ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54913

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 6, 2, 1, 0, 2, 2, 9, 10, 19, 19, 23, 7, 5, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.019, 0.036, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.036 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.018, 0.045, 0.073, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.045 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.028, 0.059, 0.090, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.059 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.015, 0.046, 0.077, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.046 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.030, 0.117, 0.203, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.117 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.105, 0.202, 0.299, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.202 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.138, 0.261, 0.385, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.261 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.141, 0.274, 0.408, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.274 std_dev=0.134
C3' A 0, 0.213, 0.354, 0.496, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.354 std_dev=0.142
N2 B 0, 0.303, 0.495, 0.688, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.495 std_dev=0.192
O5' A 0, 0.198, 0.399, 0.601, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.399 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.376, 0.586, 0.796, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.586 std_dev=0.210
C5' A 0, 0.108, 0.333, 0.557, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.333 std_dev=0.225
N3 B 0, 0.531, 0.758, 0.985, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.758 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.392, 0.626, 0.860, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.626 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.688, 0.979, 1.269, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.979 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.756, 1.058, 1.360, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.058 std_dev=0.302
P A 0, 0.239, 0.542, 0.845, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.542 std_dev=0.303
OP2 A 0, 0.505, 0.836, 1.167, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.836 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.549, 0.906, 1.263, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.906 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.734, 1.120, 1.507, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.120 std_dev=0.386
N7 B 0, 0.939, 1.328, 1.716, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.328 std_dev=0.388
N9 B 0, 0.938, 1.379, 1.820, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.379 std_dev=0.441
OP1 A 0, 0.222, 0.663, 1.104, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.663 std_dev=0.441
C8 B 0, 1.013, 1.484, 1.955, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.484 std_dev=0.471
C2' B 0, 1.095, 1.629, 2.164, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.629 std_dev=0.534
O6 B 0, 0.945, 1.500, 2.055, 2.701 max_d=2.701 avg_d=1.500 std_dev=0.555
C1' B 0, 1.191, 1.808, 2.425, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.808 std_dev=0.617
O4' B 0, 1.391, 2.177, 2.963, 3.430 max_d=3.430 avg_d=2.177 std_dev=0.786
C3' B 0, 1.460, 2.365, 3.270, 3.971 max_d=3.971 avg_d=2.365 std_dev=0.905
C4' B 0, 1.504, 2.416, 3.329, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.416 std_dev=0.913
O5' B 0, 1.519, 2.433, 3.348, 4.174 max_d=4.174 avg_d=2.433 std_dev=0.914
O2' B 0, 1.770, 2.764, 3.759, 4.199 max_d=4.199 avg_d=2.764 std_dev=0.995
C5' B 0, 1.626, 2.643, 3.661, 4.577 max_d=4.577 avg_d=2.643 std_dev=1.018
OP2 B 0, 1.783, 2.832, 3.881, 4.596 max_d=4.596 avg_d=2.832 std_dev=1.049
