479, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.794 std_dev=0.685
O5'	A	0, 0.112, 1.086, 2.060, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.086 std_dev=0.974
P	A	0, 0.342, 1.723, 3.105, 3.382 max_d=3.382 avg_d=1.723 std_dev=1.382
OP1	B	0, -0.108, 1.364, 2.836, 3.408 max_d=3.408 avg_d=1.364 std_dev=1.472
OP2	A	0, 0.350, 1.857, 3.364, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.857 std_dev=1.507
OP1	A	0, 0.473, 2.196, 3.920, 4.210 max_d=4.210 avg_d=2.196 std_dev=1.723

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.08	0.05	0.23	0.16
C2	0.04	0.00	0.06	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.04	0.02	0.02	0.21	0.25	0.54	0.37
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.11	0.00	0.00	0.03	0.01	0.23	0.16	0.28	0.25
C3'	0.02	0.03	0.00	0.00	0.05	0.01	0.08	0.02	0.08	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01	0.06	0.02	0.38	0.30	0.23	0.33
C4	0.02	0.01	0.03	0.05	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.02	0.01	0.01	0.06	0.05	0.01	0.04	0.36	0.54	0.82	0.61
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.06	0.01	0.03	0.06	0.05	0.01	0.06	0.01	0.01	0.03	0.11	0.02
C5	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.07	0.00	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.06	0.42	0.61	0.84	0.67
C5'	0.02	0.04	0.02	0.02	0.07	0.01	0.08	0.00	0.06	0.03	0.04	0.06	0.04	0.02	0.09	0.01	0.01	0.14	0.30	0.02
C6	0.01	0.01	0.04	0.08	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.08	0.01	0.05	0.38	0.49	0.66	0.56
N1	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.24	0.28	0.50	0.39
N3	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.01	0.01	0.03	0.28	0.39	0.69	0.49
O2	0.05	0.01	0.11	0.08	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.11	0.02	0.04	0.14	0.13	0.44	0.27
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.06	0.05	0.04	0.04	0.03	0.03	0.09	0.16	0.00	0.03	0.07	0.03	0.04	0.18	0.07	0.03
O3'	0.02	0.04	0.00	0.01	0.05	0.01	0.09	0.02	0.08	0.02	0.01	0.11	0.03	0.00	0.07	0.02	0.36	0.27	0.15	0.27
O4	0.02	0.02	0.03	0.06	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.07	0.07	0.00	0.05	0.37	0.60	0.88	0.64
O4'	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.06	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02	0.05	0.00	0.12	0.06	0.01	0.02
O5'	0.08	0.21	0.23	0.38	0.36	0.01	0.42	0.01	0.38	0.24	0.28	0.14	0.04	0.36	0.37	0.12	0.00	0.03	0.01	0.01
OP1	0.05	0.25	0.16	0.30	0.54	0.03	0.61	0.14	0.49	0.28	0.39	0.13	0.18	0.27	0.60	0.06	0.03	0.00	0.01	0.01
OP2	0.23	0.54	0.28	0.23	0.82	0.11	0.84	0.30	0.66	0.50	0.69	0.44	0.07	0.15	0.88	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.37	0.25	0.33	0.61	0.02	0.67	0.02	0.56	0.39	0.49	0.27	0.03	0.27	0.64	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.15	0.15	0.14	0.14	0.16	0.10	0.08	0.08	0.12	0.10	0.16	0.04	0.09	0.15	0.16	0.19	0.19	0.52	1.11	0.25	0.41
C2	0.15	0.13	0.12	0.11	0.12	0.13	0.09	0.06	0.07	0.10	0.09	0.14	0.03	0.08	0.12	0.12	0.15	0.15	0.54	1.15	0.23	0.43
C2'	0.25	0.20	0.24	0.23	0.18	0.25	0.11	0.17	0.08	0.14	0.12	0.22	0.02	0.10	0.19	0.26	0.29	0.26	0.48	1.01	0.25	0.37
C3'	0.27	0.23	0.26	0.24	0.19	0.26	0.11	0.18	0.09	0.13	0.15	0.25	0.04	0.08	0.19	0.29	0.30	0.27	0.49	1.06	0.21	0.38
C4	0.17	0.16	0.12	0.08	0.14	0.11	0.10	0.02	0.09	0.10	0.13	0.16	0.02	0.08	0.14	0.13	0.09	0.16	0.47	1.17	0.31	0.36
C4'	0.22	0.19	0.19	0.18	0.17	0.21	0.12	0.12	0.10	0.13	0.14	0.20	0.05	0.10	0.17	0.21	0.22	0.23	0.53	1.14	0.23	0.42
C5	0.18	0.18	0.13	0.09	0.14	0.13	0.10	0.03	0.08	0.10	0.13	0.17	0.02	0.08	0.14	0.14	0.11	0.18	0.46	1.16	0.31	0.35
C5'	0.24	0.21	0.20	0.17	0.19	0.21	0.14	0.12	0.12	0.15	0.16	0.22	0.07	0.11	0.19	0.22	0.20	0.25	0.54	1.19	0.24	0.43
C6	0.18	0.17	0.14	0.11	0.14	0.14	0.09	0.04	0.08	0.10	0.13	0.17	0.02	0.07	0.14	0.15	0.14	0.18	0.49	1.16	0.28	0.37
