ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.042 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.002, 0.036, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.004, 0.039, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.035
C1' A 0, -0.005, 0.031, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.036
O2' B 0, 0.090, 0.354, 0.617, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.354 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.080, 0.357, 0.635, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.357 std_dev=0.278
C2 B 0, 0.022, 0.310, 0.599, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.310 std_dev=0.289
N2 B 0, -0.001, 0.297, 0.595, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.297 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.011, 0.408, 0.805, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.408 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.127, 0.544, 0.961, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.544 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.146, 0.570, 0.993, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.570 std_dev=0.424
C6 B 0, 0.067, 0.559, 1.052, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.559 std_dev=0.492
O3' B 0, 0.151, 0.650, 1.149, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.650 std_dev=0.499
C5 B 0, 0.129, 0.645, 1.160, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.645 std_dev=0.515
C1' B 0, 0.170, 0.708, 1.246, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.708 std_dev=0.538
N9 B 0, 0.187, 0.738, 1.289, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.738 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.166, 0.735, 1.303, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.735 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.233, 0.824, 1.415, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.824 std_dev=0.591
C2' A 0, 0.239, 0.833, 1.428, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.833 std_dev=0.595
O4' A 0, 0.247, 0.845, 1.443, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.845 std_dev=0.598
O6 B 0, 0.050, 0.651, 1.253, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.651 std_dev=0.601
C4' B 0, 0.159, 0.832, 1.504, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.832 std_dev=0.672
N7 B 0, 0.190, 0.869, 1.548, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.869 std_dev=0.679
C8 B 0, 0.212, 0.902, 1.592, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.902 std_dev=0.690
O4' B 0, 0.175, 0.918, 1.662, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.918 std_dev=0.744
C5' B 0, 0.215, 1.123, 2.031, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.123 std_dev=0.908
O5' B 0, 0.210, 1.130, 2.051, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.130 std_dev=0.920
C4' A 0, 0.393, 1.343, 2.294, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.343 std_dev=0.951
C3' A 0, 0.408, 1.404, 2.400, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.404 std_dev=0.996
P B 0, 0.369, 1.506, 2.642, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.506 std_dev=1.136
OP1 B 0, 0.369, 1.546, 2.722, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.546 std_dev=1.176
OP2 B 0, 0.452, 1.704, 2.955, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.704 std_dev=1.251
O3' A 0, 0.555, 1.904, 3.253, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.904 std_dev=1.349
C5' A 0, 0.651, 2.239, 3.826, 3.509 max_d=3.509 avg_d=2.239 std_dev=1.588
O5' A 0, 1.160, 3.973, 6.786, 6.129 max_d=6.129 avg_d=3.973 std_dev=2.813
P A 0, 1.519, 5.194, 8.870, 7.955 max_d=7.955 avg_d=5.194 std_dev=3.675
