ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54904

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.012, 0.032, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.048, 0.146, 0.243, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.146 std_dev=0.098
O4' A 0, 0.031, 0.138, 0.245, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.138 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.047, 0.167, 0.286, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.167 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.056, 0.196, 0.336, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.196 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.048, 0.226, 0.404, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.226 std_dev=0.178
O3' B 0, 0.217, 0.402, 0.586, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.402 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.166, 0.353, 0.540, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.353 std_dev=0.187
O3' A 0, 0.075, 0.272, 0.470, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.272 std_dev=0.197
C2' B 0, 0.183, 0.398, 0.614, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.398 std_dev=0.215
C3' B 0, 0.204, 0.419, 0.635, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.419 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.064, 0.295, 0.526, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.295 std_dev=0.231
C4' B 0, 0.171, 0.412, 0.654, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.412 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.134, 0.405, 0.675, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.405 std_dev=0.271
N3 B 0, 0.161, 0.436, 0.712, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.436 std_dev=0.276
OP1 A 0, 0.071, 0.362, 0.654, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.362 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.187, 0.480, 0.772, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.480 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.205, 0.499, 0.793, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.499 std_dev=0.294
N2 B 0, 0.176, 0.472, 0.768, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.472 std_dev=0.296
P A 0, 0.069, 0.369, 0.670, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.369 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.169, 0.473, 0.776, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.473 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.135, 0.443, 0.751, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.443 std_dev=0.308
N9 B 0, 0.136, 0.456, 0.777, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.456 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.228, 0.553, 0.879, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.553 std_dev=0.325
OP2 A 0, 0.144, 0.471, 0.799, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.471 std_dev=0.327
O5' A 0, 0.074, 0.401, 0.729, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.401 std_dev=0.327
C5 B 0, 0.199, 0.547, 0.896, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.547 std_dev=0.349
C6 B 0, 0.239, 0.596, 0.954, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.596 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.141, 0.516, 0.890, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.516 std_dev=0.374
N7 B 0, 0.183, 0.577, 0.972, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.577 std_dev=0.394
O6 B 0, 0.281, 0.683, 1.085, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.683 std_dev=0.402
O5' B 0, 0.263, 0.668, 1.074, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.668 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.232, 0.646, 1.060, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.646 std_dev=0.414
P B 0, 0.226, 0.664, 1.102, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.664 std_dev=0.438
OP2 B 0, 0.218, 0.720, 1.221, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.720 std_dev=0.501

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.23 0.06
C2 0.06 0.00 0.11 0.08 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.13 0.11 0.12 0.09 0.07 0.26 0.07
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.10 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.29 0.10
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.23 0.07
C4 0.03 0.02 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.06 0.08 0.10 0.28 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.15 0.03
C5 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.12 0.14 0.30 0.16
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.09 0.13 0.06 0.06 0.11 0.14 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02
C6 0.04 0.02 0.08 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.05 0.10 0.13 0.29 0.14
C8 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.07 0.16 0.16 0.28 0.17
N1 0.05 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.12 0.10 0.09 0.06 0.09 0.26 0.10
N3 0.06 0.00 0.10 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.27 0.07
N6 0.03 0.03 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.09 0.03 0.12 0.15 0.29 0.16
N7 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04 0.17 0.18 0.30 0.19
N9 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.11 0.26 0.11
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.07 0.12 0.12 0.10 0.08 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.27 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03 0.10 0.10 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.19 0.06