N1	0.17	0.15	0.14	0.13	0.14	0.15	0.10	0.07	0.08	0.11	0.11	0.16	0.03	0.08	0.14	0.14	0.17	0.18	0.53	1.16	0.24	0.41
N3	0.15	0.14	0.11	0.09	0.13	0.11	0.09	0.03	0.07	0.10	0.11	0.14	0.03	0.08	0.13	0.12	0.11	0.15	0.52	1.17	0.26	0.41
O2	0.14	0.09	0.11	0.13	0.10	0.13	0.08	0.08	0.06	0.10	0.05	0.11	0.05	0.08	0.11	0.11	0.17	0.14	0.57	1.13	0.18	0.46
O2'	0.26	0.18	0.24	0.22	0.19	0.26	0.14	0.19	0.11	0.17	0.12	0.21	0.08	0.15	0.20	0.27	0.28	0.27	0.42	0.89	0.31	0.33
O3'	0.28	0.24	0.29	0.27	0.19	0.30	0.10	0.21	0.07	0.12	0.14	0.26	0.04	0.06	0.20	0.33	0.35	0.29	0.45	0.98	0.22	0.34
O4	0.17	0.16	0.12	0.08	0.15	0.12	0.11	0.05	0.10	0.12	0.14	0.16	0.04	0.10	0.15	0.15	0.09	0.17	0.44	1.15	0.35	0.33
O4'	0.18	0.15	0.14	0.12	0.14	0.15	0.11	0.06	0.09	0.12	0.11	0.16	0.06	0.10	0.15	0.15	0.15	0.19	0.54	1.18	0.25	0.44
O5'	0.40	0.30	0.28	0.22	0.34	0.33	0.34	0.30	0.31	0.37	0.28	0.33	0.31	0.36	0.37	0.34	0.17	0.42	0.32	0.92	0.62	0.23
OP1	0.48	0.35	0.33	0.27	0.44	0.42	0.48	0.42	0.46	0.52	0.38	0.39	0.52	0.54	0.48	0.37	0.18	0.53	0.29	0.77	0.82	0.26
OP2	0.83	0.67	0.70	0.69	0.80	0.80	0.85	0.85	0.81	0.90	0.72	0.71	0.87	0.91	0.84	0.72	0.61	0.88	0.49	0.37	1.24	0.60
P	0.55	0.44	0.42	0.38	0.53	0.50	0.56	0.52	0.54	0.60	0.47	0.47	0.59	0.61	0.56	0.46	0.29	0.59	0.25	0.68	0.90	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.04	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.11	0.28	0.09	0.06
C2	0.04	0.00	0.05	0.06	0.01	0.03	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.09	0.04	0.04	0.35	0.83	0.24	0.25
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.05	0.05	0.03	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.26	0.29	0.09	0.17
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.04	0.05	0.05	0.05	0.03	0.03	0.01	0.03	0.00	0.01	0.35	0.20	0.10	0.21
C4	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.32	0.76	0.20	0.22
C4'	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.03	0.03	0.02	0.03	0.03	0.01	0.07	0.02	0.00	0.01	0.11	0.14	0.00
C5	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.39	0.97	0.26	0.28
C5'	0.01	0.08	0.02	0.03	0.07	0.00	0.09	0.00	0.11	0.06	0.10	0.07	0.12	0.09	0.05	0.06	0.05	0.01	0.00	0.25	0.22	0.01
C6	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.03	0.02	0.41	1.06	0.30	0.31
C8	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.06	0.01	0.32	0.79	0.18	0.22
N1	0.04	0.00	0.05	0.05	0.02	0.03	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.08	0.04	0.03	0.40	0.98	0.28	0.29
N3	0.03	0.01	0.05	0.05	0.00	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.03	0.04	0.30	0.69	0.19	0.20
N6	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01	0.03	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.44	1.19	0.33	0.35
N7	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.39	1.02	0.26	0.29
N9	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.26	0.60	0.15	0.17
O2'	0.01	0.09	0.00	0.03	0.04	0.07	0.03	0.06	0.06	0.03	0.08	0.08	0.05	0.02	0.01	0.00	0.11	0.04	0.16	0.12	0.05	0.12
O3'	0.03	0.04	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.05	0.03	0.06	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.11	0.00	0.02	0.28	0.12	0.12	0.16
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.00	0.09	0.07	0.12	0.05
O5'	0.11	0.35	0.26	0.35	0.32	0.01	0.39	0.00	0.41	0.32	0.40	0.30	0.44	0.39	0.26	0.16	0.28	0.09	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.28	0.83	0.29	0.20	0.76	0.11	0.97	0.25	1.06	0.79	0.98	0.69	1.19	1.02	0.60	0.12	0.12	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.24	0.09	0.10	0.20	0.14	0.26	0.22	0.30	0.18	0.28	0.19	0.33	0.26	0.15	0.05	0.12	0.12	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.25	0.17	0.21	0.22	0.00	0.28	0.01	0.31	0.22	0.29	0.20	0.35	0.29	0.17	0.12	0.16	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00