ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O3' A 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
N6 B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP2 A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
P A 0, 0.000, 0.360, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.360 std_dev=0.360
OP1 A 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C8 B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C4 B 0, 0.000, 0.505, 1.010, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C2 B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
O5' A 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N9 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
N3 B 0, 0.000, 0.593, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.593 std_dev=0.593
O4' B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C1' B 0, 0.000, 0.643, 1.286, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.643 std_dev=0.643
OP2 B 0, 0.000, 1.334, 2.668, 2.668 max_d=2.668 avg_d=1.334 std_dev=1.334
C4' B 0, 0.000, 1.365, 2.730, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.365 std_dev=1.365
C2' B 0, 0.000, 1.468, 2.936, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.468 std_dev=1.468
O2' B 0, 0.000, 1.561, 3.123, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.561 std_dev=1.561
P B 0, 0.000, 1.610, 3.220, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.610 std_dev=1.610
OP1 B 0, 0.000, 1.713, 3.426, 3.426 max_d=3.426 avg_d=1.713 std_dev=1.713
O5' B 0, 0.000, 1.724, 3.449, 3.449 max_d=3.449 avg_d=1.724 std_dev=1.724
C3' B 0, 0.000, 1.778, 3.556, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.778 std_dev=1.778
C5' B 0, 0.000, 1.984, 3.968, 3.968 max_d=3.968 avg_d=1.984 std_dev=1.984
O3' B 0, 0.000, 2.487, 4.974, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.487 std_dev=2.487

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.06 0.00
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.14 0.07 0.01
C4 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.01
C5 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.13
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.05 0.01
C6 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.14
C8 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.09 0.11
N2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.08
N3 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.08
N7 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07
O2' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.08 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03 0.17 0.07 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.07 0.08 0.02
O5' 0.04 0.03 0.04 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.12 0.11 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01
O6 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.14 0.16
OP1 0.07 0.01 0.12 0.14 0.02 0.09 0.07 0.08 0.08 0.04 0.05 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.17 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.05 0.11 0.02 0.09 0.05 0.04 0.09 0.00 0.08 0.07 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.10 0.11 0.08 0.08 0.14 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.24 0.19 0.16 0.08 0.16 0.05 0.17 0.12 0.19 0.20 0.14 0.13 0.14 0.24 0.21 0.01 0.10 0.63 0.06 0.17
C2 0.00 0.01 0.02 0.15 0.00 0.24 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.13 0.13 0.47 0.93 0.14 0.51
C2' 0.13 0.19 0.19 0.07 0.17 0.01 0.18 0.09 0.19 0.14 0.19 0.19 0.19 0.16 0.14 0.21 0.05 0.02 0.03 0.54 0.12 0.06
C3' 0.14 0.20 0.19 0.03 0.17 0.06 0.18 0.18 0.19 0.14 0.20 0.20 0.18 0.16 0.15 0.23 0.02 0.05 0.11 0.45 0.17 0.01
C4 0.05 0.10 0.09 0.15 0.07 0.15 0.06 0.24 0.07 0.04 0.09 0.10 0.06 0.04 0.05 0.06 0.15 0.06 0.28 0.77 0.01 0.32
C4' 0.14 0.22 0.26 0.12 0.17 0.03 0.17 0.15 0.18 0.13 0.21 0.22 0.15 0.14 0.15 0.29 0.14 0.07 0.08 0.46 0.15 0.01
C5 0.02 0.09 0.04 0.12 0.04 0.15 0.04 0.26 0.05 0.00 0.08 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.29 0.75 0.00 0.32
C5' 0.13 0.22 0.26 0.12 0.17 0.04 0.17 0.16 0.18 0.13 0.20 0.21 0.15 0.14 0.14 0.29 0.15 0.08 0.08 0.45 0.15 0.00
C6 0.03 0.04 0.04 0.09 0.01 0.18 0.01 0.36 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.09 0.07 0.07 0.37 0.81 0.04 0.39
