ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.019, 0.059, 0.099, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.059 std_dev=0.040
N6 A 0, 0.004, 0.046, 0.088, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.046 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.011, 0.064, 0.118, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.064 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.055, 0.285, 0.515, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.285 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.147, 0.431, 0.715, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.431 std_dev=0.284
C2' A 0, 0.049, 0.334, 0.620, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.334 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.149, 0.455, 0.762, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.455 std_dev=0.307
C4' A 0, 0.079, 0.433, 0.787, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.433 std_dev=0.354
O2' A 0, 0.062, 0.444, 0.827, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.444 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.119, 0.521, 0.923, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.521 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.091, 0.506, 0.922, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.506 std_dev=0.415
C5 B 0, 0.217, 0.639, 1.061, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.639 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.160, 0.602, 1.043, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.602 std_dev=0.442
C4 B 0, 0.152, 0.603, 1.054, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.603 std_dev=0.451
C6 B 0, 0.190, 0.669, 1.148, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.669 std_dev=0.479
O3' A 0, 0.135, 0.758, 1.380, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.758 std_dev=0.622
O4' B 0, 0.184, 0.811, 1.438, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.811 std_dev=0.627
C5' A 0, 0.169, 0.801, 1.434, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.801 std_dev=0.633
N4 B 0, 0.151, 0.789, 1.426, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.789 std_dev=0.638
C5' B 0, 0.272, 0.923, 1.574, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.923 std_dev=0.651
C4' B 0, 0.177, 0.845, 1.513, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.845 std_dev=0.668
C1' B 0, 0.117, 0.795, 1.473, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.795 std_dev=0.678
O5' B 0, 0.325, 1.022, 1.719, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.022 std_dev=0.697
C3' B 0, 0.158, 0.867, 1.576, 2.052 max_d=2.052 avg_d=0.867 std_dev=0.709
P B 0, 0.312, 1.135, 1.957, 2.376 max_d=2.376 avg_d=1.135 std_dev=0.822
C2' B 0, 0.113, 0.974, 1.836, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.974 std_dev=0.862
OP1 B 0, 0.305, 1.182, 2.058, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.182 std_dev=0.876
O3' B 0, 0.135, 1.132, 2.130, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.132 std_dev=0.997
O5' A 0, 0.144, 1.410, 2.676, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.410 std_dev=1.266
OP2 A 0, 0.070, 1.549, 3.029, 3.835 max_d=3.835 avg_d=1.549 std_dev=1.479
OP2 B 0, 0.219, 1.750, 3.281, 4.752 max_d=4.752 avg_d=1.750 std_dev=1.531
O2' B 0, -0.020, 1.635, 3.291, 4.486 max_d=4.486 avg_d=1.635 std_dev=1.655
P A 0, -0.116, 1.546, 3.207, 4.234 max_d=4.234 avg_d=1.546 std_dev=1.661
OP1 A 0, -0.247, 2.120, 4.487, 6.366 max_d=6.366 avg_d=2.120 std_dev=2.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.39 0.31 0.49 0.17
