ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54923

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 9, 7, 4, 6, 2, 3, 4, 6, 9, 8, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.029 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.009, 0.038, 0.068, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.038 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.029, 0.204, 0.380, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.204 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.039, 0.237, 0.435, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.237 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.050, 0.287, 0.523, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.287 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.056, 0.316, 0.576, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.316 std_dev=0.260
N1 B 0, 0.202, 0.477, 0.752, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.477 std_dev=0.275
C3' A 0, 0.057, 0.358, 0.660, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.358 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.253, 0.560, 0.868, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.560 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.281, 0.600, 0.920, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.600 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.213, 0.583, 0.953, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.583 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.297, 0.670, 1.042, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.670 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.090, 0.513, 0.936, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.513 std_dev=0.423
C5' A 0, 0.088, 0.568, 1.048, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.568 std_dev=0.480
C1' B 0, 0.340, 0.831, 1.323, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.831 std_dev=0.491
C5 B 0, 0.218, 0.713, 1.208, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.713 std_dev=0.495
N6 B 0, 0.164, 0.662, 1.160, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.662 std_dev=0.498
N9 B 0, 0.304, 0.828, 1.352, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.828 std_dev=0.524
O4' B 0, 0.270, 0.864, 1.458, 2.823 max_d=2.823 avg_d=0.864 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.360, 1.118, 1.876, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.118 std_dev=0.758
C8 B 0, 0.213, 1.000, 1.786, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.000 std_dev=0.786
N7 B 0, 0.146, 0.939, 1.732, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.939 std_dev=0.793
O5' A 0, -0.060, 0.760, 1.580, 3.234 max_d=3.234 avg_d=0.760 std_dev=0.820
C2' B 0, 0.275, 1.298, 2.321, 3.296 max_d=3.296 avg_d=1.298 std_dev=1.023
C3' B 0, 0.293, 1.416, 2.539, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.416 std_dev=1.123
P A 0, -0.099, 1.079, 2.258, 4.613 max_d=4.613 avg_d=1.079 std_dev=1.178
OP2 A 0, -0.093, 1.150, 2.392, 5.022 max_d=5.022 avg_d=1.150 std_dev=1.242
O3' B 0, 0.314, 1.742, 3.170, 4.638 max_d=4.638 avg_d=1.742 std_dev=1.428
O2' B 0, 0.152, 1.598, 3.043, 4.475 max_d=4.475 avg_d=1.598 std_dev=1.445
OP1 A 0, -0.147, 1.360, 2.867, 5.939 max_d=5.939 avg_d=1.360 std_dev=1.507
C5' B 0, 0.189, 1.768, 3.348, 5.316 max_d=5.316 avg_d=1.768 std_dev=1.580
O5' B 0, 0.122, 1.818, 3.515, 6.730 max_d=6.730 avg_d=1.818 std_dev=1.697
P B 0, -0.203, 2.411, 5.026, 9.876 max_d=9.876 avg_d=2.411 std_dev=2.614
OP1 B 0, 0.038, 2.684, 5.330, 10.990 max_d=10.990 avg_d=2.684 std_dev=2.646
OP2 B 0, -0.201, 2.941, 6.084, 11.014 max_d=11.014 avg_d=2.941 std_dev=3.143

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.02 0.13 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.21 0.06 0.36 0.01 0.31 0.37 0.26
