ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54925

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 3, 8, 5, 6, 5, 13, 6, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.042 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.022, 0.052, 0.081, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.052 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.006, 0.046, 0.087, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.046 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.122, 0.273, 0.424, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.273 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.203, 0.365, 0.526, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.365 std_dev=0.162
C2' A 0, 0.136, 0.330, 0.523, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.330 std_dev=0.193
C4' A 0, 0.197, 0.428, 0.660, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.428 std_dev=0.231
C6 B 0, 0.219, 0.454, 0.690, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.454 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.294, 0.563, 0.832, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.563 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.351, 0.624, 0.898, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.624 std_dev=0.274
O2' A 0, 0.174, 0.452, 0.730, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.452 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.217, 0.508, 0.798, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.508 std_dev=0.291
N9 B 0, 0.338, 0.717, 1.097, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.717 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.405, 0.789, 1.173, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.789 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.284, 0.718, 1.153, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.718 std_dev=0.435
O3' A 0, 0.274, 0.725, 1.177, 2.660 max_d=2.660 avg_d=0.725 std_dev=0.452
C5' A 0, 0.341, 0.802, 1.263, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.802 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.355, 0.828, 1.302, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.828 std_dev=0.474
C2 B 0, 0.490, 1.015, 1.541, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.015 std_dev=0.525
N6 B 0, 0.284, 0.812, 1.339, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.812 std_dev=0.528
P A 0, 0.461, 1.129, 1.797, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.129 std_dev=0.668
OP2 A 0, 0.259, 0.989, 1.720, 3.196 max_d=3.196 avg_d=0.989 std_dev=0.730
OP1 A 0, 0.744, 1.537, 2.329, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.537 std_dev=0.792
O3' B 0, 0.624, 1.456, 2.287, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.456 std_dev=0.832
O4' B 0, 0.332, 1.180, 2.029, 3.036 max_d=3.036 avg_d=1.180 std_dev=0.848
C2' B 0, 0.714, 1.596, 2.479, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.596 std_dev=0.883
C8 B 0, 0.513, 1.405, 2.296, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.405 std_dev=0.891
C3' B 0, 0.740, 1.672, 2.603, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.672 std_dev=0.932
N7 B 0, 0.474, 1.434, 2.395, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.434 std_dev=0.960
C4' B 0, 0.548, 1.589, 2.631, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.589 std_dev=1.041
O2' B 0, 1.170, 2.549, 3.927, 5.285 max_d=5.285 avg_d=2.549 std_dev=1.378
C5' B 0, 0.916, 2.926, 4.937, 6.718 max_d=6.718 avg_d=2.926 std_dev=2.011
O5' B 0, 2.042, 4.410, 6.778, 8.180 max_d=8.180 avg_d=4.410 std_dev=2.368
P B 0, 2.340, 5.613, 8.886, 11.109 max_d=11.109 avg_d=5.613 std_dev=3.273
OP2 B 0, 1.573, 5.219, 8.864, 11.842 max_d=11.842 avg_d=5.219 std_dev=3.645
OP1 B 0, 3.260, 6.947, 10.633, 11.966 max_d=11.966 avg_d=6.947 std_dev=3.687

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.20 0.04 0.22 0.16 0.16
C2 0.04 0.00 0.15 0.18 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.19 0.06 0.25 0.02 0.28 0.30 0.23
