ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54927

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 3, 4, 2, 4, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.018, 0.028, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.031, 0.045, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.016, 0.030, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.017, 0.043, 0.070, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.043 std_dev=0.027
N1 B 0, 0.182, 0.427, 0.672, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.427 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.281, 0.533, 0.786, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.533 std_dev=0.253
C2 B 0, 0.183, 0.498, 0.813, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.498 std_dev=0.315
C5 B 0, 0.318, 0.645, 0.971, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.645 std_dev=0.327
C6 B 0, 0.308, 0.664, 1.020, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.664 std_dev=0.356
N9 B 0, 0.281, 0.639, 0.998, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.639 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.245, 0.632, 1.020, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.632 std_dev=0.388
C8 B 0, 0.350, 0.788, 1.226, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.788 std_dev=0.438
O4' A 0, 0.200, 0.681, 1.161, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.681 std_dev=0.480
N7 B 0, 0.435, 0.929, 1.423, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.929 std_dev=0.494
C1' B 0, 0.354, 0.871, 1.387, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.871 std_dev=0.517
C2' A 0, 0.144, 0.734, 1.323, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.734 std_dev=0.590
N6 B 0, 0.398, 1.022, 1.646, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.022 std_dev=0.624
O5' A 0, 1.021, 1.661, 2.301, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.661 std_dev=0.640
O4' B 0, 0.534, 1.247, 1.960, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.247 std_dev=0.713
C2' B 0, 0.618, 1.379, 2.140, 2.966 max_d=2.966 avg_d=1.379 std_dev=0.761
C4' A 0, 0.235, 1.038, 1.840, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.038 std_dev=0.803
C3' A 0, 0.209, 1.076, 1.943, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.076 std_dev=0.867
O2' A 0, 0.232, 1.100, 1.968, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.100 std_dev=0.868
O2' B 0, 0.662, 1.543, 2.425, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.543 std_dev=0.882
C5' A 0, 0.439, 1.399, 2.359, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.399 std_dev=0.960
P A 0, 1.428, 2.431, 3.435, 3.370 max_d=3.370 avg_d=2.431 std_dev=1.003
C4' B 0, 0.690, 1.699, 2.708, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.699 std_dev=1.009
C3' B 0, 0.797, 1.808, 2.818, 3.405 max_d=3.405 avg_d=1.808 std_dev=1.010
O3' B 0, 1.208, 2.377, 3.546, 4.281 max_d=4.281 avg_d=2.377 std_dev=1.169
O5' B 0, 0.538, 1.794, 3.051, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.794 std_dev=1.256
OP2 B 0, 0.446, 1.707, 2.969, 4.779 max_d=4.779 avg_d=1.707 std_dev=1.261
O3' A 0, 0.145, 1.467, 2.789, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.467 std_dev=1.322
OP1 A 0, 2.230, 3.635, 5.040, 5.063 max_d=5.063 avg_d=3.635 std_dev=1.405
C5' B 0, 0.679, 2.128, 3.578, 4.563 max_d=4.563 avg_d=2.128 std_dev=1.449
P B 0, 0.503, 1.980, 3.456, 4.802 max_d=4.802 avg_d=1.980 std_dev=1.477
OP2 A 0, 2.717, 4.320, 5.924, 5.487 max_d=5.487 avg_d=4.320 std_dev=1.604
OP1 B 0, 0.626, 2.712, 4.798, 6.444 max_d=6.444 avg_d=2.712 std_dev=2.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.35 0.02 0.39 0.57 0.26
C2 0.03 0.00 0.30 0.16 0.01 0.22 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.29 0.34 0.35 0.38 0.01 0.69 0.46 0.38
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.29 0.14 0.17 0.23 0.36 0.29 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.40 0.11 0.62 1.22 0.75