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.10 0.18 0.15 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.17 0.06 0.24 0.14 0.11
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.09 0.13 0.13 0.20 0.16 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.21 0.08 0.36 0.15 0.18
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.39 0.01 0.32 0.34 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.12 0.17 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.48 0.01 0.43 0.46 0.39
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.13 0.10 0.08 0.07 0.14 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.13 0.21 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.49 0.01 0.46 0.51 0.42
C8 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.15 0.05 0.48 0.02 0.41 0.38 0.37
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.04 0.44 0.01 0.40 0.46 0.35
N2 0.04 0.00 0.18 0.20 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.28 0.07 0.33 0.02 0.28 0.34 0.23
N3 0.03 0.01 0.15 0.16 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.06 0.32 0.01 0.26 0.30 0.21
N7 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.04 0.53 0.02 0.50 0.51 0.46
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.36 0.02 0.28 0.27 0.23
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.10 0.17 0.12 0.07 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.15 0.12 0.11
O3' 0.02 0.21 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.11 0.15 0.17 0.28 0.20 0.13 0.05 0.04 0.00 0.02 0.15 0.11 0.43 0.18 0.20
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.03 0.12 0.24 0.18
O5' 0.18 0.36 0.17 0.21 0.39 0.02 0.48 0.01 0.49 0.48 0.44 0.33 0.32 0.53 0.36 0.05 0.15 0.11 0.00 0.53 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.11 0.03 0.53 0.00 0.53 0.58 0.48
OP1 0.13 0.31 0.24 0.36 0.32 0.12 0.43 0.21 0.46 0.41 0.40 0.28 0.26 0.50 0.28 0.15 0.43 0.12 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.37 0.14 0.15 0.34 0.17 0.46 0.22 0.51 0.38 0.46 0.34 0.30 0.51 0.27 0.12 0.18 0.24 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.26 0.11 0.18 0.27 0.08 0.39 0.01 0.42 0.37 0.35 0.23 0.21 0.46 0.23 0.11 0.20 0.18 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.23 0.25 0.21 0.23 0.23 0.37 0.22 0.26 0.23 0.20 0.25 0.27 0.22 0.56 0.20 0.28 0.57 0.84 1.53 0.73
C2 0.15 0.19 0.32 0.31 0.14 0.43 0.17 0.86 0.17 0.17 0.16 0.17 0.26 0.20 0.15 0.46 0.31 0.32 0.74 1.05 0.92 0.77
C2' 0.29 0.24 0.31 0.51 0.28 0.27 0.32 0.37 0.30 0.38 0.25 0.23 0.36 0.40 0.31 0.49 0.36 0.28 0.63 0.84 1.66 0.81
C3' 0.27 0.23 0.31 0.54 0.25 0.27 0.28 0.37 0.26 0.34 0.25 0.22 0.30 0.35 0.28 0.52 0.38 0.27 0.67 0.90 1.80 0.90
C4 0.16 0.19 0.27 0.23 0.16 0.31 0.19 0.61 0.18 0.21 0.18 0.17 0.25 0.24 0.17 0.52 0.26 0.27 0.57 0.88 1.10 0.58
C4' 0.24 0.21 0.25 0.34 0.21 0.24 0.22 0.36 0.21 0.28 0.22 0.20 0.22 0.28 0.24 0.61 0.20 0.30 0.68 0.97 1.89 0.98
C5 0.15 0.18 0.30 0.26 0.15 0.34 0.19 0.67 0.18 0.22 0.16 0.16 0.25 0.24 0.16 0.53 0.28 0.28 0.59 0.91 1.04 0.59
C5' 0.28 0.22 0.28 0.31 0.24 0.26 0.26 0.38 0.23 0.33 0.23 0.22 0.24 0.32 0.28 0.68 0.21 0.33 0.70 1.04 1.93 1.04
C6 0.14 0.18 0.34 0.32 0.14 0.41 0.18 0.83 0.18 0.20 0.15 0.16 0.26 0.23 0.15 0.51 0.33 0.30 0.69 1.02 0.94 0.71
C8 0.18 0.19 0.26 0.22 0.18 0.26 0.21 0.46 0.20 0.25 0.19 0.17 0.25 0.27 0.20 0.57 0.24 0.26 0.52 0.82 1.33 0.60
N1 0.15 0.18 0.35 0.35 0.14 0.45 0.17 0.92 0.18 0.18 0.15 0.17 0.26 0.21 0.15 0.48 0.34 0.33 0.77 1.10 0.93 0.82
N2 0.16 0.20 0.34 0.36 0.15 0.49 0.17 0.99 0.19 0.17 0.17 0.18 0.27 0.19 0.15 0.42 0.33 0.36 0.86 1.16 0.94 0.93
N3 0.16 0.19 0.27 0.25 0.16 0.35 0.18 0.69 0.18 0.19 0.18 0.17 0.24 0.21 0.16 0.48 0.26 0.29 0.63 0.93 1.01 0.63
