ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54941

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 2, 1, 1, 3, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.028, 0.044, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.044 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.025, 0.046, 0.066, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.046 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.006, 0.020, 0.046, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.020 std_dev=0.026
N3 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.004, 0.025, 0.055, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.025 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.048 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.070, 0.174, 0.277, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.174 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.072, 0.195, 0.318, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.195 std_dev=0.123
C4' A 0, 0.112, 0.278, 0.443, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.278 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.120, 0.300, 0.480, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.300 std_dev=0.180
O2' A 0, 0.062, 0.253, 0.444, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.253 std_dev=0.191
O3' A 0, 0.164, 0.438, 0.712, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.438 std_dev=0.274
C5' A 0, 0.166, 0.454, 0.743, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.454 std_dev=0.289
P B 0, 0.251, 0.547, 0.843, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.547 std_dev=0.296
O5' A 0, 0.206, 0.517, 0.828, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.517 std_dev=0.311
OP2 B 0, 0.236, 0.560, 0.885, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.560 std_dev=0.325
OP1 B 0, 0.211, 0.545, 0.878, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.545 std_dev=0.333
P A 0, 0.309, 0.706, 1.102, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.706 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.372, 0.768, 1.165, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.768 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.306, 0.740, 1.174, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.740 std_dev=0.434
O5' B 0, 0.232, 0.682, 1.132, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.682 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.297, 0.827, 1.357, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.827 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.319, 1.267, 2.215, 3.209 max_d=3.209 avg_d=1.267 std_dev=0.948
O3' B 0, 0.860, 2.200, 3.539, 4.969 max_d=4.969 avg_d=2.200 std_dev=1.340
C3' B 0, 0.127, 1.551, 2.976, 4.502 max_d=4.502 avg_d=1.551 std_dev=1.424
O4' B 0, 0.357, 1.872, 3.387, 4.761 max_d=4.761 avg_d=1.872 std_dev=1.515
C8 B 0, -0.089, 1.951, 3.990, 5.754 max_d=5.754 avg_d=1.951 std_dev=2.039
C2' B 0, -0.070, 2.004, 4.077, 6.059 max_d=6.059 avg_d=2.004 std_dev=2.074
C1' B 0, 0.079, 2.167, 4.255, 6.163 max_d=6.163 avg_d=2.167 std_dev=2.088
N7 B 0, -0.125, 2.002, 4.129, 5.897 max_d=5.897 avg_d=2.002 std_dev=2.127
N9 B 0, -0.017, 2.118, 4.252, 6.063 max_d=6.063 avg_d=2.118 std_dev=2.135
C4 B 0, -0.026, 2.261, 4.548, 6.386 max_d=6.386 avg_d=2.261 std_dev=2.287
C5 B 0, -0.095, 2.194, 4.484, 6.400 max_d=6.400 avg_d=2.194 std_dev=2.290
N3 B 0, 0.022, 2.457, 4.891, 6.829 max_d=6.829 avg_d=2.457 std_dev=2.434
C6 B 0, -0.121, 2.348, 4.818, 6.982 max_d=6.982 avg_d=2.348 std_dev=2.470
O6 B 0, -0.165, 2.368, 4.900, 7.203 max_d=7.203 avg_d=2.368 std_dev=2.532
C2 B 0, -0.022, 2.569, 5.159, 7.321 max_d=7.321 avg_d=2.569 std_dev=2.590
N1 B 0, -0.085, 2.525, 5.136, 7.408 max_d=7.408 avg_d=2.525 std_dev=2.610
O2' B 0, -0.078, 2.671, 5.420, 7.965 max_d=7.965 avg_d=2.671 std_dev=2.749
