ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54879

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O2' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C3' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O5' A 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.000, 0.335, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N3 B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O3' A 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.000, 0.352, 0.705, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.352 std_dev=0.352
N1 B 0, 0.000, 0.371, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O5' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C3' B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C5' A 0, 0.000, 0.383, 0.765, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C1' B 0, 0.000, 0.452, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.000, 0.457, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C6 B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
N9 B 0, 0.000, 0.509, 1.017, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C5 B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
N6 B 0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
OP2 A 0, 0.000, 0.569, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.569 std_dev=0.569
P A 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
C8 B 0, 0.000, 0.676, 1.352, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.676 std_dev=0.676
N7 B 0, 0.000, 0.695, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.695 std_dev=0.695
P B 0, 0.000, 0.712, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.712 std_dev=0.712
OP2 B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
OP1 A 0, 0.000, 0.806, 1.612, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.806 std_dev=0.806
OP1 B 0, 0.000, 0.943, 1.886, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.943 std_dev=0.943

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.19 0.16
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.09 0.16 0.22 0.19
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.12 0.17 0.15
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.15 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.08 0.03 0.00
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.03
O4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.13 0.20 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00
O5' 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.04 0.06 0.12 0.05 0.16 0.04 0.12 0.04 0.06 0.02 0.08 0.11 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.11 0.06 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.17 0.11 0.15 0.09 0.03 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.15 0.09 0.11 0.05 0.00 0.03 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.06 0.01 0.04 0.09 0.02 0.15 0.05 0.18 0.13 0.14 0.04 0.23 0.16 0.08 0.06 0.03 0.02 0.05 0.11 0.36 0.23
C2 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.12 0.03 0.16 0.10 0.10 0.03 0.24 0.15 0.04 0.09 0.03 0.02 0.03 0.12 0.35 0.23
C2' 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.17 0.12 0.11 0.02 0.24 0.17 0.05 0.13 0.04 0.03 0.00 0.07 0.33 0.20
C3' 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03 0.06 0.12 0.02 0.15 0.10 0.08 0.05 0.23 0.16 0.03 0.14 0.05 0.05 0.02 0.08 0.32 0.19
C4 0.08 0.14 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.12 0.16 0.09 0.03 0.11 0.02 0.06 0.00 0.16 0.34 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.02 0.17 0.12 0.12 0.01 0.23 0.16 0.06 0.08 0.01 0.01 0.03 0.11 0.36 0.23
C5 0.07 0.11 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.10 0.13 0.08 0.02 0.11 0.02 0.06 0.00 0.15 0.34 0.22
C5' 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.02 0.16 0.05 0.18 0.14 0.13 0.02 0.26 0.19 0.08 0.07 0.05 0.00 0.06 0.16 0.40 0.27
C6 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.02 0.05 0.17 0.11 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.13 0.34 0.22
N1 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.11 0.03 0.14 0.10 0.08 0.02 0.21 0.14 0.04 0.08 0.03 0.01 0.03 0.12 0.35 0.23
N3 0.06 0.11 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.12 0.07 0.01 0.10 0.23 0.12 0.00 0.11 0.03 0.05 0.02 0.14 0.35 0.23
O2 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.00 0.16 0.03 0.20 0.12 0.17 0.01 0.26 0.17 0.06 0.08 0.03 0.01 0.04 0.10 0.35 0.22
O2' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.20 0.15 0.16 0.05 0.25 0.19 0.09 0.09 0.04 0.02 0.02 0.06 0.33 0.20
O3' 0.08 0.04 0.09 0.06 0.01 0.09 0.11 0.06 0.14 0.09 0.06 0.07 0.22 0.15 0.01 0.18 0.09 0.08 0.06 0.04 0.29 0.16
O4 0.09 0.18 0.06 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.15 0.12 0.06 0.05 0.11 0.03 0.08 0.00 0.18 0.34 0.23
O4' 0.03 0.07 0.04 0.07 0.09 0.04 0.14 0.07 0.17 0.12 0.13 0.05 0.21 0.16 0.08 0.03 0.07 0.03 0.07 0.13 0.37 0.25
O5' 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.14 0.05 0.16 0.14 0.09 0.01 0.25 0.18 0.06 0.07 0.05 0.00 0.05 0.18 0.40 0.27
OP1 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.14 0.02 0.17 0.13 0.08 0.05 0.28 0.20 0.04 0.13 0.03 0.05 0.04 0.21 0.42 0.28
OP2 0.07 0.05 0.09 0.16 0.13 0.10 0.22 0.15 0.24 0.23 0.14 0.04 0.34 0.28 0.14 0.01 0.17 0.07 0.16 0.35 0.53 0.40
P 0.04 0.04 0.06 0.11 0.11 0.06 0.20 0.11 0.22 0.19 0.13 0.03 0.31 0.25 0.11 0.03 0.12 0.04 0.12 0.28 0.48 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.00 0.04 0.23 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.10 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.21 0.13
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.22 0.14
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.08 0.24 0.16
C8 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.03 0.16 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.25 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.21 0.13
N6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.24 0.16
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.06 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.17 0.11
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.11 0.04
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.08 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.07
O5' 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.10 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.02 0.10 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.10 0.13 0.03 0.08 0.06 0.06 0.08 0.03 0.07 0.02 0.10 0.06 0.01 0.12 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.23 0.12 0.10 0.21 0.07 0.22 0.02 0.24 0.16 0.25 0.21 0.24 0.19 0.17 0.11 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.05 0.03 0.13 0.03 0.14 0.00 0.16 0.11 0.16 0.13 0.16 0.13 0.11 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00