ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 8, 7, 5, 3, 2, 1, 2, 4, 3, 3, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.051, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.018, 0.042, 0.065, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.042 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.027 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.017, 0.046, 0.074, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.046 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.002, 0.055, 0.108, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.055 std_dev=0.053
C2 B 0, 0.253, 0.488, 0.723, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.488 std_dev=0.235
N2 B 0, 0.329, 0.567, 0.806, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.567 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.217, 0.465, 0.714, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.465 std_dev=0.248
O4' A 0, 0.070, 0.336, 0.602, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.336 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.207, 0.483, 0.759, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.483 std_dev=0.276
C2' A 0, 0.096, 0.379, 0.663, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.379 std_dev=0.283
C5 B 0, 0.185, 0.506, 0.827, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.506 std_dev=0.321
N1 B 0, 0.294, 0.647, 1.000, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.647 std_dev=0.353
N7 B 0, 0.220, 0.589, 0.958, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.589 std_dev=0.369
C6 B 0, 0.276, 0.668, 1.060, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.668 std_dev=0.392
C8 B 0, 0.286, 0.681, 1.076, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.681 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.239, 0.656, 1.073, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.656 std_dev=0.417
C4' A 0, 0.178, 0.636, 1.093, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.636 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.330, 0.835, 1.339, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.835 std_dev=0.505
OP2 B 0, 0.712, 1.245, 1.778, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.245 std_dev=0.533
P B 0, 0.738, 1.282, 1.827, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.282 std_dev=0.544
O5' B 0, 0.677, 1.232, 1.787, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.232 std_dev=0.555
O6 B 0, 0.343, 0.901, 1.459, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.901 std_dev=0.558
C3' A 0, 0.167, 0.731, 1.295, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.731 std_dev=0.564
O2' A 0, -0.047, 0.547, 1.141, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.547 std_dev=0.594
OP1 B 0, 0.858, 1.484, 2.109, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.484 std_dev=0.625
C5' B 0, 0.719, 1.360, 2.000, 3.032 max_d=3.032 avg_d=1.360 std_dev=0.641
C1' B 0, 0.214, 0.889, 1.564, 2.061 max_d=2.061 avg_d=0.889 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.308, 1.009, 1.710, 2.294 max_d=2.294 avg_d=1.009 std_dev=0.701
C3' B 0, 0.598, 1.327, 2.056, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.327 std_dev=0.729
C4' B 0, 0.530, 1.263, 1.995, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.263 std_dev=0.732
C2' B 0, 0.382, 1.159, 1.935, 2.451 max_d=2.451 avg_d=1.159 std_dev=0.777
O3' B 0, 0.796, 1.710, 2.625, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.710 std_dev=0.914
O3' A 0, 0.181, 1.187, 2.194, 3.067 max_d=3.067 avg_d=1.187 std_dev=1.006
O2' B 0, 0.267, 1.339, 2.410, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.339 std_dev=1.071
O5' A 0, 0.136, 1.284, 2.433, 3.778 max_d=3.778 avg_d=1.284 std_dev=1.148
P A 0, 0.408, 1.694, 2.980, 4.376 max_d=4.376 avg_d=1.694 std_dev=1.286
OP1 A 0, 0.667, 2.224, 3.780, 5.236 max_d=5.236 avg_d=2.224 std_dev=1.557
OP2 A 0, 0.439, 2.225, 4.010, 6.302 max_d=6.302 avg_d=2.225 std_dev=1.786

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.32 0.00 0.35 0.03 0.37 0.35 0.30
