ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54939

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 4, 5, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.029, 0.055, 0.081, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.055 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.025, 0.054, 0.083, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.054 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.033, 0.066, 0.099, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.066 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.193, 0.400, 0.606, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.400 std_dev=0.207
O4' A 0, 0.125, 0.345, 0.564, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.345 std_dev=0.220
OP1 B 0, 0.364, 0.632, 0.900, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.632 std_dev=0.268
C4' A 0, 0.185, 0.556, 0.926, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.556 std_dev=0.371
O2' A 0, 0.164, 0.549, 0.934, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.549 std_dev=0.385
C3' A 0, 0.211, 0.649, 1.086, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.649 std_dev=0.438
C5' A 0, 0.482, 0.921, 1.359, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.921 std_dev=0.439
P B 0, 0.568, 1.029, 1.491, 1.496 max_d=1.496 avg_d=1.029 std_dev=0.461
OP2 B 0, 0.669, 1.212, 1.756, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.212 std_dev=0.543
O5' A 0, 0.867, 1.534, 2.201, 2.310 max_d=2.310 avg_d=1.534 std_dev=0.667
O3' A 0, 0.167, 0.947, 1.726, 3.034 max_d=3.034 avg_d=0.947 std_dev=0.779
O5' B 0, 0.832, 2.026, 3.220, 3.206 max_d=3.206 avg_d=2.026 std_dev=1.194
P A 0, 1.368, 2.703, 4.037, 3.909 max_d=3.909 avg_d=2.703 std_dev=1.334
OP1 A 0, 1.617, 3.189, 4.761, 4.781 max_d=4.781 avg_d=3.189 std_dev=1.572
C5' B 0, 1.056, 2.705, 4.354, 4.217 max_d=4.217 avg_d=2.705 std_dev=1.649
N7 B 0, 1.889, 3.731, 5.573, 5.670 max_d=5.670 avg_d=3.731 std_dev=1.842
O6 B 0, 2.148, 4.058, 5.969, 6.129 max_d=6.129 avg_d=4.058 std_dev=1.910
C8 B 0, 1.718, 3.775, 5.832, 5.894 max_d=5.894 avg_d=3.775 std_dev=2.057
OP2 A 0, 1.715, 3.890, 6.064, 6.123 max_d=6.123 avg_d=3.890 std_dev=2.174
C5 B 0, 1.847, 4.243, 6.639, 6.658 max_d=6.658 avg_d=4.243 std_dev=2.396
C6 B 0, 2.022, 4.442, 6.862, 6.917 max_d=6.917 avg_d=4.442 std_dev=2.420
C4' B 0, 1.885, 4.355, 6.824, 6.498 max_d=6.498 avg_d=4.355 std_dev=2.469
O4' B 0, 2.104, 4.861, 7.619, 7.220 max_d=7.220 avg_d=4.861 std_dev=2.757
N9 B 0, 1.871, 4.690, 7.509, 7.305 max_d=7.305 avg_d=4.690 std_dev=2.819
C3' B 0, 2.358, 5.201, 8.044, 7.687 max_d=7.687 avg_d=5.201 std_dev=2.843
C4 B 0, 2.135, 5.190, 8.244, 8.001 max_d=8.001 avg_d=5.190 std_dev=3.055
C1' B 0, 2.458, 5.596, 8.734, 8.305 max_d=8.305 avg_d=5.596 std_dev=3.138
C2' B 0, 2.746, 5.889, 9.031, 8.530 max_d=8.530 avg_d=5.889 std_dev=3.143
