ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54918

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.012, 0.049, 0.086, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.049 std_dev=0.037
O6 A 0, -0.003, 0.039, 0.081, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.042
N3 A 0, 0.023, 0.078, 0.133, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.078 std_dev=0.055
N9 A 0, 0.023, 0.079, 0.135, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.079 std_dev=0.056
N1 A 0, 0.019, 0.076, 0.133, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.076 std_dev=0.057
N7 A 0, 0.020, 0.077, 0.135, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.077 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.023, 0.082, 0.141, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.082 std_dev=0.059
C2 A 0, 0.024, 0.085, 0.146, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.085 std_dev=0.061
C1' A 0, 0.029, 0.101, 0.173, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.101 std_dev=0.072
N2 A 0, 0.035, 0.120, 0.206, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.120 std_dev=0.085
N1 B 0, 0.042, 0.180, 0.318, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.180 std_dev=0.138
C6 B 0, 0.066, 0.228, 0.391, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.228 std_dev=0.163
O6 B 0, 0.078, 0.267, 0.456, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.267 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.063, 0.286, 0.510, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.286 std_dev=0.223
O4' A 0, 0.118, 0.405, 0.693, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.405 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.094, 0.394, 0.694, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.394 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.130, 0.444, 0.758, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.444 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.124, 0.444, 0.764, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.444 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.149, 0.514, 0.878, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.514 std_dev=0.364
C2' A 0, 0.165, 0.572, 0.979, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.572 std_dev=0.407
C4' A 0, 0.197, 0.681, 1.165, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.681 std_dev=0.484
N7 B 0, 0.206, 0.704, 1.203, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.704 std_dev=0.498
O2' A 0, 0.207, 0.724, 1.241, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.724 std_dev=0.517
N9 B 0, 0.228, 0.783, 1.338, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.783 std_dev=0.555
C3' A 0, 0.233, 0.804, 1.375, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.804 std_dev=0.571
C8 B 0, 0.256, 0.875, 1.494, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.875 std_dev=0.619
C1' B 0, 0.290, 0.989, 1.688, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.989 std_dev=0.699
C5' A 0, 0.316, 1.088, 1.860, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.088 std_dev=0.772
O3' A 0, 0.336, 1.168, 2.000, 1.873 max_d=1.873 avg_d=1.168 std_dev=0.832
O4' B 0, 0.356, 1.218, 2.080, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.218 std_dev=0.862
C2' B 0, 0.372, 1.271, 2.170, 1.937 max_d=1.937 avg_d=1.271 std_dev=0.899
O2' B 0, 0.376, 1.293, 2.210, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.293 std_dev=0.917
C4' B 0, 0.442, 1.512, 2.582, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.512 std_dev=1.070
C3' B 0, 0.451, 1.543, 2.634, 2.371 max_d=2.371 avg_d=1.543 std_dev=1.092
OP2 B 0, 0.480, 1.653, 2.825, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.653 std_dev=1.172
O5' A 0, 0.487, 1.672, 2.858, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.672 std_dev=1.185
C5' B 0, 0.513, 1.753, 2.992, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.753 std_dev=1.240
P A 0, 0.526, 1.801, 3.077, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.801 std_dev=1.275
O3' B 0, 0.529, 1.821, 3.113, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.821 std_dev=1.292
