ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.023, 0.035, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.032, 0.049, 0.066, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.049 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.031, 0.048, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.048 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.050 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.035, 0.055, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.055 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.018, 0.038, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.045, 0.066, 0.088, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.066 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.028, 0.053, 0.079, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.028, 0.058, 0.089, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.058 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.064, 0.095, 0.127, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.095 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.028, 0.070, 0.112, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.070 std_dev=0.042
C5 B 0, 0.356, 0.556, 0.757, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.556 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.292, 0.501, 0.709, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.501 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.432, 0.651, 0.870, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.651 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.452, 0.692, 0.931, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.692 std_dev=0.239
N1 B 0, 0.283, 0.532, 0.781, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.532 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.354, 0.611, 0.867, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.611 std_dev=0.257
O6 B 0, 0.291, 0.565, 0.838, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.565 std_dev=0.273
O4' A 0, 0.115, 0.398, 0.681, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.398 std_dev=0.283
C2' A 0, 0.188, 0.483, 0.778, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.483 std_dev=0.295
N7 B 0, 0.363, 0.666, 0.969, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.666 std_dev=0.303
N2 B 0, 0.435, 0.747, 1.059, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.747 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.454, 0.798, 1.142, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.798 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.331, 0.680, 1.029, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.680 std_dev=0.349
C8 B 0, 0.432, 0.796, 1.160, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.796 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.528, 0.998, 1.468, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.998 std_dev=0.470
C4' A 0, 0.202, 0.678, 1.154, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.678 std_dev=0.476
C3' A 0, 0.138, 0.632, 1.126, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.632 std_dev=0.494
C2' B 0, 0.562, 1.180, 1.797, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.180 std_dev=0.618
O4' B 0, 0.514, 1.158, 1.803, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.158 std_dev=0.644
O2' B 0, 0.638, 1.286, 1.934, 2.241 max_d=2.241 avg_d=1.286 std_dev=0.648
O5' A 0, 0.338, 0.993, 1.648, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.993 std_dev=0.655
C5' A 0, 0.509, 1.212, 1.916, 2.089 max_d=2.089 avg_d=1.212 std_dev=0.703
C3' B 0, 0.593, 1.380, 2.167, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.380 std_dev=0.787
O3' A 0, 0.211, 1.018, 1.824, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.018 std_dev=0.806
C4' B 0, 0.573, 1.386, 2.200, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.386 std_dev=0.813
C5' B 0, 0.553, 1.531, 2.509, 3.304 max_d=3.304 avg_d=1.531 std_dev=0.978
O3' B 0, 0.642, 1.646, 2.650, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.646 std_dev=1.004
OP2 A 0, 0.747, 1.760, 2.772, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.760 std_dev=1.013