N7 0.16 0.18 0.29 0.23 0.16 0.30 0.20 0.57 0.19 0.24 0.17 0.16 0.25 0.26 0.18 0.56 0.27 0.27 0.54 0.85 1.16 0.55
N9 0.18 0.20 0.25 0.22 0.18 0.26 0.21 0.46 0.20 0.24 0.20 0.18 0.25 0.26 0.20 0.55 0.22 0.26 0.53 0.83 1.32 0.61
O2' 0.32 0.23 0.38 0.59 0.30 0.31 0.37 0.40 0.33 0.46 0.25 0.23 0.43 0.50 0.35 0.54 0.43 0.31 0.70 0.87 1.79 0.90
O3' 0.40 0.30 0.51 0.76 0.37 0.41 0.42 0.48 0.37 0.51 0.31 0.31 0.43 0.52 0.42 0.63 0.63 0.35 0.78 0.96 1.96 1.02
O4' 0.30 0.26 0.34 0.25 0.29 0.28 0.32 0.37 0.30 0.36 0.28 0.26 0.34 0.38 0.32 0.70 0.28 0.34 0.62 0.93 1.72 0.87
O5' 0.31 0.24 0.30 0.31 0.23 0.33 0.26 0.43 0.21 0.40 0.25 0.20 0.22 0.38 0.31 0.64 0.20 0.40 0.67 1.09 1.75 0.95
O6 0.15 0.18 0.37 0.35 0.14 0.44 0.18 0.89 0.18 0.20 0.15 0.17 0.26 0.23 0.15 0.52 0.35 0.32 0.73 1.06 0.94 0.76
OP1 0.49 0.25 0.45 0.49 0.36 0.56 0.37 0.66 0.26 0.56 0.25 0.28 0.25 0.51 0.47 0.72 0.38 0.62 0.89 1.36 1.97 1.22
OP2 0.40 0.28 0.38 0.30 0.32 0.40 0.34 0.46 0.27 0.49 0.28 0.27 0.28 0.47 0.40 0.71 0.27 0.49 0.58 1.08 1.56 0.80
P 0.48 0.24 0.46 0.37 0.37 0.50 0.39 0.56 0.28 0.57 0.24 0.29 0.28 0.53 0.47 0.80 0.36 0.58 0.72 1.22 1.73 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.17 0.33 0.29 0.23
C2 0.02 0.00 0.28 0.34 0.01 0.56 0.01 1.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.33 0.41 1.00 1.23 0.91 1.05
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.14 0.02 0.07 0.20 0.12 0.14 0.21 0.28 0.09 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.29 0.40 0.29 0.32
C3' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.24 0.52 0.24 0.35 0.31 0.49 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.45 0.23 0.29
C4 0.02 0.01 0.14 0.17 0.00 0.23 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.20 0.22 0.40 0.60 0.62 0.37
C4' 0.01 0.56 0.02 0.01 0.23 0.00 0.11 0.01 0.20 0.41 0.41 0.54 0.15 0.31 0.10 0.31 0.03 0.00 0.02 0.19 0.31 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.10 0.42 0.59 1.08 0.52
C5' 0.06 1.10 0.20 0.02 0.46 0.01 0.23 0.00 0.44 0.60 0.84 1.02 0.32 0.44 0.11 0.11 0.20 0.01 0.01 0.34 0.42 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.20 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.16 0.19 0.47 0.72 0.97 0.49
C8 0.02 0.01 0.14 0.52 0.00 0.41 0.01 0.60 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.22 0.23 0.97 0.95 1.61 1.17
N1 0.02 0.00 0.21 0.24 0.01 0.41 0.01 0.84 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.33 0.76 1.04 0.80 0.78
N3 0.03 0.00 0.28 0.35 0.00 0.54 0.01 1.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.35 0.41 0.90 1.05 0.78 0.89
N6 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.18 0.13 0.48 0.72 1.27 0.59
N7 0.01 0.01 0.09 0.49 0.01 0.31 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.23 0.12 0.85 0.91 1.72 1.10
N9 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.15 0.01 0.37 0.46 0.77 0.46
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.25 0.31 0.32 0.11 0.34 0.33 0.31 0.26 0.37 0.37 0.21 0.00 0.07 0.21 0.30 0.44 0.31 0.33
O3' 0.32 0.33 0.04 0.01 0.20 0.03 0.15 0.20 0.16 0.22 0.23 0.35 0.18 0.23 0.15 0.07 0.00 0.23 0.35 0.54 0.39 0.34
O4' 0.01 0.41 0.02 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.19 0.23 0.33 0.41 0.13 0.12 0.01 0.21 0.23 0.00 0.15 0.32 0.19 0.18
O5' 0.17 1.00 0.29 0.34 0.40 0.02 0.42 0.01 0.47 0.97 0.76 0.90 0.48 0.85 0.37 0.30 0.35 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 1.23 0.40 0.45 0.60 0.19 0.59 0.34 0.72 0.95 1.04 1.05 0.72 0.91 0.46 0.44 0.54 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.91 0.29 0.23 0.62 0.31 1.08 0.42 0.97 1.61 0.80 0.78 1.27 1.72 0.77 0.31 0.39 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.05 0.32 0.29 0.37 0.06 0.52 0.02 0.49 1.17 0.78 0.89 0.59 1.10 0.46 0.33 0.34 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00