P B 0, 0.546, 1.867, 3.187, 2.842 max_d=2.842 avg_d=1.867 std_dev=1.320
OP2 A 0, 0.555, 1.898, 3.241, 2.909 max_d=2.909 avg_d=1.898 std_dev=1.343
O5' B 0, 0.563, 1.921, 3.279, 2.887 max_d=2.887 avg_d=1.921 std_dev=1.358
OP1 A 0, 0.573, 1.961, 3.350, 3.019 max_d=3.019 avg_d=1.961 std_dev=1.388
OP1 B 0, 0.577, 1.974, 3.371, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.974 std_dev=1.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.10 0.11 0.03
C2 0.08 0.00 0.22 0.17 0.02 0.09 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.27 0.23 0.02 0.17 0.02 0.16 0.11 0.15
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.13 0.06 0.20 0.26 0.20 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.11 0.19 0.05 0.09
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.09 0.15 0.21 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.26 0.06 0.15
C4 0.03 0.02 0.11 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.09 0.01 0.26 0.02 0.23 0.12 0.20
C4' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.11 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.22 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.05 0.03 0.38 0.01 0.34 0.26 0.32
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.14 0.28 0.03
C6 0.04 0.00 0.13 0.08 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.16 0.11 0.02 0.38 0.01 0.35 0.31 0.34
C8 0.04 0.03 0.06 0.09 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04 0.44 0.03 0.36 0.19 0.32
N1 0.07 0.01 0.20 0.15 0.03 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.24 0.19 0.02 0.27 0.02 0.26 0.22 0.25
N2 0.09 0.01 0.26 0.21 0.02 0.11 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.32 0.28 0.02 0.10 0.04 0.10 0.07 0.10
N3 0.07 0.01 0.20 0.15 0.01 0.08 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.23 0.19 0.01 0.13 0.02 0.12 0.04 0.10
N7 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.49 0.03 0.43 0.33 0.40
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.26 0.03 0.22 0.06 0.17
O2' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.04 0.24 0.32 0.23 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.07 0.14 0.03
O3' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.11 0.10 0.19 0.28 0.19 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.09 0.27 0.10 0.13
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.22 0.05
O5' 0.10 0.17 0.15 0.21 0.26 0.02 0.38 0.01 0.38 0.44 0.27 0.10 0.13 0.49 0.26 0.01 0.14 0.01 0.00 0.45 0.01 0.01 0.02
O6 0.03 0.02 0.11 0.06 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.14 0.09 0.03 0.45 0.00 0.43 0.40 0.42
OP1 0.10 0.16 0.19 0.26 0.23 0.09 0.34 0.14 0.35 0.36 0.26 0.10 0.12 0.43 0.22 0.07 0.27 0.04 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.11 0.05 0.06 0.12 0.22 0.26 0.28 0.31 0.19 0.22 0.07 0.04 0.33 0.06 0.14 0.10 0.22 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.15 0.09 0.15 0.20 0.04 0.32 0.03 0.34 0.32 0.25 0.10 0.10 0.40 0.17 0.03 0.13 0.05 0.02 0.42 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.08 0.40 0.41 0.16 0.34 0.11 0.33 0.07 0.18 0.06 0.06 0.16 0.12 0.21 0.41 0.48 0.28 0.29 0.11 0.29 0.37 0.32
C2 0.38 0.10 0.50 0.54 0.18 0.50 0.15 0.49 0.09 0.28 0.12 0.12 0.14 0.20 0.28 0.54 0.63 0.42 0.46 0.11 0.43 0.49 0.47
C2' 0.26 0.14 0.35 0.36 0.18 0.28 0.15 0.27 0.13 0.19 0.13 0.15 0.18 0.15 0.21 0.35 0.40 0.24 0.24 0.16 0.24 0.36 0.29
C3' 0.29 0.23 0.39 0.40 0.24 0.30 0.23 0.29 0.22 0.24 0.22 0.25 0.25 0.22 0.25 0.38 0.44 0.25 0.27 0.24 0.29 0.41 0.32
C4 0.33 0.06 0.43 0.45 0.16 0.39 0.11 0.38 0.07 0.21 0.09 0.08 0.14 0.15 0.24 0.45 0.51 0.33 0.34 0.10 0.32 0.41 0.37
C4' 0.31 0.20 0.44 0.46 0.23 0.35 0.20 0.33 0.18 0.23 0.16 0.20 0.24 0.20 0.26 0.43 0.52 0.28 0.32 0.20 0.34 0.43 0.36
C5 0.33 0.08 0.43 0.43 0.17 0.38 0.12 0.37 0.08 0.23 0.10 0.11 0.14 0.16 0.25 0.44 0.48 0.34 0.34 0.10 0.32 0.41 0.37
C5' 0.35 0.27 0.49 0.51 0.29 0.39 0.27 0.37 0.25 0.28 0.24 0.27 0.29 0.26 0.30 0.47 0.57 0.30 0.36 0.27 0.40 0.48 0.40
C6 0.38 0.13 0.47 0.48 0.19 0.45 0.16 0.44 0.12 0.27 0.15 0.17 0.15 0.21 0.28 0.50 0.53 0.40 0.41 0.13 0.37 0.46 0.43
