Doublet Group distance statistics: 54931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N7	A	0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O6	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.003, 0.020, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N2	A	0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.020
O4'	A	0, -0.060, 0.289, 0.637, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.289 std_dev=0.349
C2'	A	0, -0.099, 0.285, 0.669, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.285 std_dev=0.384
O5'	A	0, 0.196, 0.669, 1.143, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.669 std_dev=0.473
P	A	0, 0.179, 0.691, 1.202, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.691 std_dev=0.512
OP1	A	0, 0.200, 0.730, 1.260, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.730 std_dev=0.530
C4'	A	0, -0.070, 0.476, 1.022, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.476 std_dev=0.546
C2	B	0, 0.220, 0.771, 1.322, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.771 std_dev=0.551
C5'	A	0, 0.123, 0.686, 1.248, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.686 std_dev=0.563
OP2	A	0, 0.171, 0.741, 1.311, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.741 std_dev=0.570
N3	B	0, 0.209, 0.782, 1.355, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.782 std_dev=0.573
N1	B	0, 0.246, 0.843, 1.440, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.843 std_dev=0.597
C3'	A	0, -0.123, 0.490, 1.103, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.490 std_dev=0.613
C4	B	0, 0.254, 0.888, 1.521, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.888 std_dev=0.633
C6	B	0, 0.270, 0.946, 1.623, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.946 std_dev=0.677
C5	B	0, 0.285, 0.978, 1.672, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.978 std_dev=0.694
N9	B	0, 0.276, 0.972, 1.668, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.972 std_dev=0.696
C1'	B	0, 0.225, 0.954, 1.682, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.954 std_dev=0.728
N6	B	0, 0.272, 1.048, 1.824, 1.853 max_d=1.853 avg_d=1.048 std_dev=0.776
O2'	A	0, -0.178, 0.600, 1.378, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.600 std_dev=0.778
C8	B	0, 0.325, 1.113, 1.900, 1.706 max_d=1.706 avg_d=1.113 std_dev=0.787
N7	B	0, 0.318, 1.119, 1.921, 1.835 max_d=1.835 avg_d=1.119 std_dev=0.802
OP1	B	0, 0.366, 1.373, 2.379, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.373 std_dev=1.007
O3'	A	0, -0.156, 0.906, 1.967, 2.395 max_d=2.395 avg_d=0.906 std_dev=1.061
O4'	B	0, 0.339, 1.434, 2.529, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.434 std_dev=1.095
O2'	B	0, 0.453, 1.561, 2.668, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.561 std_dev=1.107
C2'	B	0, 0.441, 1.591, 2.742, 2.681 max_d=2.681 avg_d=1.591 std_dev=1.151
C3'	B	0, 0.451, 1.923, 3.396, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.923 std_dev=1.472
