ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54899

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.019, 0.038, 0.058, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.038 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.015, 0.044, 0.072, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.040, 0.074, 0.109, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.074 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.036, 0.076, 0.116, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.076 std_dev=0.040
C8 A 0, 0.047, 0.097, 0.146, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.097 std_dev=0.050
O2 B 0, 0.232, 0.517, 0.801, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.517 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.236, 0.552, 0.869, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.552 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.265, 0.638, 1.010, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.638 std_dev=0.373
N3 B 0, 0.286, 0.661, 1.036, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.661 std_dev=0.375
C2' B 0, 0.280, 0.663, 1.046, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.663 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.237, 0.624, 1.011, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.624 std_dev=0.387
O4' B 0, 0.320, 0.734, 1.148, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.734 std_dev=0.414
C3' B 0, 0.350, 0.770, 1.191, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.770 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.311, 0.740, 1.169, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.740 std_dev=0.429
O3' B 0, 0.421, 0.858, 1.295, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.858 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.349, 0.818, 1.287, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.818 std_dev=0.469
C4 B 0, 0.225, 0.760, 1.295, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.760 std_dev=0.535
C5' B 0, 0.426, 0.966, 1.506, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.966 std_dev=0.540
O5' B 0, 0.404, 0.947, 1.490, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.947 std_dev=0.543
C6 B 0, 0.245, 0.793, 1.340, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.793 std_dev=0.548
O4' A 0, -0.045, 0.582, 1.209, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.582 std_dev=0.627
C5 B 0, 0.176, 0.813, 1.451, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.813 std_dev=0.638
C2' A 0, 0.011, 0.653, 1.296, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.653 std_dev=0.643
N4 B 0, 0.265, 0.935, 1.604, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.935 std_dev=0.669
O2' A 0, 0.077, 0.761, 1.445, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.761 std_dev=0.684
P B 0, 0.395, 1.079, 1.764, 1.771 max_d=1.771 avg_d=1.079 std_dev=0.684
OP1 B 0, 0.389, 1.130, 1.872, 1.859 max_d=1.859 avg_d=1.130 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.324, 1.070, 1.815, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.070 std_dev=0.745
C4' A 0, 0.085, 0.933, 1.781, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.933 std_dev=0.848
C3' A 0, 0.005, 0.999, 1.994, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.999 std_dev=0.995
O3' A 0, 0.000, 1.349, 2.697, 3.242 max_d=3.242 avg_d=1.349 std_dev=1.348
C5' A 0, 0.121, 1.683, 3.245, 3.898 max_d=3.898 avg_d=1.683 std_dev=1.562
O5' A 0, 0.840, 2.599, 4.357, 4.739 max_d=4.739 avg_d=2.599 std_dev=1.759
P A 0, 0.296, 2.871, 5.445, 5.869 max_d=5.869 avg_d=2.871 std_dev=2.574
OP1 A 0, 0.490, 3.347, 6.204, 6.904 max_d=6.904 avg_d=3.347 std_dev=2.857