OP2 A 0, 1.533, 5.240, 8.947, 8.012 max_d=8.012 avg_d=5.240 std_dev=3.707
OP1 A 0, 1.633, 5.587, 9.541, 8.584 max_d=8.584 avg_d=5.587 std_dev=3.954

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.28 0.14 0.09
C2 0.07 0.00 0.21 0.17 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.19 0.23 0.17 0.09 0.27 0.13 0.15
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.11 0.17 0.21 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.14 0.12
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.01 0.12 0.04 0.16 0.15 0.12 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.27 0.27 0.08 0.16
C4 0.03 0.02 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.12 0.10 0.17 0.47 0.14 0.29
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.12 0.23 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.06 0.32 0.75 0.33 0.52
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.11 0.22 0.08 0.07 0.15 0.20 0.10 0.05 0.04 0.00 0.01 0.24 0.10 0.02
C6 0.04 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.14 0.10 0.29 0.69 0.33 0.49
C8 0.03 0.01 0.11 0.04 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.50 0.98 0.43 0.68
N1 0.06 0.00 0.17 0.16 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.20 0.15 0.16 0.45 0.18 0.30
N3 0.07 0.00 0.21 0.15 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.20 0.17 0.08 0.24 0.15 0.11
N6 0.05 0.01 0.08 0.12 0.03 0.08 0.03 0.15 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.13 0.08 0.38 0.87 0.47 0.64
N7 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.08 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03 0.50 1.06 0.52 0.76
N9 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.24 0.57 0.16 0.35
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.07 0.11 0.14 0.18 0.05 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.34 0.11
O3' 0.01 0.23 0.01 0.00 0.12 0.01 0.09 0.04 0.14 0.07 0.20 0.20 0.13 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.24 0.12 0.19 0.06
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.08 0.15 0.17 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.19 0.22 0.11
O5' 0.05 0.09 0.17 0.27 0.17 0.02 0.32 0.01 0.29 0.50 0.16 0.08 0.38 0.50 0.24 0.05 0.24 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.28 0.27 0.25 0.27 0.47 0.12 0.75 0.24 0.69 0.98 0.45 0.24 0.87 1.06 0.57 0.14 0.12 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.14 0.13 0.14 0.08 0.14 0.23 0.33 0.10 0.33 0.43 0.18 0.15 0.47 0.52 0.16 0.34 0.19 0.22 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.09 0.15 0.12 0.16 0.29 0.08 0.52 0.02 0.49 0.68 0.30 0.11 0.64 0.76 0.35 0.11 0.06 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.09 0.07 0.02 0.16 0.02 0.16 0.10 0.10 0.17 0.21 0.09 0.05 0.08 0.10 0.04 0.22 0.16 0.11 0.21 0.17 0.16
C2 0.21 0.11 0.12 0.12 0.05 0.22 0.03 0.23 0.07 0.14 0.13 0.16 0.04 0.08 0.14 0.09 0.07 0.29 0.23 0.09 0.25 0.22 0.22
C2' 0.16 0.14 0.16 0.21 0.05 0.16 0.06 0.14 0.09 0.14 0.15 0.18 0.08 0.09 0.12 0.16 0.25 0.20 0.18 0.10 0.25 0.23 0.18
C3' 0.17 0.17 0.17 0.25 0.06 0.23 0.06 0.25 0.09 0.16 0.16 0.21 0.11 0.11 0.13 0.18 0.29 0.23 0.24 0.09 0.32 0.28 0.27
C4 0.16 0.15 0.09 0.07 0.01 0.17 0.02 0.17 0.09 0.10 0.16 0.19 0.07 0.04 0.09 0.08 0.02 0.23 0.17 0.11 0.21 0.17 0.16
C4' 0.10 0.16 0.05 0.05 0.04 0.09 0.02 0.06 0.09 0.09 0.16 0.19 0.11 0.05 0.06 0.06 0.02 0.15 0.08 0.08 0.13 0.11 0.08
C5 0.13 0.14 0.08 0.06 0.02 0.14 0.03 0.13 0.09 0.07 0.15 0.18 0.08 0.02 0.07 0.06 0.04 0.19 0.14 0.10 0.18 0.15 0.13
C5' 0.04 0.25 0.07 0.05 0.11 0.04 0.10 0.04 0.17 0.03 0.24 0.29 0.20 0.03 0.02 0.04 0.12 0.11 0.01 0.17 0.06 0.03 0.03
