ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C2 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.000, 0.151, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
N9 B 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
N7 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.000, 0.289, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.289 std_dev=0.289
P A 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
C6 B 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.000, 0.374, 0.748, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.374 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
P B 0, 0.000, 0.532, 1.064, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.532 std_dev=0.532
OP2 A 0, 0.000, 0.543, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.543 std_dev=0.543
N6 B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
OP2 B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
C2' B 0, 0.000, 0.598, 1.195, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O5' B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
O3' B 0, 0.000, 0.832, 1.665, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.832 std_dev=0.832
O2' B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.17 0.07
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.28 0.14
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.21 0.34 0.19
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.10 0.21 0.33 0.19
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.14 0.27 0.16
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.24 0.13
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.16 0.32 0.17
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.27 0.13
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.12 0.05
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.10 0.24 0.35 0.20
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.04
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.10 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.10 0.01 0.01 0.21 0.06 0.21 0.07 0.14 0.09 0.16 0.07 0.03 0.04 0.24 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.28 0.13 0.07 0.34 0.05 0.33 0.01 0.27 0.24 0.32 0.27 0.12 0.03 0.35 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.05 0.04 0.19 0.01 0.19 0.00 0.16 0.13 0.17 0.13 0.05 0.01 0.20 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.23 0.30 0.06 0.17 0.07 0.20 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.21 0.38 0.05 0.28 0.15 0.02 0.15
C2 0.07 0.07 0.21 0.28 0.07 0.16 0.07 0.19 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.18 0.35 0.05 0.30 0.16 0.01 0.16
C2' 0.07 0.03 0.26 0.31 0.04 0.15 0.03 0.16 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.25 0.41 0.02 0.26 0.15 0.04 0.14
C3' 0.11 0.05 0.28 0.32 0.07 0.17 0.06 0.17 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.09 0.29 0.41 0.06 0.25 0.13 0.05 0.13
C4 0.11 0.07 0.18 0.22 0.09 0.15 0.09 0.16 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.18 0.25 0.09 0.36 0.19 0.05 0.22
C4' 0.09 0.06 0.24 0.30 0.07 0.17 0.07 0.18 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.24 0.39 0.05 0.28 0.15 0.02 0.15
C5 0.11 0.07 0.19 0.22 0.09 0.15 0.08 0.16 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.10 0.20 0.26 0.08 0.36 0.19 0.06 0.22
C5' 0.14 0.10 0.27 0.32 0.12 0.20 0.12 0.22 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.13 0.27 0.39 0.10 0.26 0.12 0.04 0.13
C6 0.10 0.07 0.21 0.25 0.08 0.16 0.08 0.17 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.21 0.31 0.07 0.34 0.18 0.03 0.20
N1 0.08 0.07 0.22 0.28 0.07 0.16 0.07 0.19 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.20 0.35 0.06 0.31 0.16 0.00 0.17
N3 0.09 0.08 0.19 0.25 0.08 0.16 0.08 0.18 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.18 0.30 0.07 0.33 0.17 0.01 0.18
O2 0.04 0.05 0.21 0.30 0.05 0.16 0.06 0.21 0.08 0.05 0.08 0.04 0.10 0.06 0.04 0.17 0.38 0.03 0.27 0.14 0.04 0.14
O2' 0.02 0.01 0.22 0.28 0.00 0.12 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.40 0.03 0.27 0.17 0.03 0.15
O3' 0.11 0.04 0.30 0.32 0.06 0.16 0.04 0.15 0.02 0.07 0.02 0.06 0.00 0.05 0.08 0.32 0.43 0.04 0.23 0.13 0.07 0.11
O4 0.13 0.08 0.17 0.18 0.11 0.14 0.10 0.15 0.08 0.11 0.07 0.10 0.06 0.10 0.11 0.17 0.20 0.11 0.38 0.20 0.07 0.23
O4' 0.08 0.07 0.22 0.29 0.07 0.17 0.08 0.20 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08 0.07 0.20 0.37 0.06 0.30 0.15 0.00 0.17
O5' 0.20 0.14 0.31 0.34 0.17 0.24 0.16 0.25 0.14 0.18 0.13 0.16 0.14 0.17 0.18 0.32 0.41 0.16 0.24 0.09 0.06 0.11
OP1 0.30 0.22 0.38 0.42 0.28 0.34 0.29 0.36 0.27 0.32 0.23 0.24 0.28 0.31 0.30 0.37 0.46 0.28 0.14 0.04 0.17 0.01
OP2 0.45 0.38 0.53 0.56 0.42 0.48 0.42 0.48 0.40 0.44 0.38 0.40 0.39 0.43 0.44 0.53 0.60 0.42 0.04 0.14 0.25 0.10
P 0.29 0.23 0.38 0.42 0.27 0.33 0.27 0.35 0.26 0.29 0.24 0.25 0.26 0.28 0.28 0.38 0.46 0.26 0.17 0.01 0.13 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.12 0.27 0.01
C2 0.02 0.00 0.21 0.26 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.32 0.01 0.27 0.16 0.10 0.13
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.06 0.17 0.21 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.23 0.28 0.07 0.14
C3' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.15 0.00 0.11 0.00 0.15 0.06 0.22 0.24 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.31 0.38 0.01 0.24
C4 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.01 0.31 0.17 0.12 0.14
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.10 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.29 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.01 0.41 0.22 0.02 0.23
C5' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.12 0.11 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.32 0.00
C6 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.01 0.42 0.23 0.03 0.25
C8 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.44 0.23 0.09 0.21
N1 0.02 0.00 0.17 0.22 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.28 0.01 0.35 0.19 0.02 0.20
N3 0.02 0.00 0.21 0.24 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.28 0.01 0.23 0.14 0.15 0.08
N6 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.16 0.02 0.48 0.26 0.11 0.32
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.49 0.25 0.02 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.29 0.17 0.18 0.10
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.14 0.17 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.21 0.16 0.03
O3' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.00 0.12 0.00 0.19 0.07 0.28 0.28 0.16 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.24 0.44 0.10 0.27
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.43 0.15
O5' 0.13 0.27 0.23 0.31 0.31 0.01 0.41 0.01 0.42 0.44 0.35 0.23 0.48 0.49 0.29 0.06 0.24 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.12 0.16 0.28 0.38 0.17 0.15 0.22 0.16 0.23 0.23 0.19 0.14 0.26 0.25 0.17 0.21 0.44 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.10 0.07 0.01 0.12 0.29 0.02 0.32 0.03 0.09 0.02 0.15 0.11 0.02 0.18 0.16 0.10 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.13 0.14 0.24 0.14 0.03 0.23 0.00 0.25 0.21 0.20 0.08 0.32 0.28 0.10 0.03 0.27 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00