O5' B 0, 0.511, 1.550, 2.589, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.550 std_dev=1.039
P A 0, 0.625, 1.739, 2.853, 2.935 max_d=2.935 avg_d=1.739 std_dev=1.114
P B 0, 0.612, 1.820, 3.029, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.820 std_dev=1.209
OP2 B 0, 0.610, 1.872, 3.134, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.872 std_dev=1.262
OP1 B 0, 0.680, 2.109, 3.539, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.109 std_dev=1.429
OP1 A 0, 0.668, 2.194, 3.721, 3.961 max_d=3.961 avg_d=2.194 std_dev=1.527

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.10 0.19 0.19
C2 0.05 0.00 0.30 0.31 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.41 0.08 0.24 0.02 0.34 0.54 0.48
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.16 0.02 0.09 0.01 0.14 0.11 0.24 0.36 0.29 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.11 0.05 0.22 0.19
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.18 0.01 0.12 0.02 0.17 0.10 0.26 0.36 0.28 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.24 0.14 0.10 0.16 0.19
C4 0.02 0.02 0.16 0.18 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.06 0.24 0.03 0.33 0.49 0.45
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.06 0.11 0.08 0.08 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.05 0.32 0.02 0.47 0.63 0.58
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.18 0.11 0.06 0.05 0.20 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.20 0.03 0.16 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.17 0.02 0.05 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.26 0.07 0.35 0.01 0.53 0.70 0.64
C8 0.02 0.02 0.11 0.10 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.09 0.09 0.06 0.31 0.03 0.41 0.49 0.50
N1 0.04 0.01 0.24 0.26 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.37 0.08 0.29 0.02 0.45 0.64 0.57
N2 0.07 0.01 0.36 0.36 0.02 0.11 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.34 0.49 0.09 0.22 0.03 0.30 0.52 0.45
N3 0.06 0.01 0.29 0.28 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.25 0.36 0.08 0.20 0.03 0.26 0.45 0.40
N7 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.08 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.36 0.03 0.53 0.66 0.62
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.21 0.03 0.27 0.38 0.37
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.09 0.21 0.34 0.25 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.10 0.13 0.09 0.06
O3' 0.01 0.41 0.01 0.01 0.22 0.01 0.18 0.04 0.26 0.09 0.37 0.49 0.36 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.23 0.23 0.15 0.12 0.14
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.13 0.07 0.08 0.12 0.10
O5' 0.08 0.24 0.17 0.24 0.24 0.01 0.32 0.01 0.35 0.31 0.29 0.22 0.20 0.36 0.21 0.05 0.23 0.13 0.00 0.39 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.14 0.03 0.07 0.02 0.20 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.10 0.23 0.07 0.39 0.00 0.62 0.79 0.71
OP1 0.10 0.34 0.05 0.10 0.33 0.06 0.47 0.03 0.53 0.41 0.45 0.30 0.26 0.53 0.27 0.13 0.15 0.08 0.02 0.62 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.54 0.22 0.16 0.49 0.07 0.63 0.16 0.70 0.49 0.64 0.52 0.45 0.66 0.38 0.09 0.12 0.12 0.01 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.48 0.19 0.19 0.45 0.03 0.58 0.01 0.64 0.50 0.57 0.45 0.40 0.62 0.37 0.06 0.14 0.10 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.63 0.20 0.81 0.86 0.33 0.80 0.21 0.77 0.13 0.38 0.13 0.17 0.35 0.25 0.45 0.87 1.02 0.65 0.61 0.16 0.68 0.57 0.55
C2 0.61 0.25 0.75 0.86 0.27 0.86 0.22 0.87 0.22 0.41 0.28 0.38 0.23 0.29 0.42 0.84 1.02 0.71 0.77 0.24 0.86 0.76 0.74
C2' 0.56 0.23 0.71 0.76 0.33 0.69 0.23 0.67 0.12 0.36 0.12 0.21 0.35 0.25 0.42 0.76 0.89 0.57 0.55 0.07 0.58 0.50 0.47
C3' 0.55 0.35 0.72 0.75 0.38 0.65 0.28 0.62 0.20 0.37 0.23 0.38 0.43 0.28 0.43 0.75 0.87 0.53 0.52 0.14 0.52 0.46 0.42
C4 0.62 0.17 0.79 0.86 0.29 0.82 0.20 0.80 0.17 0.38 0.22 0.24 0.27 0.26 0.43 0.87 1.00 0.67 0.66 0.22 0.73 0.64 0.61
C4' 0.67 0.42 0.87 0.91 0.47 0.79 0.35 0.76 0.25 0.46 0.27 0.45 0.52 0.35 0.53 0.90 1.06 0.64 0.64 0.17 0.68 0.59 0.56
C5 0.62 0.20 0.78 0.83 0.28 0.79 0.20 0.77 0.20 0.38 0.25 0.32 0.25 0.26 0.43 0.86 0.96 0.66 0.63 0.24 0.70 0.62 0.59
