ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.000, 0.111, 0.221, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.000, 0.164, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O2' A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C3' A 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C5' A 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O5' A 0, 0.000, 0.336, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.336 std_dev=0.336
P A 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
OP1 A 0, 0.000, 0.423, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.423
OP2 A 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
N2 B 0, 0.000, 0.499, 0.997, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.499 std_dev=0.499
C2 B 0, 0.000, 0.563, 1.127, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.563 std_dev=0.563
N3 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
N1 B 0, 0.000, 0.629, 1.258, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.629 std_dev=0.629
O3' B 0, 0.000, 0.648, 1.296, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C4 B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
C1' B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658
N9 B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
O2' B 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
C6 B 0, 0.000, 0.706, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.706 std_dev=0.706
C5 B 0, 0.000, 0.718, 1.436, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.718 std_dev=0.718
O4' B 0, 0.000, 0.734, 1.468, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.734 std_dev=0.734
C2' B 0, 0.000, 0.740, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.740 std_dev=0.740
C3' B 0, 0.000, 0.757, 1.514, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.757 std_dev=0.757
O6 B 0, 0.000, 0.762, 1.524, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.762 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.000, 0.775, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.775 std_dev=0.775
C8 B 0, 0.000, 0.778, 1.556, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.778 std_dev=0.778
N7 B 0, 0.000, 0.796, 1.592, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.796 std_dev=0.796
O5' B 0, 0.000, 0.898, 1.797, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.898 std_dev=0.898
C5' B 0, 0.000, 0.912, 1.823, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.912 std_dev=0.912
P B 0, 0.000, 1.086, 2.173, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.086 std_dev=1.086
OP1 B 0, 0.000, 1.132, 2.264, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.132 std_dev=1.132
OP2 B 0, 0.000, 1.159, 2.317, 2.317 max_d=2.317 avg_d=1.159 std_dev=1.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01
C4 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03
C5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.01 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03
N1 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
O5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02
C2 0.07 0.01 0.05 0.05 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.12 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07
C2' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.05 0.02
C3' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.05 0.02
C4 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02
C4' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
C5' 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
C6 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03
C8 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06
N1 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06
N3 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05
N6 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03
N7 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05
N9 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02
O2' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.08 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.04 0.05 0.02
O4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02
O5' 0.06 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02
OP1 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01
OP2 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.08 0.05
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.08 0.09
OP1 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00