ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54921

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 12, 9, 6, 5, 8, 10, 11, 8, 16, 9, 6, 4, 1, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.047, 0.059, 0.070, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.059 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.036, 0.051, 0.066, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.051 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.049, 0.065, 0.081, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.065 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.053, 0.069, 0.085, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.069 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.063, 0.081, 0.098, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.081 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.049, 0.068, 0.086, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.068 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.059, 0.079, 0.099, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.079 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.086, 0.108, 0.129, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.108 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.060, 0.085, 0.110, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.085 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.048, 0.080, 0.113, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.080 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.094, 0.127, 0.161, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.127 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.053, 0.211, 0.368, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.211 std_dev=0.158
C2' A 0, 0.129, 0.343, 0.556, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.343 std_dev=0.214
C2 B 0, 0.619, 0.849, 1.080, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.849 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.425, 0.660, 0.894, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.660 std_dev=0.234
N6 B 0, 0.730, 0.969, 1.208, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.969 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.545, 0.801, 1.058, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.801 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.220, 0.490, 0.759, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.490 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.159, 0.440, 0.721, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.440 std_dev=0.281
C3' A 0, 0.144, 0.471, 0.798, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.471 std_dev=0.327
C5 B 0, 0.674, 1.003, 1.331, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.003 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.719, 1.048, 1.378, 1.954 max_d=1.954 avg_d=1.048 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.677, 1.056, 1.435, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.056 std_dev=0.379
C5' A 0, 0.216, 0.671, 1.126, 3.194 max_d=3.194 avg_d=0.671 std_dev=0.455
O3' A 0, 0.231, 0.696, 1.162, 3.298 max_d=3.298 avg_d=0.696 std_dev=0.465
N7 B 0, 0.809, 1.275, 1.742, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.275 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.488, 0.961, 1.434, 2.746 max_d=2.746 avg_d=0.961 std_dev=0.473
N9 B 0, 0.734, 1.286, 1.837, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.286 std_dev=0.551
P A 0, 0.482, 1.050, 1.618, 3.834 max_d=3.834 avg_d=1.050 std_dev=0.568
C8 B 0, 0.777, 1.375, 1.973, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.375 std_dev=0.598
OP2 A 0, 0.599, 1.201, 1.803, 3.955 max_d=3.955 avg_d=1.201 std_dev=0.602
C1' B 0, 0.804, 1.447, 2.090, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.447 std_dev=0.643
OP1 A 0, 0.516, 1.162, 1.807, 4.745 max_d=4.745 avg_d=1.162 std_dev=0.646
O4' B 0, 0.962, 1.786, 2.611, 3.470 max_d=3.470 avg_d=1.786 std_dev=0.824
O3' B 0, 1.471, 2.670, 3.869, 5.521 max_d=5.521 avg_d=2.670 std_dev=1.199
C4' B 0, 1.203, 2.451, 3.698, 4.797 max_d=4.797 avg_d=2.451 std_dev=1.247
C2' B 0, 1.477, 2.818, 4.158, 5.217 max_d=5.217 avg_d=2.818 std_dev=1.341