O3' B 0, 2.705, 5.885, 9.066, 8.642 max_d=8.642 avg_d=5.885 std_dev=3.181
N1 B 0, 2.428, 5.654, 8.880, 8.694 max_d=8.694 avg_d=5.654 std_dev=3.226
N3 B 0, 2.996, 6.723, 10.450, 9.943 max_d=9.943 avg_d=6.723 std_dev=3.727
C2 B 0, 3.067, 6.879, 10.692, 10.232 max_d=10.232 avg_d=6.879 std_dev=3.812
O2' B 0, 3.710, 7.609, 11.508, 10.592 max_d=10.592 avg_d=7.609 std_dev=3.899
N2 B 0, 3.886, 8.437, 12.988, 12.246 max_d=12.246 avg_d=8.437 std_dev=4.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.33 0.45 0.40 0.29
C2 0.04 0.00 0.22 0.25 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.15 0.17 0.12 0.44 0.43 0.73 0.50
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.12 0.03 0.07 0.15 0.11 0.11 0.17 0.22 0.08 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.53 0.58 0.46 0.43
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.23 0.01 0.28 0.02 0.30 0.22 0.28 0.21 0.31 0.28 0.18 0.03 0.01 0.02 0.30 0.51 0.27 0.18
C4 0.02 0.02 0.12 0.23 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.16 0.10 0.06 0.47 0.43 0.80 0.56
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.08 0.05 0.12 0.15 0.07 0.25 0.04 0.00 0.03 0.48 0.42 0.19
C5 0.02 0.02 0.07 0.28 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.24 0.12 0.04 0.54 0.51 1.09 0.74
C5' 0.06 0.11 0.15 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.18 0.18 0.15 0.10 0.20 0.21 0.10 0.12 0.15 0.01 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.30 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.14 0.06 0.55 0.52 1.13 0.76
C8 0.02 0.03 0.11 0.22 0.01 0.14 0.02 0.18 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.23 0.11 0.08 0.55 0.54 1.11 0.77
N1 0.04 0.01 0.17 0.28 0.01 0.08 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.20 0.14 0.10 0.50 0.46 0.94 0.64
N3 0.04 0.01 0.22 0.21 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.18 0.11 0.42 0.44 0.63 0.44
N6 0.04 0.01 0.08 0.31 0.03 0.12 0.03 0.20 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.29 0.17 0.06 0.60 0.63 1.32 0.88
N7 0.01 0.03 0.07 0.28 0.01 0.15 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.26 0.16 0.05 0.58 0.62 1.29 0.87
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.14 0.06 0.02 0.46 0.41 0.75 0.54
O2' 0.02 0.15 0.01 0.03 0.16 0.25 0.24 0.12 0.25 0.23 0.20 0.12 0.29 0.26 0.14 0.00 0.05 0.18 0.27 0.72 0.57 0.32
O3' 0.23 0.17 0.03 0.01 0.10 0.04 0.12 0.15 0.14 0.11 0.14 0.18 0.17 0.16 0.06 0.05 0.00 0.17 0.13 0.71 0.78 0.38
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.11 0.06 0.05 0.02 0.18 0.17 0.00 0.13 0.45 0.30 0.18