C8 0.09 0.17 0.16 0.15 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.07 0.16 0.16 0.10 0.07 0.09 0.15 0.16 0.02 0.16 0.65 0.07 0.20
N1 0.03 0.01 0.07 0.11 0.02 0.23 0.03 0.45 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.12 0.08 0.11 0.46 0.89 0.12 0.49
N2 0.02 0.02 0.07 0.17 0.03 0.31 0.04 0.58 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.13 0.14 0.18 0.61 1.03 0.24 0.63
N3 0.04 0.06 0.07 0.16 0.05 0.19 0.05 0.32 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.16 0.09 0.36 0.85 0.08 0.41
N7 0.05 0.13 0.09 0.13 0.08 0.12 0.07 0.19 0.09 0.03 0.13 0.12 0.08 0.03 0.05 0.07 0.12 0.04 0.22 0.69 0.05 0.25
N9 0.09 0.15 0.17 0.16 0.11 0.11 0.11 0.13 0.12 0.08 0.14 0.15 0.11 0.08 0.09 0.15 0.17 0.03 0.17 0.68 0.04 0.22
O2' 0.16 0.21 0.24 0.08 0.19 0.04 0.20 0.15 0.20 0.16 0.22 0.22 0.16 0.17 0.17 0.26 0.08 0.05 0.08 0.51 0.12 0.03
O3' 0.13 0.18 0.16 0.06 0.16 0.16 0.18 0.33 0.18 0.14 0.18 0.18 0.17 0.16 0.14 0.22 0.10 0.11 0.26 0.32 0.24 0.14
O4' 0.16 0.24 0.31 0.22 0.19 0.08 0.18 0.01 0.18 0.14 0.22 0.24 0.14 0.13 0.16 0.31 0.27 0.01 0.07 0.58 0.07 0.13
O5' 0.13 0.21 0.22 0.13 0.16 0.03 0.16 0.03 0.18 0.12 0.20 0.21 0.16 0.13 0.14 0.23 0.15 0.02 0.04 0.59 0.05 0.13
O6 0.05 0.03 0.08 0.07 0.03 0.18 0.03 0.37 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.13 0.04 0.07 0.38 0.79 0.03 0.39
OP1 0.03 0.11 0.15 0.00 0.07 0.15 0.07 0.27 0.08 0.04 0.10 0.11 0.08 0.05 0.04 0.18 0.01 0.18 0.21 0.28 0.30 0.14
OP2 0.08 0.15 0.15 0.08 0.11 0.00 0.11 0.03 0.13 0.08 0.14 0.14 0.12 0.09 0.09 0.16 0.08 0.04 0.01 0.50 0.14 0.07
P 0.14 0.21 0.25 0.15 0.17 0.03 0.17 0.04 0.18 0.14 0.21 0.21 0.17 0.15 0.15 0.26 0.17 0.02 0.01 0.51 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.47 0.04 0.13
C2 0.07 0.00 0.08 0.15 0.02 0.36 0.02 0.52 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.11 0.40 0.42 0.20 0.35 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.13 0.40 0.14
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.07 0.00 0.02 0.02 0.05 0.12 0.11 0.16 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.55 0.32
C4 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.15 0.00 0.19 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.19 0.10 0.49 0.17 0.02
C4' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.10 0.28 0.26 0.36 0.01 0.22 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02
C5 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.10 0.68 0.08 0.19
C5' 0.00 0.52 0.02 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.11 0.45 0.37 0.51 0.03 0.38 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01
C6 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.15 0.04 0.58 0.16 0.07
C8 0.01 0.03 0.09 0.12 0.02 0.28 0.04 0.45 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.13 0.05 0.23 0.52 0.89 0.14 0.49
N1 0.07 0.00 0.05 0.11 0.03 0.26 0.00 0.37 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.09 0.30 0.28 0.35 0.29 0.13
N3 0.08 0.00 0.07 0.16 0.00 0.36 0.02 0.51 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.12 0.42 0.39 0.22 0.32 0.22
N6 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.70 0.08 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.22 0.01 0.38 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.16 0.45 0.93 0.11 0.47
N9 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.60 0.05 0.19
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.13 0.07 0.10 0.02 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.11 0.33 0.12
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.09 0.12 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.26 0.47 0.86 0.55
O4' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.19 0.00 0.06 0.01 0.15 0.23 0.30 0.42 0.07 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.44 0.20 0.23
O5' 0.06 0.42 0.07 0.16 0.10 0.02 0.10 0.00 0.04 0.52 0.28 0.39 0.10 0.45 0.12 0.08 0.26 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 0.20 0.13 0.16 0.49 0.02 0.68 0.20 0.58 0.89 0.35 0.22 0.70 0.93 0.60 0.11 0.47 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.35 0.40 0.55 0.17 0.05 0.08 0.12 0.16 0.14 0.29 0.32 0.08 0.11 0.05 0.33 0.86 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.25 0.14 0.32 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.49 0.13 0.22 0.19 0.47 0.19 0.12 0.55 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00