ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54926

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 4, 3, 7, 7, 5, 4, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.016, 0.036, 0.056, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.030 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.025, 0.056, 0.088, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.056 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.024, 0.057, 0.090, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.057 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.009, 0.044, 0.080, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.044 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.025, 0.061, 0.096, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.061 std_dev=0.036
C2 B 0, 0.473, 0.707, 0.942, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.707 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.410, 0.652, 0.895, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.652 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.632, 0.905, 1.179, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.905 std_dev=0.274
N3 B 0, 0.527, 0.801, 1.075, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.801 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.749, 1.157, 1.565, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.157 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.711, 1.155, 1.600, 2.008 max_d=2.008 avg_d=1.155 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.354, 0.892, 1.431, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.892 std_dev=0.538
O4' B 0, 0.833, 1.381, 1.930, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.381 std_dev=0.549
C2' A 0, 0.389, 0.944, 1.499, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.944 std_dev=0.555
C5 B 0, 0.600, 1.196, 1.792, 2.617 max_d=2.617 avg_d=1.196 std_dev=0.596
C6 B 0, 0.405, 1.027, 1.648, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.027 std_dev=0.622
C4' B 0, 1.139, 1.770, 2.401, 3.154 max_d=3.154 avg_d=1.770 std_dev=0.631
O2' A 0, 0.568, 1.304, 2.040, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.304 std_dev=0.736
C5' B 0, 1.300, 2.038, 2.775, 3.571 max_d=3.571 avg_d=2.038 std_dev=0.738
C2' B 0, 0.419, 1.160, 1.902, 3.420 max_d=3.420 avg_d=1.160 std_dev=0.741
C8 B 0, 0.842, 1.621, 2.399, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.621 std_dev=0.778
C3' B 0, 1.346, 2.220, 3.095, 3.636 max_d=3.636 avg_d=2.220 std_dev=0.874
C3' A 0, 0.794, 1.687, 2.579, 2.950 max_d=2.950 avg_d=1.687 std_dev=0.892
C4' A 0, 0.670, 1.574, 2.477, 2.915 max_d=2.915 avg_d=1.574 std_dev=0.904
O2' B 0, 0.688, 1.672, 2.656, 4.414 max_d=4.414 avg_d=1.672 std_dev=0.984
N7 B 0, 0.708, 1.695, 2.681, 4.170 max_d=4.170 avg_d=1.695 std_dev=0.987
P A 0, 1.247, 2.258, 3.269, 4.158 max_d=4.158 avg_d=2.258 std_dev=1.011
O5' B 0, 1.266, 2.354, 3.443, 4.969 max_d=4.969 avg_d=2.354 std_dev=1.089