P B 0, 1.741, 2.846, 3.951, 4.715 max_d=4.715 avg_d=2.846 std_dev=1.105
O3' B 0, 1.702, 2.879, 4.057, 4.792 max_d=4.792 avg_d=2.879 std_dev=1.178
OP1 B 0, 2.101, 3.356, 4.611, 5.361 max_d=5.361 avg_d=3.356 std_dev=1.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.09 0.07
C2 0.04 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.04 0.10 0.01 0.14 0.17 0.13
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.08 0.10 0.06
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.13 0.12 0.13 0.14 0.11 0.14 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.11 0.13 0.07
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.13 0.16 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.03 0.11 0.01 0.16 0.20 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.12 0.01 0.17 0.21 0.15
C8 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.03 0.13 0.02 0.16 0.19 0.15
N1 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.03 0.11 0.01 0.16 0.19 0.14
N2 0.05 0.01 0.12 0.14 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.19 0.04 0.10 0.02 0.15 0.17 0.13
N3 0.03 0.01 0.10 0.11 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.09 0.01 0.13 0.15 0.12
N7 0.01 0.01 0.08 0.14 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.14 0.02 0.18 0.23 0.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.14 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.09 0.13 0.09 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.08 0.10 0.05
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.02 0.17 0.14 0.17 0.19 0.14 0.17 0.07 0.04 0.00 0.02 0.08 0.21 0.17 0.19 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.10 0.09 0.08
O5' 0.06 0.10 0.05 0.06 0.10 0.02 0.11 0.01 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.14 0.09 0.04 0.08 0.06 0.00 0.14 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.21 0.03 0.14 0.00 0.19 0.24 0.17
OP1 0.08 0.14 0.08 0.11 0.13 0.06 0.16 0.06 0.17 0.16 0.16 0.15 0.13 0.18 0.12 0.08 0.17 0.10 0.02 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.10 0.13 0.16 0.06 0.20 0.07 0.21 0.19 0.19 0.17 0.15 0.23 0.14 0.10 0.19 0.09 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.06 0.07 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.15 0.14 0.13 0.12 0.16 0.11 0.05 0.10 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.21 0.36 0.41 0.20 0.44 0.20 0.43 0.24 0.19 0.25 0.22 0.20 0.19 0.21 0.38 0.90 0.40 0.36 0.28 0.36 0.40 0.37
C2 0.28 0.15 0.39 0.51 0.18 0.57 0.16 0.59 0.15 0.23 0.15 0.18 0.17 0.19 0.23 0.54 0.98 0.53 0.52 0.15 0.54 0.54 0.55
C2' 0.29 0.24 0.45 0.42 0.24 0.45 0.23 0.44 0.24 0.24 0.25 0.25 0.25 0.23 0.26 0.51 0.89 0.40 0.37 0.26 0.38 0.43 0.40
C3' 0.34 0.30 0.51 0.41 0.31 0.41 0.30 0.40 0.30 0.31 0.30 0.30 0.31 0.30 0.32 0.54 0.81 0.38 0.34 0.32 0.34 0.43 0.38
C4 0.25 0.18 0.38 0.41 0.18 0.46 0.17 0.46 0.18 0.19 0.20 0.20 0.18 0.17 0.20 0.42 0.89 0.43 0.38 0.21 0.39 0.43 0.41
C4' 0.28 0.26 0.40 0.37 0.25 0.39 0.26 0.37 0.29 0.25 0.29 0.26 0.26 0.26 0.26 0.40 0.83 0.37 0.32 0.33 0.31 0.40 0.35
C5 0.24 0.17 0.38 0.36 0.18 0.40 0.16 0.39 0.18 0.18 0.19 0.19 0.18 0.17 0.20 0.41 0.80 0.39 0.34 0.19 0.34 0.41 0.37
C5' 0.27 0.25 0.38 0.32 0.25 0.34 0.26 0.32 0.29 0.26 0.28 0.25 0.25 0.27 0.25 0.36 0.75 0.34 0.29 0.33 0.28 0.39 0.32
C6 0.24 0.15 0.40 0.37 0.17 0.43 0.15 0.43 0.14 0.19 0.15 0.18 0.16 0.16 0.20 0.49 0.81 0.42 0.38 0.15 0.39 0.45 0.42
C8 0.23 0.22 0.36 0.31 0.21 0.34 0.22 0.33 0.25 0.20 0.26 0.23 0.21 0.21 0.21 0.33 0.76 0.34 0.29 0.29 0.28 0.37 0.31
N1 0.27 0.15 0.40 0.46 0.18 0.53 0.17 0.55 0.15 0.22 0.15 0.18 0.16 0.19 0.23 0.56 0.92 0.50 0.48 0.15 0.50 0.53 0.52
N2 0.32 0.15 0.39 0.59 0.20 0.66 0.19 0.69 0.15 0.27 0.15 0.18 0.17 0.22 0.27 0.59 1.05 0.59 0.61 0.15 0.65 0.63 0.65
N3 0.27 0.16 0.38 0.48 0.17 0.53 0.16 0.55 0.16 0.20 0.18 0.19 0.17 0.17 0.21 0.48 0.97 0.49 0.46 0.18 0.48 0.49 0.49
N7 0.23 0.21 0.37 0.30 0.20 0.32 0.20 0.31 0.22 0.20 0.23 0.22 0.21 0.20 0.21 0.34 0.71 0.33 0.28 0.25 0.27 0.37 0.31