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.05 0.10 0.10 0.19 0.16 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.18 0.06 0.24 0.19 0.18
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.13 0.13 0.16 0.21 0.17 0.13 0.08 0.03 0.01 0.02 0.13 0.13 0.22 0.14 0.12
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.25 0.03 0.26 0.28 0.22
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.08 0.08 0.06 0.13 0.08 0.10 0.03 0.00 0.02 0.12 0.15 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.03 0.28 0.03 0.31 0.33 0.27
C5' 0.11 0.26 0.07 0.02 0.27 0.01 0.34 0.00 0.34 0.35 0.31 0.24 0.23 0.37 0.26 0.06 0.11 0.04 0.01 0.37 0.23 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.13 0.01 0.10 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.11 0.04 0.28 0.01 0.34 0.37 0.29
C8 0.02 0.02 0.10 0.13 0.01 0.13 0.01 0.35 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.05 0.27 0.05 0.27 0.28 0.24
N1 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.15 0.04 0.27 0.02 0.32 0.35 0.27
N2 0.05 0.01 0.19 0.21 0.02 0.08 0.02 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.24 0.08 0.24 0.02 0.27 0.30 0.23
N3 0.04 0.01 0.16 0.17 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.18 0.06 0.23 0.02 0.25 0.26 0.21
N7 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.13 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.04 0.29 0.05 0.32 0.35 0.28
N9 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.02 0.26 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.24 0.04 0.24 0.23 0.20
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.09 0.10 0.11 0.06 0.12 0.12 0.11 0.16 0.13 0.13 0.06 0.00 0.08 0.10 0.11 0.14 0.20 0.19 0.13
O3' 0.08 0.19 0.03 0.01 0.09 0.03 0.09 0.11 0.11 0.13 0.15 0.24 0.18 0.13 0.04 0.08 0.00 0.06 0.14 0.12 0.25 0.21 0.14
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.10 0.06 0.00 0.21 0.06 0.24 0.16 0.17
O5' 0.20 0.25 0.18 0.13 0.25 0.02 0.28 0.01 0.28 0.27 0.27 0.24 0.23 0.29 0.24 0.11 0.14 0.21 0.00 0.31 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.13 0.03 0.12 0.03 0.37 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.14 0.12 0.06 0.31 0.00 0.39 0.41 0.33
OP1 0.22 0.28 0.24 0.22 0.26 0.15 0.31 0.23 0.34 0.27 0.32 0.27 0.25 0.32 0.24 0.20 0.25 0.24 0.02 0.39 0.00 0.03 0.02
OP2 0.16 0.30 0.19 0.14 0.28 0.14 0.33 0.25 0.37 0.28 0.35 0.30 0.26 0.35 0.23 0.19 0.21 0.16 0.03 0.41 0.03 0.00 0.01
P 0.16 0.23 0.18 0.12 0.22 0.03 0.27 0.02 0.29 0.24 0.27 0.23 0.21 0.28 0.20 0.13 0.14 0.17 0.01 0.33 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.20 0.39 0.31 0.19 0.23 0.18 0.37 0.17 0.20 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.64 0.29 0.21 1.06 1.76 1.08 1.32
C2 0.15 0.17 0.49 0.48 0.14 0.47 0.13 0.90 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.44 0.31 0.31 0.90 1.24 0.79 0.99
C2' 0.38 0.27 0.47 0.45 0.36 0.33 0.41 0.45 0.36 0.47 0.27 0.30 0.42 0.49 0.40 0.67 0.39 0.33 1.14 1.87 1.11 1.40
C3' 0.33 0.24 0.43 0.43 0.30 0.28 0.33 0.41 0.29 0.40 0.24 0.26 0.33 0.41 0.34 0.67 0.37 0.26 1.24 2.06 1.33 1.55
C4 0.15 0.19 0.42 0.38 0.15 0.32 0.14 0.59 0.14 0.15 0.17 0.18 0.17 0.16 0.14 0.51 0.29 0.22 0.84 1.35 0.61 0.98
C4' 0.26 0.21 0.39 0.35 0.23 0.27 0.22 0.45 0.20 0.26 0.20 0.22 0.21 0.25 0.25 0.71 0.32 0.27 1.32 2.17 1.55 1.69
C5 0.15 0.19 0.47 0.43 0.14 0.35 0.14 0.64 0.14 0.15 0.16 0.18 0.18 0.17 0.14 0.53 0.32 0.22 0.79 1.26 0.58 0.90
C5' 0.25 0.20 0.37 0.32 0.21 0.28 0.22 0.47 0.21 0.26 0.20 0.21 0.23 0.25 0.24 0.72 0.30 0.28 1.34 2.23 1.64 1.74
C6 0.15 0.19 0.52 0.50 0.14 0.43 0.13 0.82 0.13 0.15 0.16 0.17 0.17 0.16 0.13 0.53 0.35 0.26 0.81 1.17 0.70 0.88
C8 0.17 0.20 0.43 0.35 0.16 0.24 0.16 0.41 0.15 0.18 0.17 0.19 0.19 0.19 0.16 0.62 0.32 0.19 0.88 1.51 0.82 1.11
N1 0.15 0.18 0.53 0.53 0.14 0.49 0.13 0.95 0.13 0.14 0.15 0.17 0.15 0.14 0.14 0.50 0.35 0.30 0.89 1.20 0.87 0.97
N2 0.16 0.17 0.52 0.54 0.14 0.56 0.13 1.08 0.13 0.14 0.14 0.17 0.16 0.14 0.14 0.43 0.32 0.37 1.01 1.29 1.06 1.12