C2 0.02 0.00 0.22 0.18 0.01 0.07 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.26 0.13 0.61 0.35 0.51 0.29
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.04 0.10 0.13 0.17 0.23 0.08 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.33 0.60 0.19
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.09 0.22 0.13 0.18 0.10 0.18 0.07 0.01 0.01 0.02 0.13 0.43 0.57 0.28
C4 0.02 0.01 0.12 0.08 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.07 0.65 0.43 0.51 0.35
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.16 0.10 0.06 0.14 0.16 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.25 0.38 0.11
C5 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.12 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.05 0.80 0.61 0.53 0.54
C5' 0.08 0.24 0.04 0.01 0.25 0.01 0.32 0.00 0.33 0.32 0.29 0.20 0.36 0.36 0.23 0.04 0.08 0.02 0.01 0.34 0.25 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.09 0.01 0.12 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.08 0.81 0.62 0.51 0.54
C8 0.01 0.02 0.13 0.22 0.01 0.16 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.23 0.07 0.84 0.68 0.60 0.60
N1 0.02 0.01 0.17 0.13 0.01 0.10 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.19 0.11 0.72 0.48 0.49 0.42
N3 0.02 0.01 0.23 0.18 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.25 0.25 0.12 0.54 0.30 0.53 0.23
N6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.14 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.07 0.89 0.75 0.55 0.66
N7 0.01 0.02 0.09 0.18 0.01 0.16 0.01 0.36 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.20 0.05 0.91 0.78 0.63 0.70
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.63 0.45 0.51 0.35
O2' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.13 0.05 0.07 0.04 0.12 0.09 0.20 0.25 0.09 0.05 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.44 0.58 0.25
O3' 0.03 0.26 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.08 0.12 0.23 0.19 0.25 0.13 0.20 0.06 0.06 0.00 0.05 0.39 0.76 0.53 0.49
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.08 0.07 0.11 0.12 0.07 0.05 0.02 0.07 0.05 0.00 0.40 0.43 0.39 0.22
O5' 0.39 0.61 0.17 0.13 0.65 0.01 0.80 0.01 0.81 0.84 0.72 0.54 0.89 0.91 0.63 0.10 0.39 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.35 0.33 0.43 0.43 0.25 0.61 0.34 0.62 0.68 0.48 0.30 0.75 0.78 0.45 0.44 0.76 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.51 0.60 0.57 0.51 0.38 0.53 0.25 0.51 0.60 0.49 0.53 0.55 0.63 0.51 0.58 0.53 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.29 0.19 0.28 0.35 0.11 0.54 0.01 0.54 0.60 0.42 0.23 0.66 0.70 0.35 0.25 0.49 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.37 0.71 0.36 0.39 0.41 0.39 0.41 0.39 0.39 0.38 0.40 0.36 1.33 0.64 0.49 0.40 0.44 0.62 0.39
C2 0.27 0.25 0.65 0.20 0.35 0.24 0.28 0.30 0.24 0.22 0.34 0.43 0.23 1.08 0.61 0.35 0.29 0.61 0.41 0.30
C2' 0.44 0.40 0.47 0.54 0.41 0.60 0.42 0.60 0.43 0.42 0.40 0.41 0.39 0.95 0.88 0.62 0.60 0.59 0.83 0.58
C3' 0.66 0.53 0.45 0.82 0.54 0.90 0.58 0.92 0.61 0.60 0.51 0.52 0.50 0.76 1.09 0.88 0.91 0.81 1.18 0.91
C4 0.28 0.31 0.65 0.20 0.35 0.28 0.31 0.31 0.28 0.28 0.35 0.39 0.30 1.16 0.63 0.41 0.30 0.55 0.39 0.29
C4' 0.60 0.53 0.58 0.69 0.55 0.81 0.59 0.84 0.60 0.58 0.53 0.55 0.50 1.08 0.85 0.81 0.82 0.70 1.20 0.83
C5 0.23 0.29 0.60 0.16 0.34 0.24 0.29 0.28 0.25 0.25 0.35 0.38 0.29 0.99 0.63 0.38 0.27 0.62 0.34 0.26
C5' 0.84 0.72 0.64 0.92 0.74 1.11 0.79 1.15 0.81 0.79 0.71 0.73 0.67 0.95 0.98 1.08 1.11 0.92 1.52 1.13
C6 0.21 0.24 0.59 0.18 0.33 0.20 0.26 0.25 0.21 0.19 0.33 0.40 0.21 0.87 0.61 0.31 0.26 0.67 0.41 0.25
C8 0.34 0.37 0.60 0.24 0.37 0.37 0.36 0.37 0.35 0.36 0.38 0.38 0.37 1.12 0.69 0.50 0.35 0.54 0.42 0.34
