ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54883

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 B 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 B 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
P A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C4 B 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N7 B 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 B 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
OP2 A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C1' B 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2 B 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C2' B 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C6 B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
N1 B 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N6 B 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4' B 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' B 0, 0.000, 0.089, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.089 std_dev=0.089
O2' B 0, 0.000, 0.101, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C5' B 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
OP1 A 0, 0.000, 0.108, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O3' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O5' B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
P B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00
O2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.03
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.13 0.06 0.07
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.05 0.10 0.11 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.13 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C2' 0.06 0.02 0.07 0.06 0.04 0.06 0.03 0.08 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.05
C3' 0.08 0.04 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.07 0.12 0.08 0.06 0.05 0.03 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.08 0.02 0.05
C4' 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04
C5' 0.04 0.01 0.06 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03
N1 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
N3 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04
O2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
O2' 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.06
O3' 0.10 0.05 0.11 0.11 0.07 0.10 0.06 0.11 0.05 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.09 0.14 0.11 0.08 0.08 0.06 0.11 0.08
O4 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.10 0.04 0.06
O4' 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
O5' 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
OP1 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.05
OP2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
P 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.05
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.06
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03
N6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04 0.07
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
O5' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.10 0.08 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00