ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54938

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 2, 0, 0, 1, 4, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.012, 0.019, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.020, 0.036, 0.052, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.016
P B 0, 0.242, 0.582, 0.922, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.582 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.134, 0.566, 0.999, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.566 std_dev=0.433
O5' B 0, 0.217, 0.674, 1.130, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.674 std_dev=0.457
OP2 B 0, 0.289, 0.771, 1.253, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.771 std_dev=0.482
C5' B 0, 0.276, 0.949, 1.621, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.949 std_dev=0.672
C8 B 0, 0.412, 1.149, 1.885, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.149 std_dev=0.736
O4' A 0, -0.109, 0.674, 1.458, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.674 std_dev=0.783
C2' A 0, -0.066, 0.780, 1.626, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.780 std_dev=0.846
N7 B 0, 0.422, 1.293, 2.164, 3.926 max_d=3.926 avg_d=1.293 std_dev=0.871
O2' A 0, 0.026, 0.911, 1.796, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.911 std_dev=0.885
C4' B 0, 0.325, 1.254, 2.184, 2.933 max_d=2.933 avg_d=1.254 std_dev=0.929
N9 B 0, 0.399, 1.364, 2.329, 3.147 max_d=3.147 avg_d=1.364 std_dev=0.965
O4' B 0, 0.304, 1.286, 2.267, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.286 std_dev=0.982
C3' B 0, 0.393, 1.394, 2.396, 3.129 max_d=3.129 avg_d=1.394 std_dev=1.002
C5 B 0, 0.557, 1.589, 2.621, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.589 std_dev=1.032
C1' B 0, 0.355, 1.462, 2.568, 3.507 max_d=3.507 avg_d=1.462 std_dev=1.106
C4 B 0, 0.488, 1.628, 2.769, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.628 std_dev=1.140
C2' B 0, 0.440, 1.641, 2.842, 3.718 max_d=3.718 avg_d=1.641 std_dev=1.201
O3' B 0, 0.464, 1.672, 2.881, 3.484 max_d=3.484 avg_d=1.672 std_dev=1.209
C4' A 0, -0.117, 1.114, 2.345, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.114 std_dev=1.231
C6 B 0, 0.660, 1.894, 3.127, 5.347 max_d=5.347 avg_d=1.894 std_dev=1.233
C3' A 0, -0.107, 1.229, 2.566, 3.157 max_d=3.157 avg_d=1.229 std_dev=1.336
O6 B 0, 0.645, 1.987, 3.329, 6.118 max_d=6.118 avg_d=1.987 std_dev=1.342
O2' B 0, 0.566, 1.993, 3.421, 4.293 max_d=4.293 avg_d=1.993 std_dev=1.428
N1 B 0, 0.721, 2.163, 3.604, 5.591 max_d=5.591 avg_d=2.163 std_dev=1.441
N3 B 0, 0.496, 1.942, 3.387, 4.424 max_d=4.424 avg_d=1.942 std_dev=1.445
C2 B 0, 0.615, 2.180, 3.744, 5.041 max_d=5.041 avg_d=2.180 std_dev=1.564
O3' A 0, -0.047, 1.734, 3.515, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.734 std_dev=1.781
N2 B 0, 0.641, 2.518, 4.396, 5.669 max_d=5.669 avg_d=2.518 std_dev=1.878
C5' A 0, -0.168, 1.884, 3.935, 4.830 max_d=4.830 avg_d=1.884 std_dev=2.051
O5' A 0, -0.200, 2.403, 5.006, 6.244 max_d=6.244 avg_d=2.403 std_dev=2.603
P A 0, -0.210, 3.443, 7.095, 8.635 max_d=8.635 avg_d=3.443 std_dev=3.653
OP2 A 0, 0.180, 3.909, 7.639, 8.965 max_d=8.965 avg_d=3.909 std_dev=3.729
OP1 A 0, 0.199, 3.932, 7.665, 9.505 max_d=9.505 avg_d=3.932 std_dev=3.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.29 0.46 0.48 0.10
C2 0.03 0.00 0.46 0.26 0.01 0.18 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.49 0.38 0.41 0.73 0.70 0.95 0.41
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.22 0.02 0.09 0.07 0.20 0.27 0.36 0.45 0.13 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.21 0.39 0.36 0.14