OP2 A 0, 0.382, 3.281, 6.179, 6.657 max_d=6.657 avg_d=3.281 std_dev=2.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.21 0.36 0.16 0.24
C2 0.02 0.00 0.47 0.40 0.02 0.07 0.03 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.43 0.53 0.27 0.59 0.67 0.35 0.48
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.24 0.01 0.12 0.03 0.23 0.24 0.37 0.48 0.18 0.12 0.02 0.01 0.04 0.00 0.31 0.36 0.30 0.25
C3' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.23 0.01 0.17 0.02 0.26 0.17 0.35 0.38 0.23 0.11 0.07 0.01 0.01 0.03 0.40 0.42 0.36 0.30
C4 0.01 0.02 0.24 0.23 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.27 0.14 0.47 0.67 0.35 0.53
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.19 0.08 0.06 0.15 0.17 0.09 0.04 0.04 0.01 0.03 0.23 0.33 0.06
C5 0.01 0.03 0.12 0.17 0.01 0.12 0.00 0.29 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.19 0.07 0.55 0.95 0.63 0.79
C5' 0.07 0.15 0.03 0.02 0.18 0.01 0.29 0.00 0.27 0.43 0.20 0.11 0.34 0.42 0.23 0.03 0.07 0.02 0.01 0.33 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.26 0.02 0.11 0.02 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.31 0.13 0.58 0.91 0.64 0.76
C8 0.01 0.03 0.24 0.17 0.02 0.19 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.20 0.21 0.16 0.60 1.20 0.75 0.97
N1 0.01 0.01 0.37 0.35 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.46 0.22 0.60 0.76 0.47 0.60
N3 0.03 0.01 0.48 0.38 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.41 0.48 0.25 0.52 0.58 0.30 0.40
N6 0.03 0.02 0.18 0.23 0.02 0.15 0.02 0.34 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.14 0.27 0.09 0.61 1.06 0.83 0.90
N7 0.01 0.03 0.12 0.11 0.02 0.17 0.01 0.42 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.12 0.13 0.08 0.63 1.27 0.88 1.04
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.23 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.41 0.72 0.35 0.57
O2' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.18 0.04 0.08 0.03 0.19 0.20 0.33 0.41 0.14 0.12 0.04 0.00 0.10 0.05 0.12 0.22 0.51 0.06
O3' 0.05 0.53 0.04 0.01 0.27 0.04 0.19 0.07 0.31 0.21 0.46 0.48 0.27 0.13 0.07 0.10 0.00 0.05 0.38 0.37 0.63 0.27
O4' 0.01 0.27 0.00 0.03 0.14 0.01 0.07 0.02 0.13 0.16 0.22 0.25 0.09 0.08 0.02 0.05 0.05 0.00 0.18 0.27 0.25 0.20
O5' 0.21 0.59 0.31 0.40 0.47 0.03 0.55 0.01 0.58 0.60 0.60 0.52 0.61 0.63 0.41 0.12 0.38 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.36 0.67 0.36 0.42 0.67 0.23 0.95 0.33 0.91 1.20 0.76 0.58 1.06 1.27 0.72 0.22 0.37 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.35 0.30 0.36 0.35 0.33 0.63 0.24 0.64 0.75 0.47 0.30 0.83 0.88 0.35 0.51 0.63 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.48 0.25 0.30 0.53 0.06 0.79 0.01 0.76 0.97 0.60 0.40 0.90 1.04 0.57 0.06 0.27 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.15 0.18 0.22 0.14 0.18 0.09 0.22 0.08 0.08 0.19 0.17 0.19 0.18 0.28 0.13 0.21 0.25 0.21 0.23
C2 0.22 0.11 0.36 0.35 0.12 0.29 0.09 0.28 0.13 0.14 0.17 0.18 0.14 0.39 0.40 0.21 0.24 0.26 0.26 0.27
C2' 0.18 0.12 0.36 0.50 0.10 0.46 0.09 0.54 0.15 0.10 0.18 0.16 0.19 0.36 0.65 0.29 0.51 0.61 0.47 0.53
C3' 0.23 0.16 0.32 0.51 0.12 0.60 0.12 0.71 0.20 0.12 0.23 0.19 0.25 0.33 0.64 0.42 0.64 0.77 0.57 0.68
C4 0.11 0.12 0.26 0.28 0.13 0.21 0.07 0.21 0.07 0.05 0.18 0.18 0.15 0.29 0.35 0.12 0.20 0.22 0.20 0.22
C4' 0.10 0.21 0.10 0.19 0.16 0.30 0.09 0.38 0.10 0.09 0.26 0.21 0.28 0.11 0.26 0.23 0.31 0.39 0.27 0.36
C5 0.08 0.12 0.28 0.28 0.13 0.18 0.08 0.18 0.05 0.04 0.18 0.18 0.15 0.30 0.36 0.08 0.17 0.18 0.18 0.19
C5' 0.25 0.41 0.32 0.31 0.36 0.34 0.29 0.43 0.28 0.29 0.46 0.40 0.48 0.30 0.40 0.30 0.33 0.43 0.31 0.39