N6 B 0, 0.247, 1.339, 2.432, 4.012 max_d=4.012 avg_d=1.339 std_dev=1.093
C5' A 0, 0.910, 2.039, 3.169, 3.832 max_d=3.832 avg_d=2.039 std_dev=1.129
O5' A 0, 0.841, 1.986, 3.131, 4.662 max_d=4.662 avg_d=1.986 std_dev=1.145
OP2 A 0, 1.103, 2.282, 3.462, 5.263 max_d=5.263 avg_d=2.282 std_dev=1.179
O3' B 0, 2.015, 3.206, 4.396, 4.801 max_d=4.801 avg_d=3.206 std_dev=1.191
O3' A 0, 1.232, 2.483, 3.735, 3.880 max_d=3.880 avg_d=2.483 std_dev=1.251
OP1 A 0, 1.428, 2.856, 4.284, 5.396 max_d=5.396 avg_d=2.856 std_dev=1.428
P B 0, 1.108, 2.653, 4.197, 6.821 max_d=6.821 avg_d=2.653 std_dev=1.545
OP1 B 0, 1.371, 3.061, 4.752, 7.421 max_d=7.421 avg_d=3.061 std_dev=1.691
OP2 B 0, 1.749, 3.447, 5.146, 8.282 max_d=8.282 avg_d=3.447 std_dev=1.698

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.29 0.03 0.19 0.35 0.20
C2 0.04 0.00 0.38 0.38 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.21 0.25 0.32 0.01 0.28 0.39 0.27
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.21 0.17 0.20 0.30 0.46 0.38 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.45 0.14 0.42 0.77 0.51
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.35 0.01 0.42 0.02 0.46 0.32 0.44 0.36 0.32 0.40 0.26 0.02 0.01 0.02 0.15 0.49 0.17 0.75 0.34
C4 0.02 0.01 0.20 0.35 0.00 0.11 0.00 0.21 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.14 0.13 0.36 0.02 0.25 0.33 0.24
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.14 0.15 0.11 0.21 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.19 0.12 0.39 0.12
C5 0.01 0.01 0.11 0.42 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.24 0.07 0.45 0.02 0.35 0.48 0.34
C5' 0.10 0.24 0.21 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.28 0.22 0.27 0.25 0.22 0.27 0.16 0.13 0.22 0.02 0.01 0.32 0.22 0.18 0.01
C6 0.03 0.01 0.17 0.46 0.02 0.16 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.28 0.12 0.45 0.01 0.40 0.55 0.38
C8 0.02 0.02 0.20 0.32 0.01 0.20 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.39 0.20 0.14 0.47 0.04 0.29 0.42 0.29
N1 0.04 0.01 0.30 0.44 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.23 0.20 0.39 0.01 0.35 0.48 0.34
N2 0.06 0.01 0.46 0.36 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.25 0.30 0.29 0.02 0.26 0.39 0.26
N3 0.04 0.01 0.38 0.32 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.20 0.25 0.30 0.02 0.22 0.33 0.23
N7 0.02 0.01 0.12 0.40 0.01 0.21 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.29 0.08 0.51 0.04 0.37 0.57 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.09 0.02 0.36 0.03 0.22 0.28 0.20
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.21 0.33 0.31 0.13 0.31 0.39 0.26 0.34 0.25 0.41 0.22 0.00 0.06 0.24 0.34 0.37 0.30 0.90 0.48
O3' 0.30 0.21 0.04 0.01 0.14 0.03 0.24 0.22 0.28 0.20 0.23 0.25 0.20 0.29 0.09 0.06 0.00 0.22 0.28 0.34 0.46 0.95 0.50
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.02 0.12 0.14 0.20 0.30 0.25 0.08 0.02 0.24 0.22 0.00 0.26 0.09 0.26 0.18 0.19