N2 B 0, -0.002, 2.756, 5.513, 7.805 max_d=7.805 avg_d=2.756 std_dev=2.758

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.13 0.08
C2 0.06 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.12 0.05 0.11 0.14 0.20 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.14 0.18 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.18 0.21 0.10
C4 0.03 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.13 0.14 0.19 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.10 0.10 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02 0.17 0.19 0.25 0.19
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.08 0.14 0.16 0.09 0.05 0.05 0.02 0.01 0.10 0.07 0.03
C6 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.02 0.17 0.20 0.26 0.19
C8 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.19 0.18 0.22 0.18
N1 0.05 0.01 0.10 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.11 0.04 0.14 0.17 0.23 0.17
N3 0.06 0.00 0.11 0.09 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.11 0.06 0.10 0.12 0.19 0.13
N6 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.02 0.14 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.09 0.08 0.03 0.19 0.24 0.29 0.22
N7 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.20 0.23 0.29 0.22
N9 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.11 0.17 0.12
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.10 0.02 0.14 0.15 0.09 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.13 0.17 0.08
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.08 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.03 0.03 0.00 0.02 0.09 0.21 0.25 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.09 0.15 0.12
O5' 0.07 0.11 0.05 0.07 0.13 0.04 0.17 0.01 0.17 0.19 0.14 0.10 0.19 0.20 0.12 0.05 0.09 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.14 0.14 0.18 0.14 0.10 0.19 0.10 0.20 0.18 0.17 0.12 0.24 0.23 0.11 0.13 0.21 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.20 0.18 0.21 0.19 0.10 0.25 0.07 0.26 0.22 0.23 0.19 0.29 0.29 0.17 0.17 0.25 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.08 0.10 0.14 0.05 0.19 0.03 0.19 0.18 0.17 0.13 0.22 0.22 0.12 0.08 0.12 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.82 0.77 0.18 0.30 0.28 0.38 0.29 0.32 0.19 0.31 0.24 0.41 0.19 0.72 0.76 0.37 0.23 0.41 0.20 0.29 0.20
C2 0.66 0.50 1.25 1.00 0.44 0.39 0.28 0.29 0.25 0.29 0.36 0.60 0.57 0.22 0.46 1.31 0.87 0.26 0.24 0.23 0.24 0.37 0.24
C2' 0.27 0.18 0.89 0.77 0.16 0.28 0.26 0.36 0.30 0.28 0.17 0.27 0.22 0.39 0.16 0.83 0.74 0.35 0.22 0.43 0.20 0.32 0.20
C3' 0.18 0.15 0.75 0.68 0.21 0.25 0.39 0.34 0.42 0.40 0.27 0.16 0.15 0.52 0.22 0.66 0.68 0.44 0.18 0.56 0.17 0.30 0.16
C4 0.33 0.25 0.92 0.80 0.19 0.30 0.22 0.35 0.23 0.24 0.17 0.35 0.29 0.33 0.19 0.85 0.74 0.30 0.21 0.34 0.20 0.30 0.20
C4' 0.23 0.20 0.66 0.67 0.27 0.29 0.43 0.36 0.45 0.47 0.29 0.21 0.19 0.57 0.29 0.53 0.70 0.49 0.19 0.57 0.18 0.28 0.16
C5 0.24 0.19 0.79 0.69 0.18 0.26 0.30 0.35 0.31 0.34 0.20 0.26 0.21 0.43 0.19 0.68 0.63 0.36 0.21 0.43 0.19 0.28 0.18
C5' 0.32 0.30 0.54 0.60 0.39 0.30 0.56 0.35 0.57 0.61 0.42 0.24 0.27 0.70 0.42 0.41 0.66 0.58 0.18 0.69 0.20 0.30 0.16
C6 0.34 0.25 0.92 0.74 0.19 0.26 0.20 0.31 0.22 0.22 0.17 0.34 0.29 0.31 0.19 0.86 0.63 0.25 0.20 0.33 0.19 0.31 0.20
C8 0.26 0.24 0.58 0.59 0.33 0.30 0.49 0.39 0.49 0.55 0.34 0.22 0.23 0.63 0.36 0.42 0.59 0.53 0.24 0.61 0.19 0.24 0.17
N1 0.60 0.44 1.19 0.92 0.38 0.35 0.23 0.27 0.22 0.24 0.30 0.53 0.51 0.20 0.40 1.22 0.78 0.23 0.22 0.22 0.22 0.36 0.24
N3 0.53 0.41 1.13 0.94 0.33 0.36 0.20 0.32 0.19 0.20 0.27 0.51 0.47 0.20 0.34 1.14 0.86 0.24 0.23 0.23 0.22 0.34 0.22
N6 0.24 0.18 0.79 0.59 0.16 0.21 0.27 0.30 0.29 0.32 0.18 0.25 0.21 0.41 0.17 0.69 0.47 0.29 0.19 0.40 0.16 0.27 0.18
N7 0.27 0.25 0.56 0.54 0.34 0.29 0.50 0.39 0.50 0.57 0.35 0.21 0.23 0.65 0.37 0.40 0.52 0.54 0.24 0.62 0.19 0.23 0.17
