ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54903

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 3, 3, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.053, 0.137, 0.222, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.137 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.058, 0.151, 0.243, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.151 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.048, 0.153, 0.257, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.153 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.096, 0.241, 0.385, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.241 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.088, 0.237, 0.387, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.237 std_dev=0.149
N2 B 0, 0.227, 0.419, 0.611, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.419 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.156, 0.354, 0.552, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.354 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.172, 0.386, 0.600, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.386 std_dev=0.214
O3' A 0, 0.129, 0.344, 0.559, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.344 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.208, 0.427, 0.645, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.427 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.193, 0.414, 0.635, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.414 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.232, 0.474, 0.716, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.474 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.203, 0.449, 0.695, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.449 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.162, 0.410, 0.658, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.410 std_dev=0.248
C1' B 0, 0.189, 0.441, 0.692, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.252
P A 0, 0.243, 0.495, 0.746, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.495 std_dev=0.252
N9 B 0, 0.207, 0.464, 0.721, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.464 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.238, 0.502, 0.766, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.502 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.253, 0.518, 0.784, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.518 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.247, 0.525, 0.802, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.525 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.268, 0.549, 0.830, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.549 std_dev=0.281
O6 B 0, 0.290, 0.579, 0.868, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.579 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.144, 0.449, 0.754, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.449 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.186, 0.536, 0.886, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.536 std_dev=0.350
C4' B 0, 0.090, 0.588, 1.087, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.588 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.067, 0.566, 1.065, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.566 std_dev=0.499
OP2 A 0, 0.081, 0.642, 1.204, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.642 std_dev=0.562
O5' B 0, 0.073, 0.658, 1.243, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.658 std_dev=0.585
OP1 B 0, 0.140, 0.759, 1.378, 2.140 max_d=2.140 avg_d=0.759 std_dev=0.619
P B 0, 0.076, 0.702, 1.329, 2.118 max_d=2.118 avg_d=0.702 std_dev=0.627
O3' B 0, 0.007, 0.642, 1.276, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.642 std_dev=0.634
C5' B 0, 0.020, 0.680, 1.340, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.680 std_dev=0.660
OP2 B 0, 0.054, 0.718, 1.382, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.718 std_dev=0.664
OP1 A 0, 0.143, 0.836, 1.528, 2.974 max_d=2.974 avg_d=0.836 std_dev=0.692

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.23 0.27 0.05
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.01 0.20 0.34 0.48 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.34 0.06
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.10 0.05 0.12 0.12 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.34 0.09
C4 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.18 0.36 0.39 0.08
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.09 0.21 0.04
C5 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.22 0.44 0.38 0.10
C5' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.10 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.24 0.45 0.43 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.19 0.46 0.25 0.11
N1 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.23 0.40 0.48 0.13
N3 0.02 0.00 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.01 0.17 0.30 0.44 0.09
N6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.26 0.50 0.42 0.14
N7 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.23 0.51 0.30 0.12
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.35 0.31 0.06
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.01 0.08 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.12 0.34 0.08
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.11 0.05 0.15 0.14 0.11 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.18 0.27 0.35 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.23 0.17 0.08
