ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.009, 0.034, 0.058, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.037, 0.130, 0.223, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.130 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.028, 0.145, 0.262, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.145 std_dev=0.117
O2' A 0, 0.055, 0.203, 0.351, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.203 std_dev=0.148
C3' A 0, 0.049, 0.215, 0.380, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.215 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.062, 0.261, 0.460, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.261 std_dev=0.199
O3' A 0, 0.084, 0.295, 0.506, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.295 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.122, 0.486, 0.849, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.486 std_dev=0.363
C6 B 0, 0.154, 0.525, 0.896, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.525 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.081, 0.460, 0.840, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.460 std_dev=0.379
C5 B 0, 0.161, 0.552, 0.944, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.552 std_dev=0.392
C2 B 0, 0.057, 0.452, 0.846, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.452 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.124, 0.525, 0.925, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.525 std_dev=0.400
N3 B 0, 0.050, 0.477, 0.904, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.477 std_dev=0.427
N6 B 0, 0.190, 0.649, 1.108, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.649 std_dev=0.459
P A 0, 0.199, 0.682, 1.165, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.682 std_dev=0.483
N7 B 0, 0.200, 0.688, 1.177, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.688 std_dev=0.489
N9 B 0, 0.142, 0.649, 1.156, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.649 std_dev=0.507
C8 B 0, 0.195, 0.731, 1.267, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.731 std_dev=0.536
OP2 A 0, 0.243, 0.841, 1.438, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.841 std_dev=0.598
C1' B 0, 0.101, 0.730, 1.360, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.730 std_dev=0.629
O2' B 0, 0.103, 0.751, 1.398, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.751 std_dev=0.647
OP1 A 0, 0.193, 0.862, 1.532, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.862 std_dev=0.669
C2' B 0, 0.144, 0.837, 1.531, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.837 std_dev=0.693
O5' A 0, 0.298, 1.017, 1.736, 1.537 max_d=1.537 avg_d=1.017 std_dev=0.719
O4' B 0, 0.199, 0.946, 1.693, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.946 std_dev=0.747
C3' B 0, 0.239, 1.053, 1.867, 1.982 max_d=1.982 avg_d=1.053 std_dev=0.814
C4' B 0, 0.253, 1.108, 1.963, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.108 std_dev=0.855
O5' B 0, 0.317, 1.215, 2.112, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.215 std_dev=0.898
C5' B 0, 0.343, 1.284, 2.226, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.284 std_dev=0.941
O3' B 0, 0.292, 1.239, 2.186, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.239 std_dev=0.947
P B 0, 0.490, 1.718, 2.947, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.718 std_dev=1.229
OP1 B 0, 0.517, 1.771, 3.026, 2.744 max_d=2.744 avg_d=1.771 std_dev=1.255
OP2 B 0, 0.658, 2.278, 3.898, 3.626 max_d=3.626 avg_d=2.278 std_dev=1.620

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.01 0.10 0.27 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.02 0.29 0.00 0.11 0.23 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.11 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.14 0.26 0.05
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.14 0.17 0.14 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.11 0.20 0.23 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.31 0.00 0.12 0.22 0.09
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.29 0.06
C5 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.36 0.01 0.14 0.20 0.14
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.03 0.00 0.01 0.15 0.18 0.25 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.36 0.00 0.14 0.20 0.14
C8 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.37 0.03 0.15 0.18 0.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.33 0.00 0.13 0.22 0.12
N2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.03 0.27 0.00 0.12 0.24 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.02 0.26 0.01 0.11 0.24 0.06
N7 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.39 0.03 0.16 0.18 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.30 0.01 0.12 0.22 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.15 0.30 0.11
O3' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.10 0.01 0.08 0.03 0.12 0.02 0.15 0.20 0.15 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.10 0.12 0.20 0.22 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.14 0.03 0.11 0.30 0.07
O5' 0.17 0.29 0.14 0.16 0.31 0.01 0.36 0.01 0.36 0.37 0.33 0.27 0.26 0.39 0.30 0.04 0.10 0.14 0.00 0.37 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.15 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.03 0.37 0.00 0.14 0.19 0.15
