ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54922

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 3, 3, 5, 18, 14, 15, 13, 3, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.058, 0.075, 0.092, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.075 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.068, 0.088, 0.107, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.088 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.068, 0.089, 0.109, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.089 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.045, 0.066, 0.087, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.066 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.073, 0.095, 0.116, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.095 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.071, 0.096, 0.122, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.096 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.085, 0.112, 0.139, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.112 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.088, 0.118, 0.148, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.118 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.088, 0.119, 0.151, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.119 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.123, 0.156, 0.189, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.156 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.094, 0.136, 0.177, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.136 std_dev=0.042
N1 B 0, 0.383, 0.531, 0.679, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.531 std_dev=0.148
O4' A 0, 0.147, 0.323, 0.499, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.323 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.133, 0.326, 0.519, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.326 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.484, 0.678, 0.872, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.678 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.221, 0.466, 0.712, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.466 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.560, 0.814, 1.069, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.814 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.520, 0.806, 1.092, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.806 std_dev=0.286
C6 B 0, 0.289, 0.602, 0.916, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.602 std_dev=0.313
C4' A 0, 0.101, 0.432, 0.763, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.432 std_dev=0.331
C3' A 0, 0.080, 0.422, 0.764, 2.148 max_d=2.148 avg_d=0.422 std_dev=0.342
C5 B 0, 0.404, 0.765, 1.125, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.765 std_dev=0.361
N9 B 0, 0.602, 0.992, 1.382, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.992 std_dev=0.390
O5' A 0, 0.203, 0.661, 1.120, 3.356 max_d=3.356 avg_d=0.661 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.186, 0.651, 1.117, 3.554 max_d=3.554 avg_d=0.651 std_dev=0.466
C1' B 0, 0.690, 1.162, 1.635, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.162 std_dev=0.472
O3' A 0, 0.143, 0.641, 1.138, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.641 std_dev=0.497
OP2 A 0, 0.466, 0.967, 1.467, 3.953 max_d=3.953 avg_d=0.967 std_dev=0.500
N6 B 0, 0.131, 0.638, 1.145, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.638 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.584, 1.101, 1.618, 2.951 max_d=2.951 avg_d=1.101 std_dev=0.517
O4' B 0, 0.310, 0.850, 1.391, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.850 std_dev=0.540
P A 0, 0.452, 1.007, 1.563, 4.043 max_d=4.043 avg_d=1.007 std_dev=0.555
N7 B 0, 0.403, 0.978, 1.553, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.978 std_dev=0.575
C2' B 0, 1.441, 2.023, 2.606, 3.673 max_d=3.673 avg_d=2.023 std_dev=0.582
C3' B 0, 0.945, 1.629, 2.312, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.629 std_dev=0.683
OP1 A 0, 0.587, 1.281, 1.976, 4.632 max_d=4.632 avg_d=1.281 std_dev=0.694
C4' B 0, 0.531, 1.228, 1.924, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.228 std_dev=0.697