N9 0.24 0.20 0.36 0.38 0.19 0.42 0.19 0.41 0.23 0.19 0.24 0.22 0.20 0.19 0.21 0.38 0.85 0.39 0.34 0.26 0.34 0.40 0.36
O2' 0.28 0.22 0.41 0.45 0.22 0.48 0.21 0.49 0.23 0.22 0.24 0.24 0.22 0.21 0.24 0.48 0.94 0.43 0.40 0.26 0.41 0.44 0.42
O3' 0.42 0.34 0.59 0.45 0.37 0.45 0.35 0.43 0.34 0.38 0.33 0.34 0.36 0.36 0.39 0.64 0.82 0.42 0.38 0.34 0.38 0.47 0.42
O4' 0.25 0.23 0.34 0.38 0.21 0.41 0.23 0.39 0.28 0.21 0.28 0.24 0.22 0.22 0.22 0.34 0.86 0.38 0.32 0.33 0.31 0.38 0.34
O5' 0.29 0.27 0.41 0.29 0.27 0.31 0.29 0.30 0.31 0.28 0.29 0.26 0.27 0.29 0.28 0.36 0.67 0.32 0.30 0.34 0.29 0.40 0.33
O6 0.22 0.15 0.42 0.32 0.16 0.37 0.15 0.38 0.15 0.18 0.16 0.20 0.15 0.16 0.19 0.50 0.70 0.38 0.34 0.15 0.35 0.43 0.39
OP1 0.35 0.30 0.46 0.33 0.34 0.30 0.36 0.31 0.37 0.37 0.34 0.29 0.31 0.38 0.35 0.39 0.58 0.33 0.34 0.41 0.36 0.49 0.41
OP2 0.39 0.38 0.52 0.38 0.41 0.31 0.45 0.34 0.46 0.45 0.43 0.35 0.38 0.47 0.42 0.37 0.45 0.35 0.43 0.50 0.42 0.52 0.45
P 0.28 0.27 0.41 0.29 0.28 0.27 0.31 0.26 0.33 0.30 0.30 0.26 0.27 0.32 0.28 0.34 0.59 0.29 0.29 0.37 0.30 0.43 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.27 0.01 0.16 0.02 0.14 0.30 0.17
C2 0.03 0.00 0.24 0.19 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.29 0.13 0.18 0.01 0.13 0.26 0.16
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.16 0.10 0.13 0.19 0.30 0.24 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.33 0.08 0.35 0.46 0.36
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.20 0.00 0.27 0.02 0.28 0.29 0.24 0.18 0.16 0.32 0.19 0.02 0.01 0.02 0.14 0.31 0.14 0.15 0.10
C4 0.01 0.01 0.12 0.20 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.15 0.07 0.19 0.01 0.13 0.25 0.16
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.04 0.09 0.06 0.16 0.07 0.25 0.03 0.01 0.02 0.10 0.09 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.27 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.08 0.03 0.25 0.01 0.18 0.26 0.20
C5' 0.06 0.08 0.16 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.17 0.08 0.10 0.08 0.19 0.08 0.09 0.17 0.02 0.01 0.15 0.12 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.28 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.09 0.06 0.26 0.00 0.20 0.28 0.21
C8 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01 0.17 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.17 0.09 0.26 0.02 0.17 0.25 0.19
N1 0.02 0.00 0.19 0.24 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.18 0.10 0.22 0.01 0.16 0.26 0.18
N2 0.04 0.00 0.30 0.18 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.39 0.16 0.16 0.02 0.13 0.26 0.16
N3 0.03 0.00 0.24 0.16 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.31 0.13 0.16 0.01 0.13 0.26 0.16
N7 0.01 0.01 0.08 0.32 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.18 0.06 0.30 0.02 0.23 0.28 0.24
N9 0.00 0.01 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.09 0.01 0.18 0.02 0.12 0.26 0.15
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.17 0.25 0.27 0.09 0.27 0.30 0.20 0.20 0.15 0.33 0.18 0.00 0.05 0.17 0.22 0.31 0.25 0.48 0.26
O3' 0.27 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.08 0.17 0.09 0.17 0.18 0.39 0.31 0.18 0.09 0.05 0.00 0.18 0.26 0.11 0.37 0.26 0.26
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.09 0.10 0.16 0.13 0.06 0.01 0.17 0.18 0.00 0.09 0.04 0.10 0.28 0.14
O5' 0.16 0.18 0.33 0.14 0.19 0.02 0.25 0.01 0.26 0.26 0.22 0.16 0.16 0.30 0.18 0.22 0.26 0.09 0.00 0.29 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.11 0.04 0.29 0.00 0.24 0.30 0.25
OP1 0.14 0.13 0.35 0.14 0.13 0.09 0.18 0.12 0.20 0.17 0.16 0.13 0.13 0.23 0.12 0.25 0.37 0.10 0.02 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.26 0.46 0.15 0.25 0.18 0.26 0.13 0.28 0.25 0.26 0.26 0.26 0.28 0.26 0.48 0.26 0.28 0.02 0.30 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.16 0.36 0.10 0.16 0.06 0.20 0.02 0.21 0.19 0.18 0.16 0.16 0.24 0.15 0.26 0.26 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00