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.12 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.13 0.18 0.07
O5' 0.03 0.09 0.03 0.07 0.08 0.01 0.12 0.01 0.10 0.16 0.06 0.09 0.12 0.17 0.08 0.05 0.11 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.07 0.05 0.05 0.10 0.07 0.14 0.07 0.13 0.16 0.09 0.07 0.15 0.18 0.11 0.06 0.06 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.23 0.26 0.29 0.23 0.28 0.15 0.30 0.07 0.29 0.28 0.26 0.27 0.29 0.30 0.26 0.27 0.19 0.18 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.03 0.16 0.02 0.14 0.17 0.10 0.07 0.16 0.19 0.11 0.07 0.06 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.09 0.13 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.16 0.10 0.09 0.10 0.15 0.15 0.12 0.13 0.15 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11
C2 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.10 0.12 0.15 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10
C2' 0.14 0.10 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.16 0.10 0.12 0.09 0.15 0.14 0.15 0.18 0.15 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13
C3' 0.14 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.12 0.16 0.11 0.11 0.11 0.15 0.15 0.13 0.15 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10
C4 0.08 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.13 0.16 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07
C4' 0.15 0.10 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.12 0.17 0.10 0.09 0.11 0.16 0.15 0.13 0.15 0.15 0.11 0.12 0.08 0.10 0.09
C5 0.08 0.08 0.12 0.12 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.08 0.07 0.15 0.16 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07
C5' 0.17 0.13 0.16 0.13 0.16 0.13 0.16 0.12 0.15 0.19 0.14 0.13 0.14 0.18 0.17 0.14 0.14 0.16 0.12 0.14 0.08 0.11 0.10
C6 0.08 0.10 0.12 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.12 0.08 0.09 0.08 0.15 0.16 0.06 0.07 0.11 0.09 0.09 0.07
C8 0.07 0.06 0.12 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.16 0.16 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06
N1 0.08 0.10 0.12 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.09 0.12 0.13 0.08 0.09 0.09 0.14 0.16 0.07 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08
N3 0.10 0.08 0.11 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07 0.11 0.10 0.12 0.15 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10
N6 0.09 0.12 0.13 0.12 0.10 0.08 0.11 0.07 0.13 0.10 0.14 0.14 0.09 0.11 0.09 0.15 0.16 0.07 0.08 0.15 0.09 0.10 0.08
N7 0.09 0.07 0.14 0.13 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.17 0.17 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07
N9 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.13 0.16 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
O2' 0.14 0.09 0.16 0.16 0.10 0.15 0.12 0.16 0.10 0.16 0.10 0.12 0.08 0.14 0.13 0.18 0.22 0.14 0.16 0.11 0.17 0.16 0.16
O3' 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.08 0.13 0.12 0.12 0.17 0.10 0.08 0.10 0.12 0.09 0.08
O4' 0.19 0.10 0.17 0.13 0.15 0.15 0.16 0.15 0.13 0.19 0.11 0.09 0.12 0.18 0.18 0.14 0.12 0.19 0.16 0.13 0.12 0.15 0.15
O5' 0.16 0.14 0.16 0.13 0.15 0.11 0.15 0.10 0.15 0.17 0.15 0.14 0.14 0.16 0.16 0.14 0.16 0.15 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11
OP1 0.24 0.21 0.24 0.23 0.24 0.22 0.24 0.22 0.22 0.26 0.21 0.20 0.22 0.25 0.25 0.22 0.26 0.22 0.21 0.21 0.17 0.21 0.19
OP2 0.25 0.26 0.22 0.19 0.25 0.19 0.25 0.18 0.26 0.25 0.27 0.27 0.25 0.25 0.25 0.20 0.19 0.25 0.20 0.26 0.19 0.21 0.20
P 0.17 0.15 0.15 0.13 0.16 0.12 0.16 0.12 0.16 0.18 0.15 0.15 0.15 0.18 0.17 0.13 0.15 0.16 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.08 0.04 0.06 0.02 0.06 0.10 0.08
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.06 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.10 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.09 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.14 0.12
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03 0.09 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.06 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.11 0.01 0.13 0.17 0.14
C8 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.10 0.02 0.11 0.10 0.10
N1 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.15 0.11
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.13 0.10 0.05 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05
N7 0.03 0.02 0.04 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.04 0.12 0.02 0.14 0.16 0.14
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.08 0.13 0.09 0.04 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.11 0.07 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.11 0.08 0.10 0.07 0.12 0.05 0.03 0.00 0.02 0.09 0.11 0.15 0.13 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04
O5' 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.09 0.04 0.04 0.12 0.06 0.05 0.09 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.03 0.09 0.02 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04 0.14 0.00 0.17 0.22 0.18
OP1 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.07 0.11 0.06 0.13 0.11 0.10 0.05 0.05 0.14 0.07 0.11 0.15 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.10 0.06 0.08 0.09 0.04 0.14 0.03 0.17 0.10 0.15 0.09 0.07 0.16 0.06 0.07 0.13 0.04 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.03 0.12 0.02 0.14 0.10 0.11 0.06 0.05 0.14 0.06 0.07 0.12 0.04 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00