C5' B 0, 0.943, 1.967, 2.991, 5.504 max_d=5.504 avg_d=1.967 std_dev=1.024
O2' B 0, 2.063, 3.191, 4.318, 5.123 max_d=5.123 avg_d=3.191 std_dev=1.128
O3' B 0, 0.620, 1.791, 2.963, 4.499 max_d=4.499 avg_d=1.791 std_dev=1.171
O5' B 0, 2.133, 3.373, 4.613, 7.274 max_d=7.274 avg_d=3.373 std_dev=1.240
OP1 B 0, 2.546, 4.144, 5.743, 9.457 max_d=9.457 avg_d=4.144 std_dev=1.598
P B 0, 2.276, 4.083, 5.889, 9.602 max_d=9.602 avg_d=4.083 std_dev=1.806
OP2 B 0, 3.660, 5.926, 8.192, 12.268 max_d=12.268 avg_d=5.926 std_dev=2.266

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.08 0.02 0.11 0.13 0.10
C2 0.03 0.00 0.17 0.18 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.12 0.12 0.01 0.15 0.19 0.14
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.05 0.09 0.09 0.14 0.21 0.17 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.12 0.09 0.23 0.20 0.17
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.16 0.14 0.18 0.21 0.16 0.15 0.08 0.03 0.01 0.01 0.10 0.17 0.19 0.09 0.10
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.06 0.12 0.01 0.13 0.18 0.15
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07 0.11 0.08 0.09 0.04 0.10 0.03 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.03 0.15 0.01 0.17 0.24 0.19
C5' 0.03 0.10 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.14 0.09 0.12 0.09 0.14 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.12 0.07 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.05 0.15 0.01 0.19 0.26 0.20
C8 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.12 0.08 0.18 0.02 0.17 0.22 0.20
N1 0.03 0.01 0.14 0.18 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.23 0.09 0.13 0.01 0.17 0.23 0.17
N2 0.04 0.01 0.21 0.21 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.30 0.14 0.13 0.02 0.16 0.18 0.14
N3 0.03 0.01 0.17 0.16 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.22 0.12 0.11 0.01 0.13 0.17 0.13
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.05 0.19 0.02 0.21 0.27 0.24
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.11 0.02 0.11 0.16 0.13
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.06 0.10 0.08 0.08 0.08 0.14 0.09 0.17 0.12 0.13 0.06 0.00 0.05 0.07 0.09 0.10 0.26 0.22 0.16
O3' 0.09 0.25 0.02 0.01 0.14 0.03 0.14 0.06 0.18 0.12 0.23 0.30 0.22 0.13 0.07 0.05 0.00 0.05 0.15 0.19 0.26 0.14 0.16
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.14 0.12 0.05 0.01 0.07 0.05 0.00 0.09 0.05 0.09 0.11 0.10
O5' 0.08 0.12 0.12 0.10 0.12 0.02 0.15 0.01 0.15 0.18 0.13 0.13 0.11 0.19 0.11 0.09 0.15 0.09 0.00 0.18 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.19 0.05 0.18 0.00 0.22 0.30 0.24
OP1 0.11 0.15 0.23 0.19 0.13 0.08 0.17 0.07 0.19 0.17 0.17 0.16 0.13 0.21 0.11 0.26 0.26 0.09 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.19 0.20 0.09 0.18 0.05 0.24 0.05 0.26 0.22 0.23 0.18 0.17 0.27 0.16 0.22 0.14 0.11 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.17 0.10 0.15 0.03 0.19 0.02 0.20 0.20 0.17 0.14 0.13 0.24 0.13 0.16 0.16 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.34 0.48 0.16 0.30 0.18 0.37 0.18 0.23 0.19 0.16 0.26 0.25 0.18 0.32 0.67 0.22 0.84 1.43 1.61 0.96
C2 0.16 0.18 0.28 0.41 0.15 0.30 0.17 0.43 0.18 0.18 0.16 0.17 0.25 0.20 0.15 0.26 0.51 0.19 0.79 1.20 1.26 0.83
C2' 0.31 0.26 0.42 0.52 0.31 0.37 0.40 0.41 0.40 0.43 0.31 0.26 0.56 0.49 0.34 0.42 0.74 0.36 1.01 1.59 1.80 1.18
C3' 0.32 0.22 0.41 0.55 0.28 0.42 0.35 0.48 0.34 0.42 0.26 0.23 0.46 0.46 0.33 0.41 0.79 0.40 1.03 1.70 1.90 1.26
C4 0.16 0.18 0.29 0.40 0.15 0.27 0.17 0.36 0.16 0.20 0.16 0.16 0.22 0.22 0.16 0.27 0.54 0.19 0.80 1.32 1.42 0.86
C4' 0.28 0.21 0.41 0.58 0.23 0.40 0.25 0.49 0.23 0.32 0.22 0.21 0.28 0.32 0.27 0.39 0.82 0.32 0.93 1.61 1.85 1.14
C5 0.15 0.18 0.29 0.41 0.15 0.27 0.17 0.38 0.16 0.19 0.16 0.16 0.22 0.22 0.15 0.28 0.55 0.19 0.81 1.32 1.43 0.88
C5' 0.31 0.22 0.42 0.60 0.24 0.42 0.25 0.51 0.22 0.34 0.22 0.22 0.24 0.32 0.29 0.41 0.83 0.33 0.93 1.62 1.89 1.16
C6 0.15 0.18 0.29 0.42 0.15 0.29 0.17 0.43 0.17 0.18 0.16 0.17 0.23 0.21 0.15 0.28 0.55 0.19 0.81 1.28 1.37 0.88
C8 0.16 0.18 0.32 0.44 0.15 0.28 0.17 0.35 0.16 0.21 0.17 0.16 0.21 0.23 0.17 0.30 0.62 0.20 0.83 1.42 1.57 0.94