C8 0.26 0.05 0.34 0.34 0.14 0.29 0.08 0.27 0.04 0.16 0.06 0.02 0.15 0.10 0.19 0.35 0.39 0.25 0.23 0.09 0.23 0.33 0.27
N1 0.40 0.12 0.50 0.54 0.19 0.51 0.16 0.50 0.11 0.29 0.13 0.15 0.15 0.22 0.29 0.54 0.62 0.44 0.47 0.12 0.43 0.50 0.48
N2 0.39 0.09 0.51 0.57 0.19 0.53 0.15 0.54 0.09 0.29 0.11 0.12 0.14 0.21 0.29 0.55 0.67 0.45 0.51 0.10 0.47 0.52 0.51
N3 0.35 0.07 0.47 0.50 0.17 0.45 0.12 0.44 0.07 0.24 0.09 0.09 0.14 0.17 0.26 0.50 0.58 0.38 0.41 0.10 0.38 0.44 0.42
N7 0.28 0.05 0.35 0.35 0.15 0.30 0.10 0.29 0.05 0.18 0.08 0.08 0.14 0.12 0.21 0.35 0.37 0.27 0.25 0.08 0.25 0.35 0.30
N9 0.29 0.05 0.39 0.40 0.14 0.33 0.09 0.32 0.05 0.17 0.07 0.04 0.14 0.11 0.20 0.41 0.46 0.28 0.28 0.10 0.27 0.36 0.31
O2' 0.25 0.12 0.34 0.35 0.16 0.28 0.13 0.27 0.11 0.18 0.10 0.12 0.17 0.14 0.20 0.34 0.40 0.24 0.24 0.13 0.24 0.35 0.28
O3' 0.28 0.27 0.38 0.38 0.26 0.28 0.26 0.26 0.27 0.25 0.27 0.29 0.27 0.25 0.26 0.36 0.42 0.24 0.25 0.30 0.27 0.41 0.31
O4' 0.31 0.10 0.44 0.46 0.18 0.37 0.13 0.35 0.09 0.20 0.07 0.08 0.18 0.14 0.23 0.45 0.54 0.28 0.32 0.13 0.33 0.40 0.35
O5' 0.84 0.77 0.91 0.93 0.78 0.86 0.74 0.86 0.70 0.77 0.70 0.78 0.79 0.73 0.80 0.88 0.96 0.81 0.83 0.65 0.87 0.95 0.89
O6 0.38 0.20 0.45 0.46 0.20 0.45 0.19 0.44 0.16 0.29 0.20 0.23 0.18 0.23 0.28 0.48 0.49 0.42 0.41 0.17 0.36 0.46 0.43
OP1 0.82 0.79 0.88 0.92 0.79 0.84 0.78 0.85 0.76 0.79 0.77 0.78 0.79 0.76 0.80 0.84 0.93 0.79 0.83 0.74 0.90 0.98 0.90
OP2 0.81 0.79 0.87 0.91 0.80 0.84 0.78 0.85 0.76 0.79 0.78 0.76 0.79 0.77 0.80 0.81 0.92 0.78 0.83 0.73 0.90 0.98 0.90
P 0.82 0.77 0.89 0.92 0.78 0.85 0.76 0.85 0.73 0.78 0.74 0.76 0.78 0.75 0.79 0.84 0.94 0.79 0.84 0.70 0.89 0.97 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.10 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.02
C2 0.11 0.00 0.15 0.13 0.03 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.17 0.07 0.06 0.02 0.07 0.18 0.10
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.14 0.15 0.14 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.10 0.06 0.03
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.12 0.14 0.13 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.11 0.09 0.06
C4 0.04 0.03 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.02 0.05 0.17 0.09
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.10 0.10 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.05 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.10
C5' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.09 0.09 0.10 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.01
C6 0.05 0.02 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.09 0.19 0.10
C8 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.16 0.09
N1 0.10 0.01 0.14 0.12 0.05 0.09 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.17 0.14 0.07 0.06 0.00 0.09 0.19 0.10
N2 0.10 0.01 0.15 0.14 0.02 0.10 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.18 0.18 0.07 0.06 0.03 0.06 0.17 0.09
N3 0.10 0.01 0.14 0.13 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.16 0.16 0.07 0.06 0.03 0.06 0.16 0.09
N7 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.10 0.20 0.11
N9 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.14 0.07
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.10 0.03 0.17 0.18 0.16 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.12 0.07 0.04
O3' 0.03 0.17 0.03 0.01 0.08 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.14 0.18 0.16 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.12 0.10
O4' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.04 0.08 0.05 0.01
O5' 0.05 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.03 0.04 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.04 0.05 0.00 0.12 0.20 0.12
OP1 0.06 0.07 0.10 0.11 0.05 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.09 0.06 0.06 0.10 0.03 0.12 0.17 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.18 0.06 0.09 0.17 0.05 0.19 0.03 0.19 0.16 0.19 0.17 0.16 0.20 0.14 0.07 0.12 0.05 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.10 0.03 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.07 0.04 0.10 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00