O5' 0.29 0.32 0.45 0.15 0.36 0.02 0.45 0.01 0.45 0.47 0.39 0.29 0.30 0.51 0.36 0.34 0.28 0.26 0.00 0.50 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.49 0.02 0.19 0.02 0.32 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.37 0.34 0.09 0.50 0.00 0.48 0.67 0.46
OP1 0.19 0.28 0.42 0.17 0.25 0.12 0.35 0.22 0.40 0.29 0.35 0.26 0.22 0.37 0.22 0.30 0.46 0.26 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.39 0.77 0.75 0.33 0.39 0.48 0.18 0.55 0.42 0.48 0.39 0.33 0.57 0.28 0.90 0.95 0.18 0.02 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.51 0.34 0.24 0.12 0.34 0.01 0.38 0.29 0.34 0.26 0.23 0.38 0.20 0.48 0.50 0.19 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.35 0.27 0.51 0.22 0.34 0.21 0.33 0.22 0.27 0.21 0.36 0.50 0.34 0.24 0.25 0.31 0.34 0.57 1.15 0.80 0.63
C2 0.30 0.37 0.46 0.41 0.23 0.29 0.14 0.29 0.17 0.16 0.18 0.37 0.39 0.19 0.22 0.43 0.32 0.32 0.31 0.89 0.83 0.42
C2' 0.67 0.73 0.65 0.89 0.63 0.70 0.54 0.65 0.52 0.54 0.64 0.72 0.43 0.50 0.61 0.45 0.69 0.66 0.76 0.94 0.82 0.65
C3' 0.37 0.41 0.26 0.40 0.30 0.41 0.29 0.46 0.21 0.44 0.32 0.37 0.26 0.45 0.35 0.52 0.33 0.48 0.65 1.46 0.92 0.83
C4 0.31 0.39 0.38 0.43 0.22 0.26 0.17 0.25 0.21 0.20 0.19 0.39 0.51 0.28 0.21 0.36 0.20 0.28 0.43 1.04 0.84 0.53
C4' 0.43 0.34 0.41 0.40 0.37 0.49 0.46 0.60 0.40 0.58 0.29 0.35 0.60 0.64 0.45 0.64 0.45 0.55 0.77 1.65 1.00 0.98
C5 0.33 0.40 0.44 0.43 0.21 0.26 0.17 0.26 0.22 0.20 0.18 0.41 0.52 0.30 0.21 0.45 0.23 0.27 0.41 1.02 0.90 0.53
C5' 0.50 0.41 0.48 0.47 0.44 0.60 0.51 0.74 0.44 0.64 0.34 0.43 0.62 0.69 0.51 0.67 0.52 0.65 0.89 1.79 1.13 1.13
C6 0.33 0.39 0.52 0.43 0.22 0.29 0.16 0.30 0.21 0.17 0.17 0.41 0.48 0.26 0.21 0.54 0.33 0.30 0.34 0.94 0.91 0.47
C8 0.33 0.39 0.35 0.47 0.21 0.28 0.20 0.28 0.24 0.26 0.19 0.40 0.56 0.36 0.22 0.34 0.22 0.28 0.52 1.15 0.90 0.64
N1 0.32 0.38 0.53 0.43 0.23 0.31 0.14 0.32 0.19 0.15 0.18 0.39 0.42 0.21 0.22 0.53 0.38 0.33 0.30 0.88 0.88 0.42
N2 0.30 0.35 0.48 0.42 0.25 0.32 0.17 0.33 0.17 0.18 0.19 0.35 0.29 0.17 0.25 0.42 0.40 0.37 0.29 0.83 0.81 0.39
N3 0.30 0.38 0.38 0.42 0.22 0.27 0.15 0.25 0.18 0.18 0.19 0.37 0.44 0.23 0.22 0.33 0.22 0.29 0.38 0.98 0.80 0.47
N7 0.33 0.40 0.42 0.45 0.21 0.26 0.19 0.26 0.23 0.24 0.18 0.41 0.55 0.34 0.21 0.43 0.21 0.26 0.47 1.09 0.93 0.60
N9 0.32 0.38 0.33 0.47 0.22 0.29 0.20 0.28 0.22 0.25 0.20 0.39 0.53 0.33 0.22 0.30 0.22 0.29 0.51 1.12 0.85 0.61
O2' 0.97 0.79 0.98 1.27 0.89 1.09 0.87 1.11 0.79 0.96 0.74 0.86 0.73 0.93 0.95 0.71 1.05 1.01 1.19 0.98 1.24 1.07
O3' 0.84 0.54 0.80 0.64 0.75 0.82 0.81 0.91 0.68 1.00 0.53 0.62 0.72 1.00 0.86 1.14 0.71 0.92 1.04 1.96 1.30 1.28
O4' 0.40 0.40 0.36 0.42 0.39 0.46 0.49 0.54 0.51 0.54 0.38 0.40 0.77 0.63 0.41 0.52 0.44 0.51 0.73 1.51 1.00 0.91
O5' 0.39 0.37 0.38 0.41 0.30 0.51 0.39 0.67 0.36 0.54 0.30 0.34 0.60 0.59 0.38 0.54 0.40 0.54 0.83 1.66 1.07 1.07
O6 0.34 0.38 0.56 0.44 0.22 0.31 0.16 0.33 0.21 0.18 0.17 0.41 0.48 0.27 0.21 0.62 0.38 0.31 0.33 0.91 0.95 0.47