O5' 0.07 0.20 0.07 0.11 0.18 0.03 0.22 0.01 0.24 0.19 0.23 0.17 0.26 0.23 0.14 0.05 0.18 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.34 0.12 0.13 0.36 0.09 0.44 0.10 0.45 0.46 0.40 0.30 0.50 0.51 0.35 0.12 0.27 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.48 0.34 0.34 0.39 0.21 0.38 0.13 0.43 0.25 0.48 0.44 0.42 0.30 0.31 0.34 0.35 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.06 0.09 0.08 0.04 0.10 0.01 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.12 0.06 0.08 0.14 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.12 0.16 0.13 0.11 0.15 0.11 0.16 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.10 0.11 0.12 0.16 0.14 0.14 0.11 0.16 0.12 0.15
C2 0.14 0.13 0.21 0.18 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.21 0.14 0.15 0.13 0.17 0.14 0.16
C2' 0.15 0.15 0.20 0.18 0.14 0.18 0.14 0.19 0.14 0.14 0.15 0.17 0.15 0.13 0.14 0.14 0.20 0.17 0.16 0.14 0.18 0.14 0.17
C3' 0.18 0.22 0.22 0.21 0.19 0.22 0.18 0.23 0.19 0.17 0.21 0.24 0.21 0.17 0.18 0.16 0.22 0.20 0.19 0.19 0.20 0.17 0.19
C4 0.13 0.11 0.19 0.17 0.11 0.15 0.10 0.15 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.14 0.20 0.13 0.14 0.11 0.16 0.13 0.16
C4' 0.17 0.20 0.19 0.17 0.17 0.20 0.17 0.21 0.18 0.17 0.19 0.21 0.19 0.17 0.17 0.16 0.17 0.20 0.17 0.18 0.19 0.16 0.18
C5 0.14 0.11 0.21 0.19 0.11 0.17 0.10 0.16 0.10 0.12 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.15 0.22 0.15 0.16 0.10 0.18 0.14 0.18
C5' 0.23 0.24 0.24 0.23 0.22 0.27 0.22 0.29 0.22 0.22 0.23 0.25 0.23 0.22 0.22 0.21 0.22 0.26 0.23 0.22 0.24 0.21 0.23
C6 0.16 0.11 0.23 0.21 0.13 0.17 0.12 0.16 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12 0.13 0.14 0.17 0.24 0.15 0.17 0.11 0.19 0.16 0.19
C8 0.15 0.13 0.17 0.16 0.12 0.20 0.11 0.20 0.11 0.12 0.13 0.15 0.13 0.11 0.12 0.13 0.19 0.18 0.16 0.11 0.19 0.14 0.18
N1 0.15 0.14 0.22 0.20 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.17 0.23 0.15 0.16 0.13 0.18 0.16 0.17
N3 0.12 0.12 0.19 0.17 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.14 0.20 0.13 0.14 0.12 0.16 0.13 0.15
N6 0.19 0.12 0.25 0.25 0.14 0.19 0.14 0.18 0.12 0.17 0.11 0.14 0.13 0.15 0.17 0.18 0.26 0.17 0.20 0.11 0.22 0.19 0.22
N7 0.16 0.12 0.20 0.20 0.11 0.21 0.10 0.21 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.22 0.19 0.18 0.11 0.20 0.15 0.19
N9 0.13 0.12 0.17 0.15 0.11 0.16 0.10 0.16 0.11 0.11 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.12 0.18 0.15 0.14 0.11 0.17 0.12 0.16
O2' 0.13 0.14 0.18 0.15 0.13 0.15 0.12 0.16 0.13 0.12 0.13 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.16 0.15 0.14 0.12 0.17 0.13 0.16
O3' 0.19 0.23 0.22 0.21 0.20 0.23 0.19 0.24 0.21 0.18 0.22 0.26 0.22 0.18 0.19 0.16 0.23 0.21 0.19 0.21 0.20 0.17 0.19
O4' 0.13 0.14 0.14 0.12 0.12 0.16 0.12 0.17 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.16 0.14 0.13 0.16 0.13 0.15
O5' 0.39 0.38 0.40 0.40 0.39 0.44 0.38 0.44 0.38 0.38 0.38 0.38 0.39 0.38 0.39 0.37 0.37 0.42 0.39 0.37 0.37 0.36 0.38
OP1 0.67 0.51 0.68 0.75 0.60 0.80 0.59 0.83 0.54 0.66 0.51 0.47 0.56 0.63 0.65 0.64 0.80 0.75 0.73 0.52 0.69 0.68 0.71
OP2 0.26 0.49 0.22 0.25 0.35 0.31 0.34 0.37 0.40 0.24 0.47 0.57 0.44 0.27 0.28 0.22 0.35 0.27 0.24 0.39 0.27 0.20 0.24
P 0.21 0.25 0.23 0.30 0.22 0.34 0.22 0.38 0.23 0.22 0.24 0.28 0.24 0.22 0.22 0.16 0.37 0.27 0.27 0.22 0.25 0.23 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.08 0.18 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.03 0.12 0.01 0.11 0.13 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.10 0.09 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.10 0.05
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.12 0.02 0.14 0.06 0.17 0.19 0.16 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.07 0.13 0.11 0.09 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.01 0.11 0.01 0.10 0.11 0.12
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.15 0.01 0.14 0.01 0.13 0.14 0.14
C5' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.11 0.03 0.01 0.00 0.11 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.15 0.01 0.14 0.16 0.16
C8 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.12 0.01 0.11 0.10 0.12
N1 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.22 0.02 0.14 0.01 0.13 0.15 0.14
N2 0.02 0.00 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.25 0.04 0.11 0.01 0.10 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.20 0.03 0.10 0.01 0.09 0.10 0.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.14 0.01 0.14 0.14 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.04 0.10 0.11 0.08 0.05 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05 0.09 0.09 0.04 0.07
O3' 0.02 0.23 0.02 0.00 0.15 0.01 0.15 0.03 0.18 0.07 0.22 0.25 0.20 0.10 0.08 0.05 0.00 0.01 0.10 0.18 0.19 0.13 0.14
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.06 0.08
O5' 0.04 0.12 0.05 0.07 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14 0.11 0.10 0.14 0.09 0.05 0.10 0.05 0.00 0.16 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.16 0.00 0.16 0.18 0.17
OP1 0.06 0.11 0.06 0.11 0.10 0.04 0.13 0.06 0.14 0.11 0.13 0.10 0.09 0.14 0.09 0.09 0.19 0.11 0.02 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.13 0.10 0.09 0.11 0.02 0.14 0.02 0.16 0.10 0.15 0.12 0.10 0.14 0.08 0.04 0.13 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.05 0.09 0.12 0.02 0.14 0.01 0.16 0.12 0.14 0.11 0.10 0.15 0.09 0.07 0.14 0.08 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00