O5'	B	0, 0.498, 1.999, 3.500, 3.615 max_d=3.615 avg_d=1.999 std_dev=1.501
C4'	B	0, 0.460, 1.965, 3.470, 3.656 max_d=3.656 avg_d=1.965 std_dev=1.505
P	B	0, 0.536, 2.221, 3.906, 4.080 max_d=4.080 avg_d=2.221 std_dev=1.685
C5'	B	0, 0.576, 2.317, 4.058, 4.197 max_d=4.197 avg_d=2.317 std_dev=1.741
O3'	B	0, 0.575, 2.414, 4.253, 4.459 max_d=4.459 avg_d=2.414 std_dev=1.839
OP2	B	0, 0.339, 3.067, 5.795, 6.627 max_d=6.627 avg_d=3.067 std_dev=2.728

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.26	0.00	0.13	0.02	0.12	0.31	0.12
C2	0.02	0.00	0.16	0.14	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.15	0.22	0.13	0.25	0.00	0.16	0.15	0.10
C2'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.06	0.01	0.02	0.12	0.02	0.17	0.10	0.21	0.17	0.13	0.05	0.00	0.02	0.02	0.28	0.01	0.25	0.54	0.35
C3'	0.02	0.14	0.00	0.00	0.18	0.00	0.24	0.01	0.25	0.23	0.21	0.09	0.11	0.27	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.28	0.15	0.08	0.01
C4	0.01	0.00	0.06	0.18	0.00	0.02	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.24	0.11	0.06	0.27	0.01	0.17	0.17	0.12
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.08	0.00	0.06	0.16	0.01	0.09	0.05	0.15	0.06	0.27	0.03	0.00	0.01	0.09	0.16	0.17	0.05
C5	0.01	0.00	0.02	0.24	0.00	0.08	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.36	0.05	0.02	0.37	0.01	0.23	0.11	0.20
C5'	0.05	0.06	0.12	0.01	0.10	0.00	0.18	0.00	0.16	0.25	0.10	0.08	0.06	0.26	0.12	0.16	0.14	0.02	0.01	0.21	0.20	0.06	0.01
C6	0.02	0.00	0.02	0.25	0.01	0.06	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.36	0.05	0.05	0.39	0.00	0.24	0.11	0.22
C8	0.00	0.00	0.17	0.23	0.00	0.16	0.00	0.25	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.36	0.11	0.09	0.39	0.01	0.24	0.15	0.20
N1	0.02	0.00	0.10	0.21	0.00	0.01	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.27	0.11	0.10	0.32	0.00	0.20	0.11	0.16
N2	0.03	0.00	0.21	0.09	0.01	0.09	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.31	0.16	0.20	0.00	0.14	0.17	0.09
N3	0.02	0.00	0.17	0.11	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.25	0.13	0.21	0.00	0.14	0.20	0.09
N7	0.01	0.00	0.13	0.27	0.00	0.15	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.42	0.14	0.05	0.44	0.01	0.27	0.11	0.27
N9	0.00	0.01	0.05	0.16	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.24	0.08	0.00	0.26	0.01	0.17	0.22	0.11
O2'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.24	0.27	0.36	0.16	0.36	0.36	0.27	0.07	0.10	0.42	0.24	0.00	0.04	0.19	0.18	0.41	0.18	0.54	0.24
O3'	0.26	0.22	0.02	0.01	0.11	0.03	0.05	0.14	0.05	0.11	0.11	0.31	0.25	0.14	0.08	0.04	0.00	0.17	0.16	0.09	0.42	0.17	0.21
O4'	0.00	0.13	0.02	0.01	0.06	0.00	0.02	0.02	0.05	0.09	0.10	0.16	0.13	0.05	0.00	0.19	0.17	0.00	0.08	0.04	0.12	0.27	0.07
O5'	0.13	0.25	0.28	0.01	0.27	0.01	0.37	0.01	0.39	0.39	0.32	0.20	0.21	0.44	0.26	0.18	0.16	0.08	0.00	0.44	0.02	0.01	0.00