C5' 0.79 0.64 1.00 1.05 0.64 0.90 0.52 0.87 0.44 0.60 0.49 0.70 0.71 0.51 0.68 1.01 1.19 0.75 0.77 0.34 0.80 0.71 0.68
C6 0.60 0.30 0.74 0.82 0.26 0.81 0.22 0.80 0.24 0.39 0.33 0.48 0.23 0.28 0.41 0.85 0.94 0.68 0.69 0.27 0.75 0.69 0.65
C8 0.62 0.19 0.79 0.82 0.33 0.75 0.20 0.71 0.14 0.36 0.15 0.16 0.37 0.23 0.44 0.85 0.94 0.62 0.56 0.19 0.60 0.51 0.49
N1 0.59 0.30 0.72 0.83 0.26 0.85 0.23 0.86 0.24 0.41 0.32 0.46 0.23 0.29 0.41 0.83 0.98 0.70 0.77 0.26 0.85 0.77 0.74
N2 0.59 0.27 0.71 0.84 0.27 0.87 0.23 0.90 0.22 0.42 0.29 0.40 0.23 0.30 0.41 0.79 1.01 0.71 0.82 0.24 0.93 0.81 0.79
N3 0.62 0.19 0.78 0.87 0.28 0.85 0.21 0.85 0.19 0.40 0.23 0.28 0.25 0.28 0.43 0.87 1.04 0.70 0.72 0.22 0.81 0.71 0.68
N7 0.62 0.16 0.78 0.80 0.31 0.75 0.19 0.71 0.17 0.36 0.21 0.21 0.32 0.24 0.44 0.84 0.91 0.63 0.57 0.22 0.61 0.53 0.50
N9 0.62 0.16 0.80 0.85 0.31 0.79 0.19 0.76 0.14 0.37 0.16 0.15 0.32 0.24 0.44 0.87 0.99 0.65 0.60 0.19 0.67 0.56 0.54
O2' 0.57 0.21 0.72 0.78 0.32 0.71 0.22 0.70 0.11 0.36 0.10 0.19 0.34 0.25 0.42 0.77 0.91 0.59 0.57 0.07 0.60 0.52 0.49
O3' 0.46 0.36 0.63 0.65 0.34 0.54 0.27 0.51 0.23 0.31 0.27 0.41 0.40 0.26 0.37 0.65 0.77 0.43 0.42 0.19 0.41 0.37 0.32
O4' 0.67 0.29 0.88 0.94 0.40 0.83 0.26 0.80 0.16 0.42 0.17 0.29 0.44 0.29 0.50 0.93 1.11 0.67 0.64 0.17 0.71 0.59 0.57
O5' 1.01 0.83 1.19 1.21 0.83 1.10 0.67 1.05 0.55 0.77 0.62 0.92 0.92 0.66 0.88 1.21 1.33 0.97 0.93 0.41 0.94 0.84 0.83
O6 0.59 0.38 0.71 0.78 0.26 0.79 0.24 0.78 0.28 0.39 0.37 0.57 0.26 0.29 0.40 0.82 0.87 0.67 0.67 0.29 0.73 0.69 0.64
OP1 1.35 1.33 1.56 1.62 1.28 1.44 1.19 1.42 1.14 1.21 1.23 1.39 1.34 1.15 1.29 1.50 1.74 1.29 1.34 1.04 1.36 1.29 1.25
OP2 1.42 1.40 1.59 1.61 1.31 1.48 1.14 1.43 1.03 1.20 1.19 1.53 1.43 1.08 1.32 1.57 1.71 1.35 1.29 0.82 1.27 1.17 1.18
P 1.36 1.27 1.56 1.60 1.23 1.45 1.07 1.41 0.97 1.15 1.07 1.37 1.32 1.04 1.25 1.55 1.73 1.30 1.30 0.79 1.31 1.20 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.04 0.12 0.21 0.09
C2 0.05 0.00 0.09 0.10 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.04 0.32 0.02 0.24 0.12 0.21
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.20 0.04 0.23 0.14 0.12
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.13 0.10 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.27 0.06 0.31 0.19 0.20
C4 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.35 0.03 0.24 0.10 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.26 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.45 0.02 0.31 0.17 0.30
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.27 0.01
C6 0.04 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.09 0.04 0.47 0.01 0.34 0.23 0.34
C8 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.45 0.03 0.26 0.09 0.26
N1 0.05 0.01 0.08 0.08 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.11 0.04 0.41 0.01 0.30 0.19 0.28
N2 0.05 0.00 0.12 0.13 0.01 0.09 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.16 0.04 0.27 0.02 0.22 0.11 0.18
N3 0.04 0.01 0.09 0.10 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.27 0.03 0.20 0.10 0.16
N7 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.51 0.03 0.33 0.19 0.35
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.32 0.03 0.20 0.11 0.17
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.10 0.14 0.10 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.06 0.15 0.21 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.07 0.11 0.16 0.12 0.08 0.04 0.04 0.00 0.01 0.22 0.08 0.36 0.24 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.05 0.12 0.35 0.17
O5' 0.13 0.32 0.20 0.27 0.35 0.02 0.45 0.01 0.47 0.45 0.41 0.27 0.27 0.51 0.32 0.06 0.22 0.11 0.00 0.52 0.01 0.02 0.00
O6 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.08 0.05 0.52 0.00 0.39 0.31 0.40
OP1 0.12 0.24 0.23 0.31 0.24 0.12 0.31 0.16 0.34 0.26 0.30 0.22 0.20 0.33 0.20 0.15 0.36 0.12 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.12 0.14 0.19 0.10 0.26 0.17 0.27 0.23 0.09 0.19 0.11 0.10 0.19 0.11 0.21 0.24 0.35 0.02 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.12 0.20 0.21 0.05 0.30 0.01 0.34 0.26 0.28 0.18 0.16 0.35 0.17 0.05 0.21 0.17 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00