ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 2, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.016, 0.042, 0.069, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.019, 0.056, 0.093, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.056 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.041, 0.090, 0.139, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.090 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.032, 0.085, 0.138, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.085 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.054, 0.125, 0.196, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.125 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.036, 0.125, 0.213, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.125 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.059, 0.148, 0.237, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.148 std_dev=0.089
O5' A 0, 0.082, 0.204, 0.326, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.204 std_dev=0.122
C2 B 0, 0.151, 0.301, 0.452, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.301 std_dev=0.150
O2' B 0, 0.137, 0.287, 0.438, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.287 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.118, 0.271, 0.424, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.271 std_dev=0.153
O2 B 0, 0.155, 0.311, 0.467, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.311 std_dev=0.156
P A 0, 0.096, 0.253, 0.409, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.253 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.116, 0.276, 0.437, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.276 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.082, 0.246, 0.410, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.246 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.111, 0.278, 0.445, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.278 std_dev=0.167
C3' B 0, 0.133, 0.300, 0.467, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.300 std_dev=0.167
N3 B 0, 0.172, 0.339, 0.507, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.339 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.188, 0.359, 0.530, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.359 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.092, 0.264, 0.435, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.264 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.124, 0.301, 0.478, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.301 std_dev=0.177
OP1 A 0, 0.128, 0.307, 0.486, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.307 std_dev=0.179
O3' B 0, 0.143, 0.322, 0.501, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.179
C6 B 0, 0.128, 0.315, 0.502, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.315 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.163, 0.351, 0.539, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.351 std_dev=0.188
O4 B 0, 0.193, 0.391, 0.590, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.391 std_dev=0.199
C5' B 0, 0.142, 0.352, 0.562, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.352 std_dev=0.210
P B 0, 0.209, 0.420, 0.631, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.420 std_dev=0.211
OP2 B 0, 0.254, 0.470, 0.685, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.470 std_dev=0.215
O5' B 0, 0.140, 0.361, 0.582, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.361 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.255, 0.502, 0.750, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.502 std_dev=0.248

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.12 0.13 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.08 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.11 0.12 0.11
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.13 0.13 0.14 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.10 0.09 0.09 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.11 0.13 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.07 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
O5' 0.02 0.13 0.03 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.05 0.13 0.10 0.11 0.07 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.12 0.04 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.11 0.05 0.13 0.09 0.11 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.13 0.05 0.06 0.08 0.04 0.10 0.04 0.12 0.06 0.14 0.09 0.13 0.08 0.06 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.13 0.03 0.04 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.05 0.13 0.10 0.12 0.07 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.10 0.11 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.13 0.17 0.12
C2 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.17 0.11
C2' 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.12 0.15 0.11
C3' 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.13 0.08
C4 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.11 0.17 0.11
C4' 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.14 0.09
C5 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.17 0.11
C5' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.07
C6 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.17 0.11
C8 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.12 0.13 0.13 0.17 0.13
N1 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.17 0.11
N3 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.17 0.11
N6 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.17 0.11
N7 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.17 0.13
N9 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.11 0.12 0.17 0.12
O2' 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.12 0.08 0.13 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.07 0.10 0.13 0.15 0.16 0.13
O3' 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.11 0.07
O4' 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.12 0.16 0.11
O5' 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09
OP1 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09 0.08 0.13 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09
OP2 0.11 0.13 0.11 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.12 0.12 0.14 0.14 0.10 0.09 0.14 0.11 0.10 0.10 0.14 0.09
P 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.09 0.08 0.13 0.10 0.09 0.10 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.05 0.09 0.15 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.11 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.10 0.13 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.09 0.12 0.07
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.08 0.14 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.05 0.10 0.14 0.08
O2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.01 0.05 0.09 0.15 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.12 0.07
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.06 0.11 0.04 0.00 0.06 0.01 0.03 0.09 0.04 0.03
O4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.07 0.10 0.11 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.14 0.07
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.06 0.06 0.10 0.05 0.09 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.15 0.11 0.08 0.13 0.07 0.12 0.02 0.14 0.15 0.14 0.15 0.12 0.04 0.11 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.07 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.03 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00