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.23 0.00 0.34 0.02 0.33 0.38 0.25 0.11 0.12 0.42 0.24 0.02 0.01 0.01 0.05 0.38 0.23 1.06 0.48
C4 0.01 0.01 0.16 0.23 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.16 0.19 0.48 0.01 0.68 0.39 0.37
C4' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.10 0.21 0.17 0.28 0.21 0.17 0.07 0.32 0.02 0.00 0.02 0.10 0.18 0.62 0.19
C5 0.01 0.01 0.08 0.34 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.11 0.10 0.62 0.01 0.85 0.62 0.51
C5' 0.15 0.42 0.29 0.02 0.30 0.00 0.27 0.00 0.32 0.15 0.39 0.46 0.38 0.19 0.19 0.08 0.25 0.02 0.01 0.30 0.38 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.33 0.01 0.10 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.11 0.17 0.60 0.00 0.90 0.73 0.56
C8 0.01 0.01 0.17 0.38 0.00 0.21 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.23 0.18 0.75 0.01 0.77 0.48 0.46
N1 0.02 0.01 0.23 0.25 0.01 0.17 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.28 0.48 0.01 0.81 0.59 0.48
N2 0.03 0.00 0.36 0.11 0.01 0.28 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.46 0.42 0.31 0.02 0.64 0.48 0.37
N3 0.02 0.00 0.29 0.12 0.00 0.21 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.37 0.34 0.36 0.01 0.61 0.42 0.33
N7 0.01 0.01 0.09 0.42 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.43 0.26 0.09 0.77 0.01 0.92 0.77 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.08 0.02 0.52 0.01 0.60 0.28 0.30
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.18 0.32 0.28 0.08 0.26 0.45 0.24 0.40 0.28 0.43 0.21 0.00 0.03 0.22 0.30 0.31 0.57 1.48 0.77
O3' 0.33 0.34 0.02 0.01 0.16 0.02 0.11 0.25 0.11 0.23 0.19 0.46 0.37 0.26 0.08 0.03 0.00 0.27 0.26 0.17 0.41 1.05 0.44
O4' 0.00 0.35 0.02 0.01 0.19 0.00 0.10 0.02 0.17 0.18 0.28 0.42 0.34 0.09 0.02 0.22 0.27 0.00 0.34 0.13 0.40 0.35 0.21
O5' 0.35 0.38 0.40 0.05 0.48 0.02 0.62 0.01 0.60 0.75 0.48 0.31 0.36 0.77 0.52 0.30 0.26 0.34 0.00 0.67 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.11 0.38 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.17 0.13 0.67 0.00 1.00 0.93 0.66
OP1 0.39 0.69 0.62 0.23 0.68 0.18 0.85 0.38 0.90 0.77 0.81 0.64 0.61 0.92 0.60 0.57 0.41 0.40 0.02 1.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.46 1.22 1.06 0.39 0.62 0.62 0.33 0.73 0.48 0.59 0.48 0.42 0.77 0.28 1.48 1.05 0.35 0.02 0.93 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.38 0.75 0.48 0.37 0.19 0.51 0.01 0.56 0.46 0.48 0.37 0.33 0.60 0.30 0.77 0.44 0.21 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.25 0.19 0.32 0.23 0.38 0.25 0.54 0.22 0.33 0.24 0.23 0.27 0.33 0.27 0.40 0.26 0.48 0.57 1.30 0.60 0.73
C2 0.16 0.18 0.29 0.26 0.13 0.35 0.18 0.51 0.21 0.18 0.12 0.17 0.38 0.24 0.14 0.27 0.33 0.46 0.41 0.95 0.70 0.39
C2' 0.45 0.48 0.56 0.65 0.45 0.44 0.47 0.56 0.48 0.49 0.49 0.45 0.51 0.50 0.46 0.71 0.59 0.44 0.61 1.44 0.70 0.86
C3' 0.48 0.34 0.34 0.48 0.40 0.62 0.40 0.77 0.33 0.53 0.34 0.36 0.31 0.50 0.47 0.53 0.47 0.72 1.01 1.52 0.65 1.19
C4 0.20 0.21 0.19 0.26 0.17 0.39 0.21 0.56 0.20 0.25 0.16 0.20 0.33 0.28 0.19 0.25 0.28 0.49 0.50 1.12 0.65 0.54
C4' 0.78 0.59 0.63 0.66 0.67 0.95 0.59 1.09 0.49 0.71 0.51 0.66 0.36 0.63 0.73 0.76 0.68 1.05 1.22 1.65 0.70 1.32
C5 0.19 0.19 0.21 0.26 0.16 0.43 0.19 0.61 0.20 0.23 0.14 0.19 0.35 0.27 0.18 0.24 0.31 0.52 0.53 1.09 0.67 0.51
C5' 0.93 0.72 0.77 0.81 0.78 1.16 0.66 1.33 0.54 0.79 0.59 0.81 0.36 0.67 0.85 0.86 0.84 1.24 1.40 1.81 0.81 1.48
C6 0.18 0.17 0.28 0.26 0.13 0.45 0.18 0.63 0.21 0.19 0.13 0.19 0.37 0.24 0.15 0.28 0.37 0.52 0.51 0.99 0.70 0.42
C8 0.24 0.21 0.16 0.28 0.20 0.43 0.22 0.62 0.20 0.28 0.18 0.21 0.30 0.30 0.23 0.29 0.27 0.53 0.58 1.22 0.62 0.64
N1 0.17 0.17 0.32 0.27 0.13 0.41 0.18 0.57 0.22 0.17 0.13 0.18 0.38 0.23 0.13 0.31 0.38 0.49 0.46 0.92 0.71 0.36
N2 0.14 0.16 0.36 0.28 0.12 0.31 0.19 0.44 0.24 0.17 0.13 0.16 0.39 0.23 0.13 0.32 0.36 0.41 0.36 0.87 0.72 0.33
