Doublet Group distance statistics: 54898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7	A	0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C8	A	0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N6	A	0, 0.009, 0.034, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4'	A	0, 0.238, 0.452, 0.666, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.452 std_dev=0.214
C2'	A	0, 0.249, 0.481, 0.713, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.481 std_dev=0.232
C4'	A	0, 0.277, 0.530, 0.783, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.530 std_dev=0.253
C3'	A	0, 0.312, 0.607, 0.901, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.607 std_dev=0.294
C5'	A	0, 0.374, 0.744, 1.114, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.744 std_dev=0.370
O2'	A	0, 0.416, 0.846, 1.276, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.846 std_dev=0.430
O2	B	0, 0.541, 1.035, 1.529, 1.511 max_d=1.511 avg_d=1.035 std_dev=0.494
O3'	B	0, 0.569, 1.099, 1.629, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.099 std_dev=0.530
O3'	A	0, 0.379, 0.923, 1.467, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.923 std_dev=0.544
C2'	B	0, 0.562, 1.110, 1.659, 1.590 max_d=1.590 avg_d=1.110 std_dev=0.549
C2	B	0, 0.568, 1.118, 1.667, 1.636 max_d=1.636 avg_d=1.118 std_dev=0.549
O2'	B	0, 0.615, 1.168, 1.721, 1.659 max_d=1.659 avg_d=1.168 std_dev=0.553
C3'	B	0, 0.582, 1.141, 1.700, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.141 std_dev=0.559
O4'	B	0, 0.553, 1.118, 1.682, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.118 std_dev=0.565
C1'	B	0, 0.570, 1.137, 1.705, 1.679 max_d=1.679 avg_d=1.137 std_dev=0.568
N3	B	0, 0.591, 1.176, 1.760, 1.725 max_d=1.725 avg_d=1.176 std_dev=0.585
N1	B	0, 0.585, 1.179, 1.774, 1.763 max_d=1.763 avg_d=1.179 std_dev=0.595
C4'	B	0, 0.633, 1.228, 1.823, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.228 std_dev=0.595
C5'	B	0, 0.635, 1.251, 1.868, 1.817 max_d=1.817 avg_d=1.251 std_dev=0.617
O5'	B	0, 0.702, 1.340, 1.978, 1.879 max_d=1.879 avg_d=1.340 std_dev=0.638
C4	B	0, 0.623, 1.280, 1.936, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.280 std_dev=0.657
C6	B	0, 0.617, 1.289, 1.961, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.289 std_dev=0.672
N4	B	0, 0.651, 1.347, 2.044, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.347 std_dev=0.696
C5	B	0, 0.636, 1.341, 2.047, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.341 std_dev=0.706
P	A	0, 0.146, 0.886, 1.626, 2.406 max_d=2.406 avg_d=0.886 std_dev=0.740
O5'	A	0, 0.179, 0.929, 1.679, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.929 std_dev=0.750
P	B	0, 0.946, 1.781, 2.617, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.781 std_dev=0.835
OP1	B	0, 1.103, 2.009, 2.915, 2.610 max_d=2.610 avg_d=2.009 std_dev=0.906
OP2	A	0, 0.044, 1.030, 2.017, 3.125 max_d=3.125 avg_d=1.030 std_dev=0.986
OP2	B	0, 1.205, 2.242, 3.279, 2.984 max_d=2.984 avg_d=2.242 std_dev=1.037
OP1	A	0, -0.041, 1.284, 2.610, 4.137 max_d=4.137 avg_d=1.284 std_dev=1.325

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.17	0.00	0.11	0.10	0.14	0.06
C2	0.02	0.00	0.07	0.31	0.02	0.17	0.01	0.21	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.26	0.32	0.08	0.45	0.13	0.68	0.29
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.10	0.05	0.03	0.06	0.08	0.05	0.03	0.02	0.00	0.02	0.03	0.29	0.25	0.28	0.22