N3 0.15 0.18 0.42 0.40 0.15 0.38 0.14 0.70 0.14 0.14 0.16 0.17 0.15 0.14 0.14 0.43 0.28 0.26 0.87 1.33 0.62 0.98
N7 0.16 0.20 0.46 0.40 0.15 0.29 0.15 0.51 0.14 0.17 0.16 0.18 0.19 0.19 0.15 0.59 0.33 0.20 0.79 1.34 0.64 0.96
N9 0.17 0.19 0.40 0.33 0.16 0.25 0.16 0.43 0.15 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.16 0.58 0.29 0.20 0.91 1.54 0.81 1.12
O2' 0.49 0.30 0.58 0.56 0.45 0.44 0.54 0.55 0.45 0.65 0.30 0.35 0.55 0.70 0.53 0.80 0.49 0.44 1.29 2.02 1.29 1.54
O3' 0.46 0.34 0.59 0.61 0.43 0.38 0.48 0.51 0.42 0.59 0.33 0.37 0.48 0.61 0.49 0.83 0.55 0.35 1.40 2.29 1.54 1.73
O4' 0.22 0.22 0.39 0.28 0.20 0.24 0.22 0.40 0.22 0.24 0.20 0.21 0.28 0.26 0.21 0.72 0.31 0.26 1.17 1.95 1.39 1.52
O5' 0.29 0.28 0.42 0.39 0.26 0.31 0.25 0.44 0.24 0.27 0.27 0.28 0.24 0.27 0.27 0.71 0.37 0.30 1.25 2.07 1.46 1.61
O6 0.15 0.20 0.56 0.55 0.14 0.46 0.14 0.88 0.13 0.16 0.16 0.18 0.17 0.17 0.14 0.57 0.38 0.27 0.82 1.13 0.78 0.88
OP1 0.33 0.30 0.40 0.44 0.30 0.40 0.30 0.56 0.28 0.35 0.28 0.30 0.29 0.34 0.32 0.67 0.40 0.38 1.42 2.32 1.71 1.83
OP2 0.26 0.29 0.46 0.39 0.24 0.26 0.22 0.36 0.21 0.25 0.25 0.27 0.21 0.25 0.24 0.75 0.37 0.25 1.02 1.81 1.26 1.38
P 0.28 0.26 0.42 0.37 0.25 0.30 0.25 0.44 0.23 0.29 0.24 0.26 0.24 0.29 0.27 0.73 0.37 0.30 1.24 2.09 1.52 1.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.40 0.59 0.44 0.35
C2 0.04 0.00 0.45 0.48 0.01 0.53 0.01 1.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.26 0.34 0.99 1.16 0.94 1.07
C2' 0.01 0.45 0.00 0.00 0.23 0.02 0.10 0.14 0.20 0.24 0.35 0.46 0.14 0.14 0.03 0.01 0.03 0.02 0.33 0.56 0.46 0.38
C3' 0.02 0.48 0.00 0.00 0.20 0.01 0.13 0.03 0.18 0.37 0.35 0.47 0.16 0.29 0.11 0.02 0.01 0.01 0.33 0.59 0.27 0.34
C4 0.02 0.01 0.23 0.20 0.00 0.23 0.01 0.44 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.16 0.18 0.64 0.92 0.41 0.61
C4' 0.02 0.53 0.02 0.01 0.23 0.00 0.08 0.01 0.19 0.32 0.39 0.51 0.12 0.22 0.05 0.19 0.03 0.01 0.02 0.25 0.31 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.09 0.08 0.80 1.23 0.71 0.85
C5' 0.05 1.05 0.14 0.03 0.44 0.01 0.21 0.00 0.42 0.54 0.80 0.97 0.29 0.39 0.10 0.10 0.12 0.02 0.01 0.35 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.18 0.01 0.19 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.12 0.15 0.79 1.24 0.56 0.85
C8 0.02 0.02 0.24 0.37 0.01 0.32 0.01 0.54 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.26 0.12 0.19 1.20 1.56 1.38 1.29
N1 0.04 0.01 0.35 0.35 0.02 0.39 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.19 0.26 0.87 1.19 0.66 0.94
N3 0.04 0.01 0.46 0.47 0.01 0.51 0.01 0.97 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.27 0.27 0.35 0.87 0.96 0.80 0.90
N6 0.03 0.01 0.14 0.16 0.02 0.12 0.02 0.29 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.27 0.10 0.10 0.88 1.43 0.77 0.99
N7 0.02 0.02 0.14 0.29 0.01 0.22 0.00 0.39 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.27 0.11 0.10 1.14 1.62 1.34 1.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.69 0.97 0.66 0.67
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.19 0.19 0.22 0.10 0.25 0.26 0.26 0.27 0.27 0.27 0.14 0.00 0.09 0.13 0.33 0.62 0.51 0.41
O3' 0.20 0.26 0.03 0.01 0.16 0.03 0.09 0.12 0.12 0.12 0.19 0.27 0.10 0.11 0.11 0.09 0.00 0.15 0.37 0.67 0.26 0.42
O4' 0.01 0.34 0.02 0.01 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.26 0.35 0.10 0.10 0.01 0.13 0.15 0.00 0.44 0.60 0.41 0.30
O5' 0.40 0.99 0.33 0.33 0.64 0.02 0.80 0.01 0.79 1.20 0.87 0.87 0.88 1.14 0.69 0.33 0.37 0.44 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.59 1.16 0.56 0.59 0.92 0.25 1.23 0.35 1.24 1.56 1.19 0.96 1.43 1.62 0.97 0.62 0.67 0.60 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.94 0.46 0.27 0.41 0.31 0.71 0.29 0.56 1.38 0.66 0.80 0.77 1.34 0.66 0.51 0.26 0.41 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 1.07 0.38 0.34 0.61 0.13 0.85 0.02 0.85 1.29 0.94 0.90 0.99 1.28 0.67 0.41 0.42 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00