N3 0.18 0.21 0.22 0.27 0.16 0.34 0.20 0.50 0.20 0.23 0.16 0.19 0.35 0.26 0.18 0.25 0.27 0.46 0.44 1.07 0.67 0.49
N7 0.21 0.20 0.18 0.26 0.17 0.46 0.20 0.65 0.20 0.25 0.15 0.20 0.33 0.28 0.20 0.24 0.30 0.54 0.57 1.16 0.65 0.58
N9 0.23 0.22 0.16 0.28 0.20 0.39 0.23 0.57 0.20 0.29 0.19 0.21 0.30 0.30 0.23 0.31 0.26 0.50 0.55 1.21 0.62 0.64
O2' 0.91 0.75 1.11 1.24 0.84 0.95 0.86 1.02 0.78 0.96 0.73 0.80 0.76 0.94 0.91 1.12 1.16 0.81 0.99 1.81 1.30 1.24
O3' 1.04 0.88 0.91 1.00 1.00 1.13 1.04 1.19 0.97 1.13 0.89 0.93 0.99 1.13 1.06 0.96 1.01 1.22 1.53 1.78 1.20 1.67
O4' 0.76 0.67 0.60 0.61 0.68 0.91 0.59 1.03 0.51 0.65 0.57 0.72 0.34 0.58 0.71 0.73 0.69 1.01 1.06 1.48 0.57 1.08
O5' 0.78 0.43 0.68 0.75 0.57 1.07 0.49 1.31 0.32 0.74 0.36 0.53 0.22 0.62 0.71 0.73 0.74 1.12 1.42 1.88 0.98 1.56
O6 0.19 0.17 0.31 0.28 0.13 0.49 0.18 0.67 0.21 0.18 0.13 0.19 0.38 0.24 0.14 0.32 0.42 0.54 0.54 0.97 0.72 0.41
OP1 0.74 0.60 0.62 0.70 0.59 0.98 0.49 1.18 0.42 0.65 0.52 0.62 0.32 0.53 0.66 0.68 0.68 1.04 1.29 1.84 0.88 1.47
OP2 1.25 0.79 1.16 1.21 1.05 1.51 1.02 1.73 0.81 1.28 0.70 0.95 0.74 1.19 1.20 1.20 1.18 1.56 1.81 2.24 1.42 1.94
P 0.85 0.54 0.75 0.80 0.67 1.10 0.61 1.31 0.45 0.82 0.44 0.64 0.33 0.71 0.79 0.80 0.78 1.16 1.39 1.90 0.98 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.31 0.01 0.22 0.54 0.46 0.33
C2 0.03 0.00 0.37 0.26 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.34 0.32 0.29 0.81 0.61 0.40
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.03 0.10 0.18 0.18 0.19 0.29 0.36 0.13 0.10 0.03 0.00 0.04 0.03 0.48 0.56 0.61 0.49
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.26 0.00 0.33 0.02 0.34 0.30 0.31 0.22 0.38 0.35 0.21 0.02 0.01 0.02 0.36 0.45 0.47 0.38
C4 0.01 0.01 0.20 0.26 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.24 0.17 0.27 0.85 0.62 0.47
C4' 0.01 0.20 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.07 0.25 0.12 0.20 0.09 0.22 0.08 0.29 0.03 0.01 0.02 0.14 0.31 0.13
C5 0.01 0.01 0.10 0.33 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.08 0.31 1.05 0.73 0.60
C5' 0.08 0.27 0.18 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.17 0.35 0.20 0.26 0.21 0.33 0.14 0.14 0.20 0.02 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.34 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.26 0.14 0.31 1.06 0.76 0.58
C8 0.01 0.01 0.19 0.30 0.00 0.25 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.16 0.19 0.39 1.12 0.72 0.71
N1 0.02 0.00 0.29 0.31 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.30 0.25 0.28 0.94 0.69 0.48
N3 0.03 0.00 0.36 0.22 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.35 0.33 0.29 0.73 0.56 0.37
N6 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.27 0.10 0.34 1.17 0.83 0.66
N7 0.01 0.01 0.10 0.35 0.00 0.22 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.22 0.10 0.41 1.22 0.81 0.75
N9 0.00 0.01 0.03 0.21 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.16 0.02 0.26 0.83 0.58 0.49
O2' 0.02 0.29 0.00 0.02 0.12 0.29 0.24 0.14 0.19 0.47 0.17 0.31 0.27 0.45 0.20 0.00 0.07 0.19 0.44 0.49 0.67 0.49
O3' 0.31 0.34 0.04 0.01 0.24 0.03 0.21 0.20 0.26 0.16 0.30 0.35 0.27 0.22 0.16 0.07 0.00 0.21 0.40 0.42 0.59 0.41
O4' 0.01 0.32 0.03 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.25 0.33 0.10 0.10 0.02 0.19 0.21 0.00 0.18 0.38 0.53 0.29
O5' 0.22 0.29 0.48 0.36 0.27 0.02 0.31 0.01 0.31 0.39 0.28 0.29 0.34 0.41 0.26 0.44 0.40 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.54 0.81 0.56 0.45 0.85 0.14 1.05 0.22 1.06 1.12 0.94 0.73 1.17 1.22 0.83 0.49 0.42 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.61 0.61 0.47 0.62 0.31 0.73 0.29 0.76 0.72 0.69 0.56 0.83 0.81 0.58 0.67 0.59 0.53 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.33 0.40 0.49 0.38 0.47 0.13 0.60 0.02 0.58 0.71 0.48 0.37 0.66 0.75 0.49 0.49 0.41 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00