OP1 0.38 0.39 0.37 0.37 0.29 0.48 0.36 0.65 0.31 0.53 0.30 0.36 0.51 0.57 0.37 0.57 0.39 0.52 0.81 1.76 1.10 1.09
OP2 0.57 0.56 0.59 0.58 0.50 0.60 0.52 0.68 0.47 0.64 0.48 0.55 0.58 0.67 0.55 0.69 0.52 0.63 0.82 1.48 1.03 0.98
P 0.41 0.43 0.38 0.38 0.33 0.49 0.39 0.63 0.36 0.53 0.33 0.40 0.55 0.59 0.39 0.56 0.38 0.53 0.77 1.66 1.09 1.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.23 0.58 0.49 0.34
C2 0.05 0.00 0.32 0.23 0.01 0.17 0.02 0.21 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.32 0.29 0.24 0.81 0.71 0.39
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.19 0.15 0.18 0.25 0.31 0.12 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.48 0.81 0.54 0.56
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.23 0.01 0.31 0.02 0.32 0.29 0.29 0.19 0.36 0.34 0.21 0.02 0.01 0.02 0.15 0.27 0.19 0.16
C4 0.03 0.01 0.16 0.23 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.15 0.19 0.15 0.27 0.86 0.67 0.43
C4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.22 0.11 0.17 0.09 0.19 0.08 0.30 0.04 0.01 0.02 0.23 0.32 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.13 0.08 0.37 1.05 0.79 0.54
C5' 0.07 0.21 0.19 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.25 0.15 0.21 0.14 0.23 0.08 0.11 0.22 0.01 0.01 0.39 0.37 0.01
C6 0.03 0.01 0.15 0.32 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.16 0.14 0.36 1.06 0.84 0.54
C8 0.02 0.02 0.18 0.29 0.01 0.22 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.42 0.12 0.17 0.47 1.12 0.70 0.61
N1 0.04 0.00 0.25 0.29 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.23 0.22 0.29 0.93 0.79 0.45
N3 0.05 0.00 0.31 0.19 0.01 0.17 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.34 0.28 0.23 0.74 0.65 0.37
N6 0.03 0.02 0.12 0.36 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.30 0.17 0.11 0.43 1.17 0.92 0.62
N7 0.02 0.02 0.11 0.34 0.01 0.19 0.00 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.16 0.10 0.49 1.22 0.83 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.12 0.01 0.30 0.84 0.60 0.44
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.15 0.30 0.27 0.11 0.23 0.42 0.16 0.21 0.30 0.42 0.21 0.00 0.05 0.21 0.37 0.78 0.49 0.48
O3' 0.31 0.32 0.03 0.01 0.19 0.04 0.13 0.22 0.16 0.12 0.23 0.34 0.17 0.16 0.12 0.05 0.00 0.22 0.28 0.51 0.38 0.34
O4' 0.01 0.29 0.01 0.02 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.17 0.22 0.28 0.11 0.10 0.01 0.21 0.22 0.00 0.14 0.30 0.54 0.21
O5' 0.23 0.24 0.48 0.15 0.27 0.02 0.37 0.01 0.36 0.47 0.29 0.23 0.43 0.49 0.30 0.37 0.28 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.58 0.81 0.81 0.27 0.86 0.23 1.05 0.39 1.06 1.12 0.93 0.74 1.17 1.22 0.84 0.78 0.51 0.30 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.71 0.54 0.19 0.67 0.32 0.79 0.37 0.84 0.70 0.79 0.65 0.92 0.83 0.60 0.49 0.38 0.54 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.39 0.56 0.16 0.43 0.06 0.54 0.01 0.54 0.61 0.45 0.37 0.62 0.66 0.44 0.48 0.34 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00