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.14 0.01 0.10 0.02 0.15 0.13 0.22 0.23 0.12 0.08 0.04 0.02 0.01 0.02 0.15 0.29 0.26 0.21
C4 0.02 0.01 0.22 0.14 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.17 0.21 0.53 0.75 0.82 0.18
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.07 0.29 0.12 0.18 0.09 0.24 0.10 0.06 0.02 0.01 0.02 0.20 0.21 0.12
C5 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.09 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.09 0.47 0.99 0.93 0.17
C5' 0.16 0.26 0.07 0.02 0.23 0.01 0.38 0.00 0.30 0.74 0.23 0.24 0.38 0.67 0.37 0.04 0.12 0.06 0.02 0.26 0.27 0.03
C6 0.02 0.01 0.20 0.15 0.01 0.07 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.19 0.57 0.96 1.02 0.21
C8 0.01 0.01 0.27 0.13 0.00 0.29 0.01 0.74 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.22 0.25 0.34 1.15 0.81 0.45
N1 0.03 0.00 0.36 0.22 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.30 0.32 0.69 0.81 1.02 0.35
N3 0.03 0.01 0.45 0.23 0.00 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.47 0.34 0.41 0.67 0.63 0.84 0.35
N6 0.02 0.02 0.13 0.12 0.01 0.09 0.01 0.38 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.12 0.13 0.53 1.10 1.07 0.21
N7 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.24 0.00 0.67 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.15 0.13 0.35 1.26 0.94 0.38
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.36 0.76 0.69 0.16
O2' 0.02 0.49 0.00 0.02 0.21 0.06 0.08 0.04 0.20 0.25 0.38 0.47 0.12 0.16 0.02 0.00 0.05 0.08 0.11 0.25 0.23 0.17
O3' 0.02 0.38 0.02 0.01 0.17 0.02 0.08 0.12 0.17 0.22 0.30 0.34 0.12 0.15 0.03 0.05 0.00 0.05 0.14 0.22 0.22 0.32
O4' 0.01 0.41 0.02 0.02 0.21 0.01 0.09 0.06 0.19 0.25 0.32 0.41 0.13 0.13 0.02 0.08 0.05 0.00 0.28 0.31 0.40 0.17
O5' 0.29 0.73 0.21 0.15 0.53 0.02 0.47 0.02 0.57 0.34 0.69 0.67 0.53 0.35 0.36 0.11 0.14 0.28 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.46 0.70 0.39 0.29 0.75 0.20 0.99 0.26 0.96 1.15 0.81 0.63 1.10 1.26 0.76 0.25 0.22 0.31 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.95 0.36 0.26 0.82 0.21 0.93 0.27 1.02 0.81 1.02 0.84 1.07 0.94 0.69 0.23 0.22 0.40 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.41 0.14 0.21 0.18 0.12 0.17 0.03 0.21 0.45 0.35 0.35 0.21 0.38 0.16 0.17 0.32 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.44 0.37 0.33 0.28 0.38 0.44 0.44 0.42 0.49 0.41 0.44 0.36 0.37 0.47 0.39 0.44 0.32 0.53 0.27 0.60 0.13 0.27 0.25
C2 0.19 0.25 0.20 0.22 0.20 0.26 0.28 0.29 0.36 0.22 0.33 0.25 0.19 0.29 0.17 0.24 0.30 0.27 0.18 0.44 0.22 0.27 0.22
C2' 0.40 0.38 0.27 0.22 0.35 0.42 0.47 0.38 0.58 0.37 0.51 0.37 0.33 0.49 0.33 0.41 0.27 0.52 0.18 0.74 0.21 0.34 0.18
C3' 0.39 0.46 0.31 0.26 0.41 0.46 0.61 0.39 0.76 0.45 0.65 0.42 0.36 0.65 0.34 0.49 0.32 0.50 0.16 0.98 0.16 0.46 0.22
C4 0.37 0.31 0.28 0.26 0.32 0.39 0.38 0.39 0.43 0.35 0.38 0.30 0.30 0.41 0.32 0.37 0.30 0.46 0.25 0.52 0.15 0.26 0.25
C4' 0.39 0.44 0.34 0.31 0.42 0.45 0.59 0.41 0.70 0.48 0.60 0.40 0.37 0.64 0.38 0.50 0.39 0.47 0.24 0.88 0.13 0.36 0.25
C5 0.42 0.35 0.34 0.31 0.36 0.44 0.41 0.43 0.45 0.39 0.40 0.34 0.35 0.44 0.37 0.44 0.34 0.50 0.28 0.53 0.13 0.25 0.25
C5' 0.45 0.72 0.35 0.31 0.70 0.39 0.92 0.36 1.06 0.79 0.92 0.65 0.60 1.00 0.61 0.42 0.34 0.46 0.39 1.26 0.25 0.65 0.49
C6 0.33 0.28 0.27 0.25 0.28 0.37 0.34 0.37 0.38 0.31 0.34 0.26 0.26 0.37 0.29 0.35 0.29 0.41 0.24 0.46 0.15 0.24 0.23
C8 0.57 0.49 0.47 0.40 0.49 0.56 0.53 0.50 0.56 0.51 0.52 0.49 0.50 0.55 0.51 0.59 0.42 0.64 0.34 0.65 0.13 0.28 0.28
N1 0.20 0.23 0.19 0.21 0.20 0.27 0.27 0.30 0.34 0.22 0.30 0.23 0.19 0.29 0.18 0.24 0.28 0.28 0.19 0.42 0.21 0.26 0.22
