ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54882

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C6 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
N6 B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
C2' A 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
N7 B 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4' A 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
N9 B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
O2' A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C3' A 0, 0.000, 0.370, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.370 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.000, 0.447, 0.894, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O4' B 0, 0.000, 0.489, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C2' B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
O5' A 0, 0.000, 0.494, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.000, 0.532, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.532 std_dev=0.532
O3' A 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C3' B 0, 0.000, 0.641, 1.283, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C4' B 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
O5' B 0, 0.000, 0.733, 1.467, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.733 std_dev=0.733
C5' B 0, 0.000, 0.780, 1.561, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.780 std_dev=0.780
P A 0, 0.000, 0.795, 1.590, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.795 std_dev=0.795
O3' B 0, 0.000, 0.801, 1.602, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.801 std_dev=0.801
OP2 A 0, 0.000, 0.813, 1.627, 1.627 max_d=1.627 avg_d=0.813 std_dev=0.813
P B 0, 0.000, 0.968, 1.936, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.968 std_dev=0.968
OP1 A 0, 0.000, 1.001, 2.002, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.001 std_dev=1.001
OP2 B 0, 0.000, 1.024, 2.048, 2.048 max_d=2.048 avg_d=1.024 std_dev=1.024
OP1 B 0, 0.000, 1.154, 2.307, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.154 std_dev=1.154

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.08 0.08 0.11 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.01 0.14 0.16 0.18 0.18
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.09 0.17 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.21 0.00 0.02 0.14 0.15 0.15 0.16
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.09 0.16 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.00 0.02 0.10 0.09 0.08 0.10
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08
N3 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.12 0.13 0.16 0.17
O2 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.06 0.00 0.07 0.07 0.07 0.10 0.12
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.12 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.01 0.21 0.00 0.19 0.07 0.07 0.06 0.03 0.00 0.18 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04
O4 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.00 0.15 0.18 0.21 0.20
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02
O5' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.14 0.00 0.14 0.00 0.10 0.06 0.12 0.07 0.01 0.06 0.15 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.04 0.16 0.01 0.15 0.00 0.09 0.05 0.13 0.07 0.02 0.01 0.18 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.11 0.00 0.02 0.18 0.01 0.15 0.00 0.08 0.06 0.16 0.10 0.00 0.07 0.21 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.00 0.01 0.18 0.00 0.16 0.00 0.10 0.08 0.17 0.12 0.01 0.04 0.20 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.15 0.20 0.23 0.14 0.16 0.13 0.19 0.12 0.13 0.14 0.15 0.11 0.12 0.14 0.17 0.25 0.11 0.28 0.35 0.42 0.32
C2 0.16 0.15 0.22 0.26 0.16 0.19 0.15 0.24 0.13 0.16 0.13 0.16 0.10 0.15 0.16 0.19 0.28 0.15 0.32 0.39 0.46 0.37
C2' 0.19 0.23 0.26 0.28 0.19 0.20 0.16 0.22 0.15 0.16 0.19 0.23 0.11 0.14 0.18 0.25 0.30 0.16 0.30 0.35 0.41 0.32
C3' 0.17 0.21 0.24 0.25 0.16 0.17 0.12 0.19 0.11 0.11 0.15 0.21 0.06 0.09 0.15 0.23 0.27 0.13 0.26 0.30 0.35 0.28
C4 0.10 0.11 0.16 0.21 0.11 0.15 0.12 0.21 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.23 0.09 0.29 0.38 0.45 0.36
C4' 0.15 0.17 0.22 0.24 0.14 0.17 0.11 0.19 0.11 0.11 0.14 0.17 0.07 0.10 0.14 0.21 0.26 0.12 0.27 0.33 0.39 0.30
C5 0.10 0.14 0.16 0.20 0.12 0.13 0.12 0.19 0.14 0.11 0.16 0.12 0.13 0.11 0.11 0.12 0.23 0.08 0.28 0.36 0.43 0.34
C5' 0.12 0.15 0.18 0.20 0.11 0.14 0.08 0.16 0.07 0.08 0.11 0.15 0.04 0.06 0.11 0.18 0.23 0.10 0.23 0.30 0.35 0.27
C6 0.11 0.16 0.18 0.21 0.13 0.14 0.13 0.19 0.14 0.12 0.16 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.24 0.09 0.28 0.35 0.43 0.33
N1 0.13 0.16 0.20 0.23 0.14 0.16 0.13 0.21 0.13 0.13 0.15 0.15 0.11 0.13 0.14 0.17 0.25 0.12 0.29 0.36 0.43 0.34
N3 0.14 0.12 0.20 0.24 0.14 0.18 0.14 0.24 0.13 0.14 0.12 0.13 0.10 0.14 0.14 0.16 0.26 0.13 0.32 0.40 0.47 0.38
O2 0.19 0.14 0.25 0.29 0.17 0.23 0.15 0.27 0.12 0.18 0.11 0.17 0.09 0.16 0.19 0.23 0.31 0.19 0.34 0.41 0.47 0.39
O2' 0.24 0.25 0.32 0.34 0.23 0.25 0.19 0.27 0.18 0.20 0.21 0.26 0.14 0.18 0.23 0.31 0.37 0.21 0.34 0.40 0.45 0.36
O3' 0.20 0.24 0.28 0.28 0.18 0.20 0.12 0.21 0.11 0.12 0.16 0.24 0.05 0.09 0.17 0.29 0.32 0.16 0.27 0.30 0.34 0.27
O4 0.06 0.06 0.13 0.18 0.07 0.12 0.08 0.19 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.09 0.21 0.06 0.28 0.37 0.44 0.35
O4' 0.12 0.14 0.18 0.21 0.13 0.15 0.12 0.19 0.12 0.12 0.13 0.14 0.10 0.11 0.13 0.16 0.23 0.11 0.27 0.35 0.42 0.32
O5' 0.09 0.13 0.15 0.17 0.09 0.11 0.06 0.14 0.06 0.05 0.10 0.13 0.02 0.04 0.08 0.14 0.19 0.07 0.21 0.27 0.33 0.25
OP1 0.13 0.17 0.18 0.18 0.12 0.14 0.08 0.16 0.07 0.07 0.12 0.17 0.02 0.04 0.11 0.18 0.20 0.11 0.22 0.27 0.31 0.25
OP2 0.04 0.09 0.08 0.09 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.03 0.03 0.08 0.11 0.02 0.15 0.20 0.25 0.18
P 0.06 0.09 0.10 0.11 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.01 0.04 0.10 0.13 0.03 0.16 0.22 0.27 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.14 0.21 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.19 0.13
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.15 0.19 0.24 0.18
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.11 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.20 0.27 0.20
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.15 0.16 0.18 0.16
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.18 0.25 0.18
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.11 0.17 0.11
N6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.17 0.23 0.30 0.23
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.17 0.21 0.25 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.14 0.11
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00
O5' 0.05 0.10 0.03 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.15 0.13 0.09 0.17 0.17 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.06 0.14 0.06 0.06 0.14 0.03 0.19 0.02 0.20 0.16 0.18 0.11 0.23 0.21 0.12 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.21 0.09 0.07 0.19 0.02 0.24 0.01 0.27 0.18 0.25 0.17 0.30 0.25 0.14 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.04 0.04 0.13 0.00 0.18 0.01 0.20 0.16 0.18 0.11 0.23 0.21 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00