ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54894

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N6 A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
N9 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C3' A 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C2' A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
P A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O2' A 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.000, 0.276, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.276
P B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
O5' B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C5' B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5' A 0, 0.000, 0.292, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
O3' B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
OP2 A 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
OP2 B 0, 0.000, 0.322, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.000, 0.391, 0.781, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.391 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C4 B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4 B 0, 0.000, 0.494, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C6 B 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
O5' A 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
N3 B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C2 B 0, 0.000, 0.653, 1.306, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.653 std_dev=0.653
OP1 A 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
O2 B 0, 0.000, 0.992, 1.984, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.992 std_dev=0.992

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.47 0.07 0.13
C2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.04 0.29 0.29 0.19 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.41 0.12 0.12
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.34 0.15 0.10
C4 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.13 0.38 0.15 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.14 0.05
C5 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.33 0.15 0.07
C5' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.16 0.13 0.14 0.09 0.18 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.13 0.27 0.17 0.06
C8 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.42 0.10 0.08
N1 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.02 0.23 0.25 0.19 0.07
N3 0.05 0.01 0.09 0.06 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.07 0.05 0.26 0.35 0.17 0.13
N6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.18 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.09 0.23 0.17 0.03
N7 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.36 0.12 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.45 0.10 0.12
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.37 0.14 0.07
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.26 0.20 0.06
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.45 0.04 0.13
O5' 0.01 0.29 0.09 0.17 0.13 0.01 0.07 0.00 0.13 0.06 0.23 0.26 0.09 0.02 0.03 0.00 0.15 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.47 0.29 0.41 0.34 0.38 0.32 0.33 0.22 0.27 0.42 0.25 0.35 0.23 0.36 0.45 0.37 0.26 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.19 0.12 0.15 0.15 0.14 0.15 0.17 0.17 0.10 0.19 0.17 0.17 0.12 0.10 0.14 0.20 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.11 0.12 0.10 0.10 0.05 0.07 0.01 0.06 0.08 0.07 0.13 0.03 0.06 0.12 0.07 0.06 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.13 0.06 0.27 0.03 0.31 0.01 0.27 0.18 0.19 0.05 0.05 0.00 0.30 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01
C2 0.03 0.02 0.05 0.06 0.22 0.08 0.24 0.08 0.17 0.07 0.11 0.13 0.21 0.12 0.28 0.05 0.06 0.12 0.08 0.08
C2' 0.06 0.08 0.08 0.02 0.21 0.01 0.24 0.02 0.20 0.12 0.14 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03
C3' 0.07 0.06 0.08 0.04 0.24 0.01 0.29 0.01 0.25 0.14 0.12 0.06 0.02 0.00 0.27 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01
C4 0.02 0.08 0.01 0.04 0.25 0.07 0.26 0.07 0.21 0.11 0.16 0.03 0.14 0.11 0.29 0.03 0.06 0.13 0.07 0.07
C4' 0.14 0.12 0.16 0.12 0.32 0.09 0.39 0.08 0.36 0.22 0.18 0.03 0.05 0.07 0.35 0.11 0.09 0.00 0.05 0.05
C5 0.00 0.09 0.02 0.06 0.25 0.09 0.24 0.09 0.19 0.10 0.17 0.01 0.20 0.13 0.30 0.05 0.07 0.13 0.07 0.08
C5' 0.22 0.17 0.23 0.19 0.42 0.16 0.52 0.15 0.48 0.31 0.25 0.01 0.10 0.14 0.46 0.19 0.17 0.07 0.12 0.13
C6 0.05 0.04 0.08 0.08 0.23 0.11 0.22 0.10 0.15 0.06 0.15 0.10 0.26 0.14 0.29 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08
C8 0.10 0.17 0.11 0.01 0.28 0.03 0.28 0.05 0.25 0.18 0.22 0.12 0.01 0.08 0.32 0.02 0.03 0.11 0.04 0.05
N1 0.06 0.00 0.08 0.08 0.21 0.10 0.22 0.09 0.14 0.04 0.11 0.16 0.26 0.14 0.28 0.07 0.07 0.12 0.08 0.08
N3 0.00 0.05 0.01 0.04 0.24 0.07 0.26 0.07 0.20 0.10 0.14 0.08 0.16 0.11 0.29 0.03 0.05 0.12 0.07 0.07
N6 0.07 0.05 0.10 0.08 0.23 0.11 0.20 0.09 0.12 0.04 0.17 0.10 0.28 0.14 0.29 0.08 0.07 0.10 0.06 0.07
N7 0.05 0.17 0.05 0.03 0.28 0.07 0.27 0.07 0.22 0.16 0.23 0.12 0.12 0.12 0.31 0.02 0.05 0.12 0.05 0.06
N9 0.07 0.12 0.07 0.01 0.26 0.04 0.27 0.05 0.23 0.15 0.18 0.04 0.04 0.08 0.30 0.01 0.04 0.12 0.06 0.06
O2' 0.08 0.11 0.12 0.06 0.23 0.02 0.25 0.02 0.21 0.14 0.16 0.05 0.05 0.03 0.26 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01
O3' 0.06 0.05 0.08 0.05 0.22 0.02 0.27 0.01 0.23 0.12 0.11 0.07 0.02 0.01 0.25 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00
O4' 0.14 0.11 0.16 0.11 0.29 0.08 0.37 0.07 0.34 0.21 0.17 0.02 0.07 0.06 0.32 0.10 0.07 0.02 0.02 0.03
O5' 0.15 0.02 0.17 0.21 0.24 0.19 0.41 0.22 0.39 0.19 0.03 0.25 0.04 0.22 0.25 0.17 0.22 0.18 0.16 0.19
OP1 0.18 0.26 0.20 0.18 0.10 0.21 0.26 0.18 0.19 0.07 0.15 0.51 0.36 0.22 0.16 0.19 0.12 0.18 0.11 0.14
OP2 0.08 0.02 0.05 0.02 0.28 0.01 0.42 0.01 0.37 0.16 0.06 0.25 0.06 0.04 0.31 0.05 0.01 0.15 0.10 0.08
P 0.01 0.10 0.00 0.01 0.21 0.01 0.37 0.00 0.32 0.09 0.02 0.35 0.14 0.02 0.25 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02
C2 0.04 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.07 0.09 0.11 0.15 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.00 0.12 0.02 0.05 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.20 0.05 0.03 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.05 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.03 0.01 0.10 0.18 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.20 0.01 0.03 0.09 0.10 0.10 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.20 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.21 0.02 0.02 0.11 0.12 0.11 0.10
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02
N3 0.04 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.08 0.10 0.15 0.09
O2 0.07 0.01 0.14 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.19 0.01 0.11 0.11 0.15 0.20 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.06 0.07 0.05 0.08 0.01 0.05 0.11 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.21 0.04 0.05 0.19 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03
O4 0.06 0.03 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.11 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O5' 0.03 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.00 0.11 0.03 0.08 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.11 0.06 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.15 0.09 0.06 0.04 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.15 0.20 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.08 0.02 0.10 0.02 0.09 0.12 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00