C3'	0.01	0.31	0.00	0.00	0.20	0.00	0.18	0.01	0.23	0.04	0.29	0.29	0.21	0.10	0.08	0.01	0.01	0.01	0.20	0.35	0.13	0.12
C4	0.01	0.02	0.05	0.20	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.19	0.10	0.04	0.26	0.17	0.39	0.12
C4'	0.01	0.17	0.01	0.00	0.10	0.00	0.09	0.01	0.12	0.04	0.15	0.16	0.11	0.05	0.04	0.15	0.02	0.00	0.02	0.20	0.19	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.18	0.00	0.09	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.19	0.06	0.02	0.21	0.33	0.38	0.09
C5'	0.04	0.21	0.10	0.01	0.15	0.01	0.17	0.00	0.20	0.11	0.22	0.18	0.21	0.15	0.10	0.07	0.11	0.02	0.00	0.38	0.28	0.03
C6	0.02	0.00	0.05	0.23	0.01	0.12	0.01	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.23	0.13	0.03	0.27	0.31	0.50	0.13
C8	0.01	0.02	0.03	0.04	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.09	0.19	0.04	0.11	0.40	0.15	0.10
N1	0.02	0.00	0.06	0.29	0.01	0.15	0.01	0.22	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.26	0.25	0.06	0.37	0.17	0.64	0.22
N3	0.02	0.00	0.08	0.29	0.01	0.16	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.23	0.27	0.08	0.42	0.13	0.56	0.26
N6	0.02	0.01	0.05	0.21	0.01	0.11	0.01	0.21	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.23	0.10	0.03	0.24	0.42	0.48	0.12
N7	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.05	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.14	0.12	0.03	0.14	0.46	0.23	0.11
N9	0.00	0.02	0.02	0.08	0.01	0.04	0.02	0.10	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.09	0.01	0.14	0.21	0.22	0.04
O2'	0.02	0.26	0.00	0.01	0.19	0.15	0.19	0.07	0.23	0.09	0.26	0.23	0.23	0.14	0.11	0.00	0.04	0.09	0.21	0.22	0.19	0.13
O3'	0.17	0.32	0.02	0.01	0.10	0.02	0.06	0.11	0.13	0.19	0.25	0.27	0.10	0.12	0.09	0.04	0.00	0.09	0.07	0.36	0.29	0.10
O4'	0.00	0.08	0.03	0.01	0.04	0.00	0.02	0.02	0.03	0.04	0.06	0.08	0.03	0.03	0.01	0.09	0.09	0.00	0.07	0.11	0.09	0.06
O5'	0.11	0.45	0.29	0.20	0.26	0.02	0.21	0.00	0.27	0.11	0.37	0.42	0.24	0.14	0.14	0.21	0.07	0.07	0.00	0.03	0.03	0.00
OP1	0.10	0.13	0.25	0.35	0.17	0.20	0.33	0.38	0.31	0.40	0.17	0.13	0.42	0.46	0.21	0.22	0.36	0.11	0.03	0.00	0.02	0.00
OP2	0.14	0.68	0.28	0.13	0.39	0.19	0.38	0.28	0.50	0.15	0.64	0.56	0.48	0.23	0.22	0.19	0.29	0.09	0.03	0.02	0.00	0.00
P	0.06	0.29	0.22	0.12	0.12	0.02	0.09	0.03	0.13	0.10	0.22	0.26	0.12	0.11	0.04	0.13	0.10	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.13	0.13	0.13	0.12	0.11	0.13	0.10	0.14	0.13	0.12	0.12	0.14	0.15	0.16	0.13	0.13	0.19	0.26	0.11
C2	0.11	0.11	0.09	0.12	0.12	0.09	0.12	0.10	0.12	0.11	0.12	0.14	0.11	0.12	0.17	0.10	0.12	0.16	0.23	0.08
C2'	0.10	0.11	0.09	0.11	0.11	0.09	0.11	0.09	0.11	0.10	0.12	0.12	0.13	0.12	0.14	0.10	0.12	0.19	0.24	0.10
C3'	0.10	0.11	0.09	0.11	0.07	0.08	0.07	0.10	0.08	0.08	0.11	0.07	0.17	0.11	0.14	0.09	0.14	0.21	0.25	0.12
C4	0.10	0.10	0.07	0.10	0.10	0.07	0.10	0.08	0.10	0.10	0.11	0.11	0.12	0.11	0.15	0.09	0.10	0.17	0.23	0.09
C4'	0.12	0.08	0.12	0.13	0.08	0.12	0.12	0.13	0.13	0.11	0.07	0.08	0.11	0.15	0.15	0.12	0.17	0.24	0.23	0.15
C5	0.07	0.10	0.06	0.11	0.09	0.09	0.07	0.10	0.07	0.07	0.11	0.10	0.12	0.10	0.18	0.07	0.09	0.18	0.23	0.10
C5'	0.06	0.10	0.05	0.09	0.06	0.06	0.05	0.10	0.05	0.04	0.10	0.07	0.16	0.08	0.11	0.05	0.11	0.21	0.22	0.08
C6	0.09	0.09	0.12	0.16	0.10	0.13	0.08	0.13	0.08	0.08	0.11	0.11	0.10	0.15	0.21	0.10	0.12	0.19	0.24	0.12
C8	0.12	0.13	0.08	0.08	0.12	0.07	0.10	0.09	0.10	0.11	0.13	0.12	0.15	0.11	0.14	0.10	0.11	0.20	0.24	0.11
N1	0.11	0.11	0.12	0.15	0.12	0.12	0.11	0.13	0.11	0.11	0.12	0.13	0.11	0.14	0.20	0.11	0.13	0.17	0.24	0.11