N1 0.24 0.22 0.62 0.19 0.34 0.21 0.27 0.27 0.21 0.20 0.33 0.43 0.19 0.95 0.60 0.31 0.28 0.66 0.43 0.28
N3 0.29 0.28 0.67 0.22 0.35 0.28 0.29 0.32 0.27 0.26 0.35 0.41 0.27 1.18 0.62 0.39 0.31 0.55 0.41 0.31
N6 0.20 0.21 0.54 0.23 0.32 0.20 0.25 0.23 0.19 0.17 0.32 0.40 0.16 0.67 0.59 0.27 0.26 0.73 0.53 0.25
N7 0.26 0.34 0.55 0.16 0.35 0.31 0.32 0.32 0.29 0.30 0.36 0.37 0.35 0.92 0.67 0.45 0.29 0.62 0.31 0.28
N9 0.34 0.35 0.66 0.26 0.36 0.34 0.35 0.35 0.34 0.34 0.37 0.38 0.35 1.24 0.65 0.46 0.34 0.49 0.47 0.33
O2' 0.41 0.37 0.56 0.50 0.38 0.53 0.39 0.53 0.40 0.39 0.37 0.39 0.36 1.08 0.81 0.54 0.53 0.50 0.82 0.52
O3' 0.75 0.58 0.51 0.99 0.58 1.03 0.65 1.06 0.70 0.67 0.54 0.54 0.54 0.65 1.22 0.96 1.08 0.90 1.40 1.08
O4' 0.48 0.43 0.79 0.46 0.46 0.51 0.48 0.51 0.49 0.46 0.43 0.46 0.40 1.47 0.62 0.58 0.50 0.48 0.80 0.49
O5' 1.50 1.21 0.95 1.56 1.18 1.86 1.26 1.85 1.33 1.34 1.14 1.12 1.16 0.56 1.56 1.84 1.79 1.55 2.09 1.80
OP1 1.90 1.38 1.58 2.31 1.39 2.56 1.61 2.77 1.76 1.67 1.28 1.30 1.23 1.07 2.02 2.32 2.78 2.38 3.11 2.82
OP2 1.69 1.23 1.43 2.00 1.20 1.99 1.39 2.02 1.53 1.47 1.12 1.11 1.12 1.27 2.10 1.87 2.10 1.84 2.23 2.11
P 1.76 1.27 1.39 2.09 1.24 2.22 1.42 2.25 1.56 1.52 1.16 1.15 1.16 0.98 2.12 2.08 2.26 1.94 2.44 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.34 0.01 0.12 0.60 0.35 0.21
C2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.02 0.06 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.31 0.14 0.19 0.79 0.75 0.16
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.05 0.02 0.15 0.22 0.18 0.03 0.12 0.06 0.30 0.00 0.07 0.04 0.47 0.72 0.30 0.52
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.34 0.01 0.38 0.02 0.34 0.21 0.27 0.36 0.17 0.03 0.01 0.02 0.11 0.21 0.10 0.09
C4 0.02 0.02 0.05 0.34 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.39 0.22 0.06 0.41 0.85 1.21 0.31
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.23 0.09 0.07 0.16 0.14 0.31 0.05 0.00 0.02 0.17 0.23 0.10
C5 0.02 0.03 0.15 0.38 0.01 0.22 0.00 0.30 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.45 0.26 0.09 0.47 0.81 1.25 0.34
C5' 0.08 0.13 0.22 0.02 0.24 0.01 0.30 0.00 0.26 0.13 0.17 0.27 0.16 0.12 0.20 0.01 0.01 0.19 0.42 0.02
C6 0.01 0.02 0.18 0.34 0.01 0.23 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.40 0.22 0.12 0.37 0.75 0.95 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.19 0.02 0.20 0.73 0.67 0.16
N3 0.03 0.01 0.12 0.27 0.01 0.07 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.28 0.26 0.11 0.30 0.84 0.99 0.22
N4 0.03 0.02 0.06 0.36 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.43 0.24 0.07 0.47 0.87 1.37 0.38
O2 0.06 0.01 0.30 0.17 0.03 0.14 0.03 0.16 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.22 0.49 0.22 0.11 0.77 0.58 0.16
O2' 0.02 0.19 0.00 0.03 0.39 0.31 0.45 0.12 0.40 0.23 0.28 0.43 0.22 0.00 0.11 0.22 0.37 0.58 0.30 0.45
O3' 0.34 0.31 0.07 0.01 0.22 0.05 0.26 0.20 0.22 0.19 0.26 0.24 0.49 0.11 0.00 0.23 0.14 0.45 0.21 0.20
O4' 0.01 0.14 0.04 0.02 0.06 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.22 0.22 0.23 0.00 0.11 0.44 0.37 0.26
O5' 0.12 0.19 0.47 0.11 0.41 0.02 0.47 0.01 0.37 0.20 0.30 0.47 0.11 0.37 0.14 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 0.79 0.72 0.21 0.85 0.17 0.81 0.19 0.75 0.73 0.84 0.87 0.77 0.58 0.45 0.44 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 0.75 0.30 0.10 1.21 0.23 1.25 0.42 0.95 0.67 0.99 1.37 0.58 0.30 0.21 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.16 0.52 0.09 0.31 0.10 0.34 0.02 0.22 0.16 0.22 0.38 0.16 0.45 0.20 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00