O5' 0.33 0.44 0.53 0.30 0.47 0.03 0.54 0.01 0.55 0.55 0.50 0.42 0.60 0.58 0.46 0.27 0.13 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.45 0.43 0.58 0.51 0.43 0.48 0.51 0.23 0.52 0.54 0.46 0.44 0.63 0.62 0.41 0.72 0.71 0.45 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.73 0.46 0.27 0.80 0.42 1.09 0.35 1.13 1.11 0.94 0.63 1.32 1.29 0.75 0.57 0.78 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.50 0.43 0.18 0.56 0.19 0.74 0.02 0.76 0.77 0.64 0.44 0.88 0.87 0.54 0.32 0.38 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.50 1.41 1.35 1.11 1.18 1.19 0.84 0.69 0.84 0.73 1.11 1.65 1.49 0.61 1.13 2.05 1.45 1.38 0.87 0.67 0.23 0.33 0.21
C2 1.70 1.38 1.58 1.49 1.23 1.59 0.87 1.02 0.82 0.82 1.07 1.57 1.51 0.65 1.25 2.20 1.84 1.67 1.08 0.65 0.25 0.34 0.20
C2' 1.61 1.59 1.58 1.31 1.31 1.29 0.97 0.74 0.98 0.82 1.27 1.86 1.66 0.73 1.23 2.34 1.68 1.41 0.95 0.83 0.20 0.25 0.25
C3' 1.50 1.49 1.53 1.29 1.24 1.24 0.95 0.80 0.96 0.83 1.21 1.74 1.55 0.77 1.17 2.24 1.66 1.31 1.03 0.84 0.33 0.24 0.42
C4 1.35 1.15 1.18 1.04 1.00 1.17 0.71 0.72 0.68 0.65 0.89 1.33 1.24 0.53 0.99 1.80 1.37 1.32 0.88 0.56 0.22 0.31 0.22
C4' 1.42 1.40 1.36 1.10 1.14 1.12 0.82 0.66 0.82 0.69 1.10 1.65 1.46 0.60 1.08 2.07 1.45 1.26 0.88 0.67 0.18 0.23 0.26
C5 0.99 0.78 0.79 0.69 0.69 0.88 0.49 0.56 0.47 0.47 0.60 0.90 0.86 0.41 0.70 1.32 1.00 1.03 0.75 0.42 0.20 0.30 0.24
C5' 1.23 1.21 1.15 0.90 0.97 0.94 0.69 0.54 0.69 0.57 0.94 1.43 1.26 0.48 0.92 1.84 1.24 1.10 0.83 0.55 0.18 0.21 0.30
C6 0.93 0.67 0.74 0.71 0.61 0.91 0.44 0.61 0.42 0.44 0.51 0.77 0.75 0.38 0.65 1.21 1.02 1.02 0.79 0.39 0.20 0.30 0.25
C8 0.95 0.82 0.74 0.58 0.70 0.75 0.50 0.49 0.49 0.46 0.63 0.96 0.88 0.41 0.69 1.31 0.86 0.95 0.67 0.43 0.19 0.31 0.24
N1 1.33 0.98 1.17 1.17 0.90 1.34 0.63 0.90 0.58 0.62 0.75 1.12 1.10 0.49 0.94 1.69 1.50 1.40 1.01 0.49 0.24 0.32 0.21
N3 1.69 1.46 1.57 1.41 1.27 1.49 0.90 0.92 0.87 0.82 1.14 1.68 1.57 0.67 1.26 2.24 1.77 1.61 1.02 0.69 0.24 0.33 0.20
N6 0.51 0.32 0.38 0.36 0.32 0.54 0.30 0.42 0.31 0.31 0.28 0.35 0.36 0.33 0.35 0.66 0.59 0.67 0.59 0.37 0.17 0.29 0.29
N7 0.75 0.59 0.54 0.42 0.52 0.61 0.39 0.44 0.38 0.38 0.46 0.69 0.65 0.35 0.53 1.02 0.67 0.80 0.60 0.37 0.18 0.31 0.25
N9 1.28 1.15 1.10 0.92 0.97 1.05 0.69 0.63 0.68 0.62 0.89 1.33 1.22 0.52 0.95 1.74 1.25 1.23 0.82 0.55 0.21 0.31 0.23
O2' 1.67 1.68 1.61 1.32 1.32 1.30 0.89 0.70 0.89 0.70 1.28 2.01 1.75 0.57 1.23 2.45 1.74 1.44 0.82 0.67 0.46 0.47 0.28
O3' 1.46 1.49 1.58 1.32 1.17 1.20 0.82 0.72 0.82 0.67 1.14 1.79 1.55 0.59 1.09 2.37 1.77 1.22 0.93 0.66 0.20 0.15 0.24
O4' 1.38 1.31 1.21 0.97 1.08 1.07 0.76 0.62 0.75 0.65 1.02 1.54 1.38 0.53 1.03 1.90 1.31 1.27 0.81 0.58 0.21 0.36 0.22
O5' 0.91 0.89 0.68 0.47 0.69 0.64 0.47 0.57 0.47 0.44 0.66 1.10 0.94 0.42 0.65 1.37 0.80 0.86 0.53 0.41 0.60 0.73 0.45
OP1 1.11 1.25 0.88 0.54 0.95 0.69 0.68 0.47 0.71 0.53 0.99 1.50 1.26 0.45 0.86 1.61 0.87 0.98 0.67 0.55 0.61 0.70 0.46
OP2 0.59 0.57 0.50 0.71 0.59 0.70 0.73 1.17 0.71 0.85 0.57 0.66 0.58 0.93 0.63 0.79 0.61 0.67 0.78 0.84 1.31 1.50 1.11
