ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 4, 5, 4, 3, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C5 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.024 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.040 std_dev=0.027
N7 A 0, -0.007, 0.038, 0.084, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.038 std_dev=0.045
C8 A 0, -0.005, 0.041, 0.088, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.041 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.056, 0.163, 0.270, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.163 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.098, 0.208, 0.318, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.208 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.029, 0.149, 0.268, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.149 std_dev=0.119
C2 B 0, 0.372, 0.541, 0.710, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.541 std_dev=0.169
N3 B 0, 0.320, 0.497, 0.673, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.497 std_dev=0.177
C4' A 0, 0.072, 0.254, 0.435, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.254 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.092, 0.276, 0.460, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.276 std_dev=0.184
N2 B 0, 0.320, 0.525, 0.730, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.525 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.434, 0.651, 0.868, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.651 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.408, 0.652, 0.896, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.652 std_dev=0.244
C4 B 0, 0.323, 0.574, 0.824, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.574 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.430, 0.684, 0.937, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.684 std_dev=0.254
O3' A 0, 0.152, 0.425, 0.698, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.425 std_dev=0.273
N9 B 0, 0.363, 0.637, 0.910, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.637 std_dev=0.274
C3' B 0, 0.550, 0.832, 1.114, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.832 std_dev=0.282
O4' B 0, 0.519, 0.807, 1.096, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.807 std_dev=0.288
C5' A 0, 0.131, 0.425, 0.719, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.425 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.423, 0.723, 1.023, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.723 std_dev=0.300
O2' B 0, 0.431, 0.742, 1.054, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.742 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.597, 0.910, 1.223, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.910 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.367, 0.682, 0.997, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.682 std_dev=0.315
O5' A 0, 0.250, 0.574, 0.899, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.574 std_dev=0.324
O3' B 0, 0.573, 0.902, 1.230, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.902 std_dev=0.328
C8 B 0, 0.398, 0.755, 1.113, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.755 std_dev=0.358
O6 B 0, 0.465, 0.837, 1.210, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.837 std_dev=0.372
C5' B 0, 0.731, 1.112, 1.493, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.112 std_dev=0.381
N7 B 0, 0.388, 0.781, 1.175, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.781 std_dev=0.393
P A 0, 0.292, 0.700, 1.108, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.700 std_dev=0.408
O5' B 0, 0.724, 1.159, 1.595, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.159 std_dev=0.436
P B 0, 0.795, 1.323, 1.850, 2.814 max_d=2.814 avg_d=1.323 std_dev=0.528
OP2 B 0, 0.787, 1.347, 1.907, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.347 std_dev=0.560
OP1 B 0, 0.827, 1.476, 2.125, 3.587 max_d=3.587 avg_d=1.476 std_dev=0.649