N3 0.26 0.26 0.21 0.22 0.24 0.31 0.32 0.33 0.39 0.27 0.34 0.25 0.22 0.34 0.23 0.27 0.29 0.35 0.21 0.48 0.19 0.26 0.23
N6 0.36 0.30 0.32 0.30 0.31 0.41 0.35 0.40 0.38 0.34 0.34 0.29 0.30 0.38 0.32 0.40 0.33 0.43 0.26 0.45 0.14 0.23 0.23
N7 0.56 0.48 0.47 0.41 0.49 0.56 0.51 0.51 0.55 0.50 0.50 0.48 0.49 0.54 0.50 0.59 0.44 0.63 0.35 0.63 0.14 0.28 0.28
N9 0.46 0.39 0.36 0.31 0.40 0.46 0.45 0.44 0.49 0.43 0.44 0.38 0.38 0.48 0.41 0.46 0.34 0.54 0.29 0.59 0.13 0.27 0.26
O2' 0.41 0.37 0.25 0.22 0.35 0.40 0.43 0.37 0.52 0.37 0.47 0.36 0.34 0.44 0.35 0.37 0.30 0.54 0.20 0.66 0.23 0.29 0.18
O3' 0.42 0.49 0.33 0.27 0.42 0.50 0.64 0.43 0.83 0.44 0.70 0.45 0.37 0.68 0.34 0.55 0.33 0.55 0.15 1.08 0.22 0.52 0.22
O4' 0.50 0.39 0.45 0.43 0.41 0.55 0.46 0.52 0.51 0.44 0.45 0.38 0.40 0.49 0.43 0.58 0.49 0.58 0.38 0.61 0.29 0.32 0.35
O5' 0.74 0.36 0.88 0.92 0.38 0.98 0.38 0.91 0.49 0.35 0.39 0.40 0.45 0.43 0.46 1.14 1.16 0.82 0.59 0.71 0.69 0.23 0.44
OP1 1.16 1.66 0.97 0.91 1.63 0.92 1.96 0.96 2.14 1.77 1.96 1.55 1.48 2.07 1.49 0.81 0.77 1.11 1.19 2.42 0.96 1.56 1.30
OP2 1.18 0.77 1.40 1.47 0.78 1.50 0.74 1.40 0.81 0.74 0.73 0.82 0.88 0.78 0.87 1.72 1.79 1.25 1.08 1.01 1.25 0.82 0.96
P 0.35 0.51 0.54 0.61 0.47 0.66 0.83 0.55 1.04 0.61 0.83 0.41 0.34 0.95 0.34 0.87 0.96 0.43 0.18 1.36 0.36 0.48 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.11 0.06
C2 0.06 0.00 0.11 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.15 0.04 0.18 0.01 0.19 0.21 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.12 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.12 0.15 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.14 0.10 0.14 0.13 0.11 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.13 0.16 0.09
C4 0.03 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.16 0.01 0.15 0.14 0.13
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.02 0.00 0.03 0.08 0.11 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.02 0.21 0.01 0.18 0.16 0.17
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.15 0.14 0.10 0.09 0.17 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.18 0.12 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.23 0.00 0.21 0.22 0.21
C8 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.04 0.18 0.01 0.12 0.12 0.10
N1 0.05 0.00 0.10 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.17 0.02 0.21 0.01 0.21 0.23 0.20
N2 0.07 0.00 0.12 0.13 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.06 0.17 0.02 0.19 0.24 0.17
N3 0.06 0.00 0.10 0.11 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.13 0.04 0.15 0.01 0.16 0.17 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.15 0.04 0.22 0.02 0.17 0.14 0.16
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.01 0.11 0.09 0.07
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.02 0.11 0.15 0.12 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.13 0.13 0.07
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.06 0.17 0.11 0.17 0.16 0.13 0.15 0.07 0.03 0.00 0.02 0.09 0.19 0.17 0.23 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.20 0.13
O5' 0.04 0.18 0.07 0.07 0.16 0.03 0.21 0.01 0.23 0.18 0.21 0.17 0.15 0.22 0.12 0.05 0.09 0.07 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.19 0.02 0.25 0.00 0.24 0.24 0.24
OP1 0.06 0.19 0.12 0.13 0.15 0.11 0.18 0.12 0.21 0.12 0.21 0.19 0.16 0.17 0.11 0.13 0.17 0.07 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.21 0.15 0.16 0.14 0.06 0.16 0.03 0.22 0.12 0.23 0.24 0.17 0.14 0.09 0.13 0.23 0.20 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.17 0.09 0.09 0.13 0.04 0.17 0.02 0.21 0.10 0.20 0.17 0.13 0.16 0.07 0.07 0.12 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00