O6	0.02	0.00	0.01	0.28	0.01	0.09	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.41	0.09	0.04	0.44	0.00	0.27	0.15	0.28
OP1	0.12	0.16	0.25	0.15	0.17	0.16	0.23	0.20	0.24	0.24	0.20	0.14	0.14	0.27	0.17	0.18	0.42	0.12	0.02	0.27	0.00	0.01	0.01
OP2	0.31	0.15	0.54	0.08	0.17	0.17	0.11	0.06	0.11	0.15	0.11	0.17	0.20	0.11	0.22	0.54	0.17	0.27	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.10	0.35	0.01	0.12	0.05	0.20	0.01	0.22	0.20	0.16	0.09	0.09	0.27	0.11	0.24	0.21	0.07	0.00	0.28	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.44	0.12	0.26	0.13	0.09	0.09	0.11	0.14	0.21	0.39	0.32	0.15	0.26	0.07	0.33	0.29	0.07	0.22	0.30	0.55	0.05
C2	0.09	0.26	0.05	0.12	0.06	0.08	0.24	0.07	0.31	0.23	0.09	0.23	0.62	0.36	0.06	0.20	0.26	0.16	0.07	0.27	0.81	0.13
C2'	0.29	0.16	0.47	0.66	0.20	0.46	0.30	0.48	0.16	0.48	0.13	0.08	0.27	0.50	0.32	0.42	0.69	0.29	0.56	0.10	0.12	0.39
C3'	0.21	0.47	0.13	0.16	0.28	0.08	0.23	0.11	0.32	0.15	0.46	0.38	0.27	0.15	0.20	0.45	0.18	0.23	0.17	0.74	0.67	0.21
C4	0.10	0.35	0.05	0.17	0.09	0.06	0.18	0.06	0.18	0.24	0.20	0.27	0.44	0.34	0.08	0.24	0.25	0.15	0.11	0.28	0.77	0.09
C4'	0.38	0.66	0.26	0.10	0.45	0.24	0.38	0.25	0.48	0.26	0.64	0.58	0.42	0.26	0.36	0.54	0.04	0.40	0.23	0.77	0.87	0.33
C5	0.12	0.30	0.02	0.12	0.10	0.12	0.21	0.12	0.24	0.25	0.15	0.26	0.50	0.36	0.10	0.23	0.27	0.20	0.05	0.29	0.88	0.16
C5'	0.45	0.67	0.31	0.17	0.49	0.35	0.43	0.37	0.50	0.32	0.63	0.60	0.44	0.31	0.42	0.57	0.08	0.49	0.35	0.89	1.04	0.48
C6	0.13	0.23	0.02	0.07	0.10	0.17	0.25	0.16	0.31	0.24	0.13	0.23	0.59	0.37	0.09	0.22	0.29	0.24	0.00	0.29	0.96	0.21
C8	0.11	0.37	0.08	0.18	0.12	0.08	0.16	0.08	0.15	0.24	0.25	0.29	0.33	0.32	0.10	0.28	0.26	0.17	0.12	0.29	0.77	0.10
N1	0.12	0.20	0.05	0.06	0.08	0.15	0.26	0.14	0.35	0.23	0.14	0.21	0.63	0.37	0.08	0.21	0.29	0.22	0.02	0.28	0.92	0.20
N2	0.07	0.21	0.09	0.12	0.04	0.06	0.26	0.05	0.38	0.22	0.14	0.19	0.66	0.35	0.05	0.17	0.25	0.14	0.08	0.26	0.77	0.12
N3	0.08	0.35	0.06	0.18	0.07	0.04	0.18	0.04	0.19	0.23	0.19	0.27	0.51	0.34	0.06	0.23	0.25	0.12	0.13	0.28	0.73	0.07
N7	0.13	0.32	0.05	0.14	0.12	0.12	0.20	0.12	0.20	0.26	0.18	0.27	0.43	0.35	0.11	0.25	0.27	0.21	0.07	0.29	0.87	0.16
N9	0.09	0.39	0.08	0.21	0.11	0.06	0.14	0.06	0.12	0.23	0.28	0.30	0.30	0.31	0.08	0.28	0.26	0.13	0.15	0.29	0.70	0.06
O2'	0.51	0.21	0.66	0.94	0.34	0.79	0.47	0.88	0.24	0.76	0.19	0.12	0.34	0.77	0.53	0.53	0.96	0.59	0.98	0.38	0.47	0.90
O3'	0.71	0.94	0.55	0.36	0.79	0.54	0.77	0.56	0.86	0.64	0.95	0.87	0.86	0.66	0.72	0.83	0.27	0.71	0.54	1.26	1.00	0.64
O4'	0.34	0.65	0.25	0.02	0.40	0.20	0.32	0.18	0.41	0.22	0.61	0.56	0.34	0.24	0.31	0.52	0.15	0.35	0.11	0.56	0.86	0.23
O5'	0.30	0.46	0.23	0.03	0.32	0.20	0.27	0.23	0.31	0.23	0.42	0.41	0.28	0.23	0.27	0.50	0.15	0.34	0.19	0.74	0.96	0.35
O6	0.15	0.19	0.04	0.04	0.10	0.21	0.27	0.21	0.34	0.24	0.15	0.21	0.61	0.38	0.10	0.23	0.32	0.27	0.04	0.29	1.03	0.26
OP1	0.31	0.49	0.23	0.05	0.33	0.21	0.27	0.23	0.32	0.21	0.44	0.44	0.27	0.22	0.27	0.49	0.13	0.36	0.20	0.70	0.96	0.34
