ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54920

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O6 A 0, 0.000, 0.056, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N9 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C8 A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP2 A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C2' A 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
P A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C5' A 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
N2 B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.000, 0.244, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O2' A 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
OP1 A 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.000, 0.344, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.344 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C6 B 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O6 B 0, 0.000, 0.501, 1.002, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.501 std_dev=0.501
N9 B 0, 0.000, 0.519, 1.037, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O2' B 0, 0.000, 0.532, 1.064, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.532 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
N7 B 0, 0.000, 0.589, 1.179, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.589 std_dev=0.589
C8 B 0, 0.000, 0.592, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
C3' B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
O4' B 0, 0.000, 0.615, 1.230, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.615 std_dev=0.615
O3' B 0, 0.000, 0.644, 1.288, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.644 std_dev=0.644
C4' B 0, 0.000, 0.669, 1.339, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.669 std_dev=0.669
C5' B 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
O5' B 0, 0.000, 0.748, 1.496, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.748 std_dev=0.748
OP2 B 0, 0.000, 0.805, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.805 std_dev=0.805
P B 0, 0.000, 0.869, 1.738, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.869 std_dev=0.869
OP1 B 0, 0.000, 1.010, 2.020, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.010 std_dev=1.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.00 0.06 0.04 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.05 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.06 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.06 0.07 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01
C8 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01
N2 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.08 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.02
N7 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02
N9 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.06 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.06 0.06 0.02
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.01 0.02
O5' 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02
OP1 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.04 0.07 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06 0.01 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04 0.08 0.06 0.01
C2 0.10 0.05 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.08 0.09 0.02 0.02 0.11 0.08 0.05 0.10 0.06 0.03
C2' 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.02 0.07 0.11 0.11 0.08 0.10 0.03 0.04
C3' 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.02 0.06 0.10 0.11 0.08 0.09 0.03 0.04
C4 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.00 0.04 0.09 0.08 0.05 0.09 0.06 0.02
C4' 0.05 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.00
C5 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.11 0.02
C5' 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.09 0.02
C6 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.05
C8 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01
N1 0.07 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.10 0.01
N2 0.13 0.06 0.11 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.06 0.11 0.05 0.05 0.08 0.09 0.11 0.06 0.04 0.13 0.10 0.06 0.13 0.04 0.05
N3 0.11 0.06 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.08 0.09 0.03 0.06 0.11 0.10 0.06 0.12 0.04 0.04
N7 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.04
N9 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.01 0.04 0.07 0.08 0.04 0.08 0.06 0.01
O2' 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.01 0.03 0.09 0.08 0.06 0.08 0.06 0.02
O3' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.02 0.06 0.10 0.10 0.08 0.08 0.04 0.04
O4' 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.01
O5' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06
O6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.04 0.01 0.05 0.18 0.10
OP1 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.07 0.02 0.05 0.00
OP2 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03 0.00 0.07 0.02
P 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.00 0.08 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.08
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.14 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.10 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.04
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.09 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.12 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.04
N2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.08 0.11 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.11 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.16 0.09
O5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.03
OP1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.11 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.12 0.14 0.10 0.13 0.09 0.10 0.03 0.09 0.12 0.10 0.13 0.14 0.08 0.15 0.11 0.05 0.16 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00