OP1 0.10 0.11 0.14 0.20 0.12 0.13 0.14 0.18 0.14 0.15 0.13 0.12 0.11 0.16 0.12 0.15 0.20 0.11 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.23 0.26 0.23 0.22 0.29 0.20 0.25 0.20 0.18 0.22 0.24 0.24 0.18 0.22 0.30 0.22 0.30 0.02 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.14 0.00 0.14 0.14 0.12 0.07 0.06 0.17 0.07 0.11 0.07 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.27 0.12 0.12 0.16 0.14 0.14 0.14 0.19 0.15 0.27 0.21 0.18 0.15 0.13 0.13 0.10 0.13 0.12 0.34 0.23 0.24
C2 0.23 0.34 0.18 0.17 0.22 0.20 0.16 0.21 0.16 0.15 0.26 0.31 0.19 0.14 0.20 0.15 0.17 0.21 0.18 0.39 0.23 0.25
C2' 0.04 0.18 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.11 0.17 0.11 0.02 0.11 0.04 0.08 0.02 0.08 0.02 0.21 0.08 0.10
C3' 0.08 0.19 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.12 0.19 0.14 0.08 0.11 0.08 0.09 0.04 0.10 0.10 0.31 0.21 0.22
C4 0.16 0.31 0.12 0.13 0.19 0.15 0.16 0.17 0.18 0.14 0.28 0.26 0.18 0.15 0.16 0.11 0.12 0.15 0.14 0.39 0.23 0.25
C4' 0.20 0.27 0.20 0.20 0.20 0.22 0.20 0.24 0.22 0.22 0.27 0.23 0.22 0.22 0.20 0.19 0.18 0.21 0.23 0.44 0.36 0.36
C5 0.15 0.29 0.11 0.12 0.18 0.15 0.16 0.17 0.18 0.15 0.26 0.25 0.19 0.17 0.15 0.10 0.11 0.16 0.13 0.41 0.24 0.26
C5' 0.25 0.29 0.24 0.26 0.25 0.29 0.25 0.33 0.26 0.28 0.30 0.26 0.27 0.28 0.25 0.22 0.24 0.28 0.32 0.55 0.49 0.47
C6 0.18 0.29 0.13 0.13 0.19 0.17 0.16 0.19 0.17 0.15 0.24 0.26 0.21 0.17 0.17 0.11 0.13 0.18 0.14 0.42 0.24 0.26
C8 0.13 0.27 0.10 0.10 0.16 0.14 0.16 0.16 0.19 0.16 0.27 0.22 0.19 0.18 0.13 0.09 0.09 0.14 0.13 0.40 0.27 0.28
N1 0.21 0.31 0.16 0.16 0.21 0.19 0.16 0.21 0.16 0.15 0.23 0.29 0.21 0.15 0.19 0.14 0.16 0.21 0.16 0.41 0.23 0.25
N2 0.27 0.35 0.22 0.21 0.24 0.24 0.15 0.25 0.12 0.16 0.22 0.34 0.19 0.12 0.23 0.19 0.20 0.26 0.21 0.37 0.24 0.26
N3 0.19 0.33 0.15 0.15 0.21 0.18 0.16 0.19 0.17 0.14 0.29 0.29 0.16 0.13 0.18 0.13 0.14 0.18 0.16 0.37 0.22 0.24
N7 0.13 0.28 0.10 0.10 0.17 0.14 0.16 0.16 0.18 0.16 0.26 0.23 0.20 0.18 0.14 0.09 0.09 0.15 0.13 0.42 0.27 0.28
N9 0.13 0.28 0.11 0.11 0.17 0.14 0.15 0.15 0.19 0.15 0.28 0.23 0.18 0.16 0.14 0.10 0.10 0.14 0.13 0.38 0.24 0.25
O2' 0.06 0.18 0.08 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.08 0.11 0.19 0.12 0.09 0.11 0.05 0.12 0.03 0.11 0.05 0.13 0.01 0.05
O3' 0.08 0.17 0.08 0.06 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.17 0.12 0.07 0.09 0.07 0.10 0.04 0.09 0.09 0.28 0.19 0.20
O4' 0.21 0.31 0.20 0.21 0.23 0.23 0.23 0.25 0.27 0.23 0.32 0.26 0.28 0.23 0.21 0.19 0.19 0.22 0.23 0.45 0.36 0.35
O5' 0.17 0.26 0.17 0.13 0.18 0.15 0.18 0.13 0.22 0.17 0.27 0.22 0.23 0.17 0.17 0.19 0.11 0.17 0.10 0.28 0.21 0.20
O6 0.18 0.28 0.13 0.13 0.19 0.17 0.17 0.19 0.18 0.16 0.22 0.26 0.22 0.17 0.17 0.11 0.13 0.19 0.14 0.43 0.24 0.27
OP1 0.11 0.24 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.19 0.14 0.26 0.18 0.20 0.14 0.11 0.13 0.12 0.14 0.14 0.28 0.29 0.24
OP2 0.23 0.49 0.23 0.23 0.33 0.21 0.30 0.22 0.40 0.17 0.50 0.41 0.39 0.19 0.24 0.21 0.24 0.17 0.18 0.28 0.22 0.20
P 0.09 0.31 0.08 0.08 0.17 0.10 0.16 0.11 0.25 0.08 0.33 0.24 0.26 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.27 0.23 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.22 0.06 0.09
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.01 0.08 0.23 0.07 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.11 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.03 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.08 0.01 0.07 0.22 0.06 0.08
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.13 0.05 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.11 0.23 0.12 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.07 0.04 0.13 0.12 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.01 0.12 0.25 0.15 0.15
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.21 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01 0.10 0.24 0.12 0.12
N3 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.01 0.06 0.22 0.03 0.06
N6 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.10 0.02 0.15 0.27 0.20 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.13 0.24 0.15 0.16
N9 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.06 0.20 0.03 0.06
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.12 0.05 0.10 0.04 0.13 0.03 0.17 0.17 0.12 0.06 0.05 0.00 0.03 0.06 0.02 0.14 0.06 0.02
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.12 0.12 0.10 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.13 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.10 0.24 0.13 0.15
O5' 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.06 0.15 0.13 0.06 0.02 0.03 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.22 0.23 0.17 0.11 0.22 0.13 0.23 0.03 0.25 0.21 0.24 0.22 0.27 0.24 0.20 0.14 0.06 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.03 0.06 0.06 0.05 0.12 0.04 0.15 0.10 0.12 0.03 0.20 0.15 0.03 0.06 0.13 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.08 0.05 0.03 0.08 0.05 0.13 0.01 0.15 0.11 0.12 0.06 0.20 0.16 0.06 0.02 0.05 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00