OP2	0.51	0.67	0.34	0.24	0.50	0.45	0.40	0.47	0.43	0.32	0.59	0.63	0.34	0.29	0.44	0.57	0.20	0.58	0.43	0.87	1.27	0.58
P	0.41	0.58	0.27	0.14	0.42	0.35	0.34	0.37	0.38	0.26	0.52	0.53	0.31	0.24	0.36	0.52	0.11	0.48	0.34	0.81	1.15	0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.21	0.00	0.12	0.24	0.57	0.24
C2	0.03	0.00	0.17	0.11	0.01	0.08	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.28	0.14	0.13	0.42	0.85	0.31
C2'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.14	0.09	0.09	0.14	0.16	0.07	0.05	0.02	0.00	0.06	0.01	0.30	0.51	0.41	0.38
C3'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.13	0.00	0.19	0.01	0.19	0.22	0.15	0.09	0.22	0.24	0.13	0.02	0.01	0.01	0.04	0.11	0.13	0.05
C4	0.01	0.01	0.09	0.13	0.00	0.00	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.15	0.07	0.14	0.39	0.76	0.28
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.00	0.04	0.15	0.03	0.09	0.08	0.13	0.05	0.16	0.01	0.00	0.02	0.17	0.21	0.06
C5	0.01	0.00	0.06	0.19	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.20	0.06	0.05	0.21	0.54	0.78	0.31
C5'	0.05	0.09	0.14	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.11	0.15	0.08	0.09	0.15	0.16	0.06	0.03	0.13	0.02	0.01	0.26	0.11	0.02
C6	0.01	0.00	0.09	0.19	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.19	0.09	0.08	0.23	0.61	0.85	0.34
C8	0.01	0.01	0.09	0.22	0.00	0.15	0.00	0.15	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.00	0.27	0.11	0.07	0.22	0.43	0.61	0.24
N1	0.02	0.00	0.14	0.15	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.14	0.20	0.11	0.18	0.53	0.88	0.33
N3	0.03	0.00	0.16	0.09	0.00	0.09	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.30	0.13	0.11	0.35	0.79	0.29
N6	0.02	0.00	0.07	0.22	0.01	0.08	0.02	0.15	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.22	0.07	0.08	0.29	0.73	0.86	0.38
N7	0.01	0.00	0.05	0.24	0.00	0.13	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.28	0.12	0.04	0.26	0.59	0.69	0.29
N9	0.00	0.01	0.02	0.13	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.15	0.07	0.01	0.13	0.32	0.66	0.25
O2'	0.03	0.10	0.00	0.02	0.12	0.16	0.20	0.03	0.19	0.27	0.14	0.07	0.22	0.28	0.15	0.00	0.12	0.12	0.23	0.52	0.30	0.32
O3'	0.21	0.28	0.06	0.01	0.15	0.01	0.06	0.13	0.09	0.11	0.20	0.30	0.07	0.12	0.07	0.12	0.00	0.14	0.10	0.08	0.35	0.13
O4'	0.00	0.14	0.01	0.01	0.07	0.00	0.05	0.02	0.08	0.07	0.11	0.13	0.08	0.04	0.01	0.12	0.14	0.00	0.07	0.16	0.59	0.17
O5'	0.12	0.13	0.30	0.04	0.14	0.02	0.21	0.01	0.23	0.22	0.18	0.11	0.29	0.26	0.13	0.23	0.10	0.07	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.24	0.42	0.51	0.11	0.39	0.17	0.54	0.26	0.61	0.43	0.53	0.35	0.73	0.59	0.32	0.52	0.08	0.16	0.01	0.00	0.02	0.00
OP2	0.57	0.85	0.41	0.13	0.76	0.21	0.78	0.11	0.85	0.61	0.88	0.79	0.86	0.69	0.66	0.30	0.35	0.59	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.24	0.31	0.38	0.05	0.28	0.06	0.31	0.02	0.34	0.24	0.33	0.29	0.38	0.29	0.25	0.32	0.13	0.17	0.00	0.00	0.01	0.00