ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54902

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 6, 5, 6, 14, 10, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.032 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.088, 0.130, 0.173, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.130 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.101, 0.150, 0.200, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.150 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.120, 0.180, 0.239, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.180 std_dev=0.059
O2' A 0, 0.141, 0.206, 0.271, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.206 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.166, 0.240, 0.313, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.240 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.214, 0.315, 0.417, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.315 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.226, 0.335, 0.445, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.335 std_dev=0.109
O3' A 0, 0.284, 0.395, 0.505, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.395 std_dev=0.110
O3' B 0, 0.220, 0.376, 0.533, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.376 std_dev=0.156
P A 0, 0.287, 0.446, 0.605, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.446 std_dev=0.159
N2 B 0, 0.324, 0.493, 0.662, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.493 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.363, 0.550, 0.737, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.550 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.372, 0.567, 0.761, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.567 std_dev=0.195
C2 B 0, 0.380, 0.581, 0.782, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.581 std_dev=0.201
O2' B 0, 0.421, 0.622, 0.824, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.622 std_dev=0.201
N3 B 0, 0.340, 0.544, 0.748, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.544 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.329, 0.535, 0.742, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.535 std_dev=0.206
C1' B 0, 0.362, 0.579, 0.796, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.405, 0.628, 0.851, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.628 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.501, 0.727, 0.952, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.727 std_dev=0.225
C4' B 0, 0.374, 0.609, 0.844, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.609 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.430, 0.665, 0.901, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.665 std_dev=0.235
O4' B 0, 0.396, 0.634, 0.871, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.634 std_dev=0.237
N9 B 0, 0.439, 0.683, 0.926, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.683 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.603, 0.861, 1.120, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.861 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.560, 0.822, 1.084, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.822 std_dev=0.262
C8 B 0, 0.556, 0.835, 1.114, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.835 std_dev=0.279
O6 B 0, 0.709, 0.996, 1.282, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.996 std_dev=0.286
N7 B 0, 0.637, 0.929, 1.221, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.929 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.502, 0.820, 1.138, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.820 std_dev=0.318
O5' B 0, 0.617, 0.944, 1.272, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.944 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.643, 0.993, 1.343, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.993 std_dev=0.350
P B 0, 0.676, 1.037, 1.397, 1.860 max_d=1.860 avg_d=1.037 std_dev=0.361
OP1 B 0, 0.724, 1.109, 1.493, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.109 std_dev=0.385

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
O5' 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.06 0.12 0.04 0.09 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05
C2 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.13 0.05 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07
C2' 0.05 0.07 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.12 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04
C3' 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.10 0.07 0.05 0.05 0.11 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05
C4 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.13 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.07 0.05
C4' 0.04 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.09 0.06 0.04 0.04 0.11 0.02 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05
C5 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.14 0.05 0.09 0.05 0.10 0.09 0.07 0.05
C5' 0.05 0.09 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.11 0.08 0.05 0.05 0.10 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05
C6 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.14 0.05 0.09 0.05 0.12 0.10 0.07 0.06
C8 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.06 0.09 0.06 0.08 0.09 0.08 0.06
N1 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.08 0.14 0.05 0.09 0.06 0.13 0.10 0.07 0.06
N3 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.13 0.05 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.06
N6 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.09 0.15 0.06 0.09 0.07 0.13 0.11 0.08 0.07
N7 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.14 0.06 0.09 0.06 0.09 0.10 0.08 0.06
N9 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.13 0.04 0.09 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05
O2' 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.11 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05
O3' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.12 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07
O4' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.12 0.04 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05
O5' 0.04 0.08 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.10 0.07 0.04 0.04 0.09 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05
OP1 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.08 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06
OP2 0.04 0.08 0.06 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.10 0.07 0.05 0.04 0.08 0.01 0.03 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07
P 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.03 0.03 0.06 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.05 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.08 0.04 0.04
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.04
C5' 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.06 0.09 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.08 0.04 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.04 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.04 0.04
N2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.03 0.06 0.01 0.08 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03 0.05 0.01 0.08 0.05 0.04
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.09 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04 0.08 0.12 0.10 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.04 0.04
O5' 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.04 0.05
OP1 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00