C6 0.17 0.11 0.10 0.10 0.03 0.16 0.01 0.16 0.07 0.09 0.12 0.15 0.04 0.04 0.10 0.08 0.08 0.21 0.17 0.09 0.20 0.17 0.16
C8 0.08 0.16 0.05 0.03 0.05 0.08 0.05 0.07 0.11 0.06 0.16 0.19 0.11 0.03 0.05 0.05 0.03 0.13 0.08 0.11 0.13 0.11 0.08
N1 0.20 0.10 0.12 0.12 0.05 0.20 0.03 0.20 0.07 0.12 0.12 0.15 0.04 0.07 0.13 0.09 0.09 0.26 0.21 0.10 0.23 0.20 0.20
N3 0.20 0.12 0.12 0.10 0.03 0.21 0.02 0.22 0.07 0.14 0.13 0.17 0.04 0.08 0.13 0.10 0.04 0.28 0.21 0.09 0.25 0.21 0.21
N6 0.14 0.09 0.11 0.11 0.03 0.14 0.01 0.14 0.06 0.07 0.10 0.11 0.03 0.03 0.09 0.09 0.11 0.17 0.16 0.07 0.18 0.16 0.15
N7 0.08 0.16 0.04 0.02 0.05 0.08 0.06 0.07 0.11 0.05 0.16 0.18 0.11 0.03 0.04 0.03 0.02 0.12 0.08 0.11 0.14 0.11 0.08
N9 0.13 0.16 0.07 0.05 0.03 0.14 0.03 0.14 0.10 0.08 0.17 0.21 0.10 0.03 0.07 0.07 0.01 0.19 0.13 0.11 0.18 0.14 0.14
O2' 0.16 0.14 0.15 0.18 0.05 0.14 0.05 0.11 0.09 0.13 0.15 0.18 0.07 0.08 0.11 0.15 0.22 0.21 0.15 0.11 0.22 0.20 0.15
O3' 0.21 0.18 0.24 0.35 0.10 0.32 0.10 0.36 0.11 0.21 0.18 0.23 0.12 0.16 0.17 0.24 0.41 0.28 0.35 0.12 0.45 0.38 0.38
O4' 0.13 0.15 0.10 0.09 0.04 0.16 0.04 0.17 0.08 0.12 0.15 0.19 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.21 0.17 0.08 0.23 0.17 0.17
O5' 0.19 0.56 0.38 0.36 0.39 0.16 0.40 0.14 0.49 0.24 0.56 0.62 0.49 0.31 0.27 0.32 0.48 0.07 0.20 0.49 0.13 0.20 0.15
OP1 1.02 1.20 1.28 1.38 1.15 1.13 1.18 1.14 1.23 1.10 1.23 1.17 1.16 1.16 1.10 1.18 1.57 0.96 1.21 1.24 1.19 1.21 1.14
OP2 0.40 0.77 0.61 0.63 0.63 0.40 0.67 0.39 0.77 0.53 0.81 0.81 0.68 0.61 0.52 0.49 0.77 0.32 0.51 0.80 0.47 0.53 0.44
P 0.56 0.92 0.80 0.82 0.78 0.56 0.81 0.53 0.90 0.66 0.95 0.96 0.84 0.74 0.67 0.70 0.98 0.45 0.63 0.92 0.56 0.63 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.01 0.13 0.02 0.18 0.22 0.17
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.14 0.09 0.07
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.15 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.01 0.15 0.01 0.19 0.19 0.17
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.20 0.02 0.25 0.25 0.24
C5' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.08 0.03 0.03 0.17 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.17 0.07 0.03 0.02
C6 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.21 0.00 0.27 0.30 0.26
C8 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.21 0.04 0.23 0.17 0.20
N1 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01 0.17 0.02 0.23 0.27 0.22
N2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.14 0.11 0.03 0.12 0.05 0.18 0.21 0.16
N3 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.00 0.11 0.01 0.16 0.18 0.14
N7 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.24 0.04 0.28 0.26 0.27
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.02 0.17 0.13 0.13
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.04 0.10 0.01 0.14 0.14 0.15 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.07 0.05
O3' 0.03 0.11 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.11 0.17 0.14 0.10
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07
O5' 0.08 0.13 0.06 0.04 0.15 0.02 0.20 0.01 0.21 0.21 0.17 0.12 0.11 0.24 0.14 0.05 0.05 0.06 0.00 0.25 0.03 0.02 0.02
O6 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.07 0.02 0.17 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.11 0.05 0.25 0.00 0.33 0.37 0.33
OP1 0.11 0.18 0.14 0.15 0.19 0.08 0.25 0.07 0.27 0.23 0.23 0.18 0.16 0.28 0.17 0.12 0.17 0.06 0.03 0.33 0.00 0.03 0.01
OP2 0.06 0.22 0.09 0.10 0.19 0.02 0.25 0.03 0.30 0.17 0.27 0.21 0.18 0.26 0.13 0.07 0.14 0.08 0.02 0.37 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.07 0.08 0.17 0.02 0.24 0.02 0.26 0.20 0.22 0.16 0.14 0.27 0.13 0.05 0.10 0.07 0.02 0.33 0.01 0.01 0.00