OP2 A 0, 0.310, 1.273, 2.236, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.273 std_dev=0.963
OP1 A 0, 0.511, 1.555, 2.599, 3.656 max_d=3.656 avg_d=1.555 std_dev=1.044

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.03 0.47 0.26 0.11
C2 0.03 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.22 0.03 0.23 0.01 0.67 0.58 0.16
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.14 0.12 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.06 0.31 0.18 0.08
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.14 0.07 0.17 0.20 0.16 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.11 0.14 0.19 0.14 0.06
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.21 0.01 0.69 0.53 0.15
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.04 0.00 0.03 0.09 0.13 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.01 0.26 0.02 0.80 0.69 0.18
C5' 0.02 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.10 0.09 0.15 0.08 0.06 0.04 0.01 0.02 0.15 0.21 0.37 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.18 0.01 0.27 0.00 0.82 0.77 0.20
C8 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.23 0.03 0.79 0.55 0.16
N1 0.03 0.01 0.09 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.21 0.02 0.26 0.01 0.75 0.70 0.18
N2 0.04 0.01 0.14 0.20 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.25 0.04 0.22 0.02 0.63 0.55 0.15
N3 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.19 0.03 0.20 0.01 0.62 0.48 0.14
N7 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.26 0.03 0.87 0.73 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.02 0.65 0.42 0.13
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.09 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.10 0.04 0.04 0.07 0.20 0.15 0.06
O3' 0.04 0.22 0.04 0.01 0.14 0.04 0.15 0.04 0.18 0.09 0.21 0.25 0.19 0.12 0.07 0.10 0.00 0.04 0.16 0.19 0.31 0.20 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.13 0.03 0.40 0.29 0.12
O5' 0.10 0.23 0.07 0.11 0.21 0.03 0.26 0.02 0.27 0.23 0.26 0.22 0.20 0.26 0.18 0.04 0.16 0.13 0.00 0.29 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.19 0.03 0.29 0.00 0.87 0.86 0.22
OP1 0.47 0.67 0.31 0.19 0.69 0.13 0.80 0.21 0.82 0.79 0.75 0.63 0.62 0.87 0.65 0.20 0.31 0.40 0.03 0.87 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.58 0.18 0.14 0.53 0.25 0.69 0.37 0.77 0.55 0.70 0.55 0.48 0.73 0.42 0.15 0.20 0.29 0.02 0.86 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.16 0.08 0.06 0.15 0.05 0.18 0.03 0.20 0.16 0.18 0.15 0.14 0.20 0.13 0.06 0.08 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.27 0.20 0.20 0.18 0.19 0.23 0.21 0.31 0.17 0.33 0.31 0.19 0.21 0.16 0.23 0.22 0.22 0.23 0.37 0.23 0.33 0.22
C2 0.22 0.20 0.25 0.24 0.15 0.23 0.16 0.23 0.20 0.17 0.23 0.25 0.16 0.16 0.18 0.25 0.25 0.26 0.25 0.22 0.26 0.36 0.25
C2' 0.17 0.25 0.20 0.19 0.16 0.18 0.21 0.21 0.28 0.16 0.31 0.31 0.17 0.19 0.15 0.24 0.23 0.22 0.24 0.34 0.24 0.30 0.22
C3' 0.18 0.29 0.24 0.23 0.20 0.19 0.25 0.19 0.33 0.18 0.35 0.33 0.21 0.23 0.17 0.29 0.27 0.18 0.23 0.39 0.21 0.32 0.20
C4 0.19 0.24 0.21 0.21 0.17 0.19 0.19 0.20 0.25 0.16 0.28 0.29 0.17 0.18 0.16 0.23 0.22 0.22 0.22 0.29 0.23 0.35 0.23
C4' 0.18 0.32 0.23 0.22 0.24 0.19 0.30 0.19 0.39 0.22 0.40 0.35 0.24 0.28 0.20 0.27 0.25 0.19 0.22 0.46 0.22 0.36 0.22
C5 0.18 0.23 0.20 0.20 0.17 0.18 0.19 0.19 0.25 0.16 0.27 0.28 0.17 0.18 0.16 0.22 0.21 0.21 0.21 0.28 0.22 0.35 0.22
C5' 0.24 0.38 0.29 0.28 0.32 0.24 0.38 0.24 0.47 0.30 0.46 0.39 0.31 0.37 0.28 0.33 0.31 0.23 0.26 0.54 0.28 0.43 0.28
C6 0.19 0.20 0.21 0.20 0.16 0.19 0.17 0.19 0.20 0.16 0.22 0.25 0.16 0.16 0.16 0.22 0.22 0.22 0.21 0.22 0.23 0.36 0.23
C8 0.18 0.27 0.20 0.19 0.20 0.18 0.25 0.19 0.32 0.19 0.33 0.31 0.20 0.23 0.17 0.23 0.21 0.20 0.22 0.37 0.22 0.34 0.21
N1 0.21 0.19 0.24 0.23 0.16 0.21 0.16 0.22 0.18 0.17 0.21 0.24 0.16 0.16 0.17 0.24 0.24 0.25 0.24 0.20 0.25 0.36 0.25