C2 0.07 0.00 0.34 0.33 0.02 0.11 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.30 0.12 0.69 0.02 0.76 1.04 0.74
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.12 0.21 0.18 0.12 0.28 0.40 0.33 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.17 0.15 0.34 0.31 0.16
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.31 0.01 0.38 0.02 0.41 0.33 0.39 0.31 0.28 0.39 0.24 0.02 0.01 0.01 0.20 0.45 0.45 0.29 0.18
C4 0.03 0.02 0.18 0.31 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.07 0.75 0.02 0.76 1.05 0.77
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.17 0.12 0.12 0.10 0.18 0.10 0.29 0.03 0.01 0.02 0.16 0.21 0.24 0.03
C5 0.02 0.02 0.12 0.38 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.18 0.04 0.96 0.02 0.98 1.45 1.03
C5' 0.07 0.17 0.21 0.02 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.19 0.20 0.17 0.15 0.23 0.12 0.10 0.21 0.02 0.01 0.24 0.29 0.27 0.02
C6 0.04 0.01 0.18 0.41 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.21 0.06 0.98 0.01 1.05 1.57 1.09
C8 0.02 0.02 0.12 0.33 0.01 0.17 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.31 0.17 0.07 1.00 0.04 0.92 1.31 0.99
N1 0.06 0.01 0.28 0.39 0.02 0.12 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.22 0.24 0.09 0.85 0.02 0.94 1.35 0.94
N2 0.09 0.01 0.40 0.31 0.02 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.39 0.15 0.59 0.04 0.69 0.91 0.64
N3 0.07 0.01 0.33 0.28 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.31 0.12 0.60 0.01 0.65 0.85 0.62
N7 0.02 0.02 0.06 0.39 0.01 0.18 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.34 0.22 0.04 1.09 0.04 1.08 1.63 1.16
N9 0.00 0.03 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.20 0.12 0.01 0.72 0.03 0.68 0.89 0.69
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.19 0.29 0.28 0.10 0.28 0.31 0.22 0.20 0.15 0.34 0.20 0.00 0.04 0.21 0.18 0.32 0.39 0.39 0.12
O3' 0.32 0.30 0.03 0.01 0.18 0.03 0.18 0.21 0.21 0.17 0.24 0.39 0.31 0.22 0.12 0.04 0.00 0.23 0.19 0.25 0.64 0.31 0.28
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.21 0.23 0.00 0.34 0.06 0.31 0.37 0.32
O5' 0.35 0.69 0.17 0.20 0.75 0.02 0.96 0.01 0.98 1.00 0.85 0.59 0.60 1.09 0.72 0.18 0.19 0.34 0.00 1.08 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.45 0.02 0.16 0.02 0.24 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.32 0.25 0.06 1.08 0.00 1.17 1.79 1.23
OP1 0.37 0.76 0.34 0.45 0.76 0.21 0.98 0.29 1.05 0.92 0.94 0.69 0.65 1.08 0.68 0.39 0.64 0.31 0.03 1.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 1.04 0.31 0.29 1.05 0.24 1.45 0.27 1.57 1.31 1.35 0.91 0.85 1.63 0.89 0.39 0.31 0.37 0.02 1.79 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.74 0.16 0.18 0.77 0.03 1.03 0.02 1.09 0.99 0.94 0.64 0.62 1.16 0.69 0.12 0.28 0.32 0.01 1.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.25 0.46 0.47 0.24 0.27 0.25 0.24 0.27 0.23 0.27 0.25 0.24 0.24 0.23 0.48 0.59 0.18 0.28 0.29 0.27 0.30 0.24
C2 0.18 0.19 0.41 0.43 0.16 0.21 0.17 0.19 0.19 0.16 0.21 0.22 0.17 0.16 0.17 0.40 0.58 0.21 0.21 0.21 0.21 0.25 0.19
C2' 0.32 0.28 0.54 0.53 0.28 0.35 0.29 0.32 0.32 0.28 0.32 0.29 0.28 0.28 0.29 0.60 0.66 0.28 0.34 0.36 0.32 0.34 0.30
C3' 0.62 0.50 0.63 0.61 0.56 0.62 0.54 0.64 0.50 0.59 0.49 0.48 0.55 0.56 0.59 0.71 0.69 0.68 0.67 0.49 0.68 0.72 0.70
C4 0.20 0.22 0.44 0.45 0.21 0.24 0.21 0.21 0.24 0.20 0.24 0.24 0.21 0.21 0.20 0.45 0.57 0.16 0.25 0.25 0.24 0.28 0.22
C4' 0.32 0.29 0.45 0.44 0.31 0.31 0.32 0.31 0.33 0.32 0.31 0.27 0.30 0.33 0.32 0.50 0.57 0.34 0.36 0.35 0.36 0.43 0.39
C5 0.20 0.22 0.44 0.45 0.20 0.25 0.21 0.22 0.23 0.20 0.23 0.23 0.21 0.21 0.20 0.45 0.56 0.16 0.26 0.24 0.25 0.28 0.22
C5' 0.39 0.33 0.44 0.43 0.37 0.37 0.38 0.39 0.37 0.39 0.35 0.30 0.35 0.39 0.38 0.49 0.54 0.44 0.44 0.39 0.44 0.52 0.48
C6 0.18 0.19 0.43 0.43 0.17 0.23 0.18 0.20 0.19 0.17 0.20 0.21 0.17 0.17 0.17 0.43 0.56 0.17 0.23 0.20 0.23 0.26 0.20
C8 0.24 0.26 0.46 0.46 0.25 0.28 0.26 0.25 0.28 0.25 0.27 0.26 0.25 0.26 0.25 0.47 0.56 0.19 0.30 0.29 0.28 0.31 0.26