N1 0.16 0.18 0.29 0.43 0.15 0.31 0.17 0.46 0.18 0.18 0.16 0.17 0.25 0.20 0.15 0.28 0.54 0.19 0.81 1.23 1.29 0.86
N2 0.17 0.19 0.29 0.44 0.16 0.33 0.18 0.49 0.20 0.18 0.17 0.18 0.27 0.20 0.16 0.27 0.53 0.20 0.79 1.13 1.17 0.82
N3 0.15 0.18 0.28 0.39 0.15 0.27 0.17 0.37 0.16 0.19 0.16 0.16 0.24 0.21 0.15 0.26 0.50 0.18 0.78 1.25 1.32 0.82
N7 0.16 0.18 0.31 0.42 0.15 0.27 0.17 0.36 0.16 0.20 0.16 0.16 0.21 0.22 0.16 0.29 0.59 0.19 0.82 1.38 1.51 0.92
N9 0.17 0.18 0.31 0.43 0.15 0.27 0.17 0.35 0.16 0.21 0.17 0.16 0.22 0.23 0.17 0.29 0.60 0.20 0.82 1.39 1.54 0.91
O2' 0.39 0.29 0.51 0.61 0.38 0.43 0.49 0.45 0.48 0.53 0.35 0.30 0.67 0.62 0.42 0.51 0.84 0.42 1.05 1.62 1.86 1.22
O3' 0.45 0.34 0.52 0.66 0.41 0.54 0.47 0.61 0.45 0.55 0.36 0.36 0.57 0.59 0.46 0.53 0.91 0.55 1.14 1.86 2.05 1.43
O4' 0.23 0.24 0.38 0.54 0.20 0.36 0.20 0.44 0.20 0.24 0.24 0.22 0.21 0.24 0.22 0.35 0.74 0.24 0.82 1.46 1.68 0.97
O5' 0.26 0.20 0.39 0.55 0.20 0.38 0.21 0.46 0.19 0.30 0.19 0.19 0.21 0.29 0.25 0.37 0.77 0.30 0.89 1.59 1.82 1.10
O6 0.15 0.18 0.30 0.43 0.15 0.31 0.17 0.45 0.17 0.18 0.16 0.17 0.23 0.21 0.15 0.29 0.57 0.19 0.83 1.29 1.38 0.90
OP1 0.37 0.23 0.47 0.65 0.28 0.50 0.29 0.59 0.23 0.40 0.22 0.25 0.24 0.37 0.35 0.45 0.88 0.42 1.00 1.68 2.02 1.27
OP2 0.24 0.23 0.37 0.51 0.19 0.35 0.19 0.42 0.18 0.27 0.22 0.21 0.19 0.26 0.23 0.35 0.73 0.28 0.86 1.55 1.79 1.07
P 0.27 0.23 0.39 0.55 0.21 0.38 0.21 0.47 0.18 0.30 0.22 0.21 0.18 0.28 0.25 0.37 0.77 0.30 0.89 1.58 1.85 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.40 0.26 0.13
C2 0.04 0.00 0.18 0.44 0.01 0.35 0.01 0.53 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.49 0.17 0.73 0.94 0.88 0.71
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.02 0.08 0.02 0.10 0.10 0.15 0.18 0.10 0.09 0.04 0.01 0.02 0.01 0.25 0.35 0.28 0.19
C3' 0.02 0.44 0.00 0.00 0.21 0.01 0.16 0.03 0.21 0.28 0.33 0.44 0.19 0.23 0.10 0.02 0.01 0.01 0.31 0.49 0.34 0.31
C4 0.02 0.01 0.10 0.21 0.00 0.16 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.22 0.09 0.57 0.80 0.69 0.45
C4' 0.01 0.35 0.02 0.01 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.22 0.26 0.34 0.11 0.16 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.29 0.26 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.19 0.05 0.68 1.02 0.95 0.56
C5' 0.03 0.53 0.02 0.03 0.23 0.01 0.14 0.00 0.23 0.34 0.41 0.48 0.18 0.26 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.40 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.26 0.08 0.71 1.11 1.02 0.64
C8 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.22 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.29 0.12 0.79 0.93 1.01 0.63
N1 0.03 0.00 0.15 0.33 0.01 0.26 0.01 0.41 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.39 0.13 0.73 1.05 0.97 0.69
N3 0.04 0.01 0.18 0.44 0.00 0.34 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.45 0.17 0.64 0.80 0.72 0.59
N6 0.02 0.02 0.10 0.19 0.02 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.26 0.07 0.76 1.25 1.18 0.71
N7 0.02 0.02 0.09 0.23 0.01 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.27 0.07 0.81 1.13 1.18 0.70
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.51 0.66 0.60 0.32
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.13 0.15 0.08 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.08 0.32 0.18 0.15
O3' 0.02 0.49 0.02 0.01 0.22 0.02 0.19 0.05 0.26 0.29 0.39 0.45 0.26 0.27 0.10 0.06 0.00 0.02 0.19 0.63 0.44 0.31
O4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.12 0.13 0.17 0.07 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.14 0.39 0.19 0.21
O5' 0.26 0.73 0.25 0.31 0.57 0.02 0.68 0.01 0.71 0.79 0.73 0.64 0.76 0.81 0.51 0.08 0.19 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 0.94 0.35 0.49 0.80 0.29 1.02 0.40 1.11 0.93 1.05 0.80 1.25 1.13 0.66 0.32 0.63 0.39 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.88 0.28 0.34 0.69 0.26 0.95 0.43 1.02 1.01 0.97 0.72 1.18 1.18 0.60 0.18 0.44 0.19 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.71 0.19 0.31 0.45 0.08 0.56 0.02 0.64 0.63 0.69 0.59 0.71 0.70 0.32 0.15 0.31 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00