N9 0.24 0.19 0.78 0.73 0.20 0.29 0.32 0.37 0.33 0.36 0.21 0.27 0.22 0.45 0.21 0.66 0.71 0.39 0.22 0.45 0.20 0.28 0.19
O2' 0.38 0.29 1.01 0.87 0.23 0.32 0.22 0.37 0.24 0.22 0.20 0.38 0.34 0.30 0.23 0.98 0.82 0.31 0.24 0.35 0.24 0.34 0.23
O3' 0.18 0.15 0.79 0.69 0.21 0.25 0.39 0.34 0.43 0.38 0.28 0.15 0.14 0.51 0.21 0.72 0.69 0.43 0.18 0.58 0.18 0.31 0.17
O4' 0.25 0.21 0.68 0.70 0.26 0.31 0.40 0.40 0.40 0.45 0.27 0.26 0.22 0.54 0.28 0.52 0.73 0.47 0.23 0.52 0.20 0.27 0.18
O5' 0.37 0.35 0.50 0.57 0.46 0.32 0.62 0.35 0.63 0.67 0.48 0.28 0.33 0.76 0.49 0.39 0.62 0.62 0.17 0.75 0.23 0.32 0.18
OP1 0.71 0.70 0.34 0.36 0.80 0.45 0.94 0.41 0.95 0.98 0.82 0.61 0.68 1.06 0.83 0.49 0.45 0.90 0.24 1.05 0.21 0.33 0.20
OP2 0.80 0.76 0.39 0.35 0.87 0.53 0.99 0.45 0.98 1.05 0.86 0.67 0.75 1.10 0.91 0.61 0.43 0.98 0.29 1.06 0.24 0.34 0.23
P 0.62 0.58 0.34 0.38 0.70 0.41 0.83 0.38 0.83 0.90 0.69 0.49 0.56 0.96 0.74 0.46 0.46 0.83 0.21 0.93 0.20 0.31 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.21 0.02 0.47 0.21 0.21
C2 0.04 0.00 0.42 0.30 0.01 0.24 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.31 0.44 0.26 0.03 0.32 0.29 0.19
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.23 0.03 0.13 0.20 0.22 0.19 0.34 0.49 0.40 0.08 0.03 0.01 0.04 0.02 0.49 0.17 0.95 0.64 0.66
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.32 0.01 0.42 0.02 0.44 0.38 0.38 0.26 0.24 0.45 0.27 0.03 0.01 0.04 0.11 0.48 0.63 0.17 0.27
C4 0.03 0.01 0.23 0.32 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.21 0.24 0.17 0.01 0.24 0.27 0.16
C4' 0.01 0.24 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.06 0.29 0.15 0.35 0.24 0.24 0.09 0.35 0.04 0.00 0.01 0.09 0.27 0.06 0.07
C5 0.02 0.02 0.13 0.42 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.12 0.17 0.02 0.16 0.42 0.28
C5' 0.08 0.36 0.20 0.02 0.17 0.01 0.11 0.00 0.15 0.28 0.26 0.47 0.35 0.24 0.07 0.17 0.21 0.01 0.02 0.14 0.13 0.06 0.02
C6 0.03 0.02 0.22 0.44 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.17 0.30 0.20 0.17 0.01 0.18 0.49 0.31
C8 0.01 0.02 0.19 0.38 0.01 0.29 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.51 0.25 0.22 0.25 0.04 0.14 0.35 0.32
N1 0.04 0.01 0.34 0.38 0.01 0.15 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.16 0.29 0.35 0.20 0.03 0.20 0.40 0.22
N2 0.05 0.01 0.49 0.26 0.01 0.35 0.02 0.47 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.46 0.40 0.52 0.33 0.04 0.41 0.27 0.24
N3 0.05 0.01 0.40 0.24 0.00 0.24 0.01 0.35 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.32 0.43 0.28 0.03 0.38 0.23 0.20
N7 0.02 0.02 0.08 0.45 0.01 0.24 0.01 0.24 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.47 0.34 0.11 0.28 0.04 0.24 0.52 0.42
N9 0.01 0.01 0.03 0.27 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.12 0.02 0.25 0.20 0.12
O2' 0.02 0.30 0.01 0.03 0.10 0.35 0.24 0.17 0.17 0.51 0.16 0.46 0.30 0.47 0.21 0.00 0.11 0.24 0.34 0.24 0.89 0.73 0.60
O3' 0.31 0.31 0.04 0.01 0.21 0.04 0.27 0.21 0.30 0.25 0.29 0.40 0.32 0.34 0.12 0.11 0.00 0.22 0.33 0.36 0.39 0.40 0.26
O4' 0.01 0.44 0.02 0.04 0.24 0.00 0.12 0.01 0.20 0.22 0.35 0.52 0.43 0.11 0.02 0.24 0.22 0.00 0.13 0.15 0.18 0.14 0.09
O5' 0.21 0.26 0.49 0.11 0.17 0.01 0.17 0.02 0.17 0.25 0.20 0.33 0.28 0.28 0.12 0.34 0.33 0.13 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.17 0.48 0.01 0.09 0.02 0.14 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.24 0.36 0.15 0.21 0.00 0.27 0.60 0.41
OP1 0.47 0.32 0.95 0.63 0.24 0.27 0.16 0.13 0.18 0.14 0.20 0.41 0.38 0.24 0.25 0.89 0.39 0.18 0.02 0.27 0.00 0.03 0.01
OP2 0.21 0.29 0.64 0.17 0.27 0.06 0.42 0.06 0.49 0.35 0.40 0.27 0.23 0.52 0.20 0.73 0.40 0.14 0.02 0.60 0.03 0.00 0.01
P 0.21 0.19 0.66 0.27 0.16 0.07 0.28 0.02 0.31 0.32 0.22 0.24 0.20 0.42 0.12 0.60 0.26 0.09 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00