N3	0.11	0.12	0.09	0.11	0.12	0.08	0.12	0.08	0.12	0.11	0.12	0.13	0.12	0.12	0.15	0.10	0.11	0.16	0.23	0.08
N6	0.14	0.12	0.20	0.21	0.13	0.18	0.12	0.18	0.11	0.12	0.13	0.14	0.12	0.21	0.25	0.15	0.15	0.21	0.27	0.17
N7	0.07	0.12	0.04	0.09	0.11	0.08	0.08	0.10	0.07	0.08	0.13	0.12	0.15	0.06	0.17	0.06	0.09	0.20	0.23	0.11
N9	0.11	0.11	0.09	0.10	0.10	0.08	0.10	0.08	0.11	0.11	0.11	0.11	0.13	0.12	0.14	0.10	0.11	0.18	0.24	0.10
O2'	0.17	0.21	0.14	0.14	0.20	0.14	0.17	0.13	0.17	0.17	0.22	0.22	0.23	0.17	0.19	0.16	0.17	0.22	0.28	0.14
O3'	0.20	0.08	0.19	0.23	0.07	0.30	0.15	0.34	0.19	0.15	0.06	0.05	0.10	0.27	0.28	0.25	0.39	0.47	0.29	0.38
O4'	0.16	0.15	0.15	0.13	0.15	0.10	0.17	0.10	0.17	0.16	0.15	0.16	0.15	0.17	0.13	0.13	0.12	0.21	0.23	0.11
O5'	0.13	0.06	0.15	0.25	0.07	0.26	0.09	0.33	0.11	0.10	0.06	0.08	0.06	0.13	0.33	0.19	0.34	0.53	0.41	0.37
OP1	0.77	0.69	0.77	0.90	0.68	0.92	0.74	1.00	0.77	0.75	0.66	0.64	0.65	0.69	0.95	0.86	1.03	1.19	1.09	1.08
OP2	0.21	0.35	0.17	0.12	0.36	0.11	0.28	0.22	0.24	0.27	0.39	0.40	0.38	0.18	0.21	0.12	0.22	0.42	0.34	0.24
P	0.19	0.11	0.21	0.31	0.08	0.32	0.12	0.39	0.15	0.15	0.08	0.06	0.12	0.19	0.38	0.25	0.42	0.58	0.49	0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.14	0.15	0.26	0.07
C2	0.02	0.00	0.05	0.07	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.08	0.03	0.26	0.18	0.32	0.14
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.09	0.00	0.01	0.01	0.15	0.18	0.22	0.08
C3'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.00	0.04	0.02	0.04	0.03	0.07	0.05	0.11	0.02	0.01	0.01	0.23	0.23	0.19	0.13
C4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.09	0.00	0.22	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.06	0.35	0.24	0.36	0.23
C4'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.09	0.05	0.07	0.10	0.06	0.04	0.01	0.00	0.01	0.14	0.29	0.04
C5	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.10	0.00	0.24	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.06	0.36	0.25	0.36	0.25
C5'	0.03	0.14	0.01	0.02	0.22	0.01	0.24	0.00	0.20	0.13	0.18	0.24	0.11	0.05	0.02	0.01	0.00	0.18	0.35	0.02
C6	0.02	0.01	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.06	0.33	0.21	0.33	0.20
N1	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.04	0.25	0.17	0.30	0.13
N3	0.02	0.00	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.18	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.08	0.04	0.31	0.21	0.34	0.19
N4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.10	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.05	0.06	0.36	0.26	0.38	0.26
O2	0.03	0.00	0.09	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.07	0.12	0.03	0.20	0.17	0.31	0.11
O2'	0.02	0.05	0.00	0.02	0.03	0.04	0.02	0.05	0.02	0.02	0.05	0.03	0.07	0.00	0.03	0.04	0.04	0.14	0.27	0.06
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.05	0.01	0.03	0.02	0.04	0.03	0.08	0.05	0.12	0.03	0.00	0.01	0.18	0.24	0.18	0.12
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.06	0.00	0.06	0.01	0.06	0.04	0.04	0.06	0.03	0.04	0.01	0.00	0.10	0.13	0.28	0.07
O5'	0.14	0.26	0.15	0.23	0.35	0.01	0.36	0.00	0.33	0.25	0.31	0.36	0.20	0.04	0.18	0.10	0.00	0.05	0.02	0.00
OP1	0.15	0.18	0.18	0.23	0.24	0.14	0.25	0.18	0.21	0.17	0.21	0.26	0.17	0.14	0.24	0.13	0.05	0.00	0.02	0.00
OP2	0.26	0.32	0.22	0.19	0.36	0.29	0.36	0.35	0.33	0.30	0.34	0.38	0.31	0.27	0.18	0.28	0.02	0.02	0.00	0.00
P	0.07	0.14	0.08	0.13	0.23	0.04	0.25	0.02	0.20	0.13	0.19	0.26	0.11	0.06	0.12	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00