C6 0.17 0.10 0.35 0.33 0.12 0.23 0.07 0.21 0.08 0.10 0.16 0.17 0.13 0.37 0.39 0.14 0.19 0.19 0.21 0.21
C8 0.12 0.20 0.14 0.18 0.18 0.11 0.13 0.14 0.10 0.13 0.23 0.20 0.24 0.12 0.28 0.12 0.15 0.17 0.16 0.16
N1 0.23 0.12 0.37 0.36 0.13 0.28 0.09 0.26 0.13 0.15 0.17 0.19 0.16 0.40 0.41 0.20 0.23 0.24 0.25 0.25
N3 0.17 0.10 0.30 0.31 0.12 0.25 0.07 0.25 0.10 0.09 0.16 0.18 0.13 0.33 0.36 0.17 0.23 0.25 0.23 0.25
N6 0.18 0.13 0.37 0.35 0.13 0.23 0.09 0.20 0.09 0.13 0.16 0.17 0.18 0.37 0.41 0.13 0.17 0.17 0.21 0.19
N7 0.08 0.19 0.19 0.22 0.17 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.22 0.20 0.23 0.17 0.33 0.09 0.14 0.15 0.15 0.14
N9 0.08 0.15 0.20 0.23 0.14 0.17 0.09 0.19 0.07 0.07 0.20 0.18 0.19 0.20 0.31 0.10 0.19 0.22 0.19 0.20
O2' 0.15 0.12 0.34 0.44 0.12 0.36 0.10 0.42 0.13 0.10 0.17 0.16 0.17 0.31 0.58 0.21 0.42 0.50 0.40 0.44
O3' 0.30 0.16 0.39 0.63 0.13 0.73 0.18 0.88 0.27 0.18 0.24 0.20 0.27 0.39 0.79 0.51 0.80 0.99 0.73 0.86
O4' 0.10 0.16 0.11 0.11 0.13 0.16 0.09 0.20 0.10 0.09 0.19 0.16 0.21 0.11 0.13 0.16 0.18 0.20 0.18 0.21
O5' 0.46 0.77 0.59 0.45 0.73 0.22 0.57 0.20 0.50 0.58 0.84 0.80 0.86 0.54 0.57 0.34 0.21 0.27 0.27 0.23
OP1 1.45 1.67 1.74 1.75 1.66 1.35 1.55 1.24 1.49 1.55 1.72 1.70 1.69 1.66 1.95 1.25 1.41 1.38 1.46 1.33
OP2 1.10 1.43 1.37 1.40 1.43 0.99 1.28 0.94 1.19 1.25 1.53 1.51 1.47 1.22 1.59 0.87 1.07 1.02 1.13 0.99
P 1.02 1.38 1.30 1.23 1.34 0.78 1.16 0.64 1.06 1.17 1.46 1.41 1.46 1.20 1.41 0.72 0.83 0.73 0.89 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.12 0.08
C2 0.04 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.14 0.05 0.11 0.13 0.18 0.15
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.09 0.09 0.15 0.01 0.02 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.17 0.01 0.11 0.02 0.07 0.09 0.17 0.20 0.17 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05 0.06
C4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.18 0.04 0.17 0.21 0.25 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.09 0.06 0.07 0.14 0.05 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04
C5 0.03 0.01 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.13 0.07 0.15 0.18 0.22 0.22
C5' 0.02 0.08 0.03 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.10 0.19 0.06 0.08 0.04 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.08 0.08 0.10 0.12 0.17 0.17
N1 0.02 0.01 0.03 0.09 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.09 0.10 0.16 0.13
N3 0.04 0.01 0.09 0.17 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.18 0.04 0.14 0.17 0.22 0.19
N4 0.05 0.03 0.09 0.20 0.02 0.14 0.04 0.19 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.05 0.23 0.06 0.21 0.28 0.33 0.29
O2 0.05 0.01 0.15 0.17 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.16 0.07 0.11 0.12 0.17 0.14
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.03 0.07 0.05 0.10 0.00 0.06 0.06 0.06 0.12 0.06 0.08
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.18 0.02 0.13 0.04 0.08 0.07 0.18 0.23 0.16 0.06 0.00 0.02 0.11 0.19 0.12 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.06 0.07 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.13 0.08
O5' 0.04 0.11 0.04 0.05 0.17 0.02 0.15 0.01 0.10 0.09 0.14 0.21 0.11 0.06 0.11 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.13 0.09 0.12 0.21 0.07 0.18 0.06 0.12 0.10 0.17 0.28 0.12 0.12 0.19 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.18 0.07 0.05 0.25 0.05 0.22 0.03 0.17 0.16 0.22 0.33 0.17 0.06 0.12 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.08 0.15 0.05 0.06 0.23 0.04 0.22 0.03 0.17 0.13 0.19 0.29 0.14 0.08 0.13 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00