N1 0.18 0.18 0.41 0.43 0.16 0.21 0.16 0.20 0.18 0.16 0.20 0.21 0.16 0.16 0.17 0.40 0.57 0.21 0.21 0.19 0.22 0.25 0.20
N2 0.19 0.18 0.38 0.41 0.16 0.21 0.16 0.20 0.18 0.16 0.20 0.21 0.16 0.16 0.17 0.37 0.59 0.25 0.21 0.20 0.21 0.24 0.20
N3 0.18 0.21 0.42 0.44 0.18 0.22 0.19 0.20 0.22 0.17 0.23 0.23 0.18 0.18 0.18 0.43 0.57 0.17 0.23 0.23 0.22 0.26 0.20
N7 0.24 0.25 0.45 0.46 0.24 0.28 0.25 0.25 0.26 0.24 0.26 0.26 0.24 0.24 0.24 0.46 0.56 0.18 0.29 0.27 0.28 0.30 0.25
N9 0.23 0.25 0.46 0.46 0.23 0.26 0.25 0.23 0.26 0.23 0.27 0.25 0.24 0.24 0.23 0.47 0.57 0.17 0.28 0.28 0.26 0.30 0.24
O2' 0.52 0.57 0.70 0.68 0.55 0.51 0.59 0.47 0.62 0.56 0.61 0.56 0.54 0.59 0.54 0.70 0.77 0.44 0.50 0.65 0.47 0.50 0.47
O3' 0.59 0.46 0.65 0.63 0.53 0.59 0.53 0.60 0.51 0.57 0.48 0.43 0.50 0.56 0.56 0.75 0.74 0.64 0.63 0.52 0.64 0.71 0.68
O4' 0.23 0.24 0.48 0.50 0.24 0.29 0.25 0.25 0.28 0.23 0.27 0.24 0.23 0.25 0.23 0.51 0.64 0.18 0.29 0.31 0.27 0.30 0.24
O5' 1.25 1.23 1.03 1.00 1.28 1.19 1.29 1.26 1.27 1.30 1.25 1.19 1.24 1.31 1.28 1.03 0.90 1.35 1.30 1.26 1.33 1.41 1.39
O6 0.19 0.18 0.43 0.43 0.17 0.23 0.17 0.21 0.18 0.17 0.19 0.21 0.17 0.17 0.17 0.42 0.55 0.18 0.24 0.19 0.24 0.26 0.21
OP1 1.52 1.44 1.17 1.15 1.54 1.46 1.58 1.58 1.56 1.62 1.49 1.34 1.46 1.63 1.57 1.15 0.97 1.69 1.62 1.57 1.69 1.79 1.78
OP2 2.27 2.23 2.00 2.02 2.33 2.23 2.38 2.35 2.36 2.40 2.30 2.11 2.24 2.42 2.34 1.93 1.86 2.40 2.42 2.35 2.49 2.58 2.55
P 1.52 1.49 1.25 1.23 1.56 1.46 1.60 1.56 1.58 1.61 1.53 1.41 1.49 1.63 1.57 1.22 1.08 1.65 1.61 1.59 1.67 1.76 1.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07
C2 0.05 0.00 0.19 0.19 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.09 0.13 0.02 0.13 0.19 0.12
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.02 0.09 0.09 0.15 0.24 0.19 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.09 0.04
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.12 0.13 0.16 0.23 0.17 0.12 0.06 0.02 0.01 0.02 0.09 0.12 0.11 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.05 0.13 0.02 0.12 0.17 0.11
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04 0.15 0.02 0.15 0.21 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.07 0.06 0.12 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.11 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.05 0.15 0.01 0.16 0.23 0.16
C8 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.06 0.17 0.03 0.15 0.18 0.14
N1 0.04 0.00 0.15 0.16 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.21 0.07 0.15 0.01 0.15 0.21 0.15
N2 0.06 0.01 0.24 0.23 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.26 0.31 0.10 0.13 0.02 0.13 0.19 0.12
N3 0.05 0.01 0.19 0.17 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.22 0.08 0.12 0.02 0.11 0.17 0.10
N7 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.05 0.18 0.03 0.18 0.22 0.17
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.10 0.15 0.10
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.10 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.16 0.26 0.19 0.05 0.02 0.00 0.06 0.05 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.16 0.14 0.21 0.31 0.22 0.14 0.06 0.06 0.00 0.02 0.15 0.17 0.16 0.17 0.13
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.05 0.08 0.13 0.10
O5' 0.07 0.13 0.04 0.09 0.13 0.02 0.15 0.01 0.15 0.17 0.15 0.13 0.12 0.18 0.12 0.06 0.15 0.09 0.00 0.16 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.07 0.12 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.17 0.05 0.16 0.00 0.19 0.25 0.18
OP1 0.07 0.13 0.09 0.11 0.12 0.08 0.15 0.09 0.16 0.15 0.15 0.13 0.11 0.18 0.10 0.10 0.16 0.08 0.02 0.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.19 0.09 0.11 0.17 0.05 0.21 0.03 0.23 0.18 0.21 0.19 0.17 0.22 0.15 0.08 0.17 0.13 0.03 0.25 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.12 0.04 0.07 0.11 0.04 0.15 0.02 0.16 0.14 0.15 0.12 0.10 0.17 0.10 0.06 0.13 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00