ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54880

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.000, 0.185, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.185 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
N9 B 0, 0.000, 0.207, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
N7 B 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C3' A 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.000, 0.356, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.356 std_dev=0.356
N6 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C4' A 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O3' A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C3' B 0, 0.000, 0.503, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.503 std_dev=0.503
O4' B 0, 0.000, 0.556, 1.112, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.556 std_dev=0.556
O2' B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O3' B 0, 0.000, 0.638, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C5' A 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C4' B 0, 0.000, 0.769, 1.538, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.769 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.000, 1.014, 2.027, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.014 std_dev=1.014
O5' B 0, 0.000, 1.056, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.056 std_dev=1.056
O5' A 0, 0.000, 1.535, 3.071, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.535 std_dev=1.535
P B 0, 0.000, 1.538, 3.076, 3.076 max_d=3.076 avg_d=1.538 std_dev=1.538
OP2 B 0, 0.000, 1.669, 3.339, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.669 std_dev=1.669
OP1 B 0, 0.000, 1.749, 3.499, 3.499 max_d=3.499 avg_d=1.749 std_dev=1.749
P A 0, 0.000, 2.044, 4.088, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.044 std_dev=2.044
OP2 A 0, 0.000, 2.375, 4.750, 4.750 max_d=4.750 avg_d=2.375 std_dev=2.375
OP1 A 0, 0.000, 2.415, 4.830, 4.830 max_d=4.830 avg_d=2.415 std_dev=2.415

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.28 0.07 0.20 0.04
C2 0.00 0.00 0.04 0.14 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.02 0.02 0.58 0.23 0.52 0.38
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.18 0.05 0.30 0.07
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.06 0.08 0.15 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.14 0.03 0.37 0.12
C4 0.04 0.01 0.02 0.14 0.00 0.14 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.84 0.61 0.69 0.69
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.14 0.00 0.12 0.01 0.09 0.07 0.12 0.07 0.04 0.01 0.16 0.00 0.02 0.11 0.16 0.07
C5 0.04 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.84 0.62 0.57 0.64
C5' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.24 0.01 0.20 0.00 0.14 0.12 0.22 0.14 0.04 0.01 0.28 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01
C6 0.04 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.06 0.71 0.40 0.40 0.43
N1 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.54 0.18 0.38 0.29
N3 0.01 0.00 0.03 0.15 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.01 0.04 0.72 0.43 0.65 0.56
O2 0.02 0.00 0.05 0.15 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.01 0.00 0.46 0.09 0.49 0.29
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.19 0.23 0.04
O3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.01 0.06 0.08 0.16 0.15 0.01 0.00 0.17 0.01 0.03 0.01 0.40 0.08
O4 0.04 0.02 0.03 0.16 0.01 0.16 0.02 0.28 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.08 0.90 0.74 0.78 0.79
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.21 0.12 0.07 0.07
O5' 0.28 0.58 0.18 0.14 0.84 0.02 0.84 0.01 0.71 0.54 0.72 0.46 0.05 0.03 0.90 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.07 0.23 0.05 0.03 0.61 0.11 0.62 0.08 0.40 0.18 0.43 0.09 0.19 0.01 0.74 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.52 0.30 0.37 0.69 0.16 0.57 0.18 0.40 0.38 0.65 0.49 0.23 0.40 0.78 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.38 0.07 0.12 0.69 0.07 0.64 0.01 0.43 0.29 0.56 0.29 0.04 0.08 0.79 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.14 0.16 0.01 0.14 0.07 0.08 0.12 0.05 0.10 0.09 0.16 0.02 0.06 0.15 0.31 0.01 0.19 0.32 0.53 0.73 0.52