N2 0.24 0.20 0.28 0.28 0.16 0.25 0.16 0.26 0.19 0.19 0.21 0.25 0.16 0.17 0.19 0.28 0.29 0.28 0.27 0.21 0.28 0.37 0.27
N3 0.21 0.22 0.23 0.23 0.16 0.21 0.18 0.22 0.23 0.16 0.26 0.27 0.16 0.16 0.17 0.24 0.24 0.25 0.24 0.26 0.25 0.35 0.24
N7 0.18 0.26 0.20 0.19 0.19 0.18 0.23 0.18 0.29 0.18 0.31 0.30 0.20 0.21 0.17 0.23 0.21 0.19 0.21 0.33 0.22 0.35 0.21
N9 0.18 0.26 0.20 0.20 0.18 0.19 0.22 0.20 0.29 0.17 0.32 0.30 0.19 0.20 0.16 0.22 0.22 0.21 0.22 0.34 0.22 0.34 0.22
O2' 0.21 0.26 0.22 0.21 0.18 0.23 0.21 0.26 0.29 0.19 0.31 0.31 0.18 0.20 0.18 0.25 0.23 0.28 0.28 0.34 0.28 0.30 0.25
O3' 0.22 0.30 0.28 0.26 0.23 0.23 0.27 0.23 0.34 0.23 0.35 0.34 0.24 0.26 0.21 0.34 0.31 0.23 0.27 0.39 0.24 0.33 0.23
O4' 0.17 0.29 0.20 0.20 0.22 0.18 0.28 0.19 0.36 0.20 0.37 0.32 0.21 0.26 0.18 0.23 0.22 0.19 0.21 0.43 0.22 0.36 0.22
O5' 0.33 0.44 0.38 0.36 0.39 0.33 0.45 0.32 0.52 0.38 0.52 0.45 0.38 0.44 0.36 0.42 0.40 0.31 0.32 0.59 0.35 0.49 0.35
O6 0.19 0.19 0.20 0.20 0.16 0.19 0.17 0.19 0.18 0.17 0.20 0.22 0.17 0.16 0.17 0.22 0.21 0.21 0.21 0.20 0.23 0.38 0.24
OP1 0.83 0.97 0.85 0.85 0.90 0.82 0.93 0.81 0.98 0.88 1.00 0.99 0.91 0.91 0.87 0.83 0.86 0.81 0.83 1.00 0.76 0.66 0.72
OP2 1.14 1.20 1.11 1.12 1.22 1.14 1.28 1.16 1.32 1.25 1.28 1.14 1.17 1.30 1.20 1.10 1.10 1.15 1.16 1.36 1.23 1.38 1.26
P 0.34 0.46 0.34 0.33 0.43 0.34 0.51 0.33 0.59 0.44 0.56 0.44 0.39 0.51 0.39 0.38 0.35 0.33 0.33 0.67 0.36 0.49 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.02 0.08 0.24 0.10
C2 0.03 0.00 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.04 0.17 0.02 0.17 0.34 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.11 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.24 0.11
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.12 0.13 0.11 0.11 0.09 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.07 0.13 0.12 0.20 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.18 0.02 0.17 0.32 0.19
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.04 0.04 0.03 0.10 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.08 0.12 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.23 0.01 0.23 0.36 0.24
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.11 0.06 0.06 0.17 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.16 0.14 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.14 0.02 0.24 0.01 0.26 0.38 0.26
C8 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.04 0.23 0.01 0.20 0.31 0.21
N1 0.03 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.03 0.21 0.01 0.23 0.37 0.24
N2 0.04 0.00 0.11 0.11 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.13 0.05 0.16 0.02 0.16 0.34 0.19
N3 0.03 0.00 0.09 0.09 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.04 0.15 0.02 0.14 0.31 0.17
N7 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.04 0.26 0.02 0.27 0.36 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.16 0.01 0.13 0.28 0.15
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.12 0.19 0.14 0.04 0.02 0.00 0.06 0.08 0.06 0.08 0.11 0.22 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.13 0.03 0.14 0.15 0.12 0.13 0.09 0.17 0.07 0.06 0.00 0.02 0.13 0.16 0.18 0.22 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.00 0.09 0.03 0.10 0.20 0.10
O5' 0.08 0.17 0.05 0.07 0.18 0.01 0.23 0.01 0.24 0.23 0.21 0.16 0.15 0.26 0.16 0.06 0.13 0.09 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.13 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.16 0.03 0.26 0.00 0.30 0.40 0.29
OP1 0.08 0.17 0.10 0.12 0.17 0.12 0.23 0.14 0.26 0.20 0.23 0.16 0.14 0.27 0.13 0.11 0.18 0.10 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.34 0.24 0.20 0.32 0.13 0.36 0.07 0.38 0.31 0.37 0.34 0.31 0.36 0.28 0.22 0.22 0.20 0.01 0.40 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.20 0.11 0.11 0.19 0.04 0.24 0.02 0.26 0.21 0.24 0.19 0.17 0.26 0.15 0.10 0.14 0.10 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00