P 0.70 0.72 0.45 0.35 0.53 0.49 0.41 0.73 0.40 0.45 0.51 0.93 0.76 0.49 0.50 1.13 0.58 0.67 0.49 0.42 0.87 1.04 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.35 0.03 0.45 0.35 0.40
C2 0.07 0.00 0.18 0.22 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.16 0.06 0.53 0.02 0.58 0.65 0.62
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.03 0.06 0.18 0.10 0.07 0.15 0.22 0.18 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.61 0.09 0.61 0.68 0.62
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.22 0.01 0.29 0.02 0.31 0.25 0.28 0.20 0.18 0.30 0.18 0.02 0.01 0.02 0.32 0.35 0.37 0.25 0.25
C4 0.03 0.01 0.09 0.22 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.09 0.03 0.53 0.02 0.58 0.57 0.60
C4' 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.13 0.06 0.26 0.02 0.00 0.03 0.15 0.28 0.28 0.10
C5 0.02 0.02 0.06 0.29 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.28 0.08 0.03 0.58 0.02 0.63 0.59 0.65
C5' 0.08 0.12 0.18 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.16 0.10 0.10 0.22 0.12 0.10 0.19 0.02 0.01 0.25 0.31 0.45 0.02
C6 0.03 0.02 0.10 0.31 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.32 0.10 0.03 0.60 0.01 0.65 0.64 0.67
C8 0.03 0.02 0.07 0.25 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.05 0.56 0.04 0.61 0.45 0.59
N1 0.06 0.01 0.15 0.28 0.02 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.35 0.10 0.04 0.57 0.01 0.63 0.67 0.66
N2 0.09 0.01 0.22 0.20 0.02 0.10 0.03 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.36 0.22 0.08 0.51 0.03 0.56 0.67 0.61
N3 0.08 0.01 0.18 0.18 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.31 0.20 0.07 0.50 0.03 0.55 0.61 0.58
N7 0.02 0.02 0.05 0.30 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.24 0.13 0.05 0.60 0.04 0.65 0.52 0.65
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.09 0.01 0.50 0.03 0.55 0.48 0.54
O2' 0.02 0.35 0.01 0.02 0.27 0.26 0.28 0.10 0.32 0.18 0.35 0.36 0.31 0.24 0.17 0.00 0.06 0.17 0.33 0.32 0.35 0.60 0.37
O3' 0.28 0.16 0.04 0.01 0.09 0.02 0.08 0.19 0.10 0.09 0.10 0.22 0.20 0.13 0.09 0.06 0.00 0.21 0.09 0.15 0.24 0.35 0.11
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.07 0.05 0.01 0.17 0.21 0.00 0.15 0.06 0.38 0.23 0.27
O5' 0.35 0.53 0.61 0.32 0.53 0.03 0.58 0.01 0.60 0.56 0.57 0.51 0.50 0.60 0.50 0.33 0.09 0.15 0.00 0.62 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.35 0.02 0.15 0.02 0.25 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.32 0.15 0.06 0.62 0.00 0.67 0.63 0.69
OP1 0.45 0.58 0.61 0.37 0.58 0.28 0.63 0.31 0.65 0.61 0.63 0.56 0.55 0.65 0.55 0.35 0.24 0.38 0.02 0.67 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.65 0.68 0.25 0.57 0.28 0.59 0.45 0.64 0.45 0.67 0.67 0.61 0.52 0.48 0.60 0.35 0.23 0.02 0.63 0.02 0.00 0.01
P 0.40 0.62 0.62 0.25 0.60 0.10 0.65 0.02 0.67 0.59 0.66 0.61 0.58 0.65 0.54 0.37 0.11 0.27 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00