C3' B 0, 1.147, 2.584, 4.021, 5.553 max_d=5.553 avg_d=2.584 std_dev=1.437
O2' B 0, 2.135, 3.811, 5.488, 6.370 max_d=6.370 avg_d=3.811 std_dev=1.676
O5' B 0, 2.110, 4.029, 5.949, 7.786 max_d=7.786 avg_d=4.029 std_dev=1.919
C5' B 0, 1.561, 3.558, 5.556, 6.902 max_d=6.902 avg_d=3.558 std_dev=1.998
OP1 B 0, 3.635, 5.956, 8.277, 10.853 max_d=10.853 avg_d=5.956 std_dev=2.321
P B 0, 2.997, 5.507, 8.018, 10.056 max_d=10.056 avg_d=5.507 std_dev=2.510
OP2 B 0, 3.252, 6.320, 9.389, 11.490 max_d=11.490 avg_d=6.320 std_dev=3.068

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.24 0.10
C2 0.03 0.00 0.14 0.15 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.20 0.08 0.14 0.02 0.12 0.27 0.14
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.11 0.17 0.15 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.09 0.07 0.14 0.21 0.08
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.12 0.15 0.13 0.18 0.14 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.11 0.14 0.16 0.19 0.09
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.14 0.01 0.12 0.26 0.14
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.18 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.19 0.01 0.18 0.29 0.19
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.06 0.09 0.06 0.14 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.11 0.07 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.19 0.01 0.20 0.30 0.20
C8 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.04 0.20 0.02 0.17 0.26 0.19
N1 0.03 0.01 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.06 0.17 0.01 0.16 0.29 0.17
N2 0.04 0.01 0.17 0.18 0.01 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.26 0.09 0.14 0.03 0.12 0.26 0.14
N3 0.03 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.08 0.13 0.02 0.10 0.25 0.13
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.03 0.22 0.02 0.22 0.30 0.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.13 0.02 0.10 0.25 0.13
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.18 0.14 0.07 0.04 0.00 0.06 0.06 0.06 0.09 0.13 0.19 0.06
O3' 0.05 0.20 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.06 0.13 0.15 0.17 0.26 0.19 0.16 0.06 0.06 0.00 0.03 0.15 0.15 0.25 0.22 0.17
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.08 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.09 0.04 0.09 0.26 0.14
O5' 0.06 0.14 0.09 0.11 0.14 0.02 0.19 0.01 0.19 0.20 0.17 0.14 0.13 0.22 0.13 0.06 0.15 0.09 0.00 0.22 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.15 0.04 0.22 0.00 0.24 0.33 0.23
OP1 0.07 0.12 0.14 0.16 0.12 0.08 0.18 0.07 0.20 0.17 0.16 0.12 0.10 0.22 0.10 0.13 0.25 0.09 0.02 0.24 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.27 0.21 0.19 0.26 0.18 0.29 0.13 0.30 0.26 0.29 0.26 0.25 0.30 0.25 0.19 0.22 0.26 0.02 0.33 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.08 0.09 0.14 0.05 0.19 0.02 0.20 0.19 0.17 0.14 0.13 0.23 0.13 0.06 0.17 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.36 0.24 0.49 0.22 0.30 0.24 0.42 0.21 0.34 0.33 0.28 0.24 0.36 0.25 0.55 0.31 0.24 1.32 2.30 1.63 1.62
C2 0.27 0.39 0.50 0.88 0.23 0.61 0.14 0.87 0.15 0.14 0.22 0.37 0.32 0.16 0.20 0.45 0.72 0.39 1.56 2.19 1.75 1.87
C2' 0.33 0.53 0.40 0.62 0.33 0.48 0.28 0.62 0.30 0.35 0.49 0.45 0.24 0.37 0.31 0.72 0.52 0.36 1.50 2.54 1.74 1.81
C3' 0.37 0.57 0.46 0.68 0.36 0.59 0.30 0.76 0.31 0.38 0.51 0.49 0.23 0.38 0.34 0.77 0.63 0.43 1.61 2.72 1.97 1.97
C4 0.21 0.40 0.32 0.68 0.20 0.42 0.17 0.61 0.16 0.21 0.29 0.34 0.30 0.26 0.18 0.49 0.49 0.26 1.46 2.29 1.64 1.78
C4' 0.31 0.44 0.36 0.56 0.29 0.48 0.27 0.66 0.26 0.40 0.41 0.36 0.23 0.40 0.31 0.64 0.48 0.36 1.46 2.56 1.98 1.83
C5 0.23 0.40 0.37 0.76 0.21 0.50 0.17 0.72 0.16 0.21 0.27 0.36 0.31 0.26 0.18 0.52 0.59 0.30 1.54 2.36 1.76 1.89
C5' 0.33 0.46 0.37 0.59 0.30 0.52 0.28 0.73 0.26 0.41 0.41 0.38 0.23 0.40 0.32 0.65 0.52 0.40 1.51 2.64 2.09 1.92
C6 0.27 0.40 0.48 0.89 0.22 0.62 0.15 0.90 0.15 0.17 0.23 0.38 0.32 0.22 0.20 0.52 0.74 0.38 1.64 2.36 1.89 2.00
C8 0.22 0.40 0.26 0.60 0.21 0.37 0.21 0.54 0.19 0.30 0.31 0.33 0.27 0.34 0.21 0.57 0.42 0.23 1.45 2.42 1.71 1.80