C2 0.22 0.16 0.16 0.01 0.14 0.06 0.08 0.12 0.05 0.10 0.10 0.17 0.02 0.07 0.15 0.30 0.01 0.18 0.31 0.51 0.71 0.51
C2' 0.30 0.20 0.25 0.11 0.18 0.18 0.09 0.00 0.05 0.12 0.10 0.22 0.05 0.07 0.19 0.41 0.12 0.27 0.20 0.38 0.60 0.39
C3' 0.47 0.36 0.41 0.27 0.35 0.36 0.25 0.17 0.20 0.29 0.26 0.39 0.09 0.23 0.36 0.57 0.26 0.46 0.02 0.22 0.42 0.22
C4 0.15 0.12 0.09 0.08 0.11 0.05 0.07 0.25 0.06 0.07 0.10 0.12 0.01 0.05 0.11 0.20 0.09 0.09 0.42 0.65 0.82 0.65
C4' 0.39 0.28 0.31 0.15 0.28 0.24 0.22 0.05 0.18 0.25 0.22 0.31 0.09 0.20 0.30 0.46 0.12 0.37 0.14 0.37 0.55 0.35
C5 0.16 0.14 0.10 0.07 0.11 0.04 0.07 0.25 0.06 0.07 0.11 0.13 0.00 0.05 0.11 0.22 0.09 0.10 0.42 0.68 0.84 0.66
C5' 0.53 0.40 0.43 0.27 0.42 0.37 0.35 0.17 0.31 0.39 0.34 0.43 0.22 0.34 0.44 0.58 0.23 0.51 0.01 0.26 0.41 0.22
C6 0.20 0.16 0.14 0.03 0.14 0.01 0.08 0.20 0.07 0.09 0.11 0.16 0.01 0.06 0.14 0.27 0.05 0.15 0.38 0.63 0.81 0.62
N1 0.23 0.16 0.16 0.00 0.15 0.05 0.09 0.14 0.06 0.10 0.11 0.17 0.01 0.07 0.15 0.30 0.01 0.18 0.33 0.55 0.75 0.55
N3 0.19 0.14 0.13 0.03 0.13 0.01 0.08 0.18 0.06 0.09 0.11 0.14 0.01 0.06 0.13 0.24 0.05 0.14 0.35 0.55 0.74 0.56
O2 0.25 0.16 0.19 0.04 0.15 0.11 0.08 0.06 0.05 0.11 0.08 0.17 0.03 0.07 0.16 0.33 0.04 0.21 0.26 0.43 0.64 0.44
O2' 0.14 0.03 0.09 0.04 0.02 0.04 0.05 0.13 0.08 0.02 0.04 0.05 0.14 0.06 0.04 0.25 0.04 0.12 0.33 0.50 0.71 0.51
O3' 0.53 0.38 0.46 0.34 0.38 0.44 0.27 0.27 0.21 0.33 0.27 0.43 0.09 0.25 0.41 0.64 0.33 0.53 0.07 0.11 0.32 0.11
O4 0.11 0.10 0.05 0.12 0.08 0.11 0.05 0.31 0.05 0.04 0.09 0.09 0.01 0.03 0.08 0.14 0.14 0.05 0.46 0.69 0.86 0.69
O4' 0.27 0.18 0.19 0.02 0.18 0.09 0.12 0.11 0.10 0.14 0.13 0.20 0.03 0.11 0.19 0.33 0.01 0.23 0.30 0.54 0.72 0.52
O5' 0.98 0.83 0.84 0.69 0.90 0.81 0.90 0.64 0.86 0.94 0.83 0.86 0.83 0.92 0.93 0.95 0.62 0.98 0.49 0.24 0.12 0.29
OP1 0.75 0.54 0.54 0.36 0.68 0.52 0.72 0.35 0.68 0.78 0.59 0.58 0.71 0.79 0.73 0.64 0.23 0.76 0.23 0.05 0.09 0.05
OP2 1.21 0.97 1.03 0.84 1.07 1.00 1.02 0.79 0.94 1.10 0.92 1.04 0.86 1.05 1.12 1.18 0.75 1.21 0.63 0.31 0.22 0.40
P 0.96 0.76 0.78 0.61 0.87 0.75 0.87 0.57 0.81 0.93 0.76 0.80 0.79 0.92 0.92 0.90 0.51 0.97 0.43 0.15 0.07 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C2 0.08 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.10 0.06 0.30 0.37 0.53 0.40
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.11 0.06
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.09 0.09 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.12 0.07
C4 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.14 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.23 0.25 0.36 0.29
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C5 0.04 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.01 0.27 0.32 0.45 0.38
C5' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.14 0.01 0.18 0.00 0.20 0.11 0.19 0.11 0.21 0.17 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.06 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.06 0.03 0.32 0.41 0.58 0.46
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.11 0.11 0.16
N1 0.08 0.00 0.02 0.09 0.02 0.05 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.09 0.04 0.34 0.43 0.60 0.47
N3 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.02 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.06 0.24 0.27 0.40 0.30
N6 0.07 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.21 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.10 0.04 0.03 0.32 0.45 0.62 0.50
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.22 0.26 0.33 0.33
N9 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.16 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.09 0.01 0.11 0.10 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.13 0.06
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.12 0.09
O5' 0.02 0.30 0.06 0.08 0.23 0.01 0.27 0.01 0.32 0.10 0.34 0.24 0.32 0.22 0.12 0.01 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.01 0.37 0.04 0.05 0.25 0.01 0.32 0.01 0.41 0.11 0.43 0.27 0.45 0.26 0.12 0.02 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.53 0.11 0.12 0.36 0.01 0.45 0.01 0.58 0.11 0.60 0.40 0.62 0.33 0.16 0.04 0.13 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.40 0.06 0.07 0.29 0.02 0.38 0.01 0.46 0.16 0.47 0.30 0.50 0.33 0.15 0.01 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00