N1 0.30 0.39 0.54 0.96 0.24 0.68 0.14 0.97 0.15 0.15 0.21 0.39 0.32 0.18 0.22 0.50 0.81 0.42 1.65 2.28 1.91 2.00
N2 0.33 0.37 0.61 0.99 0.26 0.71 0.15 0.99 0.17 0.17 0.19 0.38 0.32 0.15 0.25 0.45 0.83 0.46 1.58 2.09 1.80 1.88
N3 0.21 0.40 0.36 0.73 0.20 0.46 0.15 0.65 0.15 0.16 0.28 0.34 0.31 0.21 0.17 0.44 0.53 0.29 1.44 2.18 1.59 1.73
N7 0.22 0.41 0.31 0.69 0.21 0.44 0.19 0.65 0.17 0.26 0.29 0.35 0.29 0.31 0.19 0.55 0.53 0.26 1.53 2.43 1.76 1.88
N9 0.21 0.39 0.25 0.58 0.21 0.34 0.21 0.49 0.19 0.28 0.32 0.31 0.27 0.33 0.21 0.53 0.38 0.22 1.40 2.33 1.63 1.72
O2' 0.33 0.46 0.41 0.54 0.32 0.44 0.30 0.56 0.33 0.39 0.46 0.38 0.27 0.40 0.33 0.73 0.49 0.34 1.38 2.40 1.70 1.65
O3' 0.47 0.66 0.60 0.80 0.46 0.73 0.38 0.92 0.40 0.44 0.59 0.59 0.30 0.42 0.44 0.89 0.81 0.57 1.70 2.86 2.13 2.08
O4' 0.28 0.34 0.26 0.46 0.24 0.34 0.26 0.49 0.22 0.38 0.32 0.27 0.23 0.39 0.28 0.54 0.31 0.30 1.31 2.34 1.77 1.65
O5' 0.31 0.49 0.36 0.63 0.29 0.52 0.26 0.72 0.25 0.38 0.42 0.42 0.23 0.39 0.30 0.67 0.54 0.38 1.57 2.69 2.02 1.97
O6 0.30 0.40 0.52 0.95 0.23 0.68 0.15 0.99 0.15 0.17 0.22 0.39 0.32 0.21 0.21 0.55 0.82 0.41 1.71 2.42 2.01 2.09
OP1 0.35 0.50 0.45 0.62 0.31 0.57 0.29 0.79 0.26 0.43 0.42 0.43 0.24 0.43 0.33 0.81 0.60 0.41 1.58 2.71 2.17 2.01
OP2 0.39 0.58 0.44 0.73 0.38 0.61 0.34 0.79 0.34 0.42 0.49 0.51 0.35 0.44 0.36 0.73 0.64 0.46 1.66 2.73 2.03 2.05
P 0.32 0.50 0.37 0.63 0.30 0.53 0.27 0.73 0.26 0.39 0.42 0.42 0.25 0.40 0.30 0.68 0.55 0.39 1.58 2.70 2.07 1.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.37 0.60 0.28 0.28
C2 0.04 0.00 0.51 0.89 0.01 0.58 0.01 0.88 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.69 0.33 1.39 1.73 1.51 1.59
C2' 0.01 0.51 0.00 0.01 0.26 0.02 0.12 0.21 0.22 0.27 0.38 0.52 0.15 0.17 0.04 0.00 0.04 0.02 0.31 0.36 0.64 0.33
C3' 0.02 0.89 0.01 0.00 0.50 0.01 0.40 0.02 0.54 0.37 0.74 0.85 0.49 0.34 0.21 0.02 0.01 0.03 0.24 0.27 0.53 0.24
C4 0.02 0.01 0.26 0.50 0.00 0.28 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.17 0.95 1.34 0.80 0.98
C4' 0.01 0.58 0.02 0.01 0.28 0.00 0.17 0.01 0.27 0.34 0.45 0.56 0.22 0.25 0.09 0.28 0.04 0.01 0.02 0.22 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.12 0.40 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.08 1.00 1.57 0.96 1.06
C5' 0.09 0.88 0.21 0.02 0.36 0.01 0.22 0.00 0.38 0.57 0.69 0.79 0.31 0.43 0.14 0.09 0.23 0.02 0.01 0.31 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.54 0.01 0.27 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.30 0.15 1.15 1.77 1.15 1.30
C8 0.02 0.02 0.27 0.37 0.01 0.34 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.38 0.19 1.01 1.36 1.20 1.02
N1 0.03 0.00 0.38 0.74 0.01 0.45 0.01 0.69 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.52 0.26 1.32 1.83 1.41 1.54
N3 0.04 0.00 0.52 0.85 0.00 0.56 0.01 0.79 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.63 0.33 1.23 1.48 1.23 1.34
N6 0.02 0.01 0.15 0.49 0.01 0.22 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.26 0.10 1.17 1.92 1.26 1.34
N7 0.02 0.01 0.17 0.34 0.01 0.25 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.41 0.30 0.10 1.05 1.64 1.26 1.12
N9 0.01 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.16 0.01 0.70 1.04 0.58 0.64
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.18 0.28 0.30 0.09 0.28 0.39 0.20 0.18 0.34 0.41 0.21 0.00 0.06 0.20 0.26 0.32 0.66 0.27
O3' 0.33 0.69 0.04 0.01 0.26 0.04 0.17 0.23 0.30 0.38 0.52 0.63 0.26 0.30 0.16 0.06 0.00 0.22 0.25 0.33 0.62 0.32
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.26 0.33 0.10 0.10 0.01 0.20 0.22 0.00 0.34 0.60 0.19 0.33
O5' 0.37 1.39 0.31 0.24 0.95 0.02 1.00 0.01 1.15 1.01 1.32 1.23 1.17 1.05 0.70 0.26 0.25 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.60 1.73 0.36 0.27 1.34 0.22 1.57 0.31 1.77 1.36 1.83 1.48 1.92 1.64 1.04 0.32 0.33 0.60 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 1.51 0.64 0.53 0.80 0.24 0.96 0.30 1.15 1.20 1.41 1.23 1.26 1.26 0.58 0.66 0.62 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 1.59 0.33 0.24 0.98 0.05 1.06 0.02 1.30 1.02 1.54 1.34 1.34 1.12 0.64 0.27 0.32 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00